genome.fa.s501.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold501
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  850550

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695016--695184	74	2.3	74	87	3	234	52	10	4	33	1.54
695886--695927	18	2.5	17	81	11	50	45	0	0	54	0.99
695982--696011	13	2.4	12	94	5	51	76	0	3	20	0.92
695995--696035	17	2.3	18	83	8	57	78	0	4	17	0.93
695983--696041	29	2.0	29	81	15	68	74	0	8	16	1.05
696539--696608	20	3.4	22	83	9	78	31	14	14	40	1.86
703407--703457	13	4.2	12	80	9	50	80	11	5	1	0.97
703430--703500	10	6.6	10	73	13	52	77	11	7	4	1.10
704764--704915	33	4.6	33	81	1	171	21	30	13	34	1.92
704784--704913	66	2.0	66	92	0	215	22	30	12	34	1.91
704974--705084	30	3.6	30	76	11	98	22	31	13	32	1.93
704939--705072	33	4.1	33	78	10	150	20	27	14	38	1.91
704950--705084	63	2.1	64	87	4	193	22	29	14	32	1.94
705099--705357	34	7.9	34	71	17	149	21	28	12	37	1.90
705014--705351	158	2.1	159	86	2	475	22	30	13	33	1.92
705255--705357	35	3.0	34	80	18	140	19	30	11	38	1.87
705326--705382	27	2.1	27	80	6	62	21	22	14	42	1.88
705389--705586	32	6.2	33	80	9	198	29	30	17	21	1.96
705389--705570	95	1.9	95	85	5	251	30	30	18	20	1.96
705407--705586	63	2.8	62	77	9	168	28	31	17	22	1.96
705637--705777	49	2.9	49	93	0	237	25	24	17	33	1.96
708886--709006	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708886--709026	52	2.7	51	87	4	203	30	17	18	34	1.94
709015--709039	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
709105--709129	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
709083--709149	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
709452--709538	38	2.3	39	93	2	149	32	27	16	24	1.96
709564--710029	52	8.8	52	71	10	241	25	23	13	36	1.92
709533--709721	104	1.8	104	82	0	243	26	21	13	38	1.90
709732--710021	104	2.8	103	81	4	323	26	24	13	35	1.92
715980--716010	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
716776--716816	12	3.4	12	93	0	64	48	4	2	43	1.37
716745--716816	4	18.0	4	78	5	56	48	9	2	38	1.51
716745--716812	10	6.6	10	82	12	75	48	10	2	38	1.52
717386--717420	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
719456--719863	218	1.9	218	84	5	556	31	14	10	43	1.80
723044--723084	16	2.5	17	88	7	59	34	2	0	63	1.08
723042--723084	21	2.0	21	82	8	52	34	2	0	62	1.08
724688--724729	6	6.7	6	91	8	66	78	2	0	19	0.86
724685--724729	18	2.3	20	88	11	76	77	2	0	20	0.87
727184--727235	22	2.2	23	86	10	70	34	0	0	65	0.93
727300--727347	24	2.0	23	88	8	69	54	2	0	43	1.12
727293--727359	25	2.6	27	76	13	77	55	1	0	43	1.09
728028--728053	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728225--728274	23	2.1	25	85	7	68	38	0	6	56	1.24
728696--728741	14	2.9	16	78	15	51	50	2	0	47	1.13
730269--730328	24	2.5	25	71	13	63	53	1	1	43	1.20
730622--730673	21	2.3	23	78	18	56	38	3	0	57	1.17
731581--731624	18	2.4	18	82	17	56	59	0	0	40	0.98
731630--731670	9	4.6	9	87	6	57	43	0	0	56	0.99
731634--731695	14	4.5	13	78	8	52	41	0	1	56	1.09
731633--731726	23	4.0	23	73	19	72	42	1	1	55	1.14
731758--731798	21	2.0	21	95	0	73	34	0	2	63	1.08
731819--731864	23	2.0	23	91	8	76	71	0	0	28	0.86
731819--731864	11	4.0	12	86	8	69	71	0	0	28	0.86
731822--731987	57	2.9	56	72	14	151	57	0	0	41	1.03
731841--731999	27	5.7	27	72	17	92	57	0	0	42	1.03
731949--732063	18	6.3	18	67	18	60	58	0	0	41	0.98
731826--732063	45	5.4	44	70	21	144	57	0	0	41	1.02
