genome.fa.s63.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold63
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2211945

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057324--2057371	19	2.5	20	79	6	62	47	2	12	37	1.53
2057446--2057505	27	2.1	28	84	6	77	53	1	3	41	1.27
2057458--2057521	27	2.4	26	82	10	76	53	0	0	46	1.00
2057458--2057505	8	5.5	8	79	16	51	56	0	0	43	0.99
2057468--2057528	19	3.3	19	80	11	63	52	0	0	47	1.00
2057859--2057890	15	2.1	15	94	0	55	46	0	0	53	1.00
2058631--2058663	17	1.9	17	93	0	57	48	9	0	42	1.35
2058657--2058686	11	2.7	11	94	0	51	60	0	0	40	0.97
2058998--2059065	23	2.9	23	72	16	59	45	0	0	54	0.99
2060311--2060348	17	2.2	18	86	13	53	52	0	0	47	1.00
2060357--2060399	18	2.3	19	80	4	52	62	0	2	34	1.08
2061714--2061751	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2062111--2062135	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2062194--2062218	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
2062202--2062232	9	3.3	9	95	4	53	87	0	12	0	0.55
2062200--2062233	14	2.5	14	90	4	52	85	0	14	0	0.60
2062195--2062232	5	7.6	5	85	8	51	86	0	13	0	0.56
2062535--2062601	29	2.4	28	82	7	82	44	0	1	53	1.09
2066267--2066358	44	2.2	43	88	7	143	48	6	14	30	1.68
2066875--2066934	3	20.0	3	89	0	84	0	40	0	60	0.97
2067860--2067910	20	2.6	21	81	12	63	41	0	5	52	1.25
2071855--2071937	17	5.4	17	72	25	60	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2071852--2071943	14	6.1	15	69	15	57	42	0	0	57	0.98
2072036--2072071	18	2.0	18	94	0	63	47	0	13	38	1.44
2072217--2072250	18	1.9	18	94	5	61	55	0	0	44	0.99
2072252--2072320	16	4.5	15	72	18	61	47	1	0	50	1.09
2075675--2075717	21	2.0	21	90	9	68	44	0	2	53	1.13
2076951--2076981	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2077332--2077361	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
2081658--2081705	20	2.5	19	80	12	53	37	6	0	56	1.25
2084158--2084191	13	2.7	12	90	9	50	67	0	2	29	1.05
2084161--2084200	19	2.1	19	85	0	53	70	0	2	27	1.01
2084920--2084992	23	3.1	23	72	7	58	58	9	1	30	1.38
2084930--2084995	27	2.4	28	80	12	73	56	12	1	30	1.45
2085022--2085065	21	2.0	21	86	8	61	52	0	2	45	1.13
2086251--2086277	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2088291--2088362	30	2.5	28	69	13	74	55	1	0	43	1.08
2088526--2088553	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2088764--2088804	2	21.0	2	92	5	66	46	0	2	51	1.14
2089636--2089829	96	2.0	97	98	1	381	43	4	5	47	1.44
2092953--2093019	24	3.0	24	82	10	72	49	0	4	46	1.22
2093374--2093412	21	2.0	21	90	10	64	46	7	7	38	1.61
2093602--2093626	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2096990--2097040	6	8.5	6	85	8	50	25	37	19	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2096990--2097040	12	4.2	12	80	9	59	25	37	19	17	1.94
2096988--2097040	18	2.9	18	78	10	63	24	35	22	16	1.95
2099230--2099259	2	15.0	2	92	0	51	46	3	50	0	1.18
2099420--2099468	21	2.3	21	83	13	57	38	0	4	57	1.18
2101409--2101449	14	2.9	14	81	3	55	60	0	0	39	0.96
2101734--2101770	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2101957--2101996	17	2.4	16	87	4	53	45	2	0	52	1.14
2102447--2102535	37	2.4	38	77	9	94	42	2	1	53	1.20
2102563--2102598	18	2.0	18	89	10	56	52	0	2	44	1.15
2102575--2102632	26	2.2	27	79	14	68	60	3	0	36	1.14
2103654--2103707	21	2.6	22	80	11	69	53	0	9	37	1.33
2103797--2103882	31	2.9	31	80	10	92	59	2	0	38	1.10
2103822--2103898	25	3.0	27	77	11	72	59	1	0	38	1.06
2106629--2106688	32	1.9	31	86	3	84	56	0	0	43	0.99
2114458--2114505	4	12.0	4	90	0	78	25	2	22	50	1.60
