genome.fa.s501.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold501
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  850550

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  2  of  6  ( 622 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146450--146474	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
146427--146494	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
148224--148268	16	2.8	17	77	16	51	66	6	17	8	1.40
149617--150263	27	23.5	27	83	4	749	25	31	14	28	1.95
149617--150263	55	11.8	55	83	4	736	25	31	14	28	1.95
149605--150273	83	8.1	82	82	6	735	25	31	14	28	1.95
149592--150447	27	31.0	27	77	10	207	25	30	15	28	1.96
150241--150560	28	11.4	28	78	7	204	25	28	19	26	1.99
150248--150542	56	5.3	55	78	4	286	26	28	18	26	1.98
150241--150542	112	2.7	110	80	6	320	25	28	19	26	1.98
150241--150542	84	3.6	82	78	7	277	25	28	19	26	1.98
153824--153856	13	2.5	13	95	0	57	87	0	12	0	0.53
154319--154370	20	2.5	20	90	3	77	38	13	17	30	1.88
154336--154393	20	2.9	20	81	0	62	37	15	12	34	1.85
154408--154461	20	2.7	20	94	0	99	33	12	18	35	1.89
154337--154512	71	2.5	71	84	5	214	30	15	15	38	1.88
154286--154464	91	2.0	92	90	1	288	31	16	13	37	1.88
156657--156902	97	2.5	96	86	3	325	28	28	13	30	1.94
163134--163906	27	28.5	27	79	7	496	25	31	14	28	1.95
163134--163916	54	14.5	53	78	8	690	25	31	14	28	1.95
163407--163916	28	18.4	28	83	4	574	25	32	15	27	1.95
163407--163916	27	18.4	27	83	4	563	25	32	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163905--164127	28	8.0	28	77	7	193	27	28	17	26	1.97
163905--164127	56	4.0	56	80	4	227	27	28	17	26	1.97
163902--164161	84	3.0	85	76	9	244	27	30	16	26	1.97
174304--174349	22	2.0	23	95	4	85	36	13	21	28	1.91
174402--174431	10	3.1	10	95	4	53	43	10	26	20	1.83
174458--174482	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
175574--175599	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
177806--177850	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
179654--179684	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
183732--183756	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
183709--183776	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
187996--188108	46	2.5	46	91	0	172	23	25	10	39	1.87
190196--190235	9	3.9	11	83	12	50	80	0	20	0	0.72
190196--190235	10	4.0	10	90	9	64	80	0	20	0	0.72
190198--190243	19	2.4	19	92	3	74	80	0	17	2	0.81
190204--190243	9	4.3	9	84	6	53	82	0	15	2	0.77
195297--195323	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
195366--195390	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
201120--201144	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
201863--201989	67	1.9	68	88	1	193	39	11	24	25	1.88
202002--202658	49	13.7	49	84	6	848	30	18	25	25	1.98
201993--202658	141	4.7	141	87	5	939	30	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202658--202778	33	3.7	33	87	4	174	19	18	32	29	1.96
202743--203343	34	19.2	31	73	16	315	29	14	34	21	1.93
202825--203021	27	6.8	28	76	15	152	26	15	36	22	1.93
202759--203064	120	2.5	114	82	10	326	28	15	34	21	1.94
203101--203240	61	2.3	61	92	0	235	32	13	33	20	1.91
203223--203348	67	1.9	67	96	0	234	27	14	37	20	1.91
202775--203408	283	2.3	279	79	11	622	29	14	34	21	1.93
203223--203447	67	3.5	63	81	7	199	29	15	34	20	1.94
202743--203447	34	22.5	31	72	15	307	29	14	34	21	1.93
211608--211732	52	2.4	52	94	0	214	28	17	17	36	1.93
211615--211752	52	2.7	52	88	4	190	32	17	16	33	1.93
211738--211765	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
222558--222633	21	3.7	21	78	3	82	31	17	11	39	1.85
222579--222651	20	3.6	20	82	17	105	34	19	13	32	1.91
