genome.fa.s487.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold487
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  574485

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157267--157292	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
157249--157313	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
158097--158165	33	2.1	32	84	10	86	31	13	17	37	1.88
159592--159642	22	2.4	22	83	3	68	15	13	25	45	1.83
159954--159998	23	1.9	24	86	4	65	6	17	6	68	1.33
162655--163815	127	9.3	127	79	8	961	32	15	24	26	1.95
162541--163815	65	20.1	66	73	10	760	33	15	24	26	1.95
168536--168564	14	2.1	14	100	0	58	48	13	13	24	1.79
168705--168801	19	5.8	18	70	27	88	32	13	16	37	1.88
168707--168809	32	3.2	32	97	0	188	33	13	17	35	1.89
168758--168782	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
168833--168889	21	2.8	21	91	2	89	24	17	12	45	1.83
171231--171328	51	1.9	51	86	12	139	33	20	9	36	1.84
171329--171381	27	2.0	27	96	0	97	24	32	18	24	1.97
171329--171403	27	2.7	27	87	2	87	24	29	20	26	1.99
171470--171640	52	3.3	52	79	4	179	28	28	11	30	1.92
171470--171614	50	2.8	53	83	3	145	28	27	11	33	1.91
171625--171694	27	2.6	27	86	6	88	24	34	17	24	1.96
171758--171930	51	3.4	51	80	5	195	28	27	12	31	1.93
171758--171930	52	3.4	51	82	5	204	28	27	12	31	1.93
171230--172032	290	2.8	286	89	4	1208	27	27	13	31	1.94
181810--181987	80	2.2	81	84	5	227	30	12	27	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181952--182005	28	1.9	28	92	0	90	22	18	31	27	1.97
181865--182092	106	2.1	108	80	6	250	32	11	27	28	1.91
181974--182356	159	2.4	159	82	3	443	35	10	24	30	1.89
181970--182344	79	4.7	80	83	2	409	34	10	25	29	1.89
183086--183150	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
183088--183158	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
183107--183131	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
185666--185732	31	2.2	31	94	5	118	86	7	5	0	0.70
185677--185745	15	4.5	15	82	13	88	85	11	2	0	0.70
185665--185745	11	7.0	11	78	13	67	83	11	4	0	0.78
185665--185745	31	2.6	31	86	11	105	83	11	4	0	0.78
185666--185732	1	67.0	1	72	0	53	86	7	5	0	0.70
187173--187285	34	3.3	33	82	10	147	22	30	11	35	1.89
187173--187305	34	4.0	32	75	19	103	23	28	12	36	1.90
187273--187433	28	5.9	28	74	17	126	29	31	17	22	1.96
187290--187433	29	5.3	28	80	15	160	28	31	18	20	1.97
187369--187508	73	1.9	75	92	5	241	27	30	18	24	1.98
187442--187831	29	13.3	29	83	3	496	28	29	17	23	1.97
187442--187836	59	6.7	59	87	3	514	28	29	17	24	1.97
187902--188287	49	7.7	49	81	6	364	25	25	16	32	1.96
187902--188230	150	2.2	148	84	5	403	25	26	17	31	1.97
187902--188287	101	3.8	98	81	4	389	25	25	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188986--189010	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
189115--189243	52	2.5	52	96	0	240	34	17	18	28	1.94
200115--200214	1	100.0	1	71	0	56	84	13	2	1	0.77
200115--200214	21	4.8	20	78	14	96	84	13	2	1	0.77
200115--200214	40	2.5	39	84	9	121	84	13	2	1	0.77
201436--202202	28	26.5	28	84	4	814	27	29	18	23	1.98
201436--202202	58	13.2	57	84	5	882	27	29	18	23	1.98
203861--203885	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
203841--203902	32	1.9	33	93	3	108	33	11	17	37	1.86
203947--203974	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
203980--204108	52	2.5	52	93	0	213	34	16	17	31	1.92
212285--212309	13	1.9	13	100	0	50	32	12	16	40	1.84
220379--220468	44	2.1	42	89	4	135	42	2	24	31	1.67
220460--220503	22	2.0	22	91	4	72	40	0	25	34	1.56
