genome.fa.s90.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold90
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1653315

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1200 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1297296--1297474	79	2.3	79	87	7	249	32	16	25	26	1.96
1297481--1297653	51	3.4	51	81	6	219	30	12	26	30	1.92
1300055--1300124	32	2.2	32	94	0	122	34	17	12	35	1.88
1300081--1300105	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1300062--1300125	19	3.7	18	74	23	66	34	17	12	35	1.87
1300162--1300217	21	2.7	21	97	0	103	35	19	10	33	1.87
1303587--1303620	14	2.4	14	100	0	68	14	8	38	38	1.78
1304423--1304460	15	2.5	15	86	0	58	31	13	2	52	1.54
1306619--1306643	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1306601--1306664	33	2.0	32	90	9	103	39	14	14	32	1.85
1308395--1308441	24	1.9	24	87	12	69	57	0	0	42	0.98
1309103--1309133	12	2.6	12	89	0	53	64	3	0	32	1.09
1312818--1313040	46	4.8	46	84	8	283	50	4	5	39	1.47
1312818--1313040	90	2.4	95	84	8	298	50	4	5	39	1.47
1317674--1317714	21	2.0	21	90	4	66	26	19	14	39	1.90
1317770--1317822	20	2.7	20	75	0	61	45	11	13	30	1.78
1319346--1319386	21	2.0	21	95	0	73	36	26	0	36	1.57
1322398--1322441	23	1.9	23	100	0	88	40	11	22	25	1.87
1326084--1326234	1	151.0	1	75	0	77	83	8	5	2	0.89
1326086--1326185	28	3.4	29	95	4	175	83	8	6	3	0.91
1326082--1326221	28	4.8	30	85	8	173	82	9	5	2	0.93
1326086--1326200	58	2.0	59	89	8	182	82	7	6	2	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1326084--1326222	58	2.4	56	81	13	176	83	7	5	2	0.89
1327680--1328174	30	16.7	29	78	7	342	28	29	16	25	1.97
1327824--1327915	35	2.7	36	78	8	102	19	30	11	38	1.88
1327890--1328173	85	3.3	87	83	6	339	31	29	17	20	1.96
1327670--1328168	115	4.2	116	79	9	533	29	28	16	25	1.97
1328179--1328268	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
1328222--1328375	52	2.9	53	80	4	184	24	24	16	35	1.95
1329206--1329230	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1329186--1329252	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1329293--1329317	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1329306--1329454	52	2.9	51	91	4	244	32	19	17	30	1.95
1332342--1332667	163	2.0	162	93	0	562	26	27	20	25	1.99
1334450--1335077	166	3.8	165	80	5	672	28	10	8	52	1.66
1336665--1336973	159	1.9	159	91	2	505	34	11	13	40	1.81
1338455--1338670	81	2.7	81	84	4	260	30	16	28	24	1.97
1338624--1338694	27	2.6	28	88	6	101	21	18	35	25	1.95
1338683--1338863	51	3.6	51	85	7	260	33	9	25	30	1.89
1338680--1338879	101	2.0	101	85	3	269	35	10	25	29	1.88
1348210--1348966	60	12.6	60	73	9	450	21	23	12	41	1.88
1348208--1348955	121	6.2	120	80	4	722	21	23	12	41	1.88
1348208--1348966	241	3.2	238	82	3	878	21	23	12	41	1.88
1348442--1348900	30	15.2	30	66	14	119	22	25	12	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1350027--1350662	332	1.9	335	85	3	890	28	11	7	52	1.64
1350027--1350662	168	3.8	168	86	3	831	28	11	7	52	1.64
1352253--1352567	159	2.0	161	89	2	483	33	9	13	43	1.77
1357887--1358127	103	2.3	105	81	7	287	34	15	24	25	1.94
1358106--1358242	51	2.7	51	84	0	193	35	12	22	29	1.91
1360567--1360626	20	3.0	21	82	7	79	41	10	16	31	1.81
1360607--1360637	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
1360588--1360654	33	2.0	33	82	5	82	43	11	14	29	1.82
1361227--1361327	41	2.5	40	81	9	116	45	10	26	16	1.81
1361331--1361498	43	3.9	41	74	14	115	41	13	25	19	1.88
1361410--1361600	38	4.6	41	72	15	151	38	13	27	20	1.90
1361424--1361597	83	2.1	83	91	0	276	39	13	27	20	1.89
1361576--1362347	55	13.5	57	83	7	765	26	21	26	26	1.99
1361572--1362348	171	4.5	169	83	8	848	26	21	26	25	1.99
1361578--1362352	226	3.4	226	86	5	1015	26	21	26	25	1.99
1375139--1375238	31	3.2	30	80	8	112	37	17	12	34	1.86
