genome.fa.s496.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold496
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  765014

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82--134	24	2.2	24	82	0	61	41	0	3	54	1.18
3--354	183	1.9	187	87	8	524	47	5	5	40	1.51
1010--1061	21	2.4	21	81	18	63	57	1	0	40	1.10
7604--7660	29	1.9	30	82	3	71	43	1	0	54	1.10
8102--8134	13	2.5	13	90	9	50	39	0	15	45	1.46
8920--8949	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
9224--9256	12	2.8	12	95	0	57	30	0	18	51	1.46
9238--9288	4	12.8	4	87	0	57	45	5	3	45	1.46
9238--9288	6	8.5	6	82	0	57	45	5	3	45	1.46
9253--9288	10	3.6	10	88	0	54	50	8	0	41	1.33
9307--9339	4	8.2	4	100	0	66	24	0	24	51	1.48
9759--9807	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
10426--10462	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
10645--10725	39	2.1	38	82	11	94	53	0	6	40	1.26
11933--11965	16	2.0	17	88	5	50	33	0	6	60	1.21
14355--14385	10	3.0	10	90	9	53	29	0	0	70	0.87
14355--14386	11	3.0	11	95	4	57	28	0	0	71	0.86
15141--15187	23	2.0	25	84	12	64	57	0	0	42	0.98
15623--15665	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
16265--16315	20	2.7	19	76	8	59	58	1	0	39	1.09
16261--16329	21	3.3	21	78	8	70	60	1	0	37	1.06
16366--16405	16	2.5	16	87	0	62	55	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17263--17312	23	2.3	23	86	6	77	28	2	0	70	0.99
17551--17594	22	2.0	22	100	0	88	54	9	0	36	1.32
17555--17594	10	3.8	10	87	12	62	57	7	0	35	1.27
20257--20291	6	6.2	6	87	12	56	34	0	0	65	0.93
20257--20290	11	3.1	11	100	0	68	35	0	0	64	0.94
20257--20302	17	2.7	17	86	6	58	32	2	0	65	1.05
20257--20317	22	2.8	20	80	14	59	31	1	0	67	1.01
20715--20765	7	7.0	7	81	16	59	80	0	15	3	0.86
20723--20766	8	5.4	8	81	13	54	84	0	13	2	0.73
20716--20756	13	2.9	14	85	14	57	80	0	14	4	0.87
20716--20765	16	3.3	16	81	16	70	82	0	14	4	0.82
20783--20850	22	2.8	23	79	20	77	35	0	0	64	0.94
20788--20850	26	2.6	24	83	14	76	36	0	0	63	0.95
20791--20865	25	3.1	26	78	12	72	36	0	1	62	1.04
20805--20947	62	2.3	63	76	12	143	29	1	3	65	1.17
20861--20947	16	5.8	14	74	23	54	25	2	4	67	1.21
20876--20965	46	2.0	46	90	0	144	26	7	1	64	1.28
21971--22015	23	2.0	23	90	0	72	26	0	2	71	0.98
22056--22084	12	2.3	13	94	5	51	20	0	0	79	0.74
22158--22213	26	2.3	26	84	9	73	32	1	0	66	1.03
23155--23179	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
23172--23215	19	2.2	20	88	4	63	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23159--23225	32	2.1	32	82	0	80	26	0	2	70	1.02
24397--24652	50	5.1	50	87	0	368	32	19	19	28	1.96
29028--29259	50	4.7	50	83	5	254	34	19	18	28	1.95
29024--29278	99	2.6	100	82	4	293	35	18	18	27	1.94
29427--29480	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
30427--30479	18	2.8	19	80	11	65	37	3	1	56	1.28
30534--30586	28	1.9	27	84	3	70	26	0	5	67	1.12
30547--30601	17	3.3	17	72	12	51	23	0	3	72	1.00
33291--33332	22	1.9	23	85	9	61	59	0	7	33	1.25
33822--33879	27	2.1	27	84	12	75	46	0	0	53	1.00
34238--34282	2	23.0	2	90	4	74	48	0	0	51	1.00
39587--39645	2	29.5	2	89	0	91	54	1	0	44	1.10
39820--39856	19	1.9	19	88	0	56	48	0	2	48	1.15
39829--39878	26	2.0	25	81	14	59	54	0	4	42	1.19
40088--40146	18	3.4	18	71	17	52	71	0	0	28	0.87