222558--222651	41	2.3	41	94	0	161	31	18	12	37	1.88
225105--225142	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
225131--225207	20	3.6	20	74	19	66	44	15	14	25	1.84
229061--229105	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
231322--231347	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
231405--231461	20	2.8	21	84	7	82	29	14	14	42	1.84
234597--234880	81	3.4	81	79	6	239	43	13	21	21	1.86
235358--235645	77	3.8	76	79	7	278	45	14	14	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236032--236139	47	2.3	48	91	1	173	39	14	11	34	1.82
236127--236180	20	2.7	20	85	2	72	40	11	16	31	1.84
236257--236330	20	3.7	20	79	1	76	31	16	13	39	1.87
236839--236953	58	2.0	58	94	0	203	30	40	2	26	1.70
238740--238981	97	2.5	97	80	7	253	39	9	21	29	1.85
240314--240347	12	2.8	12	90	0	50	26	8	20	44	1.81
241350--241476	52	2.4	52	85	2	175	44	13	14	27	1.83
246421--246488	29	2.3	29	85	5	84	25	27	13	33	1.93
250020--250083	28	2.2	29	83	5	85	29	29	12	28	1.93
250080--250730	70	9.7	67	77	9	484	26	22	15	35	1.94
250091--250730	65	9.6	65	78	7	544	26	22	16	35	1.95
251269--251315	21	2.3	21	88	3	69	38	10	19	31	1.86
251427--251591	52	3.2	51	82	2	134	29	16	13	40	1.87
251454--251591	52	2.7	51	87	1	195	28	16	13	41	1.87
255050--255126	22	3.6	22	84	6	97	38	11	16	32	1.85
255896--255976	31	2.6	31	94	0	135	16	25	29	28	1.96
255952--256113	87	1.9	87	90	2	263	28	23	19	29	1.98
256140--256630	43	11.8	43	70	16	277	41	13	24	20	1.88
256150--256378	127	1.8	125	85	5	327	41	13	25	19	1.87
256335--256647	44	7.8	37	69	18	171	40	14	24	20	1.90
256150--256504	123	2.9	117	80	11	306	43	12	23	20	1.86
256289--256654	124	3.0	120	77	12	361	42	14	23	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256268--256647	166	2.3	163	86	4	528	40	14	24	20	1.90
256140--256658	81	6.3	84	73	12	366	40	14	24	21	1.89
256651--256728	34	2.4	34	82	6	99	41	12	26	19	1.87
257485--257509	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
257572--257596	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
257605--257725	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
261726--261758	15	2.1	16	88	5	50	0	3	9	87	0.63
266664--266698	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
268193--268238	24	1.9	24	82	8	58	21	21	13	43	1.86
268374--268429	19	2.9	19	94	2	94	33	16	19	30	1.94
268414--268440	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
268749--269322	79	7.3	79	78	5	525	28	24	12	34	1.91
268749--269273	155	3.3	157	81	5	569	28	23	11	36	1.90
268835--269329	160	3.1	156	82	4	573	29	24	11	35	1.90
268756--269322	234	2.4	234	78	7	535	28	25	11	34	1.91
269623--269671	23	2.2	22	81	3	53	18	4	12	65	1.41
272609--272650	5	8.2	5	80	15	50	21	2	2	73	1.06
272609--272651	15	2.8	15	86	13	61	23	2	2	72	1.08
273076--273102	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
275554--275646	20	4.6	20	77	10	91	38	15	16	30	1.89
275592--275667	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
275574--275667	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275574--275647	20	3.7	20	80	3	94	36	13	18	31	1.90
275706--275731	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
276895--277270	142	2.6	140	85	4	500	43	13	11	31	1.80
278202--278422	91	2.4	91	86	2	302	38	12	14	34	1.84
279178--279202	10	2.5	10	100	0	50	0	24	0	76	0.80
282120--282156	18	2.1	18	100	0	74	45	10	5	37	1.62
290115--290748	165	3.8	166	85	4	829	41	13	11	33	1.80
291877--291924	25	1.9	25	86	0	69	70	4	2	22	1.15
292929--292981	26	2.0	26	100	0	106	33	7	18	39	1.79
295090--295148	29	2.0	29	96	0	109	33	3	18	44	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6