genome.fa.s77.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold77
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1374688

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1130--1161	15	2.0	17	88	11	50	46	6	0	46	1.27
5150--5214	14	4.7	14	73	21	57	70	0	0	29	0.87
5150--5216	27	2.6	26	79	11	84	71	0	0	28	0.86
5158--5225	16	4.0	17	73	17	61	67	0	0	32	0.91
5401--5466	27	2.4	28	80	10	82	46	0	0	53	1.00
5825--5887	24	2.7	23	79	15	76	39	0	0	60	0.97
6269--6306	15	2.6	15	88	12	53	39	0	0	60	0.97
6345--6411	29	2.3	29	78	19	77	31	4	1	62	1.24
7551--7668	24	4.9	24	71	21	72	33	0	1	63	1.10
7565--7668	14	8.2	12	75	18	70	34	0	0	63	1.07
7564--7649	41	2.2	40	80	17	101	34	1	1	62	1.10
9885--9941	30	1.9	30	85	0	78	59	7	8	24	1.52
13555--13594	21	2.0	20	85	14	55	50	2	0	47	1.14
13885--13913	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
14248--14303	27	2.0	28	82	3	69	53	1	3	41	1.29
14456--14498	21	2.0	21	86	9	59	53	9	0	37	1.33
15229--15267	19	2.1	19	90	0	60	61	0	0	38	0.96
15210--15280	19	4.0	17	73	12	54	57	0	0	42	0.98
16528--16566	18	2.2	17	86	4	51	41	0	0	58	0.98
16665--16713	22	2.2	22	82	7	55	40	2	4	53	1.32
16790--16844	22	2.5	23	80	14	71	40	0	1	58	1.09
19238--19283	15	2.9	16	78	12	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19230--19299	12	4.9	14	77	22	67	38	0	0	61	0.96
19230--19279	16	3.1	16	75	18	59	44	0	0	56	0.99
19218--19278	32	2.0	32	87	9	92	47	1	0	50	1.10
19261--19322	24	2.5	24	81	5	61	27	3	1	67	1.15
22264--22310	17	2.9	16	78	12	51	55	0	2	42	1.12
23070--23149	17	4.8	17	74	10	67	67	2	3	26	1.20
23295--23323	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
23475--23514	21	2.0	20	90	5	62	35	0	7	57	1.27
23520--23560	14	2.9	15	80	20	52	48	0	2	48	1.14
24002--24028	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24045--24132	46	1.9	46	83	0	113	42	4	11	42	1.61
24467--24541	24	3.1	23	81	14	73	24	0	5	70	1.07
24467--24525	10	6.2	10	75	9	61	20	0	5	74	1.00
27123--27152	16	1.9	15	93	6	51	36	6	3	53	1.44
32210--32245	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
33535--33576	17	2.5	17	85	14	68	35	0	0	64	0.94
33315--34105	419	1.9	421	87	6	1179	44	9	2	43	1.48
33965--34008	18	2.4	18	79	20	56	34	0	0	65	0.93
37460--37501	23	1.9	22	85	9	59	30	9	4	54	1.53
37556--37608	25	2.1	25	82	6	63	26	7	11	54	1.62
37401--37748	112	3.1	112	66	21	274	32	6	8	51	1.60
37400--37850	225	2.0	226	89	2	701	31	7	10	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40116--40160	23	2.0	23	82	4	56	40	0	0	60	0.97
46289--46347	28	2.2	25	82	14	73	52	0	0	47	1.00
47986--48010	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
49842--49870	5	5.8	5	100	0	58	79	0	20	0	0.74
52892--52921	13	2.3	13	94	0	51	13	3	0	83	0.77
56379--56515	53	2.6	53	87	3	159	40	2	6	49	1.44
57286--57331	19	2.4	19	79	13	58	45	0	0	54	0.99
57455--57492	14	2.7	14	92	8	60	60	0	0	39	0.97
57455--57521	15	4.5	15	80	10	68	64	0	1	34	1.03
57980--58054	10	7.3	10	75	14	64	44	0	1	54	1.08
58621--58667	23	2.0	23	84	12	60	14	6	12	65	1.44
58635--58682	24	2.0	24	84	8	62	20	2	8	68	1.26
59637--59666	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
60404--60456	24	2.3	21	81	15	61	32	0	1	66	1.03
63262--63289	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
67166--67237	28	2.5	28	76	17	85	52	0	0	47	1.00
