genome.fa.s629.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold629
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  578285

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137781--137851	33	2.1	35	94	5	128	21	16	36	25	1.94
137835--138729	71	13.6	67	78	13	664	31	12	34	20	1.91
137835--138734	34	27.3	34	76	15	665	31	12	34	21	1.91
137964--138017	27	2.0	27	92	0	90	22	14	40	22	1.90
137887--138637	98	7.6	96	77	13	361	32	12	34	20	1.90
137930--138706	61	11.9	62	76	16	490	31	12	34	21	1.91
138190--138241	27	1.9	27	92	0	86	21	15	36	26	1.93
137836--138768	132	7.1	129	79	12	783	32	12	33	21	1.91
137855--138706	97	8.7	95	76	16	580	32	12	34	20	1.91
138518--138706	63	3.0	63	91	2	285	32	13	31	22	1.93
138650--138767	30	3.8	31	84	4	121	31	17	27	22	1.97
140040--140083	19	2.3	19	84	7	54	6	18	9	65	1.42
147014--147137	52	2.4	51	91	4	196	29	16	18	35	1.93
147014--147157	52	2.8	50	83	13	168	30	16	18	34	1.94
147146--147170	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
147211--147277	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
147233--147257	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
151446--151497	13	3.8	13	76	18	61	26	13	15	44	1.84
151518--151590	20	3.7	19	87	7	101	28	16	13	41	1.87
153871--154037	51	3.3	50	87	3	226	29	26	12	31	1.93
153974--154324	76	4.5	76	89	3	490	27	25	13	32	1.94
154284--154399	51	2.3	51	81	0	133	31	27	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154251--154556	158	1.9	157	80	4	357	29	25	14	31	1.94
154442--154559	51	2.3	51	83	1	157	28	27	14	29	1.95
154410--154746	129	2.6	127	75	8	336	28	24	12	33	1.92
160823--161110	45	6.6	41	75	13	168	19	27	14	39	1.90
160823--161148	43	7.4	45	78	10	288	19	26	14	38	1.91
160823--161058	88	2.6	89	85	4	298	18	27	14	39	1.90
160864--161104	134	1.8	133	88	0	374	19	26	14	40	1.89
160864--161148	134	2.2	130	83	5	358	19	25	14	40	1.90
161239--161803	64	9.0	63	84	6	718	23	26	19	30	1.98
161239--161805	189	3.0	188	92	2	931	23	26	19	31	1.98
161705--161900	96	2.0	96	94	1	340	21	27	19	31	1.97
161426--162620	409	2.9	408	89	3	1841	23	26	19	30	1.98
161621--162023	220	1.8	218	90	3	657	23	28	18	29	1.98
161802--162200	123	3.2	123	84	5	484	23	27	20	28	1.99
161295--163243	532	3.7	519	78	11	1629	23	26	19	30	1.98
161837--162209	64	6.0	62	82	5	439	23	27	20	29	1.99
161837--162209	187	2.0	187	89	2	579	23	27	20	29	1.99
161837--162210	124	3.0	125	86	3	470	23	27	20	29	1.99
162214--162734	60	8.4	60	79	8	512	23	27	20	29	1.99
162120--162308	98	1.9	99	86	1	272	20	26	20	32	1.97
162211--162734	123	4.2	123	85	4	653	23	26	20	29	1.99
162246--162750	188	2.7	186	86	4	667	23	26	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162753--162890	63	2.2	61	91	5	215	25	28	21	25	1.99
162940--163243	61	5.0	61	86	7	377	24	24	20	30	1.98
163259--163374	45	2.7	43	82	6	144	19	27	13	38	1.90
163418--163520	40	2.5	41	82	7	120	17	29	10	42	1.83
164111--164165	20	2.8	20	88	5	76	25	16	14	43	1.86
164148--164178	13	2.4	13	94	0	53	29	16	12	41	1.85
164128--164193	33	2.0	33	93	0	114	28	16	13	40	1.87
164111--164193	20	4.6	18	72	25	68	27	15	14	42	1.86
166486--166661	51	3.5	51	80	8	189	27	25	11	35	1.91
166604--166898	79	3.8	78	81	6	319	28	23	13	34	1.93
166834--166949	51	2.3	51	83	0	142	30	23	12	33	1.92
166933--167008	28	2.7	30	82	10	97	27	31	15	25	1.96
166994--167110	51	2.3	51	87	0	171	29	27	11	31	1.92
166803--167144	158	2.2	158	81	3	393	28	25	13	33	1.93
168411--168436	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
