genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1308201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999--2074	32	2.3	32	84	4	89	51	2	2	43	1.29
2022--2074	16	3.2	16	78	21	65	52	1	0	45	1.11
2023--2076	18	3.2	18	73	23	55	53	1	0	44	1.11
2002--2085	32	2.9	27	68	23	62	50	2	2	45	1.27
3236--3260	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
4902--5035	38	3.7	36	87	5	164	35	9	23	32	1.87
4905--5061	76	2.1	72	81	6	172	33	10	25	30	1.90
4905--5061	38	4.2	38	79	4	144	33	10	25	30	1.90
10776--10819	21	2.1	21	100	0	88	27	18	9	45	1.79
11754--11781	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
11848--11878	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
12215--12246	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
12642--12673	16	2.0	16	93	0	55	34	0	6	59	1.23
12856--12900	22	2.1	21	83	4	54	40	2	0	57	1.11
14058--14091	2	18.0	2	88	11	54	47	0	0	52	1.00
14889--14921	15	2.2	15	94	0	57	24	6	3	66	1.28
15105--15178	37	2.0	37	84	12	98	47	0	6	45	1.29
15521--15564	22	2.0	22	82	13	54	47	0	0	52	1.00
15713--15737	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
16041--16078	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
19593--19661	26	2.7	26	90	0	102	44	11	4	39	1.61
20276--20342	28	2.4	28	83	11	77	50	1	0	47	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20552--20601	16	3.1	16	78	13	57	42	0	0	58	0.98
21272--21313	21	2.1	19	86	13	57	59	0	0	40	0.97
22607--22636	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
22961--22999	13	3.2	13	89	7	55	33	0	0	66	0.92
22955--22985	11	2.9	11	95	4	55	32	0	0	67	0.91
25341--25419	33	2.4	30	78	14	77	41	0	3	54	1.18
25366--25431	31	2.1	31	83	5	80	37	1	3	57	1.23
25586--25628	21	2.0	21	82	8	52	53	0	0	46	1.00
25626--25667	21	1.9	23	90	9	70	40	0	0	59	0.97
25858--25882	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
26114--26166	22	2.4	22	81	9	63	50	0	0	49	1.00
26544--26588	22	2.1	21	83	4	54	55	0	0	44	0.99
28176--28213	18	2.1	19	85	9	53	36	0	10	52	1.36
28826--28872	17	2.7	18	87	9	71	42	0	8	48	1.33
31368--31412	20	2.3	20	84	3	56	44	0	4	51	1.21
31385--31438	24	2.3	23	75	6	56	51	0	0	48	1.00
31542--31590	26	2.0	25	88	8	73	46	0	0	53	1.00
32056--32128	5	15.0	5	76	13	55	38	0	0	61	0.96
32074--32169	40	2.4	40	79	8	97	42	0	1	56	1.06
32069--32151	25	3.6	23	77	16	84	43	0	0	56	0.99
32141--32189	22	2.4	20	80	10	55	28	0	2	69	1.00
34095--34132	20	1.9	20	89	10	60	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34091--34156	21	3.1	21	78	8	64	36	0	0	63	0.95
34434--34464	16	1.9	16	100	0	62	48	0	6	45	1.28
34554--34587	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
34698--34742	22	2.0	24	86	8	67	46	0	2	51	1.13
35201--35231	15	2.1	15	93	0	53	25	0	0	74	0.82
36665--36694	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
36867--36901	17	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
38954--38983	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
39544--39599	25	2.1	28	78	15	66	48	0	0	51	1.00
40704--40734	16	1.9	16	93	0	53	51	0	6	41	1.27
43364--43427	31	2.1	30	85	2	83	32	15	3	48	1.61
43690--43723	16	2.1	15	89	10	50	41	2	0	55	1.15
43777--43817	19	2.3	19	87	8	59	65	2	2	29	1.18
46191--46218	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
