genome.fa.s90.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold90
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1653315

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  3  of  10  ( 1200 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238565--238637	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
238583--238658	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
238565--238658	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
238697--238722	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
243233--243262	10	2.8	11	90	10	53	86	6	0	6	0.70
244843--245502	28	23.2	28	79	6	537	27	29	19	23	1.98
245605--245812	60	3.4	61	79	5	190	25	24	13	36	1.92
245553--245798	61	4.1	61	76	6	216	25	25	13	36	1.92
245542--245775	121	1.9	119	86	3	326	25	24	13	37	1.91
245589--245848	61	4.3	61	78	6	240	25	24	13	36	1.91
245835--246030	61	3.2	61	97	0	365	28	23	10	38	1.87
249507--249614	38	2.8	39	87	4	148	28	12	28	30	1.92
250933--250966	11	3.1	11	100	0	68	44	8	0	47	1.34
254028--254136	38	2.9	38	88	2	157	30	12	27	29	1.93
255887--255969	15	5.5	14	81	14	78	54	1	1	43	1.16
256000--256047	16	2.8	16	81	12	51	52	4	2	41	1.32
256000--256037	17	2.3	17	86	4	51	50	5	2	42	1.39
256015--256060	24	2.0	23	83	12	58	54	4	0	41	1.20
257060--257085	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
257040--257103	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
257158--257224	20	3.7	20	74	25	85	38	17	16	26	1.91
257176--257233	13	4.9	13	76	23	74	37	17	15	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257158--257256	33	3.0	33	96	0	180	37	18	16	28	1.92
258692--258726	17	2.0	17	88	5	52	31	8	5	54	1.54
260222--260255	9	3.8	9	84	0	50	85	0	14	0	0.60
260622--260664	16	2.6	17	78	10	54	53	0	2	44	1.13
261682--261717	15	2.3	16	95	4	65	69	0	0	30	0.89
261826--261866	17	2.3	18	80	12	50	48	0	0	51	1.00
261842--261884	21	2.2	21	84	12	56	55	0	0	44	0.99
261842--261893	21	2.5	22	81	6	54	61	0	0	38	0.96
261976--262004	13	2.2	13	100	0	58	41	13	0	44	1.44
262021--262045	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
265185--265334	52	2.9	52	88	4	223	31	17	16	34	1.92
265376--265400	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
265354--265420	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
266150--266181	16	1.9	17	93	6	57	37	18	0	43	1.51
266738--266796	17	3.6	16	75	25	61	42	0	0	57	0.98
267413--267447	17	2.1	17	88	0	52	71	8	0	20	1.11
268436--268485	25	2.0	25	84	7	66	58	2	2	38	1.21
268937--269005	30	2.4	29	81	13	72	24	1	10	63	1.34
269249--269325	29	2.6	30	80	14	79	57	0	6	36	1.25
269343--269387	22	2.0	22	83	12	56	51	2	6	40	1.41
269506--269578	38	1.9	37	84	13	96	45	0	0	54	0.99
269549--269599	15	3.2	16	86	8	68	33	1	0	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275621--275809	95	2.0	95	97	0	360	19	17	21	41	1.90
276478--276535	8	6.7	9	84	11	77	79	8	1	10	1.01
276665--276708	15	2.9	15	90	6	63	45	13	25	15	1.83
276889--277222	97	3.5	96	82	6	390	28	23	12	34	1.92
284382--284419	20	1.9	20	100	0	76	31	18	10	39	1.85
292337--292371	11	3.1	11	88	8	52	88	8	0	2	0.61
292337--292366	13	2.4	12	94	5	51	90	10	0	0	0.47
293647--293723	28	2.8	28	80	2	93	28	29	18	23	1.97
293922--294534	28	21.8	29	78	11	464	27	30	19	22	1.98
293953--294522	56	10.2	57	79	6	549	27	30	19	23	1.98
293904--294598	84	8.1	84	79	7	593	27	30	19	22	1.98
293895--294598	28	24.7	30	76	11	246	27	30	19	22	1.98
294604--295007	61	6.7	59	79	6	271	25	25	13	35	1.92
