genome.fa.s494.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold494
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  556777

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7802--7827	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7866--7941	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
7887--7959	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
7866--7959	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
10405--10443	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
12515--12545	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
16607--16632	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
16693--16765	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
16671--16765	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
17703--17847	31	4.7	31	84	10	190	26	30	18	24	1.98
17703--17878	62	2.8	63	83	8	211	26	30	17	26	1.97
17855--18174	34	9.8	33	79	13	321	21	34	12	30	1.91
17981--18369	70	5.4	70	83	12	446	20	34	12	32	1.89
18088--18260	87	2.0	88	93	1	294	21	32	12	32	1.91
18042--18330	158	1.8	157	92	0	488	21	33	12	32	1.90
18183--18364	71	2.6	68	92	4	292	19	34	12	33	1.90
18183--18389	34	5.9	35	81	13	246	19	35	11	33	1.88
18201--18389	104	1.8	103	86	6	274	21	34	11	32	1.88
18374--18443	33	2.1	35	91	5	117	25	35	17	21	1.95
18205--18422	104	2.1	101	80	10	235	22	35	12	29	1.91
18443--20065	49	33.2	49	81	9	1869	24	26	17	31	1.97
18443--20065	97	16.6	97	83	9	1787	24	26	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19261--19329	22	3.2	21	66	25	54	26	26	17	30	1.97
18443--20065	435	3.7	432	83	9	1976	24	26	17	31	1.97
19626--20051	43	9.1	43	80	12	429	24	26	18	30	1.98
19622--20056	189	2.3	187	87	6	610	24	26	17	31	1.97
19868--20051	95	2.0	91	91	4	296	25	27	18	28	1.98
20760--20826	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
20780--20804	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
20867--20891	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
20900--21024	52	2.4	52	93	0	205	36	17	16	28	1.92
30209--30272	16	3.8	16	71	21	51	40	0	1	57	1.08
30606--30644	17	2.3	17	86	8	53	53	2	0	43	1.14
30700--30869	54	3.3	51	75	10	143	50	7	4	38	1.49
31527--31569	9	4.6	9	80	11	50	48	0	0	51	1.00
31639--31701	2	32.5	2	87	6	94	47	0	0	52	1.00
31815--32050	53	4.3	52	76	16	174	41	3	4	50	1.38
31815--32043	116	2.0	117	85	9	317	40	3	4	51	1.39
32505--32629	52	2.4	53	81	9	134	57	4	1	36	1.29
32636--32782	53	2.8	53	80	4	163	53	9	2	35	1.45
33457--33508	2	26.0	2	88	7	79	50	1	0	48	1.12
33455--33512	14	4.2	14	86	8	75	53	1	0	44	1.10
33485--33515	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
33545--33665	51	2.4	51	79	9	129	58	4	0	37	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33608--33714	38	2.8	38	70	19	96	53	3	0	42	1.18
34138--34162	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
36874--36930	30	1.9	30	85	0	78	50	10	14	24	1.73
37100--37155	28	2.0	27	83	10	69	44	1	0	53	1.11
37345--37390	18	2.6	18	82	0	56	76	2	2	19	1.00
39352--39418	20	3.3	20	73	8	73	31	14	23	29	1.95
39917--39950	16	2.1	17	89	10	54	29	35	0	35	1.58
42012--42041	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
50434--50473	17	2.4	16	84	8	53	45	2	2	50	1.28
50428--50516	46	2.0	48	84	10	125	43	4	2	49	1.35
51162--51262	50	2.0	51	98	1	195	29	7	7	54	1.58
51549--51645	46	2.2	44	87	8	137	47	8	21	22	1.77
51749--51803	19	2.9	18	78	8	56	58	0	0	41	0.98
53149--53182	17	2.1	17	94	5	61	14	0	0	85	0.60
53479--53512	12	2.8	13	86	13	54	38	0	5	55	1.24