46161--46214	21	2.5	21	87	6	72	59	0	0	40	0.98
46201--46260	27	2.2	28	82	5	70	41	0	0	58	0.98
46863--46914	21	2.5	22	84	9	72	36	0	0	63	0.95
46857--46935	29	2.7	30	76	11	92	37	0	1	60	1.05
46857--46967	29	3.8	29	75	14	79	43	0	0	55	1.05
46924--46972	21	2.5	20	83	6	64	55	0	0	44	0.99
46863--46959	16	6.5	16	71	13	66	40	0	1	58	1.05
47978--48028	23	2.5	19	72	27	50	50	3	0	45	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47962--48035	19	4.1	18	67	11	53	47	2	0	50	1.15
48014--48046	14	2.3	15	89	5	50	42	0	0	57	0.98
48294--48348	19	2.9	19	78	13	60	65	0	3	30	1.10
50582--50661	37	2.2	36	82	6	90	46	0	0	53	1.00
52792--52825	17	2.0	17	88	0	50	14	0	8	76	1.01
54731--54765	16	2.2	16	90	10	54	51	0	0	48	1.00
55567--55614	23	2.1	23	84	0	60	45	2	4	47	1.33
59027--59182	82	1.9	82	80	4	179	37	10	8	44	1.69
59934--60249	113	2.8	112	85	1	420	43	8	6	42	1.60
63065--63113	25	2.0	24	84	11	64	44	0	0	55	0.99
64370--64411	17	2.5	17	84	0	57	45	0	0	54	0.99
64389--64419	13	2.5	13	94	5	55	38	0	0	61	0.96
64381--64429	19	2.6	19	81	9	57	44	0	2	53	1.12
66417--66447	13	2.4	13	88	0	53	54	0	3	41	1.16
68773--68820	24	2.0	23	88	4	69	56	4	6	33	1.44
69315--69373	16	3.7	15	77	11	55	15	10	28	45	1.78
71380--71461	16	5.2	15	73	15	67	36	3	2	57	1.30
71366--71461	31	3.0	31	81	3	93	35	5	4	55	1.42
71378--71437	31	1.9	32	89	3	95	35	5	3	56	1.37
71393--71436	15	2.9	15	86	6	61	36	4	2	56	1.32
71378--71461	32	2.7	32	83	7	100	35	4	2	57	1.33
71322--71628	152	2.0	152	98	0	587	33	6	5	54	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71532--71613	16	5.2	15	70	15	58	35	3	2	58	1.29
71530--71589	31	1.9	32	89	3	95	35	5	3	56	1.37
71545--71588	15	2.9	15	86	6	61	36	4	2	56	1.32
71532--71604	16	4.7	15	77	14	67	34	2	2	60	1.25
71541--71613	31	2.3	31	81	6	85	35	4	1	58	1.25
71581--71657	22	3.4	22	73	10	66	38	2	0	58	1.12
72235--72266	2	16.0	2	93	0	55	46	3	0	50	1.17
73845--73881	19	1.9	19	88	0	56	29	8	16	45	1.76
74093--74164	17	4.7	15	72	20	60	45	2	1	50	1.25
74115--74174	14	3.6	17	74	19	56	50	1	0	48	1.11
76892--76939	24	2.0	24	83	0	60	50	2	12	35	1.52
77387--77431	23	2.0	23	95	0	81	44	0	4	51	1.21
77627--78451	273	3.0	272	77	9	682	42	12	9	35	1.75
78591--78653	27	2.3	26	84	12	83	65	3	4	26	1.28
79775--79841	25	2.6	24	80	17	73	41	0	0	58	0.98
79778--79910	28	4.8	27	74	17	96	35	1	1	61	1.14
80052--80106	19	2.9	18	80	15	58	38	1	0	60	1.08
80057--80107	25	2.0	25	85	7	68	35	1	0	62	1.06
80046--80114	20	3.5	20	75	16	72	36	1	1	60	1.14
80066--80114	5	9.6	5	80	12	55	34	0	0	65	0.93
80066--80128	27	2.4	25	86	7	81	34	0	0	65	0.93
80344--80385	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80632--80664	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
86545--86583	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
89201--89319	54	2.2	54	96	0	220	21	14	47	15	1.81
89823--89866	22	2.0	21	83	12	54	56	0	0	43	0.99
90620--90675	28	2.1	27	86	6	78	50	0	1	48	1.11
90975--91093	52	2.3	51	80	8	125	54	0	1	42	1.16
91850--91897	17	3.0	15	79	11	51	43	0	0	56	0.99
92421--92457	17	2.1	19	85	10	51	70	5	0	24	1.08
93002--93045	24	1.9	24	86	9	65	47	0	4	47	1.22
93230--93265	3	11.7	3	94	5	63	63	0	0	36	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11