genome.fa.s680.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold680
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1139231

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121777--121802	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
121758--121823	33	2.0	34	87	3	98	42	16	13	27	1.86
122917--122950	16	2.2	16	89	5	52	64	8	0	26	1.22
123194--123245	9	5.7	9	76	13	52	42	1	0	55	1.10
123194--123262	13	5.5	13	71	13	63	40	1	2	55	1.24
123279--123332	22	2.5	21	82	8	63	59	0	1	38	1.08
125042--125070	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
125622--125663	18	2.4	17	81	14	50	35	0	7	57	1.26
126403--126437	16	2.2	16	89	0	52	51	2	2	42	1.31
126416--126474	23	2.6	23	83	5	84	54	3	1	40	1.27
127142--127172	6	5.0	6	96	4	53	35	0	16	48	1.46
130302--130358	24	2.3	24	90	3	87	43	1	0	54	1.10
130964--131007	16	2.7	16	82	3	52	43	4	0	52	1.22
131321--131345	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
133505--133587	42	2.0	42	100	0	166	43	7	6	43	1.56
133566--133599	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
133708--133742	12	3.0	12	91	4	54	57	0	0	42	0.99
136385--136433	19	2.5	20	81	15	59	67	0	2	30	1.02
141499--141554	20	2.8	20	94	0	103	25	12	10	51	1.71
141448--141604	70	2.2	71	87	1	235	26	16	12	43	1.84
141564--141603	20	2.0	21	95	5	73	30	20	12	37	1.89
144237--144262	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144219--144282	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
144721--144787	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
148001--148025	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
148839--148906	30	2.2	32	89	5	104	29	4	29	36	1.77
150029--150054	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
150011--150074	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
150512--150578	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
150930--151180	78	3.2	79	79	6	278	29	23	12	35	1.91
155231--155839	78	7.7	79	80	4	556	39	11	20	28	1.87
155772--156101	131	2.5	128	83	9	396	40	8	22	28	1.84
158266--158405	51	2.7	51	87	2	199	42	10	15	31	1.80
160301--160343	21	2.0	21	86	0	59	51	2	11	34	1.51
161791--161866	20	3.7	21	76	15	77	40	11	14	32	1.82
165578--165712	66	2.0	66	90	2	209	28	19	17	34	1.94
169557--169594	14	2.6	14	91	4	58	31	0	0	68	0.90
169557--169608	14	3.8	13	78	12	50	30	1	0	67	1.02
169600--169635	19	1.9	18	88	5	54	47	0	0	52	1.00
169763--169934	30	6.1	27	70	23	106	61	0	0	38	0.96
169778--169944	46	3.8	44	71	20	138	60	0	0	39	0.97
170742--170780	20	2.0	20	85	10	53	46	0	0	53	1.00
171391--171431	20	2.0	20	86	9	57	51	0	0	48	1.00
171659--171686	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172646--172692	9	5.0	9	82	10	58	59	0	2	38	1.09
172642--172701	26	2.2	27	83	16	72	58	0	1	40	1.08
172635--172703	36	2.0	34	86	11	95	57	0	1	40	1.07
172706--172749	17	2.6	16	80	19	54	40	0	0	59	0.98
172704--172760	23	2.8	22	75	22	61	42	0	0	57	0.98
173145--173203	31	1.9	31	86	3	84	44	1	0	54	1.10
173388--173438	18	2.8	18	80	16	61	68	1	0	29	1.00
173685--173722	18	2.1	19	85	5	51	36	5	0	57	1.21
173737--173800	13	4.9	14	77	16	66	57	0	0	42	0.98
173740--173800	15	4.3	15	75	10	56	59	0	0	40	0.98
173737--173804	24	2.7	26	72	21	65	58	0	0	41	0.98
173867--173891	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
174926--174964	15	2.4	16	87	8	53	51	0	0	48	1.00
176560--176603	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
178006--178057	15	3.2	16	78	13	54	65	0	0	34	0.93
