genome.fa.s494.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold494
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  556777

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212558--213122	94	6.1	93	85	6	627	30	30	17	20	1.96
214351--214397	20	2.3	20	85	0	58	74	2	21	2	1.03
217210--217239	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
217774--218044	71	3.8	72	74	10	252	35	1	9	54	1.42
217774--218044	143	1.9	143	83	4	359	35	1	9	54	1.42
218064--218247	80	2.4	80	81	6	209	58	8	2	30	1.40
218064--219122	72	14.7	71	76	9	791	53	11	3	31	1.53
218064--219122	143	7.4	142	78	10	820	53	11	3	31	1.53
219006--219122	39	3.2	37	72	19	102	54	12	1	30	1.48
219497--219747	71	3.5	72	77	10	262	56	10	0	31	1.38
219497--219768	144	1.9	144	84	4	370	56	10	0	32	1.39
219964--220558	73	8.3	73	74	8	357	54	11	2	31	1.50
219964--220561	145	4.2	144	79	8	522	54	11	2	31	1.50
220176--220564	212	1.8	211	88	4	597	52	11	2	33	1.50
220510--220820	108	2.9	106	85	4	295	39	9	4	45	1.58
220660--220755	33	2.8	35	73	12	108	41	9	3	45	1.52
220556--220820	108	2.5	108	94	0	440	36	9	5	47	1.60
221158--221353	72	2.7	71	82	6	227	57	6	1	34	1.34
221346--221504	35	4.5	34	69	17	108	37	9	4	49	1.55
221839--222913	73	14.7	72	68	14	343	53	10	2	33	1.49
220664--222003	682	2.0	683	89	2	2070	40	7	6	46	1.57
221839--222111	145	1.9	144	84	8	367	56	6	2	34	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221839--222111	71	3.8	70	78	12	268	56	6	2	34	1.39
222055--222104	26	2.0	26	84	7	68	64	2	4	30	1.23
220861--222217	682	2.0	678	80	7	1509	42	7	5	43	1.56
222263--222331	22	3.0	23	72	17	70	63	7	0	28	1.21
222286--222915	146	4.4	144	78	7	546	53	10	2	33	1.50
222908--223066	35	4.5	34	70	17	108	33	10	6	49	1.64
223373--223609	72	3.3	71	79	11	236	54	8	2	33	1.45
223342--223609	72	3.8	71	77	12	234	55	7	2	33	1.44
223789--224058	146	1.9	145	81	3	328	54	8	3	33	1.48
224151--224200	24	2.0	26	88	7	77	58	2	0	40	1.10
223856--224411	73	7.7	72	69	14	249	53	9	3	33	1.52
224337--224396	27	2.3	26	82	2	66	58	3	1	36	1.25
224406--224497	33	2.7	35	74	6	98	36	10	4	47	1.58
224406--224564	35	4.5	35	71	16	119	33	9	6	50	1.60
224897--225166	72	3.8	72	72	9	239	55	10	1	33	1.40
224897--225167	142	1.9	145	87	6	401	55	9	1	33	1.40
225343--225971	72	8.7	73	75	9	463	53	9	3	33	1.50
226072--226162	33	2.7	34	77	8	105	37	13	3	46	1.59
225963--226231	108	2.5	108	88	1	378	36	9	5	48	1.60
226751--226828	25	2.8	27	75	16	63	53	8	1	35	1.40
229055--229103	3	16.7	3	87	4	64	6	69	0	24	1.11
229054--229130	6	13.5	6	82	10	54	14	68	0	16	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229087--229131	15	3.0	15	90	0	72	24	68	0	6	1.13
232606--232873	72	3.8	70	75	10	260	54	10	2	33	1.48
232606--232873	139	1.9	142	84	9	359	54	10	2	33	1.48
233409--233438	15	2.0	15	100	0	60	40	0	0	60	0.97
233404--233440	15	2.3	16	86	13	58	37	0	0	62	0.96
234813--234844	16	2.0	16	100	0	64	6	18	25	50	1.70
235173--235199	12	2.2	12	100	0	54	25	66	0	7	1.17
235151--235189	9	4.3	9	90	0	60	17	66	0	15	1.25
239011--239040	8	3.9	8	91	8	53	86	0	0	13	0.57
239011--239043	15	2.2	15	100	0	66	84	0	0	15	0.61
239013--239043	7	4.3	7	92	8	53	87	0	0	12	0.55
239031--239097	21	3.4	21	68	24	56	67	2	1	28	1.14
239568--239672	27	3.8	27	73	13	97	44	14	25	15	1.84
240932--241008	20	3.8	20	85	0	118	35	14	11	38	1.82
240934--241023	40	2.2	40	100	0	180	36	14	13	35	1.85
240934--241023	20	4.5	20	82	0	108	36	14	13	35	1.85
245787--245814	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
