genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold6
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1308201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  8  of  11  ( 1316 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
706348--706527	61	3.0	61	92	0	297	40	17	14	28	1.88
711298--711342	16	2.9	15	83	9	63	53	4	0	42	1.21
711303--711352	15	3.3	15	86	8	66	56	2	0	42	1.11
711319--711416	22	4.4	22	80	12	103	56	0	0	43	0.99
711289--711373	9	8.2	10	69	28	54	54	2	0	43	1.13
711289--711381	37	2.4	39	84	12	111	54	2	0	43	1.12
713131--713193	30	2.1	30	82	8	76	49	3	12	34	1.57
715466--715552	41	2.1	42	80	6	97	55	0	1	43	1.07
715497--715567	26	2.7	25	75	14	63	54	0	0	45	0.99
719862--719925	33	1.9	33	83	0	83	25	3	15	56	1.54
720574--720607	14	2.4	14	85	0	50	55	0	0	44	0.99
721684--721749	27	2.4	27	84	2	87	56	1	0	42	1.08
721647--721733	38	2.3	38	82	8	104	55	1	1	42	1.15
721601--721883	100	3.0	96	78	9	280	51	0	3	44	1.21
721880--721933	24	2.4	22	76	11	63	50	0	3	46	1.19
721732--721942	87	2.4	87	78	8	200	50	0	4	45	1.21
723938--723976	18	2.2	17	90	4	60	46	0	0	53	1.00
724668--724697	16	1.9	15	93	6	51	26	16	3	53	1.59
725148--725222	16	4.7	16	80	3	62	5	20	32	42	1.74
725182--725228	16	2.9	16	81	6	60	4	17	34	44	1.68
726656--726694	18	2.2	18	86	4	53	25	17	2	53	1.56
727129--727161	3	11.0	3	93	0	57	66	3	0	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727552--727590	17	2.4	17	82	4	53	48	0	0	51	1.00
728184--728238	20	2.8	20	70	13	51	54	0	0	45	0.99
728539--728597	21	2.9	21	94	2	102	55	0	5	38	1.22
729273--729307	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
729319--729354	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
729568--729635	31	2.3	31	84	5	95	45	0	0	54	0.99
729877--729952	27	2.9	27	80	5	84	56	0	0	43	0.99
729877--729937	25	2.2	28	80	11	74	55	0	0	44	0.99
730195--730245	21	2.5	20	72	15	50	62	5	1	29	1.29
730324--730368	2	23.0	2	90	4	74	51	0	2	46	1.13
731861--731923	21	3.0	21	76	17	60	61	3	0	34	1.12
731854--731906	17	2.9	17	75	20	54	62	1	0	35	1.06
731854--731922	37	1.9	37	82	8	90	62	1	0	36	1.04
732400--732433	14	2.4	14	95	0	59	41	0	8	50	1.34
732816--732857	21	2.0	21	90	4	68	47	0	0	52	1.00
733423--733464	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
735983--736025	22	2.0	22	86	9	61	51	0	0	48	1.00
735992--736087	18	5.4	17	69	16	54	54	0	0	45	0.99
735997--736065	24	3.0	23	80	16	63	53	0	0	46	1.00
735999--736056	30	1.9	31	86	10	84	51	0	0	48	1.00
736010--736085	24	3.2	24	77	14	79	56	0	0	43	0.99
736037--736098	6	9.8	6	72	10	52	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739299--739326	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
741310--741358	5	10.4	5	74	12	50	61	2	0	36	1.08
741310--741363	19	2.9	18	83	8	56	62	3	0	33	1.12
741323--741363	18	2.2	20	86	8	59	68	2	0	29	1.03
742003--742045	16	2.7	16	85	7	52	44	0	0	55	0.99
746663--746824	81	2.0	81	95	0	288	19	21	19	39	1.93
747057--747087	13	2.4	13	88	0	53	38	6	3	51	1.44
748959--748988	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
749918--749975	23	2.5	24	83	13	77	51	0	0	48	1.00
750304--750359	9	6.9	8	81	18	55	28	0	0	71	0.86
750303--750362	21	2.6	23	77	15	61	30	0	0	70	0.88
750303--750361	12	5.0	12	78	17	54	30	0	0	69	0.89
751500--751534	15	2.3	15	100	0	70	34	5	5	54	1.48
752077--752101	13	1.9	13	100	0	50	32	8	0	60	1.26
754633--754688	16	3.6	16	69	11	53	55	0	0	44	0.99