168391--168454	32	2.0	33	87	3	94	29	14	15	40	1.86
169087--169123	13	2.8	13	87	0	56	35	16	13	35	1.88
170155--170179	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
170188--170313	52	2.4	52	90	0	207	36	19	17	26	1.94
177493--177568	12	6.9	11	78	15	61	39	1	48	10	1.46
177483--177573	33	2.8	30	77	12	76	43	1	45	9	1.44
177513--177573	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177483--177601	42	2.8	42	90	0	184	42	0	45	10	1.45
184993--185035	22	2.0	22	90	4	70	44	0	25	30	1.55
185607--185652	19	2.4	19	92	0	74	36	10	23	28	1.89
185686--185749	33	2.0	33	87	3	94	28	15	15	40	1.88
191994--192018	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
191978--192040	33	1.9	33	86	0	90	34	12	12	39	1.82
192084--192108	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
192117--192237	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
197242--197315	20	3.7	20	83	1	94	39	10	18	31	1.86
198986--199052	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
199521--199547	13	2.1	13	100	0	54	33	14	22	29	1.94
203472--203620	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
203609--203633	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
203696--203720	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
204127--204229	46	2.2	46	96	0	188	32	34	3	29	1.76
205084--205108	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
205663--205709	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
207075--207116	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
213451--213490	20	2.0	20	90	0	62	12	22	27	37	1.90
213453--213496	20	2.2	20	83	0	52	15	20	27	36	1.93
213522--213559	15	2.6	15	83	4	51	50	2	0	47	1.15
218275--218383	50	2.2	50	89	0	164	26	14	11	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219264--219306	22	2.0	23	86	9	63	23	25	16	34	1.95
219195--219601	204	2.0	204	96	0	744	21	19	17	41	1.90
225480--225547	22	3.1	22	77	14	61	70	11	11	5	1.32
226907--227507	27	21.9	27	86	3	713	23	30	15	31	1.95
226907--227507	82	7.3	82	86	3	681	23	30	15	31	1.95
227211--227911	28	25.1	28	80	5	342	27	29	16	26	1.97
227360--227916	56	9.9	56	80	4	383	28	28	16	26	1.97
227483--227888	141	2.9	139	78	7	394	31	27	16	25	1.97
228776--228848	20	3.7	20	78	7	85	31	12	13	42	1.81
233575--233633	27	2.2	27	90	0	91	22	16	35	25	1.95
235932--235988	20	2.8	20	82	7	71	43	14	10	31	1.79
235907--236070	71	2.3	71	88	2	231	43	13	14	28	1.83
236003--236059	20	2.8	20	78	0	69	40	12	14	33	1.83
236449--237063	28	21.6	28	85	5	725	21	17	30	30	1.96
252280--252317	20	1.9	20	94	0	67	44	10	13	31	1.77
252255--252418	71	2.3	71	86	2	213	42	14	14	28	1.84
252351--252407	20	2.8	20	83	0	78	40	14	14	31	1.85
255368--255392	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
255350--255413	32	2.0	33	90	3	103	40	15	14	29	1.86
258047--258081	12	2.8	13	86	4	54	40	20	14	25	1.90
267238--267694	28	16.3	28	77	7	374	26	17	27	28	1.98
267238--267694	56	8.1	57	82	5	477	26	17	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267238--267694	113	4.1	112	79	6	489	26	17	27	28	1.98
267660--268499	27	30.8	27	85	2	840	28	14	32	24	1.94
267250--268494	81	15.1	82	79	8	646	27	14	30	26	1.95
273829--274149	166	1.9	165	84	3	430	32	13	9	45	1.75
273841--274265	166	2.6	165	81	5	414	33	12	9	45	1.73
274946--274989	22	2.1	21	83	8	54	15	2	18	63	1.41
275039--275078	21	1.9	21	85	10	55	22	7	15	55	1.65
276010--276754	156	4.8	154	81	5	793	26	16	18	38	1.92
276018--276754	311	2.4	310	82	7	884	26	16	18	38	1.92
280730--280766	11	3.2	12	88	11	60	86	0	8	5	0.70

Tables:   1   2   3   4   5