1376102--1376219	55	2.1	55	80	11	127	19	21	15	44	1.87
1376807--1377002	70	2.9	68	70	6	169	22	17	18	41	1.90
1377501--1377848	51	6.8	51	78	5	274	33	15	18	32	1.92
1377477--1377869	102	3.9	102	78	6	341	32	15	18	33	1.92
1379936--1380055	27	4.5	27	82	4	136	30	17	25	25	1.97
1380015--1380266	103	2.4	101	83	8	312	32	15	24	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1381041--1381155	51	2.3	51	87	0	158	31	16	10	41	1.82
1385998--1386134	52	2.6	51	82	4	159	44	13	11	30	1.79
1386170--1386242	20	3.6	20	77	7	67	31	17	10	39	1.85
1387054--1387079	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1387036--1387099	32	2.0	32	90	9	103	39	15	15	29	1.89
1388661--1388699	15	2.6	15	79	0	51	82	2	12	2	0.89
1389446--1389521	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1389445--1389530	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1389436--1389554	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
1397862--1397892	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1399972--1400010	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1400122--1400167	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1402563--1402588	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1402545--1402608	32	2.0	32	87	9	94	40	15	14	29	1.86
1403892--1404003	46	2.4	46	86	5	147	47	4	8	39	1.55
1413742--1413778	19	1.9	19	88	0	56	35	5	16	43	1.71
1414654--1414691	20	1.9	20	100	0	76	10	15	18	55	1.68
1416497--1416584	42	2.1	41	85	6	115	40	9	3	46	1.52
1416489--1416600	42	2.5	43	78	17	113	43	8	4	43	1.54
1418406--1418676	51	5.6	49	75	12	186	27	16	18	36	1.93
1418406--1418573	91	1.8	91	83	2	221	26	16	19	38	1.92
1419863--1419976	31	3.7	31	76	4	104	33	12	20	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422414--1422583	48	3.5	47	73	18	159	30	17	11	40	1.85
1422394--1422583	97	1.9	98	91	3	312	31	16	12	40	1.85
1422570--1422619	18	2.8	18	100	0	100	34	12	20	34	1.89
1428018--1428066	20	2.5	20	83	3	55	30	22	10	36	1.87
1428112--1428136	13	1.9	13	100	0	50	24	16	16	44	1.86
1428097--1428161	33	2.0	33	84	0	85	33	13	16	35	1.89
1436213--1436274	23	2.7	23	85	2	90	50	3	20	25	1.64
1436904--1436930	13	2.1	13	100	0	54	22	18	14	44	1.86
1436919--1436972	19	2.8	20	85	2	74	29	16	12	40	1.86
1438607--1438817	105	2.0	105	100	0	422	38	15	15	30	1.88
1439496--1439613	46	2.6	46	83	1	148	41	5	5	47	1.50
1439849--1439874	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
1446122--1446149	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1446190--1446256	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1446212--1446236	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1446710--1447176	155	3.0	155	80	1	535	38	20	17	23	1.93
1449456--1449481	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1452978--1453007	15	2.0	15	93	0	51	50	13	23	13	1.77
1455092--1455126	13	2.7	13	95	0	61	37	20	14	28	1.91
1455238--1455283	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1457680--1457705	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1457661--1457725	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1458488--1458546	3	19.7	3	100	0	118	67	0	0	32	0.91
1461328--1461582	79	3.3	79	85	4	338	37	16	20	25	1.93
1461621--1461906	79	3.6	79	87	1	396	34	12	25	26	1.92
1461429--1461780	195	1.8	195	83	3	467	36	13	23	26	1.92
1461344--1461858	274	1.9	273	84	2	683	36	13	24	26	1.92
1462324--1462406	19	4.6	19	78	18	97	30	13	15	40	1.85
1462339--1462366	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
1462324--1462385	32	1.9	32	100	0	124	29	12	14	43	1.83
1462303--1462407	19	5.8	19	76	15	87	30	13	15	40	1.85
1462435--1462499	33	2.0	32	88	11	96	33	15	18	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10