genome.fa.s484.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold484
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1030986

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  5  of  6  ( 680 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787761--787807	19	2.3	21	78	7	53	53	0	0	46	1.00
788125--788173	20	2.4	19	81	18	55	40	0	2	57	1.10
788296--788341	20	2.3	20	88	3	67	32	2	0	65	1.05
788394--788439	24	1.9	24	82	8	58	50	0	2	47	1.13
789165--789212	20	2.4	19	80	16	53	47	4	0	47	1.21
789190--789239	19	2.5	20	87	9	66	48	0	0	52	1.00
789202--789250	19	2.6	19	81	15	66	44	0	0	55	0.99
789348--789376	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
790414--790461	24	2.0	24	100	0	96	37	25	8	29	1.85
799948--799989	19	2.3	18	87	4	57	47	0	0	52	1.00
800026--800056	10	3.1	10	90	0	53	48	3	0	48	1.17
801329--801358	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
802158--802200	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
803752--803814	29	2.2	28	80	11	74	30	4	1	63	1.24
805502--805572	32	2.2	32	87	2	97	43	0	2	53	1.15
805521--805578	18	3.4	18	68	18	61	50	0	0	50	1.00
805626--805685	22	2.8	22	85	10	79	38	0	1	60	1.07
807038--807083	23	2.0	23	83	8	58	52	0	0	47	1.00
807279--807335	16	3.6	16	74	25	59	59	0	0	40	0.97
807295--807355	17	3.4	17	75	16	59	60	0	0	39	0.97
809601--809678	35	2.2	34	80	10	95	57	0	0	42	0.98
809616--809683	18	3.8	19	81	13	81	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810401--810443	16	2.7	16	100	0	86	72	6	0	20	1.08
810608--810633	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
811330--811371	21	2.0	21	85	0	57	30	0	0	69	0.89
811399--811434	16	2.2	16	100	0	72	66	0	0	33	0.92
811514--811550	19	2.0	18	94	5	65	59	0	5	35	1.20
813840--813877	19	2.0	19	100	0	76	21	0	26	52	1.47
818786--818878	26	3.5	27	77	12	95	39	1	1	58	1.13
818833--818874	22	1.9	22	90	0	66	33	2	0	64	1.07
819812--819846	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
821474--822134	351	1.9	343	86	9	948	39	6	7	46	1.60
823024--823088	34	2.1	31	83	13	80	56	0	0	43	0.99
823037--823088	17	3.1	17	67	10	52	59	0	0	40	0.97
823212--823251	6	7.2	6	83	16	59	52	0	0	47	1.00
823208--823245	15	2.5	15	95	4	67	52	0	0	47	1.00
823212--823251	21	1.9	21	100	0	80	52	0	0	47	1.00
823361--823391	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
823845--823887	22	2.0	22	90	9	70	44	0	0	55	0.99
824479--824528	23	2.2	23	82	10	68	52	0	0	48	1.00
824995--825027	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
825470--825498	15	1.9	15	100	0	58	27	17	13	41	1.87
828437--828469	17	1.9	17	88	11	50	66	0	0	33	0.92
828622--828671	2	25.5	2	95	4	93	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829273--829338	26	2.5	27	73	11	64	53	1	3	42	1.25
830231--830294	23	2.7	24	82	4	67	57	3	3	35	1.30
831223--831264	21	2.0	21	90	0	66	38	0	0	61	0.96
832489--832523	17	2.0	18	88	5	54	54	0	5	40	1.24
832495--832560	34	2.0	34	82	11	84	51	0	3	45	1.16
832845--832887	21	2.0	21	86	0	59	58	0	0	41	0.98
832859--832889	16	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
832948--833024	40	1.9	41	86	7	113	51	0	0	48	1.00
832965--833027	20	3.2	19	72	14	56	50	0	0	49	1.00
833622--833679	21	2.8	20	71	19	57	48	1	0	50	1.11
834913--834965	21	2.5	21	85	11	72	32	5	9	52	1.57
837223--837271	22	2.2	22	85	0	62	46	0	10	42	1.37
850819--850857	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
852649--852685	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