224623--224747	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
224623--224767	52	2.8	52	89	4	204	30	17	17	34	1.93
224753--224780	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
224823--224847	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
225723--226288	49	11.8	52	79	12	408	32	17	24	25	1.97
225783--226288	49	10.8	48	80	11	586	32	18	24	25	1.97
225830--226298	92	5.1	90	88	6	551	31	18	25	24	1.98
225785--226224	232	1.9	229	92	4	733	31	18	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226291--226455	33	5.1	32	90	4	258	18	17	36	27	1.93
226279--226504	98	2.3	95	81	10	269	22	16	34	26	1.95
226452--226732	62	4.5	61	76	15	256	32	13	33	20	1.91
226483--226762	34	8.8	34	77	12	231	32	13	33	20	1.92
226579--226815	64	3.9	59	75	12	180	30	13	33	21	1.93
226713--226886	30	5.9	30	79	7	142	29	16	31	22	1.96
226707--226876	87	1.9	89	84	7	231	29	16	32	21	1.95
228177--228234	29	2.1	27	84	12	73	5	5	15	74	1.18
235129--235253	52	2.4	52	94	0	214	28	18	17	36	1.94
235129--235273	52	2.8	52	88	4	195	30	17	17	34	1.93
235259--235286	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
235329--235353	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
244396--244445	12	4.2	12	80	12	59	0	26	0	74	0.83
244404--244447	13	3.6	12	82	14	54	0	25	0	75	0.81
249174--249520	31	10.8	31	71	11	209	31	25	18	24	1.97
249198--249402	98	2.1	98	87	0	293	32	26	16	23	1.96
249297--249533	130	1.8	131	85	4	336	32	26	17	24	1.97
249526--249622	28	3.4	28	88	1	140	29	31	16	21	1.95
252639--252752	58	1.9	59	85	5	160	45	10	22	21	1.82
252885--252940	21	2.6	23	78	16	66	28	0	3	67	1.07
253483--254362	42	21.0	42	75	7	653	32	18	30	18	1.95
253475--254274	251	3.2	252	79	6	644	32	19	30	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254345--254382	19	2.0	19	94	0	67	36	18	31	13	1.89
254364--255069	42	16.8	41	74	7	371	36	17	28	17	1.93
254397--255044	84	7.7	83	79	6	493	35	18	28	17	1.94
254364--254930	126	4.5	126	78	6	486	35	19	28	17	1.94
254364--255069	126	5.6	125	76	6	460	36	17	28	17	1.93
255223--255322	44	2.5	38	75	17	101	41	13	23	23	1.89
258575--258611	17	2.1	18	90	5	58	8	13	24	54	1.66
258739--258815	38	2.1	37	85	11	104	1	14	10	74	1.14
258773--258842	27	2.6	27	84	10	83	2	17	10	70	1.28
259332--259444	58	1.9	58	85	7	158	44	10	23	21	1.83
259561--259626	8	9.3	7	74	22	50	27	0	3	69	1.03
259903--259999	35	3.0	32	82	14	119	30	26	11	30	1.91
260458--260482	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
260586--260650	33	2.0	33	84	3	87	38	16	15	29	1.90
260605--260629	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
262242--262636	142	2.8	141	85	0	538	45	11	9	34	1.72
263521--263568	25	2.0	25	88	12	73	0	16	0	83	0.65
263519--263569	14	3.6	14	87	10	68	0	15	0	84	0.63
263519--263571	23	2.3	22	84	9	70	0	16	0	83	0.66
263525--263572	13	3.7	13	86	8	71	0	18	0	81	0.70
263689--263726	20	1.9	20	88	0	58	23	21	5	50	1.69
264129--264519	167	2.4	162	80	4	424	45	10	12	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266262--266309	19	2.5	20	79	3	62	25	18	0	56	1.42
266994--267034	19	2.0	21	90	9	68	75	7	12	4	1.16
267114--267153	13	3.3	13	86	10	50	80	0	20	0	0.72
268111--268373	141	1.9	140	88	5	397	38	11	8	41	1.72
269828--270007	28	6.4	28	79	8	168	32	28	15	23	1.95
269828--270007	57	3.2	56	82	7	195	32	28	15	23	1.95
270864--271453	167	3.5	165	78	9	520	31	11	8	47	1.71
271814--271856	13	3.2	13	80	6	50	88	2	4	4	0.70
271953--271984	14	2.3	14	94	0	55	84	3	12	0	0.74
273557--273928	157	2.4	156	79	3	435	26	14	18	40	1.89

Tables:   1   2   3   4