genome.fa.s77.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold77
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1374688

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792729--793263	56	9.0	64	80	8	303	24	17	26	32	1.96
792795--793620	56	14.4	55	80	7	669	25	16	27	30	1.97
793007--793994	28	35.7	25	82	9	358	27	15	29	27	1.96
793354--793994	82	7.8	82	86	5	722	29	14	30	25	1.95
793501--793994	109	4.5	108	87	4	661	30	12	32	24	1.93
795322--795390	21	3.3	21	78	10	79	7	13	8	71	1.31
795323--795390	22	3.2	23	78	21	85	7	11	8	72	1.29
795302--795390	42	2.1	42	83	8	110	6	12	8	71	1.29
801356--801413	29	2.0	29	90	6	91	24	13	24	37	1.91
802411--802527	20	5.7	20	74	9	94	38	14	15	31	1.88
803044--803293	91	2.7	91	83	7	265	33	15	6	44	1.71
803668--803775	38	2.8	39	82	2	128	44	7	0	47	1.37
804244--804601	95	3.8	96	80	4	354	41	7	20	30	1.79
805184--805226	22	2.0	22	86	9	61	44	9	18	27	1.80
807348--807396	20	2.5	20	90	3	73	42	18	18	20	1.89
808074--808117	14	3.1	14	81	15	54	50	18	13	18	1.79
808149--808188	16	2.5	16	91	0	62	55	10	15	20	1.68
808495--808582	30	2.9	30	77	0	95	44	12	25	18	1.84
808484--808586	15	6.9	15	73	4	73	44	13	23	18	1.85
808741--808836	45	2.1	45	92	0	156	37	19	22	19	1.94
809041--809239	15	13.3	15	68	13	79	39	18	23	18	1.92
809115--809210	30	3.2	30	75	5	95	36	19	26	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809767--809817	22	2.3	23	80	6	61	52	13	11	21	1.72
816365--816422	2	29.0	2	92	0	98	0	3	50	46	1.18
817102--817147	17	2.7	18	83	10	69	43	0	0	56	0.99
817118--817165	26	1.9	25	87	8	71	45	0	2	52	1.12
817124--817186	26	2.5	26	87	7	85	46	0	1	52	1.10
817125--817192	24	2.8	24	80	8	66	47	0	1	51	1.09
822502--822542	16	2.5	16	88	4	55	2	12	0	85	0.70
822830--822868	20	2.0	19	85	5	51	64	5	0	30	1.15
825037--825073	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
826578--826611	14	2.2	16	90	10	54	58	0	0	41	0.98
826581--826646	24	2.7	25	72	11	66	56	0	0	43	0.99
826858--826925	17	4.1	17	80	3	75	47	11	2	38	1.55
826861--826935	17	4.5	17	77	14	68	48	9	2	40	1.50
827948--828000	27	2.0	26	85	10	72	20	11	22	45	1.83
827986--828078	43	2.2	43	86	0	123	31	11	21	35	1.90
828943--828968	13	2.0	13	100	0	52	53	23	7	15	1.67
829028--829080	2	26.5	2	88	7	81	47	1	1	49	1.23
835112--835156	21	2.1	21	100	0	90	40	8	22	28	1.84
835971--836289	161	2.0	157	87	3	451	41	13	9	36	1.77
836283--836408	55	2.3	56	80	14	138	51	1	0	46	1.10
836419--836476	23	2.6	23	78	10	57	68	0	1	29	0.99
840032--840058	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840443--840481	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
840783--840887	47	2.1	51	76	18	114	35	10	12	41	1.77
840982--841047	33	2.0	32	88	8	96	56	0	0	43	0.99
842562--842668	56	1.9	55	81	11	128	50	0	1	46	1.18
842711--842751	12	3.5	12	86	6	57	73	0	0	26	0.84
842693--842751	23	2.6	22	81	13	66	71	1	1	25	1.05
852651--852841	91	2.1	91	96	0	346	44	8	5	41	1.58
861169--861243	24	3.2	24	79	12	84	46	0	0	53	1.00
864355--864397	12	3.4	13	78	18	54	27	2	2	67	1.15
868292--868341	23	2.3	22	83	13	59	44	0	2	54	1.11
868337--868383	25	1.9	25	86	4	69	53	4	2	40	1.32
869075--869123	11	4.4	11	80	14	55	44	0	0	55	0.99
869063--869115	25	2.2	24	83	10	63	37	0	0	62	0.96
869379--869456	34	2.2	37	82	13	94	47	0	1	51	1.09
869976--870020	19	2.3	18	85	11	54	62	6	0	31	1.21
