genome.fa.s487.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold487
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  574485

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59--511	33	14.7	32	76	12	373	20	33	12	34	1.90
84--444	90	4.0	89	79	12	350	20	32	12	34	1.91
59--519	125	3.8	120	82	7	481	20	32	12	33	1.90
84--444	59	6.1	59	76	13	328	20	32	12	34	1.91
511--939	87	5.0	87	84	5	552	27	24	19	29	1.98
526--899	173	2.2	173	88	1	554	26	24	19	29	1.98
831--945	44	2.8	42	83	10	139	25	26	20	27	1.99
862--1044	50	3.8	49	80	9	191	27	22	16	32	1.96
1984--2038	20	2.8	20	88	5	76	32	14	12	40	1.84
8049--8083	10	3.5	10	92	0	61	31	31	0	37	1.58
8561--8653	36	2.8	33	77	12	91	30	16	25	27	1.96
8599--8658	32	2.0	30	87	9	86	28	15	26	30	1.96
9554--9578	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
9534--9598	33	2.0	33	87	0	94	30	18	13	36	1.90
9628--9683	20	2.8	20	83	2	78	37	14	17	30	1.90
9668--9694	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
9650--9714	33	2.0	32	88	8	96	41	15	15	27	1.87
10983--11036	20	2.8	20	91	2	83	31	12	18	37	1.89
18936--18980	23	2.0	23	82	8	56	37	20	8	33	1.83
19522--20164	322	2.0	323	86	2	909	34	14	13	37	1.85
31190--31228	11	3.6	11	79	6	53	2	20	5	71	1.17
32576--32849	129	2.1	129	79	10	283	37	12	22	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33362--33443	41	2.0	41	90	0	128	39	13	18	29	1.89
35226--35361	52	2.6	50	78	7	148	41	10	15	33	1.81
39315--39358	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
41164--41189	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
45095--45139	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
47355--47380	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
48309--48344	9	4.0	9	92	0	54	16	25	36	22	1.94
48518--48638	52	2.3	52	92	0	197	30	18	14	36	1.91
48647--48671	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
48715--48812	19	5.8	18	69	28	81	36	16	12	34	1.86
48734--48790	13	3.9	13	72	24	51	33	15	14	36	1.88
48713--48810	32	3.0	32	93	1	169	35	16	12	35	1.86
52709--52735	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
53169--53219	19	2.7	19	96	0	93	25	15	19	39	1.91
53313--53337	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
53189--53444	137	1.9	137	93	0	440	30	17	15	35	1.91
54265--54290	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
54245--54308	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
54245--54315	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
56840--56865	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
60775--60819	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
63233--63640	204	2.0	205	96	0	746	39	13	8	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64173--64248	30	2.5	31	95	2	136	47	10	15	26	1.78
65325--65494	32	5.3	32	77	9	166	21	15	34	28	1.94
65336--65488	64	2.4	63	84	3	198	17	17	33	30	1.94
65523--66008	212	2.3	210	90	1	738	21	19	31	27	1.97
65745--66145	149	2.6	151	87	3	549	20	19	32	27	1.97
65447--66333	28	29.7	28	73	11	490	22	18	31	27	1.97
65745--66299	149	3.6	150	79	7	507	21	18	32	27	1.97
66303--66464	86	1.9	86	88	2	245	34	12	28	24	1.92
66303--66609	27	10.8	29	76	11	237	32	12	31	23	1.92
69757--69885	52	2.5	52	96	0	231	28	17	17	35	1.93
69894--69918	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
69980--70004	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
69959--70024	32	2.0	33	91	2	107	34	16	12	36	1.86
78672--78783	51	2.2	50	95	1	197	45	10	16	27	1.80
78842--78880	21	2.0	20	85	10	53	28	12	15	43	1.83