71453--71511	25	2.4	24	80	11	66	40	0	6	52	1.28
71453--71506	24	2.2	25	83	9	67	42	0	5	51	1.25
72391--72426	18	1.9	19	88	5	56	33	2	0	63	1.08
72565--72610	10	4.5	11	76	13	53	65	0	0	34	0.93
72565--72610	22	2.1	21	88	4	65	65	0	0	34	0.93
73152--73202	24	2.2	23	89	3	75	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75563--75591	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
77555--77613	3	19.7	3	89	6	93	30	0	1	67	1.00
80395--80433	19	2.0	20	85	5	53	51	0	0	48	1.00
80736--80777	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
80889--80920	5	6.4	5	92	0	55	59	3	0	37	1.13
82301--82326	6	4.3	6	100	0	52	65	0	19	15	1.27
82393--82489	51	1.9	51	80	4	115	46	9	16	27	1.77
82838--82870	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
85000--85032	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
86128--86162	17	2.1	17	88	0	52	57	2	0	40	1.14
86521--86552	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
87293--87559	88	3.0	88	88	3	371	40	7	16	34	1.77
87539--87576	17	2.2	17	100	0	76	42	10	15	31	1.81
87452--87662	103	2.0	103	88	4	309	40	7	17	35	1.78
87556--87790	94	2.7	85	78	13	276	43	7	15	33	1.75
87364--87756	190	2.0	194	85	7	530	41	8	17	33	1.79
87615--87789	94	1.9	92	90	2	278	43	8	17	31	1.78
87638--87931	152	1.9	155	79	6	328	43	9	14	32	1.78
88515--88555	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
89306--89784	91	5.3	90	87	5	632	41	7	15	35	1.75
89644--89926	149	1.9	151	85	2	390	42	9	15	33	1.78
89790--89969	88	2.0	90	82	4	220	42	8	16	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96328--96370	17	2.4	18	80	7	52	62	0	0	37	0.95
97114--97148	17	2.1	17	100	0	70	22	11	28	37	1.89
97203--97241	2	19.5	2	83	0	51	48	7	0	43	1.31
97203--97241	12	3.2	12	88	0	60	48	7	0	43	1.31
98922--98962	20	2.0	20	90	0	64	58	2	0	39	1.11
102726--102814	30	3.0	30	70	20	78	50	1	0	48	1.08
102726--102852	31	4.4	29	69	20	79	51	0	0	48	1.06
102725--102849	60	2.2	56	80	12	137	52	0	0	46	1.06
103125--103166	19	2.5	16	79	20	50	57	0	0	42	0.99
103371--103467	16	6.1	16	72	7	63	54	2	3	40	1.28
103431--103484	20	2.7	20	82	8	65	46	0	1	51	1.11
103849--103875	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
104194--104237	21	2.1	21	83	8	54	40	0	2	56	1.11
104204--104283	32	2.4	34	79	16	94	48	1	1	48	1.17
105559--105620	29	2.1	28	82	11	72	35	0	1	62	1.05
105558--105623	28	2.4	28	80	10	73	34	0	1	63	1.04
105618--105665	21	2.3	21	78	7	62	50	0	0	50	1.00
113445--113490	20	2.3	20	84	0	56	32	4	52	10	1.56
114920--114963	21	2.1	21	83	8	54	50	0	4	45	1.22
116845--116878	16	2.1	16	88	0	50	64	8	0	26	1.22
121019--121055	18	2.1	18	90	10	58	37	0	0	62	0.96
121292--121335	21	2.0	21	87	12	63	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121290--121344	23	2.4	23	78	6	67	54	0	0	45	0.99
122127--122164	18	2.0	19	85	10	51	52	0	0	47	1.00
123233--123280	17	3.1	15	83	13	62	31	0	4	64	1.12
123234--123280	15	3.0	15	79	11	58	29	0	4	65	1.11
127736--127764	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
128015--128051	18	2.1	19	90	10	60	35	0	0	64	0.94
128851--128916	18	3.3	22	75	16	54	51	0	0	48	1.00
134387--134450	20	3.1	20	72	4	56	50	0	0	50	1.00
135747--135790	17	2.6	16	86	10	61	38	2	0	59	1.10
135964--136009	21	2.2	21	84	0	56	47	0	2	50	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9