870244--870291	18	2.7	18	78	12	55	52	0	0	47	1.00
870557--870614	7	8.0	7	78	14	64	34	1	0	63	1.04
870561--870624	29	2.2	28	81	13	76	37	1	0	60	1.06
870614--870653	18	2.2	17	83	12	53	60	0	0	40	0.97
871624--871693	22	3.4	22	77	16	78	38	0	0	61	0.96
871643--871707	22	3.0	21	84	6	76	40	0	0	60	0.97
871672--871727	29	2.0	27	86	6	76	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871834--871872	13	2.9	14	84	7	53	64	0	0	35	0.94
871906--871952	17	2.8	17	80	0	58	31	4	0	63	1.13
872701--872777	2	39.0	2	81	2	93	45	3	3	46	1.39
873564--873605	3	14.0	3	100	0	84	0	0	66	33	0.92
875593--875659	26	2.6	27	75	11	70	62	0	0	37	0.95
875599--875724	34	3.5	38	73	16	110	59	0	0	38	1.09
875607--875717	36	3.2	34	72	14	102	59	0	0	38	1.10
875678--875734	30	1.9	30	82	7	71	52	3	0	43	1.18
875973--876013	14	2.7	15	85	11	57	65	2	2	29	1.18
876533--876584	20	2.7	20	80	17	56	42	0	1	55	1.10
878685--878728	16	2.6	17	85	7	54	50	0	0	50	1.00
879695--879755	32	1.9	32	90	6	97	39	14	1	44	1.55
881050--881082	2	17.0	2	87	6	50	48	0	0	51	1.00
881338--881372	6	5.5	6	87	12	52	80	0	0	20	0.72
881340--881375	14	2.6	14	95	4	65	80	0	0	19	0.71
881582--881611	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
905002--905143	30	4.8	30	86	3	200	23	17	25	33	1.96
905002--905143	59	2.4	60	92	3	236	23	17	25	33	1.96
906582--906680	1	99.0	1	73	0	63	1	0	14	84	0.67
906582--906680	19	5.3	19	83	10	123	1	0	14	84	0.67
906583--906681	25	4.0	24	81	15	112	1	0	15	83	0.69
906582--906680	33	3.1	31	78	18	105	1	0	14	84	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906583--906680	37	2.6	37	85	6	126	1	0	14	84	0.67
906583--906680	13	8.6	11	78	18	96	1	0	14	84	0.67
914524--914582	20	3.0	20	84	0	82	79	0	16	3	0.86
914530--914581	10	5.3	10	82	11	63	80	0	17	1	0.80
914544--914578	16	2.1	17	89	5	54	82	0	17	0	0.66
914526--914576	24	2.1	23	82	13	59	78	0	19	1	0.85
922410--922507	27	3.6	27	82	10	94	47	13	5	33	1.64
922445--922509	27	2.4	27	92	5	105	50	13	4	30	1.62
923832--923888	24	2.4	24	80	13	73	43	7	3	45	1.48
936553--936610	2	29.0	2	100	0	116	50	0	50	0	1.00
938247--938293	2	23.5	2	86	0	67	42	0	6	51	1.27
938247--938293	14	3.4	14	93	0	76	42	0	6	51	1.27
940545--940572	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
942039--942064	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
942445--942514	31	2.3	31	80	5	79	47	0	0	52	1.00
942464--942516	17	2.8	19	72	16	56	52	0	0	47	1.00
943397--943464	24	2.8	25	78	10	68	60	1	1	36	1.15
948447--948477	4	8.0	4	92	7	55	22	0	0	77	0.77
952667--952704	19	2.0	20	89	5	60	52	10	5	31	1.58
953997--954033	19	1.9	19	89	10	58	2	21	0	75	0.92
954365--954397	17	1.9	17	88	11	50	36	0	15	48	1.45
955278--955321	22	2.0	22	86	8	63	38	2	0	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
955576--955633	20	2.8	21	75	17	66	46	8	0	44	1.34
960397--960424	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
965202--965280	23	3.3	24	78	16	76	48	1	1	49	1.17
965202--965294	23	3.9	23	78	16	75	46	1	1	51	1.15
966222--966262	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
966704--966739	15	2.4	15	90	0	54	50	0	0	50	1.00
966667--966736	25	2.8	24	74	8	77	42	2	0	54	1.15
967213--967253	21	2.0	21	85	9	57	41	9	7	41	1.66
978000--978036	18	2.1	18	89	0	56	43	2	29	24	1.68
978812--978887	31	2.4	32	80	2	82	46	1	5	47	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9