genome.fa.s90.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold90
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1653315

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1200 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127174--127229	7	8.0	7	83	15	71	1	0	10	87	0.62
127173--127229	28	2.0	28	89	3	87	1	0	10	87	0.61
136941--136980	19	2.1	19	85	0	53	70	7	10	12	1.35
139783--139830	18	2.6	18	73	3	51	56	12	12	18	1.67
141057--141098	20	2.2	20	87	8	61	28	2	21	47	1.63
143121--143197	22	3.6	21	89	3	109	37	2	33	25	1.70
143836--143958	33	3.7	33	91	4	187	34	13	18	34	1.89
145193--145254	33	1.9	32	87	9	90	27	12	16	43	1.84
145224--145278	19	2.8	20	91	2	85	30	14	18	36	1.91
145323--145353	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
145307--145375	33	2.1	33	86	5	95	30	13	20	36	1.90
153425--153508	22	3.9	21	88	3	114	36	2	32	28	1.70
153425--153508	43	2.0	43	90	4	134	36	2	32	28	1.70
154064--154118	19	2.8	20	88	2	76	29	14	18	38	1.90
157401--157829	87	4.9	87	87	5	514	34	14	9	40	1.80
157401--157829	172	2.5	173	84	6	530	34	14	9	40	1.80
157776--157883	57	1.9	57	94	0	189	31	20	12	36	1.89
157684--157978	144	2.0	142	85	5	360	33	17	10	38	1.84
157830--158011	92	2.0	91	86	1	256	33	17	8	41	1.79
157826--158028	92	2.2	92	82	3	248	34	17	7	39	1.79
158622--158979	124	2.9	123	85	3	479	52	1	3	42	1.29
159263--159322	23	2.6	23	74	12	68	33	1	5	60	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159325--159481	35	4.3	34	68	20	102	46	1	0	51	1.13
159299--159579	111	2.4	116	84	8	353	42	1	1	54	1.19
159520--159583	20	3.2	19	73	20	58	40	0	1	57	1.08
160031--160081	17	3.0	17	80	8	59	64	0	1	33	1.05
160945--161009	31	2.0	31	82	11	76	27	0	6	66	1.15
165192--165244	18	2.8	18	77	5	61	50	13	18	16	1.77
166372--166398	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
168385--168413	12	2.4	12	100	0	58	41	0	17	41	1.49
170466--170498	16	2.1	17	88	11	52	54	18	18	9	1.69
172404--172445	20	2.2	20	87	8	61	28	2	21	47	1.63
172571--172597	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
172687--172727	21	1.9	22	85	5	57	31	19	0	48	1.49
174486--174558	22	3.4	21	88	3	101	36	2	32	27	1.71
175104--175161	13	5.0	13	69	26	58	31	15	15	37	1.89
175115--175202	19	4.9	19	73	17	80	32	15	17	34	1.91
175085--175181	32	3.0	32	90	4	142	30	15	15	38	1.89
176409--176435	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
176419--176471	19	2.7	19	88	2	79	32	15	16	35	1.90
176520--176572	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
176504--176572	33	2.1	33	89	5	104	31	13	18	36	1.89
182608--182634	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
184524--184622	22	4.5	22	83	5	130	36	2	33	28	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184523--184622	43	2.3	44	92	3	175	37	2	33	28	1.69
185164--185190	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
185262--185287	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
185242--185306	33	2.0	33	87	6	96	33	13	20	32	1.91
188509--188703	88	2.2	86	87	1	255	34	14	8	42	1.76
188541--188927	86	4.6	80	80	11	345	35	14	9	40	1.79
188541--188927	163	2.3	168	83	9	486	35	14	9	40	1.79
188871--188981	57	1.9	57	94	0	195	31	18	11	37	1.87
188928--189109	92	2.0	91	90	1	283	34	17	7	40	1.78
188924--189127	92	2.2	92	86	3	277	35	17	7	39	1.77
189683--189738	29	1.9	29	85	7	78	48	0	1	50	1.11
189721--190078	123	2.9	121	84	8	429	51	1	3	43	1.29
190364--190423	23	2.6	23	79	12	77	31	1	6	60	1.33
190618--190672	19	2.9	18	79	17	58	36	0	3	60	1.15
190831--190880	14	3.5	15	83	8	68	56	6	0	38	1.24
