genome.fa.s680.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold680
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1139231

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1051--1107	28	2.0	29	83	10	73	47	0	7	45	1.30
1404--1437	3	11.0	3	93	6	59	32	2	0	64	1.08
1712--1763	25	2.2	25	82	6	63	51	3	1	42	1.31
1813--1848	18	2.0	18	88	0	54	61	2	0	36	1.11
2650--2915	132	2.0	133	85	7	357	49	6	3	41	1.42
2858--2907	17	3.0	17	74	8	50	46	2	2	50	1.24
2929--2963	14	2.5	14	85	0	52	57	0	0	42	0.99
3365--3419	26	2.0	26	86	10	74	32	1	0	65	1.03
3371--3484	42	3.0	39	75	15	105	34	3	0	62	1.12
13580--13631	21	2.4	21	80	3	59	46	1	1	50	1.23
14841--14880	18	2.2	19	86	4	55	37	12	10	40	1.77
15140--15179	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
16444--16550	21	5.1	21	70	4	65	28	11	16	43	1.82
21539--21702	51	3.2	51	92	0	265	38	12	18	30	1.88
21766--21803	20	1.9	20	94	0	67	31	13	7	47	1.71
23713--23784	31	2.3	31	87	0	108	54	1	2	41	1.23
24138--24213	28	2.7	27	69	18	66	50	0	0	50	1.00
24212--24258	20	2.2	21	85	7	60	57	0	6	36	1.24
24358--24420	18	3.1	21	71	19	62	39	1	0	58	1.07
24329--24419	42	2.2	43	81	15	111	40	3	1	54	1.24
24432--24468	15	2.5	15	86	0	56	64	0	0	35	0.94
30933--31020	29	3.0	29	93	0	140	34	21	18	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34210--34275	20	3.7	20	73	26	83	34	12	18	34	1.88
34231--34288	13	3.9	13	73	26	53	36	13	17	32	1.89
34211--34312	33	3.1	33	97	1	188	35	11	17	35	1.87
34211--34340	65	2.0	65	82	10	158	37	13	16	32	1.88
34350--34374	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
34383--34511	52	2.5	52	97	0	240	34	17	18	28	1.94
48344--48442	20	5.1	18	81	12	108	85	8	4	2	0.78
48346--48448	14	7.7	13	77	20	97	86	7	3	1	0.76
48346--48448	28	3.8	26	79	8	109	86	7	3	1	0.76
48344--48460	39	3.0	38	80	13	116	84	10	3	1	0.81
48346--48460	18	6.1	19	77	8	87	85	9	3	1	0.79
48346--48460	27	4.2	27	76	12	110	85	9	3	1	0.79
48344--48460	13	9.6	12	77	15	73	84	10	3	1	0.81
48346--48445	1	100.0	1	73	0	83	87	7	4	2	0.74
49892--50313	58	7.3	56	84	7	402	31	32	16	19	1.94
49892--50285	89	4.5	84	82	10	409	31	32	15	19	1.94
49895--50313	147	2.9	146	87	7	552	32	32	16	19	1.94
50330--50609	49	5.8	49	77	7	279	25	25	18	30	1.98
50339--50467	43	2.9	43	83	6	141	25	27	17	28	1.98
50322--50618	92	3.1	96	84	6	370	24	25	18	31	1.97
51350--51374	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
51436--51460	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51469--51597	52	2.5	52	96	0	240	35	18	17	27	1.94
53714--53763	27	2.0	26	84	11	68	24	40	16	20	1.91
57202--57291	17	4.9	17	73	16	74	48	0	2	48	1.13
57165--57291	55	2.3	52	82	14	141	47	0	3	48	1.20
58302--58347	15	3.0	16	75	12	51	43	0	2	54	1.12
58332--58387	22	2.5	22	80	16	62	33	3	1	60	1.24
58565--58608	14	3.1	14	78	15	54	65	0	0	34	0.93
58561--58614	16	3.5	15	85	9	74	64	0	0	35	0.94
59692--59755	31	2.1	31	82	11	78	54	7	1	35	1.39
62296--62322	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
63076--63117	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
67371--67409	11	3.5	11	85	0	60	56	0	0	43	0.99
67592--67648	28	2.1	26	78	12	60	49	0	0	50	1.00
67633--67678	18	2.5	19	75	13	51	54	0	0	45	0.99
67689--67719	12	2.5	13	94	5	55	70	0	0	29	0.87
69217--69249	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