294604--294847	121	2.0	120	89	3	375	23	25	13	36	1.92
294609--294954	61	5.7	62	78	8	302	25	25	13	34	1.93
294609--294955	183	1.9	180	81	6	414	25	25	13	35	1.93
294905--295036	61	2.2	61	95	2	239	28	21	9	40	1.85
295740--295787	9	5.8	8	79	15	53	75	8	4	12	1.18
297371--297626	96	2.6	97	85	4	340	32	22	8	35	1.85
297577--297729	69	2.2	69	90	0	243	31	20	10	37	1.86
306192--306231	15	2.7	15	92	7	64	82	5	0	12	0.82
307006--307057	3	17.3	3	84	7	70	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307849--307915	16	4.1	16	80	1	71	8	14	32	43	1.77
307865--307970	16	6.6	16	74	8	81	12	16	31	39	1.86
309018--309099	16	5.1	16	77	5	85	13	18	28	40	1.88
316077--316579	33	16.1	31	77	8	275	27	17	26	29	1.97
316077--316379	32	9.3	33	78	6	235	27	16	25	30	1.97
316091--316394	131	2.3	130	81	2	340	27	18	25	28	1.98
316424--316617	28	6.9	29	81	8	222	26	16	28	28	1.97
316423--316617	57	3.5	55	84	6	250	26	16	29	28	1.97
316581--317267	27	25.4	27	80	4	580	31	13	29	25	1.93
318631--318679	22	2.3	22	86	6	66	8	12	4	75	1.16
325741--325851	50	2.2	50	90	3	170	44	9	17	28	1.80
330030--330081	27	1.9	27	88	0	77	25	17	30	26	1.97
334354--334606	64	4.0	64	85	2	348	26	23	17	32	1.97
334354--334601	127	1.9	129	91	1	410	26	23	17	32	1.97
335427--335451	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
335404--335471	33	2.1	33	91	2	111	33	14	16	35	1.89
337127--337167	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
337299--337337	13	3.0	13	84	0	60	33	12	20	33	1.91
343287--343358	33	2.2	33	85	9	96	29	15	18	37	1.91
343388--343439	20	2.6	20	87	0	68	32	15	9	42	1.79
354614--354652	20	1.9	21	89	5	62	51	2	0	46	1.14
355248--355312	31	2.1	31	82	5	78	47	0	4	47	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355483--355556	35	2.0	38	87	12	109	13	16	5	64	1.45
356045--356069	8	3.1	8	100	0	50	60	24	16	0	1.36
356150--356211	18	3.3	18	72	4	52	56	0	0	43	0.99
356150--356188	18	2.1	19	85	4	53	51	0	0	48	1.00
356191--356240	14	4.0	13	76	23	54	50	0	2	48	1.12
356194--356256	24	2.6	24	80	9	74	44	0	1	53	1.10
356221--356275	20	2.8	20	86	5	67	38	1	0	60	1.08
356868--356920	20	2.5	23	76	17	60	45	1	0	52	1.11
356909--356962	19	3.0	19	70	25	53	48	0	0	51	1.00
357431--357501	30	2.4	30	83	4	99	39	9	1	49	1.45
357764--357788	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
358466--358506	21	2.0	21	85	9	57	39	14	19	26	1.90
360170--360210	20	2.1	20	86	4	57	73	0	0	26	0.84
360425--360464	21	2.0	20	85	5	53	47	10	0	42	1.37
362511--362548	11	3.5	11	82	7	51	34	0	0	65	0.93
362459--362533	33	2.3	33	100	0	150	32	8	2	57	1.42
362608--362645	13	3.0	13	85	14	53	28	0	0	71	0.87
362596--362645	22	2.3	22	82	6	57	32	0	0	68	0.90
362958--362998	21	2.0	20	85	4	55	24	0	4	70	1.06
362959--363013	27	2.1	27	86	3	76	21	0	7	70	1.11
364672--364939	27	9.9	27	75	14	189	40	7	5	46	1.55
364732--364778	13	3.5	13	77	11	58	42	10	4	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
364673--364875	28	7.4	28	81	4	164	41	6	5	46	1.52
364732--364861	13	9.5	13	69	17	57	43	6	3	46	1.49
365642--365689	20	2.5	20	86	3	62	29	14	16	39	1.88
365754--365807	21	2.6	21	81	0	63	33	9	16	40	1.80
372868--372924	13	3.9	13	72	24	51	35	12	17	35	1.87
372848--372945	32	3.0	32	93	1	169	34	11	17	36	1.85
372846--372943	19	5.8	18	69	28	81	33	11	17	37	1.85
372986--373010	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
372999--373147	52	2.9	50	90	6	226	33	18	17	30	1.94
376304--376338	12	2.9	12	91	0	52	37	8	22	31	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10