genome.fa.s77.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold77
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1374688

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  6  of  9  ( 1055 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673012--673043	13	2.3	15	89	10	50	71	0	0	28	0.86
676067--676104	13	2.9	13	81	11	51	71	0	0	28	0.87
676054--676127	18	4.3	18	70	16	66	64	1	0	33	1.02
676027--676124	51	1.9	52	83	10	130	64	1	1	33	1.07
676075--676161	33	2.6	33	81	15	83	59	1	0	39	1.05
676128--676170	19	2.3	20	81	18	58	48	2	0	48	1.14
682415--682471	6	9.7	6	76	3	53	54	7	0	38	1.28
683142--683198	30	1.9	30	85	7	80	50	0	3	45	1.18
683153--683227	13	5.4	13	72	19	62	49	0	4	46	1.20
683180--683236	26	2.3	26	84	6	82	49	0	1	49	1.11
684042--684079	20	1.9	20	84	10	51	63	10	2	23	1.39
688371--688594	110	2.0	110	95	0	403	38	8	13	38	1.77
689363--689419	28	1.9	31	89	10	93	63	5	3	28	1.33
690374--690410	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
693692--693726	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
693836--693922	20	5.1	18	72	26	73	43	0	0	56	0.99
693826--693922	29	2.9	35	71	24	91	44	0	0	55	0.99
693846--693891	15	3.1	15	73	20	51	45	0	0	54	0.99
693852--693899	14	3.4	14	78	16	62	47	0	0	52	1.00
693831--693923	17	5.6	17	72	17	72	43	0	0	56	0.99
694895--694942	24	2.0	24	83	0	60	50	2	8	39	1.44
695105--695165	8	7.5	8	77	17	54	62	1	0	36	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
697219--697266	17	2.7	17	83	6	60	39	0	0	60	0.97
697287--697350	21	3.2	20	77	14	69	53	0	1	45	1.10
697300--697359	21	2.9	22	81	16	74	51	0	0	48	1.00
698548--698574	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
699552--699583	16	1.9	17	93	6	57	53	3	0	43	1.16
699953--700010	4	14.5	4	88	0	62	43	0	8	48	1.34
702911--702963	16	3.4	16	78	2	63	47	1	3	47	1.31
702919--703001	26	3.0	27	68	30	66	51	0	3	44	1.18
703222--703278	13	4.2	13	81	4	69	42	1	0	56	1.10
703228--703287	26	2.2	28	88	5	88	46	1	0	51	1.10
703516--703552	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
706242--706443	113	1.8	110	88	3	305	31	12	24	30	1.93
714509--714577	18	3.7	19	77	15	63	63	0	0	36	0.94
714511--714576	9	7.3	9	75	17	57	62	0	0	37	0.96
715896--715935	16	2.4	17	83	4	55	57	0	7	35	1.27
715841--715935	33	2.9	33	70	14	90	58	0	8	32	1.28
715953--716011	30	1.9	30	83	10	75	57	1	1	38	1.19
715990--716028	19	2.2	16	86	13	51	64	7	0	28	1.21
716316--716359	11	4.1	11	82	5	63	34	0	0	65	0.93
716318--716357	21	1.9	21	94	0	71	30	0	0	70	0.88
716435--716463	7	4.1	7	100	0	58	27	0	0	72	0.85
716707--716739	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717010--717056	3	15.7	3	95	0	85	29	0	2	68	1.02
717086--717120	15	2.3	16	90	9	56	22	5	2	68	1.24
719581--719623	20	2.0	21	82	8	52	67	2	0	30	1.03
728601--728725	27	4.8	25	80	9	117	20	6	25	47	1.74
728603--728725	28	4.7	26	82	6	117	21	6	26	46	1.75
729848--729897	25	2.0	26	84	4	66	56	0	0	44	0.99
732127--732402	145	1.9	146	93	0	473	48	8	9	34	1.65
732900--732952	24	2.1	26	82	10	65	47	1	1	49	1.23
734642--734687	24	1.9	24	82	8	58	52	2	0	45	1.13
734658--734721	26	2.7	22	75	17	58	51	0	0	48	1.00
736307--736355	20	2.5	20	82	0	62	36	4	48	10	1.56
736411--736496	27	3.2	26	79	9	93	44	22	6	26	1.78
736411--736496	28	3.2	27	80	6	95	44	22	6	26	1.78
738382--738427	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
739833--739916	5	16.8	5	84	0	87	48	7	21	22	1.74
