genome.fa.s77.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold77
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1374688

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136095--136122	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
136215--136258	5	9.4	5	85	14	67	56	0	0	43	0.99
136206--136274	22	3.2	22	84	8	88	55	1	0	43	1.08
136987--137102	50	2.3	50	92	0	196	29	17	18	35	1.93
136987--137129	50	2.9	50	87	2	153	32	15	17	34	1.91
141243--141326	17	5.1	17	72	22	56	40	0	1	58	1.06
141247--141294	22	2.2	21	85	3	60	37	0	0	62	0.95
141239--141346	49	2.3	47	79	13	116	39	0	1	57	1.16
141267--141333	16	4.1	17	77	21	72	40	0	1	58	1.07
141245--141343	47	2.1	47	81	9	112	40	1	2	56	1.17
145569--145658	44	2.1	43	85	6	119	44	1	4	50	1.29
145824--145865	19	2.2	19	83	8	50	38	4	2	54	1.34
145795--145853	27	2.2	27	81	6	66	45	5	1	47	1.34
146090--146154	29	2.2	29	83	0	85	47	0	3	49	1.17
147403--147466	27	2.4	27	86	0	74	45	14	10	29	1.78
151949--152022	27	2.7	27	81	8	87	51	16	4	28	1.62
153859--153918	22	2.9	22	69	16	56	60	8	10	21	1.55
154050--154114	12	5.2	12	75	18	62	1	24	0	73	0.91
154921--154949	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
155582--155622	17	2.6	15	82	14	55	48	2	0	48	1.14
155589--155621	17	1.9	17	93	0	57	48	3	0	48	1.17
160184--160244	28	2.2	28	82	5	79	62	0	1	36	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160885--160926	21	2.0	21	95	0	75	40	4	16	38	1.70
161670--161707	18	2.1	19	85	5	51	52	0	0	47	1.00
166482--166526	20	2.2	20	88	4	63	28	8	15	46	1.76
170534--170558	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
171951--171980	15	2.0	15	100	0	60	26	0	0	73	0.84
172099--172137	19	2.2	17	90	9	60	64	0	0	35	0.94
173445--173481	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
174150--174195	19	2.5	19	89	3	67	36	4	0	58	1.18
174212--174258	3	16.0	3	80	12	53	59	2	0	38	1.09
174212--174255	23	1.9	23	86	9	63	59	2	0	38	1.10
175562--175601	15	2.7	14	88	3	53	52	10	0	37	1.35
186863--186906	22	2.0	21	82	4	52	47	2	2	47	1.27
187103--187127	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
187510--187550	20	2.1	20	90	4	66	56	0	0	43	0.99
191291--191347	30	1.9	29	89	3	87	38	7	14	40	1.73
192062--192102	3	13.3	3	94	5	73	34	0	2	63	1.08
192882--192927	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
194499--194565	27	2.4	27	76	13	66	38	2	2	55	1.31
195419--195448	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
196853--196884	16	2.0	16	93	0	55	78	9	6	6	1.10
197001--197095	47	2.0	47	95	0	172	30	16	17	34	1.93
197877--197965	44	2.0	44	95	0	160	24	31	0	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200280--200321	19	2.3	19	87	4	59	69	4	0	26	1.08
206525--206605	27	2.9	27	72	15	74	43	2	2	51	1.28
206595--206648	21	2.5	22	90	3	83	29	0	0	70	0.88
208041--208072	2	15.5	2	93	6	55	3	46	0	50	1.17
208250--208281	16	2.0	16	93	0	55	53	0	6	40	1.26
208636--208674	18	2.1	18	85	9	51	71	5	12	10	1.28
211370--211412	20	2.2	20	95	0	77	39	16	6	37	1.75
214161--214217	20	2.8	20	83	0	69	3	19	0	77	0.92
214886--214939	27	2.1	25	83	13	65	3	9	11	75	1.15
215451--215956	32	16.6	32	86	4	468	22	18	29	29	1.97
215944--216824	27	32.2	27	84	3	1055	30	13	31	23	1.94
215944--216824	55	16.1	54	84	3	1055	30	13	31	23	1.94
215944--216824	82	10.7	81	84	3	1055	30	13	31	23	1.94
218136--218177	15	2.8	16	79	20	54	7	14	11	66	1.43
