genome.fa.s496.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold496
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  765014

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172878--173000	43	2.8	44	72	16	112	52	1	1	44	1.20
173414--173442	10	3.0	10	95	5	51	0	6	0	93	0.36
173415--173443	14	2.0	15	93	6	51	0	10	0	89	0.48
173619--173666	24	2.1	22	84	7	60	43	2	0	54	1.12
176831--176871	2	20.0	2	95	5	73	48	0	2	48	1.14
177436--177486	26	2.0	26	92	0	84	45	1	5	47	1.38
179444--179489	23	2.0	22	83	4	56	43	2	0	54	1.12
180352--180396	21	2.1	22	88	8	67	53	0	2	44	1.13
181790--181814	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
188042--188080	15	2.5	16	91	4	62	38	0	0	61	0.96
188051--188095	20	2.1	22	84	8	58	37	0	2	60	1.09
189217--189263	18	2.7	17	78	12	51	51	0	2	46	1.13
189257--189295	12	3.1	14	75	24	50	35	0	0	64	0.94
189251--189342	24	3.9	23	73	19	75	32	2	2	63	1.19
189268--189342	11	6.4	12	69	14	50	30	2	1	65	1.15
193787--193890	34	3.0	34	79	8	136	39	31	1	26	1.67
194414--194471	25	2.3	25	82	11	66	56	3	0	39	1.16
195250--195319	20	3.6	19	78	14	72	51	0	4	44	1.21
195635--195685	23	2.2	23	79	6	59	41	1	3	52	1.31
195971--196010	10	3.8	10	81	12	53	57	0	0	42	0.98
195971--196011	22	1.9	21	90	5	64	56	0	0	43	0.99
197610--197701	17	5.6	16	72	22	75	52	1	2	44	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197944--197991	13	3.8	13	77	22	57	70	0	0	29	0.87
197944--197991	6	7.7	6	82	17	62	70	0	0	29	0.87
197944--197995	19	2.7	20	88	5	81	69	0	0	30	0.89
198360--198402	19	2.3	19	79	0	50	53	0	0	46	1.00
198377--198432	29	1.9	29	82	13	71	55	0	0	44	0.99
198404--198441	19	2.0	19	85	10	51	55	0	0	44	0.99
199354--199459	23	4.8	22	71	11	65	40	0	0	59	0.97
199369--199454	22	4.1	21	71	19	65	44	0	0	55	0.99
199386--199467	30	2.7	30	79	9	87	42	0	0	57	0.98
199411--199463	25	2.1	26	89	10	83	35	0	0	64	0.94
203999--204051	17	3.1	17	82	15	65	50	0	0	49	1.00
204130--204199	27	2.7	25	79	14	72	48	0	0	51	1.00
204875--204931	20	2.8	21	84	12	75	43	0	0	56	0.99
205026--205085	9	6.7	9	72	14	52	46	3	1	48	1.28
205023--205086	23	2.8	23	79	11	78	46	3	1	48	1.27
205391--205451	24	2.6	23	79	7	68	55	0	1	42	1.09
205405--205517	35	3.3	34	75	12	108	53	0	2	43	1.21
205483--205563	43	2.0	40	85	11	110	49	1	2	46	1.23
205891--205955	22	3.0	21	76	13	60	46	0	0	53	1.00
205918--205958	13	2.7	16	75	25	52	43	0	0	56	0.99
208660--208699	17	2.3	18	86	4	55	40	0	0	60	0.97
208884--208935	12	4.2	13	73	14	56	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208961--209025	21	3.2	20	74	23	57	56	0	0	43	0.99
209667--209716	20	2.5	20	87	6	66	56	0	2	42	1.11
210042--210090	21	2.3	21	75	6	55	26	16	32	24	1.96
210267--210312	19	2.4	18	82	17	58	47	0	0	52	1.00
210268--210316	13	3.9	12	78	19	55	48	0	0	51	1.00
210263--210336	26	2.7	28	73	14	73	41	0	0	58	0.98
212587--212631	2	22.5	2	91	8	74	48	0	2	48	1.13
213509--213596	41	2.1	41	81	8	99	57	0	0	42	0.98
213541--213604	20	3.2	20	84	10	85	60	0	0	39	0.97
214490--214523	8	4.4	8	85	7	52	47	0	0	52	1.00
214490--214533	15	2.9	15	86	3	52	43	0	0	56	0.99
215002--215027	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
215144--215185	19	2.2	20	86	4	59	50	0	2	47	1.14
216874--217140	78	3.4	76	79	11	249	38	8	21	31	1.84
216935--217169	78	3.0	78	82	8	264	35	8	23	32	1.86
216787--217193	156	2.6	155	73	10	353	36	8	23	32	1.85