739833--739916	20	4.4	20	81	14	106	48	7	21	22	1.74
739821--739896	15	5.2	15	87	3	102	48	6	21	23	1.73
739928--740028	44	2.3	43	96	3	193	48	8	17	24	1.76
740120--740188	16	4.3	15	73	12	57	21	1	1	75	0.96
740472--741834	42	31.9	42	83	7	1651	36	21	30	11	1.89
740892--740992	53	1.9	51	86	4	139	36	20	27	14	1.92
740513--741834	389	3.4	381	88	5	1873	36	21	30	11	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741620--741720	53	1.9	51	86	4	139	36	20	27	14	1.92
754764--754796	6	5.5	6	100	0	66	51	33	15	0	1.43
754601--754940	181	1.9	181	100	0	680	19	20	36	23	1.95
755082--755120	20	2.0	19	85	5	51	23	12	41	23	1.88
755476--755569	5	18.8	5	86	0	107	50	6	21	22	1.71
755464--755569	15	7.2	15	83	6	110	49	6	21	22	1.73
755582--755681	44	2.3	43	96	3	191	49	8	18	25	1.74
755773--755841	16	4.3	15	73	12	57	21	1	1	75	0.96
757996--758085	28	3.4	26	80	8	101	44	22	7	25	1.79
758165--758228	17	4.0	16	72	11	60	50	1	0	48	1.10
760375--760399	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
761698--761722	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
765494--765574	37	2.3	34	78	16	85	48	0	1	50	1.08
765667--765721	23	2.4	22	84	6	65	38	10	0	50	1.37
765719--765764	18	2.7	18	83	12	53	36	8	2	52	1.45
765774--765830	18	3.1	17	80	16	53	31	3	5	59	1.36
765801--765845	19	2.5	18	82	7	56	24	2	4	68	1.19
768787--768831	17	2.6	18	89	3	65	51	4	0	44	1.21
768735--768834	43	2.3	43	81	6	105	55	3	3	39	1.31
768800--768848	17	2.9	17	85	11	66	48	2	0	48	1.12
770655--770703	2	25.0	2	95	4	91	48	0	0	51	1.00
774308--774366	29	2.0	29	81	12	68	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775451--775475	9	2.8	9	100	0	50	88	0	12	0	0.53
776972--777026	12	4.8	12	77	6	60	60	3	7	29	1.41
777472--777521	26	1.9	26	84	8	66	32	4	10	54	1.52
778576--778620	22	2.0	22	87	8	65	60	0	0	40	0.97
781875--782934	265	4.0	265	98	0	1994	46	10	4	38	1.59
783682--783758	24	3.3	24	76	15	81	55	0	0	44	0.99
784301--784355	22	2.5	21	80	13	67	61	0	0	38	0.96
784296--784349	22	2.6	22	81	18	71	62	0	0	37	0.95
784901--784928	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
785016--785056	2	20.5	2	85	9	57	53	2	0	43	1.13
785007--785041	18	1.9	18	94	0	61	60	2	0	37	1.12
785157--785190	13	2.5	13	90	9	50	61	0	0	38	0.96
785176--785414	49	4.8	50	79	9	245	55	3	1	40	1.24
785169--785414	50	4.9	49	79	10	212	55	3	1	39	1.24
785278--785319	17	2.5	17	84	7	50	61	0	0	38	0.96
785232--785414	101	1.8	101	84	4	253	57	3	0	38	1.19
786131--786163	16	2.1	16	88	11	50	54	6	0	39	1.25
786265--786336	34	2.0	39	81	13	91	41	1	1	55	1.17
786320--786550	53	4.4	51	80	9	252	38	1	3	56	1.25
786315--786549	103	2.2	106	84	8	302	39	1	3	55	1.26
786555--786601	11	4.3	11	78	8	51	42	0	4	53	1.20
786676--786751	2	38.0	2	91	0	125	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786676--786782	18	6.4	18	86	12	149	45	0	0	54	0.99
786730--786823	38	2.4	39	80	10	93	42	1	2	54	1.19
787531--787620	44	2.0	44	100	0	180	24	21	24	30	1.99
787792--787848	23	2.6	21	78	13	60	33	0	3	63	1.12
787795--787868	23	3.3	23	76	14	59	32	0	2	64	1.07
787839--787867	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
788434--788496	32	1.9	34	87	6	94	38	0	3	58	1.14
792036--792151	20	5.7	20	78	8	110	34	13	18	32	1.91
792756--792849	32	2.9	32	87	0	89	21	20	28	29	1.98
792795--793511	28	24.8	28	85	4	749	24	16	26	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9