40309--40362	15	3.9	15	72	18	53	70	0	0	29	0.88
40310--40367	18	3.4	18	71	20	52	70	0	0	29	0.87
40316--40367	26	2.0	26	88	0	77	71	0	0	28	0.87
40060--40504	221	2.0	220	96	1	829	48	6	6	37	1.56
41612--41762	43	3.7	41	68	18	116	56	0	0	41	1.08
41902--41957	29	1.9	29	100	0	112	55	1	3	39	1.28
42791--42823	3	11.3	3	93	6	59	33	36	30	0	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44166--44210	20	2.2	20	84	4	54	42	2	0	55	1.12
44869--44908	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
45868--46026	53	3.0	53	98	0	300	30	16	15	37	1.90
47028--47087	2	30.0	2	77	0	57	53	1	0	45	1.10
47028--47072	8	5.6	8	91	0	72	60	2	0	37	1.09
47409--47445	15	2.6	14	91	8	65	48	5	0	45	1.25
49497--49570	16	4.6	16	75	8	69	41	24	14	18	1.89
51143--51184	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
51171--51218	17	2.8	17	80	3	51	52	0	0	47	1.00
53693--53751	15	4.1	14	79	14	57	49	1	0	49	1.11
53716--53754	20	2.0	20	90	10	62	51	0	0	48	1.00
53992--54034	14	3.0	14	83	6	50	48	0	2	48	1.14
54010--54045	15	2.5	15	90	4	56	52	0	0	47	1.00
54019--54069	24	2.1	24	82	7	59	60	0	0	39	0.97
54284--54372	8	10.8	9	66	25	54	34	1	0	64	1.01
54286--54346	32	1.9	31	84	15	81	34	1	0	63	1.04
54324--54369	23	2.0	22	87	4	65	36	0	0	63	0.95
54276--54376	35	3.0	33	75	16	100	37	0	0	61	1.03
54473--54506	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
58601--58630	8	3.8	8	100	0	60	10	0	0	90	0.47
58960--58999	19	2.1	19	85	0	53	45	0	0	55	0.99
62574--62621	16	3.0	16	79	8	62	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62595--62649	21	2.6	20	81	16	58	47	0	0	52	1.00
62886--62927	10	3.7	11	79	17	50	69	4	0	26	1.08
63048--63123	19	4.1	19	69	20	61	39	1	0	59	1.06
63048--63123	20	4.1	20	65	20	56	39	1	0	59	1.06
64214--64428	73	3.0	74	90	5	343	27	17	22	31	1.97
66965--67046	43	1.9	42	83	14	105	57	1	1	40	1.14
67698--67748	25	2.1	24	82	10	59	52	1	1	43	1.23
67731--67770	20	2.1	20	86	9	57	60	0	0	40	0.97
68510--68558	20	2.5	20	83	6	64	69	8	18	4	1.30
70036--70065	15	2.0	15	100	0	60	13	6	0	80	0.91
71941--71965	13	1.9	13	100	0	50	32	36	8	24	1.84
73665--73721	21	2.7	21	88	0	87	33	14	12	40	1.83
75121--75186	16	4.1	15	72	14	60	40	0	0	59	0.98
75120--75184	33	2.0	33	84	6	87	41	0	0	58	0.98
75834--75887	17	3.4	16	74	25	60	57	0	0	42	0.98
75914--75941	13	2.2	13	100	0	56	71	0	0	28	0.86
75983--76007	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
76163--76225	19	3.4	19	72	14	51	44	0	1	53	1.10
76624--76673	17	3.2	17	79	20	56	48	0	0	52	1.00
77048--77120	20	3.7	21	78	12	75	56	1	1	41	1.16
77047--77132	20	4.3	20	74	14	72	56	1	1	40	1.14
77254--77290	19	2.0	18	94	5	65	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78496--78522	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
78633--78679	23	2.0	23	91	0	76	59	2	0	38	1.09
80507--80531	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
88977--89009	13	2.4	14	90	5	50	39	3	0	57	1.14
90439--90483	16	2.8	16	93	0	72	46	26	17	8	1.78
90625--90667	17	2.5	17	84	0	50	53	16	13	16	1.73
90795--90898	52	2.0	52	98	0	199	43	7	14	34	1.74
92259--92297	16	2.5	16	87	4	53	35	7	2	53	1.43
92472--92511	17	2.4	17	83	4	55	52	0	0	47	1.00
95061--95096	11	3.0	12	92	8	56	47	2	0	50	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7