857384--857425	22	1.9	22	85	0	57	50	0	0	50	1.00
857575--857627	27	2.0	27	84	0	70	18	11	1	67	1.30
863856--863894	21	1.9	20	89	5	60	33	0	0	66	0.92
864158--864271	39	3.0	38	78	14	112	52	0	0	47	1.00
864227--864264	18	2.1	19	85	5	51	55	0	0	44	0.99
864157--864258	38	2.7	37	72	13	100	50	0	0	49	1.00
865005--865048	3	14.7	3	95	0	79	31	2	0	65	1.05
865229--865272	6	7.3	6	84	0	52	43	2	6	47	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865229--865272	4	11.0	4	85	0	52	43	2	6	47	1.42
866991--867020	15	2.0	15	93	0	51	10	26	16	46	1.78
872032--872070	6	6.2	6	85	8	51	79	2	2	15	0.95
873302--873358	27	2.1	27	81	9	64	54	3	0	42	1.17
875316--875342	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
876918--876958	8	5.4	8	82	11	59	60	0	2	36	1.10
876918--876969	22	2.4	22	96	0	95	57	0	3	38	1.17
877007--877035	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
877365--877417	23	2.2	24	76	3	63	56	0	5	37	1.23
880995--881021	12	2.2	12	100	0	54	40	33	0	25	1.56
882529--882565	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
884257--884313	22	2.6	22	78	15	64	42	0	0	57	0.98
884291--884321	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
884427--884480	21	2.5	22	80	17	51	46	0	1	51	1.11
884421--884476	16	3.5	16	76	9	51	44	0	1	53	1.11
885838--885926	16	5.4	16	84	9	83	62	3	2	31	1.23
885873--885926	9	6.4	9	71	16	53	61	1	1	35	1.18
886357--886436	30	2.8	29	79	5	90	41	1	1	56	1.15
886357--886427	29	2.4	30	83	4	83	40	0	1	57	1.07
888516--888555	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
888576--888619	22	2.0	23	86	4	63	43	0	13	43	1.44
889487--889536	5	10.8	5	75	16	54	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889484--889536	18	2.9	18	78	10	63	66	0	0	33	0.92
889486--889533	13	3.7	13	75	10	53	64	0	0	35	0.94
891051--891164	45	2.4	48	77	12	121	57	0	1	41	1.09
891180--891212	11	2.8	12	90	9	59	18	9	0	72	1.10
892345--892382	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
896664--896693	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
898787--898877	39	2.6	34	77	17	87	54	0	0	45	0.99
898823--898865	21	2.0	21	90	0	68	55	0	0	44	0.99
899227--899299	20	3.7	20	72	18	64	60	0	0	39	0.97
899229--899297	17	3.6	18	72	27	54	60	0	0	39	0.97
899678--899722	22	2.1	22	92	8	76	46	0	0	53	1.00
900945--901002	13	4.5	13	73	6	55	41	0	0	58	0.98
901346--901380	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
902106--902130	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
902422--902488	18	3.5	19	72	12	57	43	0	1	55	1.09
903244--903290	22	2.1	22	84	0	58	40	2	0	57	1.11
903451--903507	30	1.9	30	92	0	96	28	1	5	64	1.25
915595--915625	4	7.8	4	100	0	62	48	0	0	51	1.00
917830--917878	2	25.0	2	83	4	64	48	6	0	44	1.27
919185--919270	15	5.5	15	74	18	70	60	1	0	38	1.04
919212--919280	15	4.6	15	84	13	97	66	0	0	33	0.92
919603--919685	18	4.6	18	73	14	64	49	0	3	46	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
919693--919743	20	2.5	20	81	9	68	62	0	0	37	0.95
920405--920445	22	1.9	21	95	5	73	53	0	0	46	1.00
920329--920983	337	2.0	331	88	5	978	49	5	3	41	1.43
921332--921407	19	4.2	17	79	12	73	55	1	0	43	1.08
921332--921396	18	3.5	18	82	14	71	55	1	0	43	1.09
921560--921633	6	12.8	6	70	18	59	36	0	0	63	0.95
921563--921633	26	2.7	26	84	6	90	36	0	0	63	0.95
921552--921631	19	4.3	19	73	17	69	37	0	0	62	0.95
921622--921668	18	2.7	18	86	3	69	25	6	0	68	1.13
921620--921679	19	3.2	18	75	17	59	26	6	0	66	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6