178015--178082	14	4.9	14	74	16	52	61	0	0	38	0.96
178035--178082	25	1.9	25	86	0	69	60	0	0	39	0.97
178896--178956	14	4.3	14	74	10	52	37	1	1	59	1.17
179752--179812	31	2.0	30	83	3	77	55	9	3	31	1.48
180322--180354	15	2.3	15	89	5	50	45	0	0	54	0.99
180776--180804	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
181455--181495	18	2.2	20	86	8	59	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181491--181521	14	2.2	14	100	0	62	58	0	0	41	0.98
181476--181544	22	3.0	23	76	6	68	53	0	0	46	1.00
181501--181544	24	1.9	22	86	9	61	52	0	0	47	1.00
185488--185513	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
185554--185620	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
189529--189602	20	3.7	19	82	7	85	28	13	13	44	1.82
191927--192038	51	2.2	51	78	0	134	30	21	11	36	1.89
192057--192127	28	2.5	28	86	4	90	25	29	18	26	1.98
192170--192237	28	2.4	28	83	16	88	23	32	13	30	1.93
192006--192285	108	2.6	105	79	7	319	28	23	13	34	1.93
192223--192388	51	3.3	50	81	3	188	29	23	11	35	1.90
192323--192546	79	2.8	78	85	3	297	26	23	16	34	1.95
193855--193997	62	2.3	62	97	0	268	25	27	19	26	1.99
198820--199404	290	2.0	290	96	0	1089	34	14	25	25	1.94
205272--205319	7	6.4	7	83	11	60	85	14	0	0	0.60
205273--205319	11	4.3	11	82	17	62	85	14	0	0	0.61
205287--205343	11	5.2	11	83	10	55	82	8	8	0	0.85
206301--206484	94	1.9	94	84	8	244	26	28	15	29	1.96
206407--207322	60	15.4	60	85	5	1021	26	28	19	25	1.99
206407--207322	121	7.7	120	85	5	1071	26	28	19	25	1.99
207249--207533	107	2.7	107	83	3	349	23	26	16	32	1.96
207456--207599	61	2.4	61	88	5	204	22	28	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208144--208217	20	3.7	20	81	13	89	29	14	12	43	1.82
209866--209894	10	2.7	11	94	5	51	17	0	6	75	1.01
210504--210657	51	3.0	51	75	11	154	31	25	9	33	1.87
210740--210811	28	2.6	26	81	14	74	20	27	23	27	1.99
210796--210963	51	3.3	49	79	5	174	29	23	11	35	1.90
210935--211117	79	2.3	79	80	1	215	27	23	14	34	1.94
212806--212878	20	3.7	20	80	7	76	35	10	12	41	1.78
219251--219327	20	3.8	20	84	6	102	44	14	11	29	1.80
220914--220972	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
221253--221278	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
221232--221296	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
221232--221296	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
223821--223845	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
225927--225957	15	2.1	15	93	0	53	12	16	16	54	1.71
231601--231719	54	2.2	52	82	8	134	31	23	12	31	1.92
231711--231785	29	2.6	29	81	16	93	28	34	16	21	1.94
853734--853900	49	3.3	50	83	2	165	29	12	28	29	1.93
853787--853900	51	2.3	51	89	3	169	30	11	25	32	1.91
853887--853959	28	2.6	30	83	14	93	30	19	26	24	1.98
853834--854118	109	2.6	108	79	4	277	32	13	25	27	1.94
853992--854069	29	2.8	28	86	7	104	29	17	29	23	1.97
856711--856797	41	2.1	43	84	4	115	45	11	22	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856854--856969	45	2.7	42	77	16	128	42	12	26	18	1.86
856935--857073	38	3.5	38	71	16	127	39	14	25	20	1.90
856854--857069	83	2.6	83	84	5	256	40	12	25	20	1.88
857042--857348	61	5.1	62	79	10	316	29	20	27	23	1.99
857044--857346	122	2.5	121	80	6	359	29	20	26	23	1.99
857354--857488	45	3.2	44	71	21	117	40	12	24	22	1.88
857388--857526	38	3.5	38	72	18	111	38	14	24	22	1.91
856896--857804	459	2.0	459	92	1	1529	32	17	26	22	1.97
857344--857526	82	2.2	81	79	11	210	40	13	25	21	1.89
857503--858060	61	9.5	59	81	8	545	27	20	25	25	1.99

Tables:   1   2   3   4