genome.fa.s513.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold513
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  613464

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10339--10402	13	4.7	13	80	14	67	85	7	6	0	0.73
11370--13477	55	38.3	55	91	3	3331	28	31	20	19	1.97
12555--12642	29	3.1	29	62	15	67	26	34	18	21	1.96
14035--14102	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
14056--14080	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
14037--14099	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
14142--14167	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
14122--14188	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
14205--14259	20	2.8	20	100	0	110	34	14	10	40	1.81
16538--16672	51	2.6	53	79	10	154	32	25	9	32	1.88
16714--16886	52	3.4	51	81	2	211	30	24	12	32	1.92
16866--16947	28	2.9	28	83	7	96	24	32	17	25	1.96
16550--16957	211	1.9	210	85	4	563	29	26	12	31	1.93
18073--18451	79	4.8	79	80	6	248	32	14	25	26	1.95
18392--18513	50	2.4	50	87	1	163	39	13	22	25	1.90
20795--20889	20	4.8	20	82	2	93	44	13	12	29	1.81
32135--32232	32	3.0	32	92	1	151	36	13	15	34	1.86
32168--32230	19	3.7	18	72	24	64	34	12	15	36	1.86
32273--32297	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
32286--32434	52	2.9	50	89	6	217	33	18	17	30	1.94
39287--39327	15	2.7	15	88	3	64	87	12	0	0	0.53
40604--41100	31	16.1	30	72	12	240	24	28	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40604--41098	92	5.3	92	85	4	552	24	28	16	31	1.96
40604--41100	61	8.0	62	74	11	351	24	28	16	31	1.96
41076--41121	23	2.0	23	86	0	65	30	34	19	15	1.93
40823--41124	156	2.0	152	83	5	387	24	28	16	30	1.96
41101--41393	31	8.8	33	76	12	199	19	33	14	31	1.92
41099--41393	67	4.4	66	74	14	241	19	33	14	31	1.92
41397--41756	33	11.1	32	88	5	519	29	32	18	19	1.96
41395--41756	65	5.5	66	90	3	556	29	32	18	19	1.96
41759--42090	43	6.8	49	79	10	319	25	24	17	32	1.96
41759--42041	92	3.0	92	91	2	440	25	24	17	32	1.96
41942--42095	52	2.9	53	81	4	202	24	23	15	37	1.93
42045--42171	67	1.9	68	86	1	184	24	24	12	38	1.90
42915--43000	13	5.7	13	71	28	64	36	13	17	32	1.89
42890--43019	19	7.8	18	69	29	101	33	13	17	35	1.89
42892--43021	32	4.0	32	96	1	233	34	13	17	34	1.89
43062--43086	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
43075--43223	52	2.9	50	88	6	208	33	17	17	31	1.93
44605--44641	11	3.4	11	92	7	58	24	16	0	59	1.37
46673--46702	15	1.9	16	93	6	53	10	30	33	26	1.89
48932--48976	10	4.7	9	81	13	54	86	11	0	2	0.65
48931--48981	21	2.5	20	87	6	66	86	9	1	1	0.73
50185--50802	28	21.6	28	81	5	578	29	28	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50187--50802	85	7.2	85	81	6	584	29	28	17	24	1.97
50892--50997	49	2.2	48	85	6	137	20	23	20	34	1.96
51360--51397	20	1.9	20	89	10	60	81	7	10	0	0.87
53070--53186	51	2.3	51	87	0	180	29	14	27	28	1.95
53170--53245	28	2.7	28	93	4	127	25	17	32	25	1.96
53227--53344	51	2.3	51	88	4	175	28	11	29	29	1.92
53034--53375	158	2.2	160	83	5	419	30	14	28	27	1.95
53280--53577	79	3.8	79	91	3	431	32	13	26	27	1.93
53513--53736	51	4.4	49	84	5	234	33	11	26	29	1.91
53515--53736	102	2.2	102	83	7	272	33	10	26	29	1.90
56038--56092	20	2.8	20	88	0	83	41	10	14	32	1.81
56107--56136	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82
56723--56867	78	1.9	73	80	12	166	43	15	22	18	1.88
56827--57083	42	6.0	42	76	9	223	40	14	26	19	1.89
56798--57079	42	6.5	45	77	11	207	40	14	25	20	1.90
