genome.fa.s90.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold90
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1653315

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1200 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793497--793563	16	4.2	16	74	14	50	23	16	16	43	1.87
794619--794755	50	2.7	51	88	3	197	27	20	13	39	1.89
795672--795712	21	2.0	21	90	0	64	29	26	0	43	1.55
797107--797739	158	4.0	158	83	5	752	27	24	14	33	1.94
797107--797726	232	2.6	232	81	8	740	28	23	14	33	1.94
797107--797739	79	8.1	79	80	5	660	27	24	14	33	1.94
798216--798272	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
798196--798293	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
798194--798291	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
798334--798371	13	2.9	13	92	0	67	28	15	18	36	1.92
798380--798507	51	2.5	52	92	1	213	35	17	17	29	1.93
800634--800687	27	2.1	26	83	10	67	25	37	14	22	1.93
806299--806357	10	5.7	10	76	15	50	76	5	11	6	1.14
807632--808421	63	12.8	63	82	7	865	23	25	19	31	1.98
808404--808729	42	7.5	42	73	13	232	20	25	11	42	1.86
808404--808729	44	7.4	43	76	9	261	20	25	11	42	1.86
808399--808729	86	3.8	86	78	10	289	20	24	11	42	1.86
808399--808722	176	1.8	177	84	4	440	20	25	11	43	1.85
811872--811988	51	2.3	51	83	0	135	29	19	14	36	1.91
811926--812221	79	3.8	78	83	4	343	29	24	11	33	1.91
812178--812274	51	1.9	51	91	0	158	30	23	11	34	1.90
812206--812394	79	2.4	79	77	11	206	26	23	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816559--816621	13	4.8	13	80	0	72	41	11	14	33	1.81
818786--818811	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
818766--818830	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
821374--821399	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
826125--826245	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
826125--826265	52	2.7	52	85	4	187	29	17	19	34	1.94
826342--826366	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
826320--826386	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
828424--828449	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
828404--828468	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
836393--836464	20	3.6	20	76	0	81	44	11	11	33	1.75
837100--837222	48	2.7	45	81	8	140	30	19	28	21	1.98
837370--837872	28	17.9	28	93	1	810	21	17	31	29	1.96
837352--837872	197	2.6	196	93	3	859	21	17	31	29	1.96
839087--839170	8	10.5	8	75	10	66	3	2	10	83	0.86
839087--839171	10	8.6	10	73	11	61	3	2	11	82	0.89
839093--839170	40	1.9	41	85	12	108	3	2	10	83	0.87
839124--839170	23	2.1	23	88	7	71	4	2	8	85	0.81
854640--854704	26	2.4	27	80	12	80	40	7	6	46	1.58
857636--857678	21	2.0	21	82	8	52	51	0	4	44	1.22
857603--857774	85	2.0	85	92	2	283	44	4	3	47	1.39
857640--857817	85	2.1	83	79	12	184	44	4	2	47	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858645--858757	21	5.6	21	78	8	135	41	13	15	29	1.85
858666--858776	19	5.6	19	79	8	132	37	12	18	31	1.88
858644--858777	40	3.3	40	98	0	259	40	12	16	30	1.86
863431--863482	20	2.6	20	90	0	77	36	30	9	23	1.87
870738--871334	153	3.9	153	76	7	529	33	9	8	48	1.67
872340--872755	155	2.7	158	86	3	574	26	10	18	43	1.83
872340--872764	158	2.7	157	85	4	563	27	10	18	44	1.82
873511--873865	153	2.3	153	79	6	398	27	15	18	38	1.91
873972--874011	21	1.9	21	84	0	53	47	0	5	47	1.24
876238--876304	33	2.0	33	85	5	91	29	13	13	43	1.82
890086--890135	4	12.8	4	83	12	52	80	20	0	0	0.72
890079--890140	18	3.5	18	77	20	76	80	17	0	1	0.79
890084--890143	16	3.7	15	81	18	68	81	18	0	0	0.69
890079--890148	35	2.0	35	88	5	106	80	18	0	1	0.80
890086--890147	19	3.2	20	78	21	69	80	19	0	0	0.71