224606--224635	9	3.2	9	95	4	51	0	13	0	86	0.57
224608--224663	20	3.2	17	81	18	62	1	21	0	76	0.87
227800--227844	22	2.0	23	82	4	56	53	2	0	44	1.13
234982--235006	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
240639--240677	19	2.1	19	85	0	51	46	7	0	46	1.31
242837--242881	13	3.2	13	87	9	54	37	0	0	62	0.96
243313--243356	23	1.9	23	86	9	63	54	0	2	43	1.12
243322--243361	17	2.4	17	83	4	55	52	0	2	45	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244523--244558	18	1.9	19	88	5	56	30	8	11	50	1.67
250046--250174	52	2.5	52	97	0	240	27	17	18	35	1.94
250183--250241	13	4.9	13	76	19	74	37	13	15	33	1.86
250183--250262	34	2.4	34	100	0	160	37	12	15	35	1.85
250284--250382	13	5.7	19	71	28	87	38	17	11	33	1.85
250286--250380	32	2.9	32	92	3	154	37	17	10	33	1.85
253158--253192	17	2.1	17	94	0	61	34	5	14	45	1.68
254921--254997	20	3.8	20	75	0	82	32	10	11	45	1.75
258879--259038	78	2.1	78	91	0	257	38	19	11	31	1.87
259406--259489	21	3.8	21	75	10	69	38	1	2	58	1.19
259441--259490	24	2.1	24	92	3	84	34	0	0	66	0.92
259517--259556	19	2.0	20	85	4	55	67	5	0	27	1.11
259595--259680	43	1.9	47	83	9	117	55	3	0	40	1.17
261475--261519	17	2.6	17	80	19	58	48	2	0	48	1.13
261489--261537	14	3.1	15	80	14	55	55	0	0	44	0.99
261494--261543	22	2.3	22	82	6	57	58	2	0	40	1.10
261919--261950	14	2.4	14	94	5	57	78	0	0	21	0.76
263773--263830	15	3.8	14	76	17	53	3	27	0	68	1.05
267452--267514	16	3.9	16	72	0	54	55	17	4	22	1.60
268727--268785	27	2.4	24	80	11	57	50	0	0	49	1.00
269369--269403	4	8.8	4	93	0	61	25	2	0	71	1.00
270480--270513	15	2.2	16	94	5	61	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275892--275937	21	2.1	22	92	4	76	43	0	6	50	1.28
275832--275990	85	1.9	85	81	2	194	43	3	6	45	1.48
276991--277032	18	2.2	20	91	8	70	52	2	0	45	1.13
278103--278140	16	2.4	16	86	4	51	55	2	2	39	1.28
281852--281899	23	2.2	23	88	7	73	50	2	2	45	1.25
281860--281924	30	2.1	30	86	8	87	47	1	1	49	1.20
281951--281997	17	2.7	17	81	12	51	51	6	0	42	1.27
282494--282519	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
283655--283690	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
284957--285009	25	2.1	26	89	3	81	62	5	3	28	1.35
286192--286258	17	4.1	17	74	22	56	40	0	2	56	1.14
288287--288329	2	21.5	2	95	0	77	48	2	0	48	1.14
288778--288824	11	4.2	12	76	15	55	38	0	0	61	0.96
293733--293772	15	2.5	15	88	8	53	2	12	0	85	0.71
293731--293763	13	2.6	13	90	4	50	0	15	0	84	0.61
297506--297581	35	2.2	35	85	4	100	48	2	1	47	1.24
297955--297996	22	1.9	22	95	0	75	52	0	0	47	1.00
297917--297996	27	2.9	27	80	9	83	48	0	0	51	1.00
297943--297986	13	3.3	13	81	6	52	50	0	0	50	1.00
298178--298215	14	2.6	14	80	19	51	34	0	0	65	0.93
299316--299417	24	4.2	25	79	10	97	49	0	0	50	1.00
299360--299427	24	2.8	24	91	4	84	51	1	0	47	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300396--300426	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
301448--301622	90	1.9	91	87	5	257	42	2	2	52	1.29
308028--308068	21	2.0	20	85	4	55	51	0	0	48	1.00
312619--312676	16	3.6	16	72	9	55	36	5	1	56	1.32
316117--316161	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
317431--317464	18	1.9	18	88	5	52	29	0	0	70	0.87
318377--318428	16	3.3	15	78	19	52	50	0	0	50	1.00
319101--319134	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
319581--319641	29	2.1	28	82	8	70	44	1	8	45	1.43
320604--320639	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9