genome.fa.s501.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold501
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  850550

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
318--380	20	3.3	20	82	13	96	19	25	9	46	1.80
333--407	17	4.2	17	83	9	105	22	26	6	44	1.78
318--397	37	2.2	37	97	0	151	21	25	8	45	1.80
7550--7576	8	3.4	8	100	0	54	48	0	11	40	1.39
9426--9864	155	2.8	152	74	7	393	43	20	12	23	1.85
11264--11617	155	2.3	155	80	6	380	38	21	15	23	1.92
13156--13193	18	2.2	17	86	13	51	2	13	0	84	0.73
13166--13195	11	2.7	11	89	0	51	0	13	0	86	0.57
13762--14119	166	2.1	167	80	2	416	51	9	11	27	1.69
17737--17791	20	2.8	20	88	5	76	40	12	14	32	1.84
17815--17875	19	3.1	19	71	13	52	31	13	11	44	1.79
18652--18927	49	5.6	49	86	2	354	31	18	26	23	1.97
18648--18930	150	1.9	147	88	2	431	32	17	26	23	1.97
18556--18923	199	1.9	197	84	3	497	31	17	26	23	1.97
18899--19392	39	11.6	39	67	19	240	26	19	27	27	1.99
18850--19724	87	10.0	87	78	8	805	27	18	26	27	1.98
19025--19825	48	17.9	46	68	18	308	28	18	26	27	1.98
18850--19724	173	5.0	174	78	9	816	27	18	26	27	1.98
19413--19556	52	2.9	50	79	8	141	30	16	25	27	1.97
19414--19585	52	3.5	48	78	7	139	30	15	25	28	1.96
19564--19664	39	2.6	39	90	0	157	22	16	27	32	1.96
19736--19826	43	2.1	43	87	0	128	30	17	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19829--20019	33	5.9	33	78	8	187	37	10	29	21	1.88
19832--20023	60	3.1	60	76	10	170	35	11	30	22	1.90
20091--20628	31	17.4	31	79	7	567	32	14	28	23	1.95
20091--20628	156	3.5	155	82	5	685	32	14	28	23	1.95
20111--20616	217	2.3	217	84	4	639	32	15	28	23	1.95
21047--21128	37	2.2	37	100	0	164	43	13	15	26	1.84
22148--22200	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
22261--22288	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
28194--28232	13	3.0	13	84	0	51	38	12	12	35	1.82
28363--28404	22	2.0	20	86	13	59	38	21	0	40	1.53
28972--29042	32	2.2	32	97	0	133	25	23	15	35	1.94
30114--30158	22	2.0	22	91	8	74	35	0	28	35	1.58
30401--30793	196	2.0	195	93	1	671	38	8	13	39	1.75
30991--31016	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
32628--32663	12	3.0	12	91	0	54	41	0	33	25	1.55
37339--37392	21	2.5	22	80	19	62	29	20	5	44	1.74
39611--39635	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
40526--40550	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
40651--40676	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
40631--40698	33	2.1	33	86	8	95	36	19	14	29	1.91
47603--47835	115	2.0	115	100	0	466	24	12	31	31	1.93
54979--55024	21	2.2	20	85	7	65	39	17	17	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58798--58828	15	2.1	15	94	5	55	61	19	9	9	1.54
59027--59093	33	2.0	33	85	0	89	26	14	29	28	1.96
66667--66721	19	2.8	19	83	2	65	32	14	14	38	1.87
66710--66734	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
67086--67125	22	2.0	21	85	14	57	50	0	7	42	1.30
71778--71836	30	2.0	30	86	6	84	42	20	10	27	1.84
74017--74066	21	2.3	22	82	3	66	58	6	14	22	1.58
75856--75886	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
78110--78155	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
79860--79917	25	2.3	25	96	0	107	34	8	29	27	1.87
81970--82028	18	3.4	17	81	9	75	83	5	3	8	0.91
81979--82035	16	3.4	16	80	9	60	84	3	5	7	0.87
81970--82035	17	3.9	17	82	4	71	83	4	4	7	0.91
83141--83200	29	2.0	30	90	3	95	23	26	16	33	1.96
83240--84960	30	57.4	30	74	9	1085	25	30	12	31	1.92
83240--84465	59	20.5	61	76	8	358	25	31	12	31	1.92
