genome.fa.s513.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold513
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  613464

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148176--148839	233	2.8	236	87	3	895	27	25	13	33	1.93
150969--151001	4	8.2	4	93	0	57	24	0	3	72	0.98
159201--159329	52	2.5	52	96	0	240	27	17	19	34	1.95
159389--159487	19	5.9	17	71	28	79	35	18	12	34	1.88
159409--159465	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
159389--159485	32	3.0	32	95	1	167	34	18	12	35	1.88
164948--164989	22	2.0	22	85	4	59	83	7	2	7	0.89
165958--166104	60	2.4	61	85	4	190	25	25	19	28	1.99
166118--166546	55	7.5	55	83	9	513	27	27	21	23	1.99
166160--166544	117	3.4	112	85	8	512	27	27	21	23	1.99
166118--166546	172	2.5	172	93	2	711	27	27	21	23	1.99
166354--166761	209	1.9	215	84	8	555	25	27	20	26	1.99
166564--166759	61	3.2	61	81	9	256	25	25	19	29	1.99
167446--167648	35	5.8	35	96	0	352	42	5	31	19	1.75
169049--169240	79	2.4	79	95	0	339	27	27	14	31	1.95
169172--169290	51	2.3	51	97	0	220	29	26	12	31	1.93
169223--170003	79	9.9	79	91	1	1192	27	25	14	32	1.94
169093--169370	130	2.1	130	94	0	484	28	25	14	31	1.94
171080--171114	16	2.1	17	89	5	54	82	17	0	0	0.66
172044--172267	33	7.1	32	79	11	230	21	30	14	33	1.93
172037--172230	30	6.2	31	78	10	189	22	31	14	31	1.94
172037--172267	63	3.7	64	83	6	267	21	30	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172392--172876	49	9.9	49	76	9	432	24	25	17	31	1.97
172362--172876	92	5.3	93	80	10	500	24	25	18	31	1.97
172496--172822	48	6.6	48	76	8	289	24	25	17	32	1.97
172392--172876	100	4.9	101	80	11	535	24	25	17	31	1.97
172400--172925	149	3.6	148	78	7	371	24	26	17	31	1.97
172806--172941	52	2.6	53	81	3	141	25	25	15	33	1.95
172641--172948	101	3.0	102	84	5	284	24	26	16	32	1.96
178892--178931	16	2.5	15	84	11	53	82	0	17	0	0.67
178886--178995	29	3.8	28	78	8	96	81	9	7	1	0.93
178924--178968	21	2.3	19	88	7	63	84	11	0	4	0.76
178885--178995	9	11.7	9	75	17	75	81	9	7	1	0.95
178924--178995	10	7.5	10	72	17	55	81	13	1	2	0.86
180411--180465	28	2.0	28	96	0	101	34	30	18	16	1.93
180446--180602	34	4.6	33	79	11	133	21	26	15	37	1.92
180610--180761	28	5.4	27	72	8	90	33	30	17	19	1.94
180582--180713	57	2.3	56	88	5	194	29	32	19	18	1.96
180577--180761	85	2.2	84	80	7	196	30	31	17	20	1.95
180824--180891	21	3.2	21	64	32	54	22	20	22	35	1.96
180789--180911	43	2.9	43	91	1	194	23	23	19	33	1.97
180823--180889	22	3.1	22	62	33	54	20	20	20	37	1.95
180889--180996	48	2.2	50	85	3	139	29	23	15	31	1.95
180931--181179	87	2.9	87	89	0	381	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180987--181130	39	3.5	39	71	18	119	26	21	21	30	1.98
181012--181227	48	4.7	48	73	12	200	25	21	19	32	1.97
181140--181337	52	4.0	50	75	9	172	24	24	16	34	1.95
181092--181331	47	4.9	47	72	10	178	23	24	17	34	1.96
181140--181328	99	1.9	100	83	4	247	24	24	16	33	1.96
182115--182164	19	2.6	19	93	0	82	30	12	20	38	1.88
188908--189190	144	2.0	144	81	3	336	34	16	18	31	1.93
191789--191821	17	1.9	17	100	0	66	45	12	12	30	1.78
203252--203328	21	3.7	21	85	3	102	35	12	18	33	1.89
203364--203431	19	3.9	19	74	21	76	33	13	14	38	1.85
203385--203409	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
203366--203428	32	2.0	32	93	0	108	33	14	15	36	1.88
203453--203517	33	2.0	33	87	0	94	27	15	13	43	1.85
205978--206044	27	2.4	28	83	14	86	23	31	17	26	1.97
206029--206251	52	4.3	52	81	5	184	29	25	11	33	1.91
