genome.fa.s680.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold680
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1139231

Tables:   1   2   3   4   

This is table  3  of  4  ( 462 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857699--858061	55	6.3	56	86	9	500	26	20	24	27	1.99
857508--858266	172	4.5	172	81	10	830	27	20	26	25	1.99
857503--858061	117	4.8	117	80	11	576	27	20	25	25	1.99
857926--858210	150	1.9	152	88	4	439	27	20	27	25	1.99
858132--858265	55	2.4	55	90	2	198	23	20	27	28	1.99
859355--859436	9	8.8	9	84	11	103	2	2	8	86	0.74
859354--859436	1	83.0	1	73	0	67	2	2	8	86	0.74
871742--871912	51	3.4	50	81	6	191	29	12	29	29	1.93
872040--872215	51	3.5	51	77	8	180	35	13	22	28	1.92
874554--874581	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
874565--874620	20	2.8	20	76	12	62	41	17	17	23	1.90
874505--874683	82	2.2	82	86	2	261	39	15	17	27	1.90
874636--874665	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
878239--878291	20	2.6	21	85	11	74	37	9	18	33	1.83
883074--883127	20	2.7	20	88	5	74	35	14	14	35	1.88
883771--883856	26	3.2	25	82	11	75	40	24	3	31	1.72
884263--884349	20	4.7	20	73	21	73	28	17	12	41	1.86
884263--884329	33	2.0	33	88	5	100	26	17	13	41	1.87
884280--884310	13	2.4	13	94	0	53	29	19	12	38	1.89
886647--886814	51	3.3	51	78	2	169	27	24	13	33	1.93
886883--886955	28	2.6	28	80	0	83	20	32	21	24	1.97
886939--887057	51	2.3	51	82	2	150	30	28	11	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886990--887290	79	3.8	78	77	7	250	29	23	12	34	1.92
887413--887581	51	3.3	50	77	6	169	30	26	11	32	1.91
897194--897231	19	2.0	19	100	0	76	47	26	10	15	1.78
901172--901588	55	7.4	55	83	7	496	29	26	20	23	1.99
901455--901876	164	2.7	148	84	6	459	27	28	20	23	1.99
901602--901961	55	6.4	55	83	5	404	27	27	21	24	1.99
901512--901682	94	1.8	94	88	2	263	27	29	19	22	1.98
901599--901961	109	3.2	109	83	5	422	27	27	20	24	1.99
901342--901846	258	1.9	262	89	4	795	27	28	20	23	1.99
904225--904274	20	2.5	20	96	0	91	38	12	20	30	1.88
908156--908200	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
910408--910433	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
910816--911106	72	4.1	72	76	10	260	55	12	2	29	1.50
911182--911304	40	3.3	38	69	21	107	58	8	1	30	1.38
910932--911294	188	2.0	180	87	5	521	55	10	3	30	1.51
911112--912191	218	5.0	216	84	5	1297	55	9	2	31	1.46
911643--911716	26	2.6	27	79	12	78	59	4	1	35	1.25
912111--912171	26	2.3	28	75	16	67	60	3	0	36	1.13
911112--912191	73	14.9	72	81	5	1108	55	9	2	31	1.46
912320--912386	23	2.8	25	76	15	77	56	7	0	35	1.27
913307--913358	24	2.1	25	92	3	88	23	7	40	28	1.82
914012--914066	19	3.0	18	84	10	76	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914013--914090	31	2.6	29	75	15	79	43	1	0	55	1.08
914395--914434	20	1.9	22	90	10	66	57	2	0	40	1.12
917208--917267	24	2.5	25	78	8	70	30	30	3	36	1.74
923489--923576	14	6.9	14	68	19	66	29	26	4	39	1.76
923486--923562	24	3.2	24	96	0	136	29	27	2	40	1.70
923513--923591	38	2.1	38	85	0	104	26	26	7	39	1.83
923586--923624	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
925730--925771	21	2.0	22	85	4	59	59	4	19	16	1.54
945184--945247	32	2.0	33	87	3	94	40	14	15	29	1.86
947237--948065	79	10.5	79	79	5	687	27	23	13	34	1.93
947256--948065	158	5.1	159	83	3	864	28	24	13	34	1.93
947256--948065	159	5.1	157	82	4	781	28	24	13	34	1.93
958868--959023	79	2.0	79	81	5	181	33	15	25	25	1.95
958976--959073	51	1.9	51	80	0	115	33	10	25	30	1.89