60479--60561	31	2.6	31	83	10	107	43	2	0	54	1.13
66592--66637	23	2.0	22	83	4	56	45	10	2	41	1.51
68636--68664	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
70667--70809	39	3.7	39	80	5	137	43	6	11	38	1.67
77627--77687	27	2.3	27	82	5	70	27	16	31	24	1.96
87423--87459	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
98137--98161	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98385--98481	28	3.5	28	76	0	86	30	25	19	23	1.98
98441--98777	56	6.1	56	66	12	174	30	26	18	24	1.98
98413--98733	28	11.6	28	70	11	112	30	26	18	24	1.98
98524--98951	166	2.6	165	81	2	482	31	25	18	25	1.98
100231--100260	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
106575--106792	115	1.9	115	85	7	309	47	5	5	41	1.51
113122--113172	24	2.1	24	89	7	77	17	5	0	76	0.98
113130--113172	13	3.6	12	84	9	61	16	4	0	79	0.90
121804--125364	591	6.0	591	93	2	6041	37	13	20	27	1.91
123748--123797	20	2.5	20	96	0	91	48	10	22	20	1.79
125029--125059	9	3.4	9	100	0	62	58	19	0	22	1.40
125915--125939	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
129294--129344	14	3.9	14	75	19	65	23	19	11	45	1.83
129841--129931	32	2.6	34	79	15	98	31	12	19	36	1.89
134510--134563	20	2.6	21	88	2	74	42	12	14	29	1.83
134608--134704	20	4.8	21	75	5	74	39	12	10	38	1.77
140224--140298	20	3.8	20	76	3	71	40	10	13	36	1.79
140221--140298	40	2.0	39	84	2	102	39	11	12	35	1.80
143219--143270	22	2.4	22	93	3	88	46	15	19	19	1.85
143949--144027	31	2.5	32	87	2	106	40	16	16	26	1.89
144106--144159	20	2.7	20	88	8	74	31	18	11	38	1.86
149901--150438	155	3.5	152	77	8	471	39	15	17	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151098--151168	29	2.4	30	79	6	83	49	11	7	32	1.65
151942--151968	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
152210--152234	13	1.9	13	100	0	50	60	8	8	24	1.52
154702--154727	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
154682--154745	33	2.0	32	87	3	92	28	14	18	39	1.90
154818--154842	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
154798--154865	33	2.1	33	91	0	109	38	19	14	27	1.91
154797--154862	20	3.7	18	70	27	52	36	21	15	27	1.93
157076--157116	15	2.7	15	84	3	55	17	19	17	46	1.85
163295--163319	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
163277--163342	33	2.0	33	93	0	114	36	18	16	28	1.93
166612--166727	59	2.0	59	96	3	216	39	8	6	44	1.62
169068--169104	14	2.4	16	86	8	51	56	2	0	40	1.13
172981--173017	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
174974--175035	31	2.0	31	96	0	115	32	20	6	40	1.78
184496--184526	16	2.0	15	93	6	53	38	9	0	51	1.35
189491--189564	20	3.8	20	77	14	82	32	16	16	35	1.91
189593--189657	33	2.0	33	84	0	85	36	13	15	33	1.87
189613--189637	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
190421--190484	33	1.9	33	90	6	103	29	18	14	37	1.90
195090--195138	20	2.4	21	80	13	57	77	4	12	6	1.09
201526--201588	6	10.5	6	85	0	54	12	0	66	20	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201525--201572	3	16.0	3	86	0	69	6	0	66	27	1.15
201895--201926	16	2.0	16	100	0	64	50	25	18	6	1.70
209149--209704	290	1.9	290	97	0	1058	32	33	13	20	1.92
210712--210758	16	3.1	16	79	17	55	70	10	14	4	1.31
212061--212487	27	15.6	27	90	3	631	24	33	14	28	1.94
212061--212487	82	5.2	82	89	2	635	24	33	14	28	1.94
212062--212487	137	3.1	137	91	1	676	24	33	14	28	1.94
212492--212969	32	15.8	28	84	10	221	30	30	17	20	1.96
212507--212937	30	14.4	28	85	8	294	31	30	18	20	1.96
212560--213122	32	18.2	32	84	5	639	31	30	17	20	1.96

Tables:   1   2   3   4