79682--79725	23	1.9	24	86	9	65	40	22	6	29	1.80
88281--88305	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88352--88411	20	3.0	20	87	4	95	31	15	11	41	1.82
88354--88409	19	2.9	19	91	2	85	33	16	12	37	1.86
89366--89405	20	2.0	21	85	5	55	55	0	2	42	1.13
90198--90243	20	2.2	20	85	11	58	6	21	0	71	1.08
95339--95365	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97022--97057	2	18.0	2	88	0	54	47	2	2	47	1.31
97173--97202	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
98266--98320	7	7.9	7	87	0	83	40	14	0	45	1.45
98880--98925	23	2.0	23	82	0	56	52	0	0	47	1.00
100793--100840	24	2.0	24	100	0	96	45	12	0	41	1.42
100796--100851	24	2.3	24	87	3	76	50	8	3	37	1.51
101866--101921	23	2.5	22	76	2	58	48	1	1	48	1.22
103334--103387	29	1.9	27	88	7	81	33	3	1	61	1.25
103372--103468	35	2.8	36	74	20	89	41	1	3	54	1.23
103433--103501	24	2.8	24	80	12	77	44	0	2	52	1.16
103462--103545	29	2.9	30	82	8	102	42	1	1	54	1.15
104871--104922	16	3.2	16	70	20	54	44	9	5	40	1.61
108692--108717	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
108673--108738	33	2.0	34	87	3	98	42	16	13	27	1.86
112222--112260	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
114332--114369	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
114481--114526	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
116938--116963	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
116919--116984	33	2.0	34	87	3	98	42	16	13	27	1.86
118186--118262	20	3.8	20	84	6	111	32	16	11	38	1.85
121728--121783	20	2.8	20	91	0	94	48	8	16	26	1.75
121680--121834	71	2.2	70	83	5	195	44	12	16	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121893--121946	20	2.7	20	85	8	65	33	18	9	38	1.83
122573--122945	156	2.4	156	86	0	523	35	14	24	25	1.94
122560--122962	52	7.8	52	76	5	336	35	14	24	25	1.93
126200--126310	51	2.2	49	87	3	150	45	11	13	28	1.79
126780--126928	54	2.8	53	78	6	158	38	16	22	22	1.92
126824--127207	111	3.4	110	84	3	475	36	14	24	24	1.93
127207--127699	33	15.2	33	81	5	486	23	16	29	31	1.96
127688--128364	32	21.9	30	70	15	310	33	12	29	24	1.92
127720--127903	31	6.1	29	78	13	144	34	14	27	23	1.94
127720--128275	60	8.9	60	71	15	197	34	12	28	24	1.92
127837--127974	72	1.9	72	82	7	174	39	10	26	23	1.86
127909--128100	33	6.1	33	75	11	156	38	9	26	26	1.87
127813--128007	103	1.9	104	81	7	236	38	11	24	25	1.88
128163--128364	92	2.2	88	78	12	196	32	13	28	25	1.94
132508--132655	50	2.9	51	89	2	226	46	11	15	26	1.80
132558--132644	20	3.8	20	71	25	75	45	12	14	26	1.81
134342--134467	41	3.2	41	60	15	102	38	10	11	40	1.75
134320--134473	77	2.0	77	100	0	308	37	10	11	40	1.76
138002--138201	79	2.5	78	79	12	228	36	12	23	28	1.91
138157--138324	51	3.3	51	79	3	178	32	11	25	30	1.91
138418--138487	28	2.5	29	81	13	92	27	18	30	24	1.98
138258--138537	108	2.6	107	80	5	314	32	14	26	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138473--138640	51	3.3	51	79	5	178	31	11	26	29	1.92
140961--141016	20	2.8	20	81	7	78	44	16	16	23	1.86
147406--147449	20	2.1	22	91	8	74	36	4	18	40	1.71
147912--147963	20	2.6	20	100	0	104	30	11	19	38	1.87
148040--148066	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
148475--148537	32	1.9	32	87	6	90	42	12	14	30	1.82
150737--150789	21	2.5	22	81	9	65	54	3	18	22	1.59
152587--152617	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
154677--154701	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
156320--156362	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58

Tables:   1   2   3   4