754478--754852	189	2.0	190	94	0	662	38	6	6	47	1.57
755809--755849	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
756332--756378	21	2.2	22	88	7	71	40	0	14	44	1.46
758707--758742	15	2.2	17	90	9	58	30	5	0	63	1.17
762263--762309	21	2.3	20	85	10	60	59	0	0	40	0.97
764547--764598	19	2.6	20	81	9	70	42	0	0	57	0.98
764567--764615	16	3.2	15	86	13	73	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765006--765075	18	3.9	18	69	14	56	54	2	0	42	1.15
765419--765485	27	2.5	26	75	18	64	61	0	1	37	1.05
765844--765938	37	2.7	36	85	11	117	55	0	2	42	1.11
766532--766575	22	2.0	22	86	8	63	52	2	2	43	1.26
767938--767996	19	3.2	19	72	15	61	61	0	1	37	1.07
768442--768485	18	2.6	17	80	13	56	50	0	2	47	1.13
769201--769241	21	2.0	21	85	9	57	51	0	14	34	1.43
769721--769782	21	3.0	21	77	15	67	43	0	0	56	0.99
770029--770104	33	2.3	33	95	0	134	51	2	10	35	1.50
770362--770410	22	2.2	22	82	7	55	32	6	4	57	1.42
771033--771096	17	3.5	18	72	18	51	51	3	1	43	1.26
771044--771353	104	3.0	102	80	7	331	45	3	5	45	1.43
771045--771358	107	3.0	106	82	4	345	46	3	5	44	1.43
771873--771906	16	2.1	16	88	0	50	44	8	5	41	1.60
773838--773870	16	1.9	18	88	11	52	3	12	12	72	1.23
781694--781770	37	2.1	37	95	0	136	27	18	24	29	1.98
783383--783431	10	4.4	12	82	15	61	59	2	0	38	1.09
783391--783429	2	19.5	2	89	0	60	56	0	0	43	0.99
784553--784609	25	2.2	26	84	9	71	47	1	3	47	1.29
785434--785471	18	2.1	18	95	0	67	26	15	10	47	1.78
785606--785657	26	2.0	26	85	7	70	36	5	0	57	1.23
786029--786228	96	2.1	95	83	3	240	40	3	11	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788819--788912	49	1.9	49	87	8	138	29	8	13	47	1.73
791592--792080	79	6.2	79	79	8	469	33	12	25	28	1.92
791593--792080	158	3.1	156	81	6	551	33	12	26	28	1.92
792016--792115	51	2.0	51	88	4	148	38	6	24	32	1.79
792019--792131	51	2.2	51	84	3	147	36	7	23	32	1.84
794471--794587	52	2.3	51	85	2	146	43	14	11	29	1.81
796703--796823	58	2.1	59	84	4	156	28	14	10	45	1.79
798664--798713	18	2.7	19	75	19	52	54	0	4	42	1.19
800364--800415	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
801955--802010	16	3.4	16	80	4	58	50	10	0	39	1.37
804296--804341	21	2.1	22	84	4	58	19	26	19	34	1.96
806850--806949	24	4.0	24	77	10	92	49	20	7	24	1.73
806850--806950	27	3.9	27	80	6	111	49	19	6	23	1.72
808586--808622	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
808949--809000	16	3.1	17	86	8	70	38	1	1	57	1.21
809784--809833	16	3.1	16	88	5	57	36	2	8	54	1.42
809798--809845	16	3.0	16	90	6	62	37	2	8	52	1.44
812970--813023	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
815223--815262	21	1.9	21	85	10	55	52	5	15	27	1.63
819166--819191	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
819300--819371	22	3.4	22	90	5	105	31	20	0	47	1.51
821554--821618	33	2.0	33	87	6	96	33	12	18	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822806--822870	31	2.1	31	94	0	112	41	3	24	30	1.70
823898--823933	17	2.1	17	100	0	72	36	22	16	25	1.94
826128--826168	16	2.6	16	84	0	55	4	14	46	34	1.66
827358--827387	16	1.9	15	93	6	51	30	16	0	53	1.44
829405--829453	20	2.5	20	89	0	71	34	10	22	32	1.88
829640--829671	9	3.6	9	95	0	55	78	3	12	6	1.06
837956--838019	33	2.0	32	87	3	92	31	17	14	37	1.89
837977--838001	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
837990--838056	19	3.5	19	75	4	80	32	16	14	35	1.90
838010--838071	20	3.2	20	74	4	72	33	12	14	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11