190822--190881	28	2.1	30	87	6	88	55	5	0	40	1.22
191165--191247	40	2.1	39	84	6	103	62	2	4	30	1.28
191942--192095	39	3.7	39	70	17	130	29	20	23	26	1.99
191938--192146	87	2.4	86	91	1	337	30	20	23	25	1.98
192068--192206	51	2.8	48	82	5	154	31	17	24	26	1.97
192212--192574	33	11.6	34	71	18	170	35	12	31	20	1.90
192304--192388	27	3.1	26	88	8	116	31	14	32	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192237--192484	121	2.0	123	83	4	315	34	12	32	20	1.90
192397--192581	62	3.0	62	86	4	266	35	12	30	21	1.91
192494--192546	27	2.0	27	92	0	88	30	15	32	22	1.94
192581--192667	28	3.0	30	83	6	115	22	14	28	33	1.94
193033--193117	37	2.3	37	95	0	152	44	16	14	24	1.84
193158--193211	28	2.0	27	85	3	72	24	14	18	42	1.88
194141--194190	21	2.4	20	87	9	73	0	0	14	86	0.58
194142--194191	17	3.0	17	85	8	59	0	0	16	84	0.63
195116--195164	9	5.4	9	80	0	53	77	4	4	14	1.06
195116--195166	18	2.9	17	82	8	66	76	3	3	15	1.08
196470--196546	28	2.7	30	80	7	99	25	18	31	24	1.97
196529--196696	51	3.3	51	80	5	205	30	12	26	29	1.93
199076--199149	20	3.7	19	83	7	94	41	12	16	29	1.84
199739--199838	41	2.5	40	83	6	112	46	11	25	18	1.81
199886--200125	42	5.6	42	80	10	270	37	14	27	20	1.91
199889--200125	86	2.7	85	90	2	357	38	14	27	20	1.91
200090--200361	61	4.5	60	78	8	252	28	19	26	25	1.99
200286--200458	94	1.8	96	91	5	289	26	19	27	27	1.99
200575--200662	28	3.1	29	60	15	67	25	19	28	27	1.99
200383--200663	117	2.4	117	86	7	364	26	19	25	28	1.99
200383--200685	55	5.3	55	82	8	349	25	20	25	28	1.99
200617--201000	100	3.9	100	87	4	516	29	16	28	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201971--202036	1	66.0	1	75	0	60	0	1	10	87	0.60
201973--202035	8	7.9	8	80	16	69	0	1	11	87	0.62
201971--202036	9	7.3	9	80	11	73	0	1	10	87	0.60
201961--202018	26	2.2	26	81	6	64	0	6	8	84	0.78
201971--202036	14	4.7	14	79	7	80	0	1	10	87	0.60
201973--202036	24	2.6	24	87	7	76	0	1	10	87	0.61
201971--202036	26	2.5	26	88	9	98	0	1	10	87	0.60
201971--202036	18	3.6	18	85	4	87	0	1	10	87	0.60
214424--214607	79	2.3	79	73	3	181	33	14	23	28	1.94
214576--214695	51	2.4	51	87	2	170	30	15	27	26	1.95
214548--214880	158	2.1	157	83	5	411	32	14	26	26	1.95
214679--214754	28	2.7	30	82	8	97	26	18	31	23	1.97
214737--214853	51	2.3	51	90	0	180	32	12	23	30	1.92
214793--215011	79	2.8	79	82	1	242	32	15	25	27	1.95
217262--217365	20	5.6	18	73	23	83	42	12	15	29	1.84
217286--217351	33	2.0	33	96	0	123	39	13	18	28	1.89
217302--217331	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
218374--218506	50	2.6	50	78	7	135	36	11	24	28	1.90
218440--219024	79	7.4	79	90	2	910	33	14	25	27	1.94
218440--219022	158	3.7	158	95	0	1026	33	14	25	27	1.94
220235--220367	35	3.9	35	80	4	173	18	29	5	47	1.70
220950--220986	15	2.5	15	91	8	58	48	10	21	18	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221167--221441	97	2.8	97	90	1	417	31	22	10	34	1.89
221391--221548	69	2.3	69	86	2	237	32	19	8	39	1.81
229757--229829	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
229775--229850	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
229757--229850	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
229889--229914	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
232129--232173	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
233977--234007	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
236022--236101	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
236087--236125	13	3.0	13	88	0	60	30	17	12	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10