genome.fa.s510.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold510
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  507550

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168493--168517	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
168470--168537	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
168608--168632	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
169220--169275	15	4.0	13	81	9	58	71	1	8	17	1.21
169251--169276	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
169948--170313	171	2.2	171	82	4	427	29	13	19	38	1.89
170390--170418	15	2.0	15	93	6	51	34	0	17	48	1.47
170620--170644	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
171125--171418	155	1.9	155	83	2	385	23	18	20	37	1.94
171125--171470	155	2.2	155	80	4	383	23	17	20	38	1.93
171779--171808	6	5.2	6	92	8	53	20	0	0	80	0.72
171779--171808	11	2.6	12	94	5	53	20	0	0	80	0.72
173124--173148	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
173155--173231	21	3.7	21	83	10	95	35	12	16	35	1.88
173267--173334	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
173269--173331	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
173288--173312	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
173374--173399	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
175874--175946	27	2.7	26	83	10	85	24	32	20	21	1.97
175930--176099	52	3.3	51	76	14	159	30	25	12	31	1.92
176083--176159	28	2.8	28	81	0	82	22	33	19	24	1.97
175760--176164	213	1.9	213	86	3	582	28	26	13	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188634--188669	15	2.5	14	86	8	54	86	2	11	0	0.68
188646--188706	9	6.4	9	75	16	52	81	3	13	1	0.88
189671--190218	115	4.7	115	83	9	655	25	29	20	24	1.99
189673--190218	176	3.1	176	93	1	891	25	29	20	24	1.99
190759--190783	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
190788--190846	21	2.7	22	89	2	93	38	15	13	32	1.86
190882--190949	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
190884--190946	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
190903--190927	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
190988--191013	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
193202--193543	52	6.5	53	69	14	208	29	26	12	32	1.92
193316--193391	27	2.8	27	89	2	107	23	31	21	23	1.98
193210--193544	104	3.2	102	72	15	313	29	25	12	31	1.93
193527--193603	28	2.8	28	85	0	91	23	32	19	24	1.97
193205--193608	212	1.9	212	89	3	625	28	26	13	31	1.94
195374--196397	55	17.9	55	80	12	949	24	20	28	26	1.99
195374--196430	59	18.4	59	84	7	1144	24	20	28	26	1.99
195398--196394	343	2.9	342	96	0	1811	24	20	28	26	1.99
197389--197449	25	2.3	25	88	8	86	0	0	14	85	0.60
197390--197447	9	6.9	8	81	18	57	0	0	15	84	0.62
197389--197449	13	4.8	12	84	13	77	0	0	14	85	0.60
210010--210081	28	2.6	28	86	4	92	22	19	36	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210066--210290	52	4.4	51	78	10	197	32	12	24	30	1.92
209959--210445	263	1.9	262	88	3	739	31	12	26	29	1.93
210273--210348	27	2.8	27	82	6	91	23	19	31	25	1.98
210332--210445	51	2.2	52	85	6	151	32	9	24	33	1.88
215072--215142	9	7.8	9	75	7	54	81	5	12	0	0.85
215069--215144	34	2.2	34	81	9	91	82	5	11	0	0.81
216110--216345	55	4.3	55	85	4	316	29	30	19	20	1.97
216110--216344	110	2.1	110	92	1	391	29	31	19	20	1.97
217092--217117	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
217177--217249	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
217156--217249	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
217156--217231	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
219694--219731	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
221810--221840	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
225902--225927	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
225987--226059	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
225966--226059	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
225966--226041	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
226356--226446	29	3.2	29	65	14	82	27	32	19	19	1.96
226364--226641	55	4.8	60	86	6	337	25	28	20	24	1.99
227437--227504	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
227458--227482	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227439--227501	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
227544--227569	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
227524--227590	33	2.0	33	88	0	98	25	16	14	43	1.86
230048--230123	27	2.8	27	88	6	100	26	32	18	22	1.97
230107--230276	52	3.3	51	78	11	184	30	26	11	31	1.92
229939--230276	104	3.2	104	72	11	319	30	26	11	31	1.92
230259--230335	28	2.8	28	83	0	91	23	32	19	24	1.97
229939--230343	212	1.9	212	90	2	643	28	26	13	31	1.93
238214--238555	52	6.5	53	70	17	203	29	26	12	31	1.92
238328--238403	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
238219--238556	104	3.2	103	71	12	292	29	26	12	31	1.93
238539--238615	28	2.8	28	85	0	91	23	32	19	24	1.97
238217--238620	212	1.9	212	89	3	634	28	27	13	31	1.94
239783--239951	52	3.3	51	75	11	173	30	26	11	31	1.91
239934--240010	28	2.7	29	88	4	104	24	33	18	23	1.96
242136--242187	22	2.5	20	76	17	54	48	9	26	15	1.76
243832--243875	21	2.0	21	86	4	61	36	13	11	38	1.81
243863--243927	17	4.0	17	75	20	68	36	10	15	36	1.82
243948--243989	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
243976--244001	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
246247--246369	51	2.4	53	84	5	171	31	22	12	33	1.91
246247--246369	53	2.4	51	84	5	167	31	22	12	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246380--246584	79	2.6	78	86	3	268	24	27	17	30	1.97
251150--251202	19	2.7	20	85	5	72	41	9	11	37	1.73
251222--251302	13	7.1	12	71	28	70	35	17	12	34	1.87
251223--251302	34	2.4	34	100	0	160	35	17	12	35	1.88
256335--256416	27	3.0	27	60	3	65	28	24	21	25	1.99
256182--256558	55	6.4	60	82	8	438	26	28	19	25	1.99
256420--256711	154	1.9	158	89	5	459	25	28	19	26	1.99
256579--256992	55	7.4	54	80	12	442	27	28	21	22	1.99
256579--256974	110	3.5	113	84	6	505	27	28	20	23	1.99
257031--257149	61	2.0	61	86	5	170	28	31	15	23	1.96
256859--257147	148	1.9	147	80	12	336	25	30	19	24	1.98
257012--257369	55	6.3	54	82	9	367	27	28	20	23	1.99
256185--257369	433	2.7	435	91	2	1867	26	28	19	24	1.99
257386--257525	62	2.4	57	86	11	187	25	26	21	26	1.99
257509--257729	42	5.1	41	80	11	230	17	27	15	40	1.89
257755--257876	42	2.9	41	70	16	106	18	31	12	36	1.88
258523--258566	21	2.0	22	86	4	63	36	15	9	38	1.80
258607--258649	21	2.0	21	90	0	68	46	6	16	30	1.73
258650--258701	20	2.6	20	96	0	95	26	19	13	40	1.88
261044--261168	51	2.4	52	80	6	155	32	23	12	32	1.91
261044--261174	53	2.5	50	80	6	154	30	24	12	32	1.92
261179--261462	79	3.6	78	88	2	381	24	28	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261179--261494	158	2.0	158	83	5	406	25	27	14	31	1.95
261179--261494	79	4.0	78	83	5	350	25	27	14	31	1.95
267388--267664	139	2.0	139	96	0	509	39	7	14	39	1.73
269329--269375	1	47.0	1	93	0	67	93	0	2	4	0.40
269326--269375	18	2.9	18	91	8	79	88	0	4	8	0.64
269380--269436	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
269492--269559	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
269513--269537	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
269494--269556	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
269599--269624	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4