206076--206251	52	3.4	52	82	7	221	30	26	11	31	1.91
206234--206308	28	2.7	28	85	4	89	24	33	18	24	1.97
205884--206361	264	1.8	264	86	5	705	28	25	12	33	1.93
211515--211569	20	2.8	20	83	5	67	30	12	14	41	1.83
212038--212135	49	2.0	49	100	0	196	36	14	4	44	1.64
213568--213610	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
214051--214122	13	6.0	13	76	18	84	41	13	16	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214075--214141	20	3.7	20	74	25	85	49	11	14	23	1.77
214064--214141	33	2.4	33	100	0	156	46	12	15	25	1.81
220290--220342	20	2.6	21	85	8	74	28	13	16	41	1.86
220290--220348	20	3.0	19	85	7	73	25	11	20	42	1.86
220394--220448	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
223322--223504	97	1.9	97	88	0	276	29	12	28	30	1.92
225620--225736	20	5.7	20	79	6	108	37	11	17	32	1.87
225620--225787	20	7.7	20	72	17	93	39	11	18	30	1.87
226533--226599	32	2.2	31	84	10	84	20	17	34	26	1.96
226561--228776	28	78.8	28	81	5	1853	25	16	29	28	1.97
226561--228334	141	12.6	140	81	4	1772	24	17	29	28	1.97
226561--228748	113	19.5	112	81	5	1826	25	16	29	28	1.97
228312--228848	55	9.8	55	81	7	552	29	15	29	25	1.96
228268--228883	220	2.8	220	85	4	787	30	15	28	25	1.96
228241--228848	28	22.1	27	83	6	560	29	15	29	25	1.96
235039--235219	97	1.9	97	88	0	272	33	12	25	29	1.92
236947--237022	11	6.3	12	73	14	59	84	13	2	0	0.73
236947--237031	15	5.9	15	78	9	81	83	14	2	0	0.74
236949--237016	1	68.0	1	79	0	55	86	10	2	0	0.67
238471--238685	30	7.4	29	83	6	265	30	30	16	22	1.96
238471--238685	59	3.7	59	90	3	319	30	30	16	22	1.96
238676--238833	34	4.6	34	90	2	210	20	33	12	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238828--239220	147	2.7	147	91	2	618	24	26	17	30	1.97
238828--239220	49	8.1	49	83	5	487	24	26	17	30	1.97
238976--239475	49	9.8	54	75	7	209	24	26	16	32	1.96
240125--240195	19	3.7	19	94	1	115	33	11	16	38	1.85
240217--240241	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
253551--253607	15	3.9	14	80	13	62	80	15	3	0	0.84
253551--253606	7	7.7	7	81	15	69	82	16	1	0	0.76
253750--253822	10	6.9	10	75	20	60	83	13	2	0	0.75
253750--253822	14	5.0	15	77	19	66	83	13	2	0	0.75
253754--253822	28	2.5	28	83	4	86	84	13	2	0	0.74
253769--253822	21	2.5	22	84	3	74	83	16	0	0	0.65
253511--253945	216	2.0	216	95	1	782	48	17	20	14	1.81
255259--255462	29	7.0	29	84	4	241	31	29	15	23	1.95
255262--255493	30	7.9	30	82	6	253	30	30	15	23	1.95
255262--255454	59	3.3	58	89	3	282	32	29	16	21	1.95
255470--255624	34	4.5	34	87	5	188	19	34	11	34	1.88
255470--255628	68	2.3	69	86	4	214	18	35	11	34	1.87
255506--255641	34	4.1	33	84	6	141	19	36	11	33	1.87
255619--256011	49	8.1	49	81	5	471	24	25	18	31	1.98
255619--256011	147	2.7	147	89	2	591	24	25	18	31	1.98
256043--256266	55	4.3	54	70	11	178	25	25	14	34	1.94
256871--256927	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256849--256946	19	5.8	18	71	28	90	34	12	16	36	1.86
256851--256948	32	3.0	32	95	1	169	35	12	16	35	1.86
256989--257013	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
257022--257152	52	2.5	52	90	4	219	36	17	15	30	1.91
258053--258116	32	2.0	32	87	3	92	42	14	14	29	1.84
262163--262193	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
263083--263155	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
263101--263176	21	3.7	21	78	3	100	43	11	15	28	1.83
263083--263176	41	2.3	41	100	0	188	40	12	17	29	1.86
263215--263240	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5