245767--245833	33	2.0	33	88	5	100	29	14	13	41	1.85
257713--257769	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
257898--257924	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
260281--260411	51	2.5	53	80	8	160	31	24	10	33	1.89
260344--260495	80	1.9	81	85	8	211	28	27	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260426--260592	52	3.2	53	77	11	175	28	25	13	32	1.93
260579--260650	28	2.6	28	84	4	83	25	29	18	27	1.98
264003--264061	13	4.5	13	85	6	75	86	11	0	1	0.65
264003--264070	33	2.1	32	86	2	91	85	13	0	1	0.67
264003--264051	1	49.0	1	79	0	53	89	10	0	0	0.48
265492--265726	29	8.1	29	80	8	255	30	26	17	25	1.97
265497--265707	57	3.7	57	84	6	275	32	27	17	22	1.96
265491--265725	86	2.7	85	88	3	317	30	27	17	25	1.97
265729--266205	49	9.8	48	76	7	331	25	24	17	32	1.96
265820--266205	150	2.6	148	79	4	382	24	24	17	33	1.97
265729--266110	101	3.9	98	80	4	391	25	24	17	32	1.97
274425--274523	43	2.3	43	100	0	198	35	14	16	34	1.88
274532--274561	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
277027--277051	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
277007--277076	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
277151--277269	52	2.3	52	94	0	202	35	18	16	29	1.93
282065--282120	28	2.0	28	92	0	94	32	17	10	39	1.84
282849--282964	51	2.3	51	84	3	144	36	12	20	31	1.89
282952--283023	28	2.6	28	84	0	81	27	20	27	23	1.99
283115--283259	51	2.8	51	82	0	182	35	11	22	31	1.89
285430--285462	16	2.1	16	100	0	66	33	12	6	48	1.65
285587--285692	20	5.7	19	76	17	98	43	14	15	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285590--285653	33	1.9	33	96	0	119	43	15	14	26	1.85
285708--285737	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
286453--286589	49	2.9	48	83	11	160	40	12	27	19	1.87
286497--286589	45	2.1	43	86	9	134	39	12	27	19	1.88
286564--287876	123	10.7	123	82	4	1505	27	19	28	25	1.98
286559--287877	183	7.2	183	90	1	1894	27	19	28	25	1.98
291462--291488	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
297837--297870	10	3.5	10	96	4	61	91	8	0	0	0.43
299059--299252	78	2.5	77	81	6	194	30	14	27	26	1.95
299304--299655	51	6.7	51	70	13	214	34	11	25	29	1.90
299162--299650	210	2.3	211	91	0	764	32	11	26	29	1.92
299421--299497	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
299480--299663	52	3.5	50	77	10	156	34	8	24	32	1.86
299304--299869	264	2.2	263	88	1	857	32	10	26	29	1.90
299572--299700	51	2.5	51	83	3	143	34	11	25	28	1.91
299748--299876	52	2.5	51	77	3	132	33	8	24	33	1.86
299767--299867	52	1.9	52	85	2	139	34	8	24	31	1.86
302254--302295	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
302312--302363	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
302320--302382	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
302312--302384	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
302351--302412	19	3.2	19	73	13	63	27	16	14	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303550--303744	27	7.1	27	88	5	275	25	32	14	28	1.94
303551--303744	83	2.4	81	89	4	291	25	32	14	27	1.94
303724--304511	32	26.1	32	84	4	732	29	29	18	21	1.97
303772--304599	28	27.7	28	85	5	578	29	29	18	21	1.97
303554--304599	56	17.7	57	81	8	702	28	30	18	22	1.97
303596--304599	84	11.3	84	81	9	638	28	30	18	22	1.97
310371--310557	79	2.4	78	81	7	209	34	13	25	27	1.93
310492--310658	51	3.3	50	83	3	208	34	10	23	31	1.89
310647--310710	28	2.3	27	84	10	76	31	15	28	25	1.96
310595--310875	109	2.6	107	81	5	314	31	14	25	27	1.95

Tables:   1   2   3   4