220803--220831	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
221262--221301	20	2.0	20	85	0	53	37	0	0	62	0.95
221258--221308	27	1.9	26	84	4	66	41	1	0	56	1.10
222494--222574	16	5.3	15	76	10	76	62	2	1	33	1.16
222553--222590	19	2.1	19	85	5	51	68	5	2	23	1.23
222746--222816	33	2.2	32	87	10	99	25	9	9	54	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222916--222955	21	2.0	21	85	5	55	30	7	7	55	1.56
223366--223426	28	2.2	28	80	11	72	47	0	1	50	1.10
223396--223442	15	3.1	14	80	20	51	48	0	0	51	1.00
223874--223947	19	4.1	19	70	24	61	36	0	0	63	0.95
223882--223943	20	3.0	22	73	20	62	41	0	0	58	0.98
223919--224005	32	2.6	33	81	7	95	42	0	2	55	1.12
223977--224054	28	2.9	27	73	16	65	33	0	3	62	1.13
225125--225178	17	3.1	16	78	7	54	27	3	1	66	1.19
225593--225633	13	3.4	13	77	19	52	46	0	0	53	1.00
226266--226354	40	2.2	40	82	11	110	50	4	0	44	1.22
226436--226474	14	2.7	15	80	8	53	38	0	0	61	0.96
227478--227509	7	4.6	7	92	0	55	15	0	0	84	0.63
227923--227947	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
228699--228733	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
228733--228772	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
229059--229135	22	3.7	20	74	20	59	40	6	9	44	1.62
229633--229688	23	2.5	23	78	18	64	62	0	0	37	0.95
229935--229971	18	2.1	18	90	5	58	24	0	0	75	0.80
230498--230546	19	2.5	19	90	6	71	48	0	0	51	1.00
230509--230551	5	8.6	5	82	10	52	53	0	0	46	1.00
230557--230618	12	5.2	13	73	19	55	51	0	0	48	1.00
231215--231258	22	2.0	22	83	12	56	61	4	2	31	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231374--231399	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
232082--232147	20	3.5	20	63	25	52	56	0	0	43	0.99
232127--232179	18	2.9	18	80	2	52	66	0	0	33	0.92
238251--238299	17	3.1	17	74	11	50	63	0	0	36	0.95
239352--239387	15	2.6	13	91	8	54	61	2	0	36	1.11
239631--239678	21	2.3	22	85	7	64	41	0	0	58	0.98
239876--239917	22	2.0	20	90	9	66	42	4	0	52	1.22
239886--239929	22	2.0	22	81	0	52	54	4	0	40	1.21
240596--240621	13	2.0	13	100	0	52	76	7	0	15	0.99
241519--241553	15	2.4	15	95	4	63	54	0	5	40	1.24
243551--243603	19	2.8	18	76	21	54	26	0	5	67	1.12
246733--246770	19	2.0	19	94	0	67	31	23	18	26	1.97
246897--246938	18	2.3	18	84	16	59	35	0	7	57	1.26
246946--247001	16	3.6	16	80	7	62	50	0	3	46	1.19
248348--248383	13	2.7	13	91	4	54	33	0	0	66	0.92
248360--248398	20	2.0	20	85	10	53	35	0	2	61	1.10
248708--248742	6	5.8	6	89	0	52	85	0	14	0	0.59
259017--259041	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
259282--259328	20	2.3	20	85	10	60	38	0	2	59	1.09
259364--259414	19	2.7	19	84	3	68	47	1	0	50	1.12
259343--259424	14	6.3	14	73	16	52	51	3	0	45	1.19
259582--259617	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261703--261798	13	7.4	13	67	17	56	52	0	1	46	1.07
262883--262953	22	3.2	22	82	15	92	46	0	0	53	1.00
262910--262970	26	2.4	25	81	10	70	49	1	0	49	1.10
263688--263723	18	2.0	18	88	0	54	33	0	0	66	0.92
263693--263731	18	2.1	18	85	4	51	38	0	2	58	1.12
265122--265223	23	4.7	21	88	7	116	34	11	17	36	1.87
265126--265204	23	3.5	23	94	3	135	31	10	18	39	1.84
265120--265223	44	2.4	42	78	12	120	34	12	17	35	1.87
265261--265328	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
265282--265306	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7