83421--84418	119	8.4	116	74	12	336	25	31	11	30	1.91
83774--83857	28	3.0	28	76	1	87	27	38	11	22	1.89
83447--84390	329	2.9	325	78	6	807	25	31	11	30	1.91
84526--84643	33	3.7	33	76	6	100	27	24	14	33	1.94
84669--85144	30	15.7	29	76	11	172	27	30	13	28	1.95
84946--85471	32	16.8	32	70	11	270	30	27	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85005--85207	63	3.2	63	80	8	209	31	27	16	25	1.96
85125--85296	88	2.0	88	80	9	199	32	29	14	23	1.94
85249--85380	62	2.1	62	87	2	183	29	28	15	27	1.96
85261--85429	62	2.6	62	82	7	178	31	28	13	25	1.94
85241--85450	31	6.5	31	70	9	116	30	27	15	27	1.96
85556--85863	52	5.9	52	78	1	258	25	23	14	36	1.92
85556--85904	52	6.7	52	77	3	157	26	22	14	36	1.92
85539--85893	156	2.3	155	78	3	372	26	22	14	36	1.93
99215--99239	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
99282--99306	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
100007--100964	42	22.8	42	71	9	479	34	17	29	18	1.94
99978--101015	84	12.4	84	78	2	895	34	17	29	18	1.94
101464--101513	21	2.3	22	80	13	59	14	10	14	62	1.55
106244--106297	22	2.3	22	84	15	65	44	33	16	5	1.71
106259--106401	22	6.8	22	72	12	93	41	31	17	9	1.80
106278--106364	30	2.9	30	82	5	104	43	31	17	8	1.78
106373--106451	31	2.5	31	81	4	77	45	29	16	8	1.77
106262--106524	105	2.5	104	81	5	316	43	29	17	10	1.81
106449--106508	22	2.7	22	92	0	93	41	26	18	13	1.87
109525--109583	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
109864--109889	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
109843--109907	19	3.6	19	73	26	70	29	12	15	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109843--109907	32	2.0	34	93	6	116	29	12	15	43	1.83
112439--112476	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
116391--116435	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
118316--118374	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
118634--118691	13	4.0	13	76	23	62	29	13	15	41	1.86
118647--118709	19	3.6	19	76	24	84	28	12	15	42	1.84
118634--118709	32	2.4	32	100	0	152	28	13	15	42	1.85
130037--130142	42	2.5	42	84	0	122	20	28	16	34	1.94
130151--132276	85	25.0	85	71	8	648	19	27	17	36	1.93
130340--130422	42	2.0	42	92	0	139	21	26	16	34	1.95
130575--130881	128	2.4	128	83	0	398	17	26	17	38	1.92
130327--132597	213	10.7	213	77	5	1618	19	27	16	36	1.93
131082--131848	128	6.0	127	75	9	390	20	28	16	35	1.94
131015--131672	42	15.6	42	68	13	165	19	28	17	35	1.94
131776--132185	128	3.2	128	83	1	507	19	27	16	36	1.93
132117--132395	128	2.2	128	81	3	321	21	27	15	35	1.94
132330--132678	128	2.7	127	82	2	407	18	28	18	34	1.94
130608--132658	43	48.3	42	67	11	409	19	27	16	36	1.93
131157--132658	85	17.7	85	71	10	274	19	28	16	35	1.94
130338--132690	43	55.4	42	64	12	240	19	27	16	36	1.93
133184--133221	7	5.4	7	87	12	60	73	2	0	23	0.95
133175--133231	22	2.6	22	81	13	73	77	1	0	21	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133832--134021	30	6.6	30	71	12	123	45	29	15	9	1.78
133895--133936	22	1.9	22	95	0	75	40	28	16	14	1.88
133782--133993	82	2.6	82	80	3	239	44	29	16	10	1.80
133837--134045	112	1.9	112	82	6	262	44	30	15	9	1.78
134003--134061	22	2.7	22	86	0	82	45	33	11	8	1.71
137673--137697	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
137650--137717	33	2.1	32	88	2	100	35	14	14	35	1.87
140034--140074	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
140210--140245	13	2.8	13	95	0	63	38	16	16	27	1.90
142322--142362	15	2.7	15	84	3	55	17	19	17	46	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6