69357--69402	17	2.8	17	81	12	51	21	4	0	73	1.00
74673--74739	30	2.2	31	91	2	109	37	10	17	34	1.85
74806--74831	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
83274--83321	19	2.5	20	89	3	71	37	16	16	29	1.91
84390--84421	16	2.0	16	93	0	55	93	3	3	0	0.40
84389--84425	11	3.4	11	88	11	58	89	2	8	0	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84497--84586	19	4.6	20	74	12	62	60	0	0	40	0.97
84532--84583	11	5.0	11	75	13	56	53	0	0	46	1.00
85149--85194	17	2.7	18	87	9	62	50	0	4	45	1.21
85189--85267	27	3.1	26	72	16	76	65	0	1	32	1.00
85229--85273	23	2.0	23	82	8	56	57	0	4	37	1.19
86195--86251	20	2.9	21	79	10	66	24	1	0	73	0.92
86224--86293	24	3.0	23	72	15	63	38	2	0	58	1.13
86999--87051	20	2.7	20	83	13	74	66	0	0	33	0.92
87352--87436	27	3.0	27	77	13	80	34	1	2	62	1.16
87352--87430	29	2.7	29	82	7	88	32	1	2	63	1.16
87478--87512	16	2.1	17	89	5	54	42	0	5	51	1.25
88312--88366	14	4.2	13	71	17	51	72	0	5	21	1.04
88650--88684	15	2.2	17	90	10	56	71	0	5	22	1.07
89398--89428	14	2.2	14	94	0	53	45	0	0	54	0.99
89813--89856	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
90253--90284	14	2.3	14	94	0	55	53	0	6	40	1.26
91958--91996	20	1.9	21	84	5	53	28	5	5	61	1.39
92127--92174	21	2.3	20	82	10	53	31	2	6	60	1.33
92245--92340	29	3.3	29	79	2	104	56	4	3	36	1.34
92249--92336	28	3.1	28	80	1	86	56	4	3	35	1.36
92748--92792	23	2.0	23	86	0	63	31	0	13	55	1.38
93316--93364	25	2.0	25	88	7	75	30	2	0	67	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93469--93507	13	3.1	13	81	3	53	56	0	0	43	0.99
93411--93510	25	4.1	25	67	25	70	50	1	0	49	1.07
93570--93659	19	5.3	18	75	18	68	40	0	0	60	0.97
93622--93680	19	3.1	19	80	9	66	52	0	0	47	1.00
93570--93674	18	6.1	18	77	15	80	41	0	0	58	0.98
94832--94882	22	2.3	23	86	10	70	41	0	1	56	1.10
95228--95273	17	2.7	17	79	0	56	45	13	0	41	1.43
95267--95307	16	2.4	17	84	8	57	65	0	2	31	1.05
96504--96544	20	2.0	20	86	9	57	31	0	2	65	1.05
96804--96845	16	2.7	16	88	3	59	57	2	7	33	1.39
97457--97518	18	3.2	20	75	20	60	53	0	0	46	1.00
97483--97532	26	1.9	27	84	8	68	50	0	0	50	1.00
98741--98777	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
99486--99552	30	2.2	30	86	0	89	28	4	5	61	1.39
100513--100542	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
100773--100797	12	2.1	12	100	0	50	56	0	8	36	1.29
101225--101373	59	2.6	56	84	9	203	32	11	1	55	1.44
101405--101451	23	2.0	24	84	8	62	38	0	0	61	0.96
102557--102620	29	2.2	30	88	2	94	57	1	6	34	1.33
103629--103676	20	2.3	20	75	10	53	52	0	0	47	1.00
103662--103701	14	3.1	14	75	20	50	40	0	0	60	0.97
103901--103942	18	2.5	16	88	7	57	76	0	2	21	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103948--103972	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
104049--104109	26	2.4	26	78	13	65	44	0	0	55	0.99
104063--104111	12	4.2	11	77	12	53	48	0	0	51	1.00
105333--105390	30	1.9	31	86	10	84	53	0	5	41	1.23
105333--105395	15	4.1	15	80	10	65	53	0	6	39	1.26
105337--105400	29	2.1	32	80	13	73	53	1	6	39	1.36
107246--107275	15	1.9	15	93	6	51	13	0	3	83	0.77
117279--117303	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
120597--120638	8	5.0	9	86	11	54	50	0	0	50	1.00
120597--120633	17	2.2	17	95	0	65	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4