genome.fa.s629.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold629
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  578285

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1032--1339	79	3.9	79	83	6	365	31	13	27	26	1.94
1032--1339	157	1.9	159	84	6	412	31	13	27	26	1.94
1270--1371	52	2.0	52	86	7	145	33	9	26	30	1.89
1270--1384	52	2.2	53	83	10	132	32	9	27	30	1.89
1387--1442	28	2.0	28	89	6	87	32	19	26	21	1.97
3543--3572	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
4420--4457	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
4498--4522	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
4531--4659	52	2.5	52	96	0	231	35	17	18	28	1.93
8671--8696	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
10800--10825	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
10886--10958	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
10864--10958	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
13403--13441	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
13427--13505	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
15518--15548	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
17352--17396	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
19590--19615	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
19677--19747	20	3.5	20	76	3	88	29	18	15	36	1.92
19654--19747	41	2.3	42	90	1	154	27	17	13	41	1.87
21231--21281	13	3.9	13	100	0	102	37	15	15	31	1.89
23341--23371	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25175--25219	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
38024--38130	15	6.9	15	72	9	90	82	10	4	2	0.92
38067--38130	8	8.1	8	81	8	78	85	14	0	0	0.59
38071--38130	23	2.7	23	85	10	88	86	13	0	0	0.57
39568--40109	30	18.3	30	88	4	746	28	33	16	20	1.95
39568--40109	89	6.1	89	90	3	758	28	33	16	20	1.95
39568--40109	119	4.6	118	92	2	838	28	33	16	20	1.95
40132--40596	43	10.0	43	74	14	336	24	27	18	29	1.98
40128--40606	92	5.1	92	86	4	625	24	27	17	30	1.97
40445--40597	52	2.9	52	93	0	261	21	26	18	33	1.96
41413--41462	19	2.6	19	93	0	82	32	14	16	38	1.88
41380--41443	32	2.0	33	87	3	94	37	10	15	35	1.83
41484--41508	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
41517--41645	52	2.5	52	96	0	231	34	17	18	29	1.94
44695--44796	41	2.5	41	81	7	118	45	10	25	18	1.82
44822--44960	42	3.2	45	83	11	155	42	12	28	17	1.85
44957--45632	60	11.1	61	85	4	731	25	19	29	25	1.99
44956--45632	121	5.5	119	84	6	766	25	19	29	24	1.99
55979--56103	52	2.4	52	91	2	207	30	16	18	35	1.92
55979--56123	52	2.8	50	85	8	184	31	15	18	33	1.93
56112--56136	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
56177--56243	33	2.0	33	85	0	89	41	13	11	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56199--56223	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
60666--60692	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
62838--62953	51	2.3	51	83	5	137	31	12	26	30	1.92
62782--63114	130	2.6	129	80	8	372	33	14	24	27	1.94
62973--63084	51	2.2	51	87	6	156	32	14	24	29	1.94
65342--65456	20	5.8	20	92	4	196	43	14	16	25	1.86
69772--69800	10	3.0	10	95	5	51	62	10	0	27	1.28
75130--75162	14	2.4	14	94	0	57	87	9	0	3	0.63
76163--76205	14	3.1	14	80	3	52	32	25	6	34	1.83
76708--76817	32	3.4	33	74	8	111	31	27	14	26	1.95
76708--76837	32	4.1	32	75	7	104	31	26	16	24	1.97
76708--76827	64	1.9	64	84	6	163	32	27	15	25	1.95
76936--77156	52	4.2	52	81	2	203	25	22	14	38	1.92
83457--83554	51	1.9	52	85	10	139	33	13	24	28	1.93
83481--83664	79	2.3	79	90	0	278	28	16	28	26	1.97
83539--83738	106	1.9	106	84	3	267	26	15	30	27	1.96
86046--86071	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
86927--87070	42	3.3	43	75	14	136	39	13	27	19	1.89
87057--87247	55	3.3	60	80	10	190	23	20	28	27	1.99
87108--87247	55	2.6	55	88	1	192	21	21	30	27	1.98
87051--87457	210	1.9	211	88	2	613	25	20	28	25	1.99
87265--87512	55	4.4	54	84	7	268	23	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87059--87661	264	2.3	265	85	5	786	24	20	29	26	1.99
87516--87642	61	2.1	61	86	2	175	25	18	30	25	1.98
87381--88096	303	2.3	302	90	2	1083	25	19	28	26	1.99
87681--87815	54	2.5	54	93	3	227	22	21	27	28	1.99
87381--88096	154	4.7	155	85	5	928	25	19	28	26	1.99
87985--88621	60	10.4	61	86	4	786	28	19	26	24	1.99
94744--94979	79	3.0	78	88	6	341	30	16	27	25	1.96
94931--95006	27	2.8	28	85	2	91	18	19	36	25	1.94
94853--95054	106	1.9	107	86	3	291	26	15	30	26	1.96
97167--97192	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
97779--97823	22	2.0	23	83	12	58	44	0	26	28	1.55
100409--100609	88	2.3	88	80	4	217	33	12	24	29	1.93
102925--103212	149	1.9	149	86	5	409	32	20	21	25	1.97
103749--103822	20	3.7	20	80	3	94	36	13	20	29	1.91
103767--103842	21	3.7	21	79	10	102	42	11	18	27	1.85
103749--103842	41	2.3	41	98	0	179	39	12	19	28	1.88
103881--103906	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
104364--104430	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
107644--107668	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
109487--109560	20	3.7	20	80	3	94	36	13	20	29	1.91
109505--109580	21	3.7	21	79	10	102	42	11	18	27	1.85
109487--109580	41	2.3	41	98	0	179	39	12	19	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109619--109644	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
110102--110168	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
111821--111856	18	2.0	18	88	0	54	13	16	5	63	1.47
112265--112731	165	2.8	163	83	4	571	50	8	10	29	1.67
116464--116489	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116528--116603	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
116549--116621	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
116528--116621	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
117229--117335	53	2.0	53	98	0	205	33	25	5	35	1.79
119120--119158	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
119144--119222	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
121237--121267	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
125329--125354	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
125393--125468	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
125414--125486	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
125393--125486	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
128322--128400	33	2.4	33	95	0	149	36	16	12	34	1.87
128338--128401	20	3.5	20	68	27	70	37	17	12	32	1.87
128430--128481	20	2.7	20	87	3	70	34	21	15	28	1.94
130844--130883	21	2.0	20	85	5	53	45	0	22	32	1.53
136189--136312	52	2.4	51	91	4	196	29	16	18	35	1.93
136189--136332	52	2.8	50	83	13	168	30	16	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136321--136345	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
136386--136452	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
136408--136432	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
136975--137355	169	2.2	170	82	6	439	36	14	26	22	1.93
137259--137781	49	10.7	49	82	7	629	31	17	26	24	1.97
137259--137781	101	5.4	100	86	8	659	31	17	26	24	1.97
137501--137786	43	6.1	44	78	13	270	31	17	27	23	1.97
137250--137781	144	3.6	144	87	4	737	31	17	26	24	1.97
137545--137786	95	2.5	94	88	6	344	31	17	27	23	1.97
137249--137781	193	2.7	192	84	7	596	31	17	26	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5