genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1308201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  3  of  11  ( 1316 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187525--187670	26	5.5	27	70	16	92	56	1	3	38	1.24
187607--187666	11	5.9	11	73	21	51	55	0	6	38	1.27
187675--187718	15	3.0	14	83	9	52	47	0	0	52	1.00
187709--187764	17	3.1	17	73	17	51	58	1	0	39	1.08
188023--188068	16	2.9	16	75	15	51	45	0	2	52	1.13
188015--188075	20	3.3	18	76	13	54	42	0	1	55	1.09
188836--188893	30	1.9	30	86	6	82	48	0	0	51	1.00
189344--189384	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
189692--189747	21	2.6	22	74	23	57	42	1	0	55	1.10
191267--191299	17	1.9	17	93	0	57	33	6	6	54	1.50
192333--192399	16	4.2	16	68	20	52	50	0	0	49	1.00
192276--192410	53	2.4	55	77	16	136	51	0	0	47	1.05
192882--192923	21	2.0	21	90	0	66	57	0	0	42	0.99
192886--192925	20	2.1	19	85	4	53	57	0	0	42	0.98
193769--193802	16	2.2	15	89	5	50	41	0	0	58	0.98
194704--194822	29	4.1	29	71	19	97	62	0	0	36	1.01
194696--194814	38	3.1	37	81	11	100	63	0	0	35	1.07
194723--194816	38	2.4	38	81	8	102	62	1	0	36	1.02
195027--195075	20	2.5	20	83	6	55	44	0	2	53	1.12
195374--195437	18	3.4	18	79	14	58	51	0	1	46	1.10
195384--195438	18	2.9	19	83	5	67	50	0	1	47	1.11
195430--195459	14	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195684--195738	23	2.4	23	96	0	101	52	0	0	47	1.00
195688--195771	34	2.5	34	78	7	100	59	0	0	40	0.97
195734--195778	22	2.0	22	91	0	72	66	0	0	33	0.92
196440--196480	21	1.9	22	85	5	57	53	0	4	41	1.22
196583--196630	21	2.3	22	79	17	57	41	4	0	54	1.20
196737--196763	12	2.2	12	100	0	54	70	0	0	29	0.88
196722--196758	19	2.0	19	89	5	58	59	0	2	37	1.12
197829--197873	23	2.0	23	81	0	54	44	0	2	53	1.13
197956--197984	13	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
197957--198008	11	4.7	12	80	17	51	51	0	0	48	1.00
198275--198335	31	1.9	31	87	12	88	62	0	0	37	0.96
198277--198340	12	5.5	12	71	19	55	62	0	0	37	0.95
200686--200716	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
204100--204154	27	2.0	27	86	13	78	65	1	1	30	1.13
204494--204550	22	2.7	21	84	15	66	57	7	0	35	1.26
205835--205917	39	2.2	38	84	2	103	54	0	0	45	0.99
205882--205910	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
205850--205918	20	3.5	20	76	11	70	53	0	0	46	1.00
208894--208940	20	2.4	19	83	13	60	55	2	0	42	1.12
216044--216079	16	2.2	17	90	5	56	44	0	0	55	0.99
216031--216090	27	2.1	29	81	6	70	41	0	1	56	1.09
216072--216126	20	2.9	19	77	20	53	34	0	5	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216080--216123	19	2.3	19	84	0	52	34	0	6	59	1.24
218578--218626	21	2.3	21	85	0	71	0	20	0	79	0.73
219167--219209	14	3.1	14	83	3	61	48	0	0	51	1.00
219852--219878	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
228095--228173	21	3.6	21	71	17	52	48	0	0	51	1.00
228160--228192	15	2.1	16	88	5	50	42	0	3	54	1.15
228548--228582	18	1.9	18	88	11	54	37	0	2	60	1.12
230824--230863	12	3.1	14	75	20	50	70	0	0	30	0.88
230819--230979	11	14.7	11	66	15	57	57	0	1	40	1.11
230902--230962	27	2.2	29	82	5	72	55	0	3	40	1.16
230936--230977	5	8.6	5	80	15	52	64	0	0	35	0.94
231038--231167	28	4.5	29	74	22	121	58	0	0	41	0.98
231071--231123	17	3.4	17	67	20	51	54	0	0	45	0.99
231044--231210	40	4.0	40	71	17	117	56	1	0	42	1.07