731994--732059	29	2.4	28	85	10	82	57	0	0	42	0.98
731938--732073	11	12.5	11	65	22	56	55	0	0	44	0.99
731892--732063	91	1.9	91	81	13	212	56	0	0	43	1.03
732002--732085	18	4.9	17	73	17	66	51	0	0	48	1.00
732358--732477	27	4.4	28	71	20	85	39	0	0	60	1.03
732358--732490	57	2.5	50	77	15	128	38	0	0	60	1.08
744346--744387	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745623--745670	14	3.2	14	74	25	53	56	0	0	43	0.99
746826--746970	16	9.3	15	72	15	89	53	4	0	41	1.25
746837--746970	31	4.3	31	70	13	87	53	3	0	42	1.18
746943--746992	26	1.9	26	83	0	64	56	4	0	40	1.18
759468--759506	20	2.1	19	85	9	53	56	10	10	23	1.63
760364--760438	20	3.8	20	83	0	96	42	12	10	34	1.77
761601--761674	36	2.1	35	82	9	89	54	4	0	41	1.19
761927--762245	34	9.4	34	94	0	521	24	0	34	41	1.55
761951--762052	25	4.4	25	66	28	71	22	0	36	41	1.54
766838--767112	34	8.1	34	94	0	451	24	0	34	41	1.55
768467--768521	11	5.0	11	72	16	51	43	1	1	52	1.22
768473--768538	33	2.0	34	87	3	98	40	1	1	56	1.18
769175--769214	20	2.1	19	85	4	53	67	0	0	32	0.91
769181--769339	76	2.1	75	81	5	187	55	1	3	38	1.26
769173--769346	77	2.3	78	79	8	187	56	1	3	39	1.24
769326--769360	15	2.4	14	85	4	52	71	0	0	28	0.86
769561--769607	25	1.9	25	82	4	60	36	0	6	57	1.24
769699--771178	73	20.5	73	79	7	1356	30	2	13	52	1.53
769779--769839	26	2.2	26	85	11	77	29	1	11	57	1.44
769747--771178	217	6.6	215	79	9	1443	30	2	14	53	1.53
769700--771178	290	5.1	288	84	6	1696	30	2	13	53	1.53
771278--771637	181	2.0	182	94	1	634	36	7	12	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775404--775711	165	1.9	165	87	1	456	50	9	10	29	1.66
775278--775833	165	3.3	165	77	9	424	50	9	10	30	1.68
783728--783768	16	2.5	17	84	7	50	31	0	2	65	1.05
783790--783845	12	4.7	12	76	8	51	25	0	3	71	1.02
786379--786415	19	1.9	19	94	0	65	81	0	0	18	0.70
786476--786524	10	5.1	10	72	18	50	69	0	0	30	0.89
787105--787153	11	4.5	11	82	10	55	65	0	0	34	0.93
787292--787353	27	2.5	24	82	12	63	64	0	0	35	0.94
788497--788527	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
791411--791482	25	2.8	25	75	10	74	48	0	0	51	1.00
791888--791969	16	5.2	16	80	2	96	42	0	6	51	1.26
791873--791969	32	3.1	32	73	8	92	40	1	7	51	1.36
791888--791979	48	2.0	44	81	12	105	42	2	6	48	1.41
798507--798639	20	7.1	18	69	21	78	21	27	10	41	1.85
798509--798634	39	3.3	39	84	4	184	22	27	9	40	1.85
798536--798651	37	3.1	37	82	4	160	21	28	9	40	1.84
798509--798651	76	1.9	76	95	0	259	22	27	9	40	1.84
798663--798731	9	7.6	9	74	9	59	15	1	7	75	1.09
798663--798707	20	2.3	20	85	7	58	15	0	8	75	1.03
802019--802611	296	2.0	296	91	0	972	41	15	17	25	1.88
803351--803394	21	2.2	21	88	8	65	34	18	11	36	1.86
809348--809405	29	1.9	31	82	6	75	51	1	1	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811464--811594	48	2.7	48	81	6	158	58	3	1	36	1.26
812999--813029	16	1.9	16	93	0	53	35	0	9	54	1.33
814569--814618	25	2.1	25	85	7	68	24	8	2	66	1.29
815891--816245	80	4.4	79	85	5	437	31	14	26	27	1.95
816178--816417	52	4.6	51	86	4	295	33	10	26	29	1.90
818744--818808	34	1.9	33	90	3	103	44	10	16	27	1.81
818834--818917	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
818842--818936	19	5.7	18	72	27	93	35	17	12	33	1.88
818834--818938	32	3.3	32	98	0	201	35	18	12	34	1.88
819781--821482	55	30.5	55	79	10	1579	23	20	29	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6