56842--57079	87	2.7	87	88	0	350	38	14	26	20	1.91
57059--57295	61	3.9	63	81	8	265	31	19	22	26	1.98
57059--57320	122	2.2	119	82	7	316	31	19	22	26	1.98
57342--57536	62	3.3	61	86	5	258	29	18	25	26	1.98
57118--57751	218	2.9	214	82	8	707	28	18	26	26	1.98
57452--57635	100	1.8	101	92	1	316	28	17	28	25	1.98
57557--58688	186	6.1	186	93	1	1863	27	19	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62726--62780	18	2.8	20	81	13	69	34	18	14	32	1.91
63335--63381	19	2.7	17	78	15	60	31	34	2	31	1.70
63345--63385	19	2.2	19	95	0	73	26	36	2	34	1.70
63343--63395	19	2.6	20	85	11	72	22	39	1	35	1.65
65102--65127	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
73947--74002	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
79721--80155	219	2.0	219	97	0	825	32	15	22	29	1.95
80878--80930	19	2.7	20	94	2	90	41	16	16	24	1.89
84150--84269	51	2.4	51	85	2	161	29	12	27	30	1.93
84238--84322	28	2.9	28	86	10	109	27	12	32	27	1.93
84308--84478	51	3.4	50	84	3	218	30	11	26	30	1.91
84414--84636	79	2.8	78	84	2	302	32	13	24	29	1.93
84572--84748	51	3.5	50	81	6	205	33	11	26	28	1.91
87041--87114	20	3.7	19	87	7	103	41	13	16	28	1.86
90788--90867	40	2.0	40	97	0	151	23	17	23	35	1.96
91383--91408	12	2.2	12	100	0	52	26	7	23	42	1.81
97190--97223	17	2.0	17	100	0	68	17	5	17	58	1.57
100483--100574	19	5.5	19	67	28	82	29	11	22	35	1.90
100481--100585	32	3.3	32	100	0	210	31	12	21	34	1.91
116984--117048	19	3.8	18	73	24	68	33	10	15	40	1.82
116986--117053	32	2.1	32	91	0	109	35	10	16	38	1.82
117101--117125	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118022--118060	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
124478--124595	30	3.9	29	79	10	112	23	33	14	27	1.94
124434--124622	63	3.0	62	79	8	190	22	31	14	31	1.94
124447--124615	32	5.4	30	76	10	101	23	30	14	31	1.94
124671--124770	32	3.1	32	77	8	112	19	36	12	33	1.88
124682--124770	34	2.7	32	79	6	106	20	35	13	30	1.91
124771--124826	27	1.9	31	82	13	75	21	37	19	21	1.94
124813--125320	43	10.8	43	71	15	230	25	28	18	28	1.98
124808--125374	49	11.8	49	76	9	474	25	28	18	28	1.98
124855--125374	100	5.3	102	83	6	520	24	27	18	28	1.98
126200--126225	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
130707--130770	19	3.7	19	74	23	77	31	12	18	37	1.88
130708--130775	32	2.1	32	94	0	118	32	11	19	36	1.88
130727--130751	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
130813--130837	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
130847--130974	52	2.5	52	92	0	202	37	16	17	28	1.92
136431--136483	13	4.4	11	81	15	52	81	16	0	1	0.79
136424--136469	19	2.3	20	85	10	60	82	15	2	0	0.76
136424--136462	13	2.9	14	80	7	53	82	15	2	0	0.79
136730--136762	15	2.1	16	88	5	50	81	18	0	0	0.68
137613--137811	30	6.4	30	75	9	182	23	31	14	30	1.94
137618--137843	32	7.2	32	72	8	169	23	30	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137624--137806	63	2.9	63	87	2	262	25	32	15	27	1.95
137613--137840	30	7.3	32	76	11	134	23	30	14	31	1.95
137968--138452	49	9.9	49	78	8	475	24	26	17	31	1.97
137938--138452	92	5.3	93	82	9	561	24	26	18	30	1.97
138014--138501	149	3.3	149	80	6	501	25	26	17	30	1.97
139203--139262	19	3.5	18	70	25	58	35	16	16	31	1.92
139202--139275	32	2.3	32	92	0	121	33	17	16	32	1.92
146241--146294	12	4.5	11	80	13	54	81	16	0	1	0.78
146607--146776	35	4.9	35	91	0	286	42	5	32	19	1.73
148176--148839	79	8.4	79	87	3	892	27	25	13	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5