891568--891657	28	3.1	30	80	9	123	28	28	16	25	1.97
891630--891881	34	7.7	34	81	9	213	18	34	14	32	1.91
891691--891782	27	3.2	27	77	19	105	18	30	14	36	1.90
891657--891782	59	2.1	60	86	2	173	19	30	12	36	1.90
891717--891886	35	5.0	34	83	5	177	15	35	14	34	1.88
891859--891966	28	3.7	29	79	9	121	32	30	19	17	1.95
891981--892336	87	4.0	88	81	5	365	25	25	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
892157--892384	49	4.7	49	88	0	339	24	24	18	33	1.97
893241--893303	19	3.6	19	68	24	57	34	12	15	36	1.86
893239--893320	32	2.6	32	88	1	121	36	13	15	34	1.87
893333--893370	20	1.9	20	88	0	58	36	7	10	44	1.68
895593--895644	27	1.9	27	100	0	104	25	46	13	15	1.82
895629--895660	16	2.0	16	100	0	64	12	50	18	18	1.78
906385--906432	24	2.0	23	84	4	60	47	18	4	29	1.67
906519--906550	13	2.3	15	89	10	50	0	12	0	87	0.54
906877--907342	166	2.8	162	78	8	483	49	7	10	32	1.65
908691--908943	77	3.3	76	78	9	212	34	22	13	29	1.93
909056--909139	29	2.8	29	75	15	73	52	13	9	25	1.70
912952--912994	20	2.2	19	87	4	59	46	34	0	18	1.50
915296--915375	30	2.7	30	88	3	117	13	13	31	41	1.84
920983--921016	6	5.7	6	92	0	59	17	0	0	82	0.67
920982--921016	18	1.9	18	100	0	70	20	0	0	80	0.72
925115--925144	15	2.0	15	100	0	60	33	13	0	53	1.40
926957--927008	19	2.6	21	87	6	72	38	11	15	34	1.83
926997--927021	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
929442--929585	51	2.8	51	80	6	157	30	27	11	31	1.91
929649--929720	28	2.6	28	88	4	101	23	27	20	27	1.99
929677--929987	79	3.9	79	82	2	374	28	26	13	31	1.94
929573--929800	107	2.2	105	84	3	296	25	27	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
935528--935601	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
935546--935621	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
935528--935621	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
935660--935685	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
936144--936210	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
937724--937884	84	1.9	84	80	9	186	53	3	17	25	1.60
939337--939361	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
941008--941081	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
941026--941101	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
941008--941101	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
941140--941165	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
941624--941690	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
948806--948910	16	6.6	16	84	0	84	12	14	30	42	1.82
949543--949650	20	4.8	20	73	22	99	29	18	9	42	1.81
949532--949630	51	1.9	51	93	0	171	28	19	9	43	1.81
949543--949696	69	2.2	70	90	4	240	30	18	10	40	1.84
952701--952739	20	2.0	20	89	0	60	28	33	10	28	1.90
953221--953264	21	2.0	22	91	4	72	38	0	2	59	1.10
954792--954834	18	2.3	19	96	4	79	65	9	4	20	1.40
955308--955377	34	2.1	34	91	0	113	54	4	17	24	1.61
958443--958509	34	2.0	34	93	0	116	52	2	22	22	1.61
962538--962597	13	4.3	14	77	12	61	40	5	0	55	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
976624--976699	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
975740--976702	486	2.0	486	99	0	1890	37	14	26	21	1.92
976623--976708	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
976614--976732	42	2.8	42	92	0	193	43	1	45	9	1.46
976689--976738	18	2.8	18	81	6	57	46	2	44	8	1.44
982963--983037	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
982960--983037	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
984030--984065	6	5.8	6	96	3	63	80	0	2	16	0.83
984498--984545	25	1.9	25	95	0	87	43	18	4	33	1.69
984675--984753	39	2.0	39	87	0	113	43	12	3	40	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10