959183--959292	51	2.2	51	83	0	130	33	9	27	30	1.88
959405--959478	28	2.6	28	82	0	103	27	18	28	25	1.98
960405--961570	52	24.9	50	70	16	441	31	17	25	25	1.97
960397--961581	87	12.6	97	80	10	548	31	17	25	25	1.97
960708--961034	39	7.7	39	72	18	260	27	19	27	25	1.99
960659--961170	87	5.9	87	89	4	743	27	18	26	26	1.98
961182--961272	43	2.1	43	85	0	119	30	17	25	26	1.97
961097--961571	101	4.8	101	83	5	503	33	17	24	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
961480--961569	43	2.1	43	85	0	117	32	17	25	24	1.97
961604--961661	27	2.2	26	84	6	80	34	12	31	22	1.91
961575--961695	60	2.0	62	86	3	174	34	11	31	22	1.90
961610--961662	27	2.0	27	92	0	88	28	13	33	24	1.93
961630--961785	34	4.8	34	72	15	116	34	12	32	21	1.90
961664--961785	61	2.0	61	83	0	154	33	12	31	22	1.91
961585--961769	95	2.0	94	87	5	266	35	10	31	22	1.88
961732--962232	31	16.0	30	80	8	468	32	14	28	23	1.95
961732--962214	157	3.1	156	84	5	593	32	15	28	23	1.95
961766--962224	187	2.4	187	88	3	658	32	15	28	24	1.95
963533--963574	21	2.0	21	86	13	59	9	7	11	71	1.31
969927--970025	51	1.9	51	83	0	126	33	11	25	30	1.90
969999--970144	75	2.0	74	81	1	175	33	13	23	30	1.92
970131--970246	51	2.3	51	86	0	160	31	11	28	29	1.91
970056--970382	130	2.6	125	79	9	365	32	11	25	29	1.92
970284--970379	46	2.1	47	90	2	149	36	12	22	28	1.91
970184--970328	79	1.8	79	84	7	197	31	12	26	28	1.93
970355--970428	28	2.6	28	84	0	112	27	20	28	24	1.99
973773--973901	52	2.5	52	98	0	249	27	18	18	34	1.95
973910--973934	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
973956--974020	19	3.7	19	73	23	70	40	16	10	32	1.84
973951--974018	32	2.1	32	94	0	118	38	17	10	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973975--973999	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
974660--975575	49	17.9	52	74	13	430	34	15	24	25	1.95
974609--975022	227	1.8	228	86	3	611	36	14	24	24	1.93
974950--975580	49	12.9	49	79	11	677	33	16	24	25	1.96
974941--975574	104	6.5	98	83	10	667	33	16	24	25	1.96
974950--975573	153	4.2	149	85	7	771	33	16	24	25	1.96
975293--975576	94	3.1	92	90	5	446	33	16	23	26	1.96
975581--975701	32	3.8	32	91	1	170	18	19	31	30	1.96
975712--975936	36	6.8	34	76	13	193	31	13	34	20	1.91
975718--975874	67	2.4	63	78	7	161	31	14	34	19	1.92
975730--975935	100	2.1	99	93	0	349	31	13	35	19	1.91
975776--976003	31	7.2	32	75	11	136	32	14	32	20	1.92
975918--975997	30	2.6	30	88	2	115	31	20	25	23	1.98
984223--984342	52	2.3	52	95	1	215	28	19	16	35	1.93
984351--984409	13	4.9	13	73	26	67	35	13	16	33	1.88
984351--984430	34	2.4	34	100	0	160	35	12	17	35	1.88
984447--984514	32	2.1	32	88	0	100	41	13	10	35	1.78
989093--989130	17	2.2	17	90	0	58	86	2	10	0	0.66
989092--989138	9	5.2	9	84	7	60	85	2	12	0	0.70
990106--990495	61	6.4	61	83	2	487	25	25	19	29	1.98
993448--994051	79	7.6	76	79	6	482	27	23	13	35	1.93
993448--994049	158	3.8	156	80	4	598	27	23	13	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
993446--994049	237	2.5	236	81	7	686	27	23	13	35	1.93
993990--994101	51	2.2	51	100	0	224	30	31	10	27	1.90
993924--994168	130	1.9	130	82	3	305	29	25	12	32	1.92
995746--995773	12	2.3	12	100	0	56	39	0	7	53	1.28
1001248--1001543	118	2.5	118	84	1	378	32	17	16	33	1.93
1002408--1002442	11	3.2	11	95	0	61	0	20	0	80	0.72
1002396--1002442	18	2.6	17	80	12	58	2	19	0	78	0.85
1003478--1003561	28	3.0	28	85	3	98	19	15	30	34	1.93
1003509--1003574	28	2.4	27	85	7	87	21	18	27	33	1.96
1003654--1003769	28	4.2	28	75	6	103	25	18	25	31	1.98

Tables:   1   2   3   4