2114546--2114574	13	2.3	13	94	5	51	0	13	0	86	0.58
2115646--2115674	15	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
2115984--2116058	25	2.8	25	80	11	62	46	5	0	48	1.25
2119793--2119831	17	2.3	17	86	0	51	61	5	0	33	1.18
2121054--2121093	17	2.4	17	87	4	55	45	2	0	52	1.14
2126924--2127036	39	3.0	37	71	19	101	56	0	0	42	1.05
2127718--2127757	19	2.2	19	86	8	57	37	0	5	57	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128608--2128643	17	2.1	17	89	0	54	41	2	0	55	1.14
2130295--2130388	27	3.5	27	78	15	97	40	2	2	55	1.24
2130350--2130390	12	3.2	12	86	13	55	43	0	0	56	0.99
2132867--2132904	15	2.6	15	87	4	51	52	7	0	39	1.31
2134894--2134927	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
2137355--2137384	13	2.2	14	94	5	53	30	3	0	66	1.07
2137744--2137789	19	2.3	20	88	3	67	58	2	0	39	1.10
2138342--2138393	11	5.1	11	72	23	51	46	0	0	53	1.00
2139263--2139297	8	4.4	8	96	0	52	51	5	0	42	1.25
2139260--2139297	12	3.2	12	92	0	58	50	7	0	42	1.31
2139267--2139297	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
2139297--2139342	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
2140383--2140422	9	4.8	9	82	17	59	57	0	0	42	0.98
2141604--2141650	2	23.5	2	91	0	76	48	2	2	46	1.25
2141445--2141803	179	2.0	179	99	0	709	41	10	12	35	1.77
2142471--2142522	27	2.0	26	81	11	61	44	0	0	55	0.99
2142514--2142562	21	2.4	20	80	12	55	48	2	0	48	1.12
2142536--2142609	10	7.2	10	79	13	62	33	0	1	64	1.02
2142545--2142618	19	3.7	19	77	15	78	31	0	1	67	0.99
2142550--2142623	27	2.8	26	75	18	73	31	0	1	67	0.99
2142559--2142640	33	2.5	34	84	9	100	30	1	1	67	1.06
2142551--2142640	11	8.5	11	76	15	82	31	1	1	66	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144344--2144382	4	9.8	4	100	0	78	76	0	0	23	0.78
2144507--2144532	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2144773--2144802	13	2.3	13	94	0	51	50	0	0	50	1.00
2146392--2146418	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2146591--2146631	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2147056--2147092	18	2.0	20	89	10	60	43	0	2	54	1.14
2147822--2147867	24	1.9	24	86	8	67	80	2	2	15	0.91
2147371--2148373	252	4.0	252	95	2	1817	48	4	7	39	1.52
2148063--2148108	16	2.9	16	83	0	56	78	2	2	17	0.96
2147374--2148380	496	2.0	500	95	2	1817	48	4	7	39	1.53
2148322--2148355	11	3.0	11	86	4	50	85	0	2	11	0.71
2148302--2148351	25	2.0	26	84	4	66	78	2	4	16	1.00
2149059--2149109	21	2.3	23	80	10	70	54	1	1	41	1.22
2149343--2149389	23	2.0	23	87	0	67	40	12	8	38	1.74
2150133--2150159	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2151493--2151529	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2154613--2154637	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
2155327--2155387	27	2.4	25	73	10	61	50	4	0	44	1.23
2155781--2155825	19	2.4	19	84	0	54	71	2	0	26	0.98
2156472--2156511	21	1.9	21	94	0	71	70	0	0	30	0.88
2157477--2157508	6	5.3	6	92	0	55	50	0	0	50	1.00
2161341--2161377	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164548--2164577	15	2.0	15	93	0	51	43	3	13	40	1.60
2164889--2164921	13	2.4	14	90	5	50	48	0	0	51	1.00
2165181--2165654	238	2.0	239	85	2	641	41	11	9	37	1.74
2167078--2167105	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
2169256--2169296	20	2.0	20	86	9	57	43	0	0	56	0.99
2169321--2169396	15	5.2	15	76	13	61	56	0	0	43	0.99
2171138--2171180	19	2.5	17	85	14	54	32	2	2	62	1.20
2171199--2171278	24	3.3	23	72	16	65	52	0	0	47	1.00
2171278--2171317	20	2.0	20	85	9	55	42	5	0	52	1.23
2172744--2172786	9	4.8	9	82	8	52	9	11	0	79	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16