231038--231167	29	4.4	30	79	14	130	58	0	0	41	0.98
231038--231183	30	5.0	29	76	18	126	58	0	0	41	0.98
231088--231188	39	2.7	36	79	17	107	58	0	0	41	0.98
231040--231176	35	4.0	35	71	20	117	58	0	0	41	0.98
231163--231215	27	2.0	27	85	7	72	50	3	1	43	1.30
231336--231389	20	2.8	20	75	5	58	44	1	0	53	1.11
238110--238167	16	3.6	16	85	0	80	60	0	1	37	1.07
238191--238225	17	2.1	17	88	0	52	51	0	2	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238190--238236	9	5.2	9	77	10	51	51	0	2	46	1.13
238230--238258	14	2.0	15	93	6	51	27	0	0	72	0.85
238258--238312	22	2.6	21	70	16	51	56	1	0	41	1.10
238623--238681	22	2.8	22	80	10	70	45	0	0	54	0.99
238606--238681	22	3.2	24	68	22	61	46	0	0	53	1.00
238712--238750	17	2.4	16	87	8	53	51	0	0	48	1.00
238949--238991	17	2.6	16	82	10	50	58	2	0	39	1.11
239557--239633	34	2.3	34	86	8	106	53	1	2	42	1.23
239572--239628	17	3.4	17	69	9	53	47	1	3	47	1.29
240837--240908	29	2.4	30	76	15	78	36	0	0	63	0.94
240971--241008	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
241297--241343	14	3.4	14	79	5	60	53	0	0	46	1.00
241325--241393	24	2.9	23	76	4	75	50	0	2	46	1.16
241611--241654	20	2.1	21	87	8	63	27	25	29	18	1.98
242603--242647	23	2.0	23	90	0	72	6	22	13	57	1.59
246721--246781	25	2.4	25	81	8	70	42	0	0	57	0.98
247521--247550	7	4.3	7	95	0	51	46	10	0	43	1.37
247516--247565	14	3.5	14	81	10	57	48	6	0	46	1.27
248088--248127	4	10.0	4	83	0	53	67	0	5	27	1.11
248491--248530	21	1.9	21	85	10	55	80	7	0	12	0.91
248625--248690	21	3.0	21	78	18	64	39	0	3	57	1.14
248576--248705	16	8.7	15	68	16	56	36	0	3	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248639--248708	35	1.9	37	85	5	99	35	0	1	62	1.04
248653--248708	10	5.0	11	76	18	53	33	0	0	66	0.92
248944--248996	19	2.6	21	82	11	67	50	3	0	45	1.19
251349--251392	19	2.3	19	80	0	61	27	0	0	72	0.85
251533--251583	16	3.2	16	73	13	52	47	0	3	49	1.20
251523--251614	32	3.0	30	81	12	89	48	0	3	47	1.17
251563--251614	15	3.3	15	73	21	52	55	0	0	44	0.99
251533--251619	32	2.7	32	83	5	95	50	0	2	47	1.13
251564--251616	17	3.2	17	76	23	60	56	0	0	43	0.99
252748--252806	25	2.3	25	82	2	64	52	1	0	45	1.10
254075--254104	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
255110--255148	14	2.8	13	81	11	51	46	0	0	53	1.00
255220--255286	21	3.2	22	74	19	63	43	0	8	47	1.34
256755--256816	25	2.5	26	87	7	85	59	0	6	33	1.23
256812--256875	31	2.0	33	85	11	89	56	1	0	42	1.09
256843--256935	27	3.4	28	73	20	88	58	1	0	40	1.05
256818--256885	16	4.2	16	71	26	54	57	1	0	41	1.08
262260--262362	27	3.9	27	79	8	106	24	7	22	45	1.78
265033--265106	27	2.7	27	85	2	94	28	9	16	45	1.78
266634--266675	17	2.4	18	80	8	59	45	0	2	52	1.13
271081--271128	21	2.2	23	85	7	64	66	0	0	33	0.92
272113--272168	20	2.7	20	86	8	67	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272114--272168	22	2.5	21	82	14	67	61	0	0	38	0.96
272732--272803	33	2.2	33	83	11	87	54	1	0	44	1.08
272732--272804	16	4.5	16	70	13	51	54	1	0	43	1.08
273199--273247	23	2.1	23	100	0	98	59	8	0	32	1.27
275020--275489	73	6.5	72	79	6	416	54	11	1	32	1.44
275020--275489	72	6.5	72	80	7	436	54	11	1	32	1.44
275445--275533	44	2.0	44	82	0	106	51	14	2	31	1.55
275901--275946	20	2.5	17	83	16	65	39	0	0	60	0.97
275906--275947	19	2.2	20	87	8	61	42	0	0	57	0.99
276219--276249	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11