genome.fa.s97.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold97
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  856079

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67--152	27	3.2	26	85	6	100	16	18	31	33	1.93
67--520	29	16.1	29	74	13	256	23	16	29	29	1.97
80--308	27	8.2	28	80	11	177	20	17	29	33	1.95
94--305	85	2.5	82	88	7	304	20	17	28	33	1.95
205--313	56	1.9	54	83	10	139	24	18	25	31	1.98
1947--2046	1	100.0	1	81	0	119	0	0	9	91	0.44
1947--2045	18	5.7	18	84	10	134	0	0	9	90	0.44
1948--2045	14	6.9	14	88	6	137	0	0	9	90	0.44
1947--2046	38	2.6	38	87	7	141	0	0	9	91	0.44
26028--26154	1	127.0	1	80	0	119	88	7	2	1	0.67
26028--26154	32	3.9	31	86	6	155	88	7	2	1	0.67
26026--26154	39	3.4	38	84	11	158	86	9	2	1	0.72
27597--28065	30	15.9	29	77	9	353	29	28	17	24	1.97
27657--27709	27	2.0	27	92	0	88	33	33	16	15	1.90
27593--28034	58	7.5	57	74	10	277	29	28	16	24	1.97
27593--28064	88	5.4	88	79	9	392	29	29	16	24	1.97
28070--28159	43	2.1	43	91	0	144	26	25	17	30	1.98
28113--28250	52	2.6	53	82	3	161	23	25	16	34	1.96
29098--29122	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29185--29209	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
29218--29398	52	3.5	52	98	0	344	34	19	17	28	1.95
35685--35710	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39077--39465	52	7.4	53	69	14	223	32	12	25	30	1.92
39171--39298	51	2.5	52	83	7	154	32	12	25	28	1.92
39283--39354	27	2.6	28	88	2	101	22	20	33	23	1.97
41825--41850	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
41904--41996	19	5.6	17	71	28	76	33	19	12	34	1.90
41921--41977	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
41889--41996	32	3.4	32	94	0	180	33	18	13	34	1.90
41934--41997	19	3.7	19	76	23	86	35	18	12	32	1.89
47285--48031	79	9.5	78	79	5	642	35	13	23	27	1.92
47295--48031	157	4.7	156	77	7	602	35	12	23	27	1.92
47331--47998	237	2.8	234	83	4	770	34	13	24	27	1.93
49984--50040	19	2.9	20	82	12	82	36	14	15	33	1.88
52202--52228	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
61853--61894	17	2.4	18	84	11	61	38	7	0	54	1.28
62517--62586	31	2.2	32	89	5	106	52	10	10	27	1.66
68333--68374	15	2.8	15	85	0	57	30	16	2	50	1.58
70094--70166	34	2.1	35	85	12	98	54	13	13	17	1.70
74673--74729	20	2.7	21	78	5	62	38	14	8	38	1.77
77953--77998	2	23.0	2	81	0	56	45	4	4	45	1.43
78473--78511	20	2.0	20	100	0	78	38	15	0	46	1.46
81027--81197	92	1.9	92	90	2	272	29	14	12	43	1.82
83635--84061	166	2.6	165	81	4	491	32	9	7	51	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84413--84446	16	2.1	17	88	5	52	82	0	8	8	0.85
85663--85764	31	3.2	31	65	26	77	28	13	14	43	1.84
85652--85782	65	2.0	65	98	0	253	29	14	15	40	1.87
85894--86522	156	4.0	153	76	9	549	24	17	19	37	1.93
85874--86522	311	2.1	312	81	6	753	24	17	19	38	1.93
86485--86558	36	2.1	36	100	0	148	25	16	10	47	1.79
89760--89829	20	3.5	20	78	7	79	34	17	17	31	1.93
89903--89927	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
89883--89950	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
91525--91555	9	3.4	9	95	0	53	38	0	35	25	1.56
96109--96133	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
96265--96305	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
96569--96620	20	2.4	21	90	9	79	21	50	25	3	1.65
101563--101587	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101679--101703	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101659--101726	33	2.1	33	88	2	102	35	17	14	32	1.91
106996--107115	52	2.3	52	95	0	213	28	17	19	35	1.94
106996--107135	52	2.7	52	86	4	185	29	17	20	33	1.95
107124--107148	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107189--107255	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
107211--107235	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
113375--113494	59	2.0	59	100	0	240	53	6	5	35	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113841--113884	22	2.0	22	82	4	54	56	0	0	43	0.99
113841--113912	20	3.5	20	77	11	65	51	0	0	48	1.00
114094--114124	2	15.5	2	93	0	53	0	48	3	48	1.17
117162--117202	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
118343--118417	20	3.6	20	77	10	62	68	1	26	4	1.16
118359--118421	11	6.0	10	75	15	56	71	0	25	3	1.01
120462--120501	19	2.2	18	86	4	53	65	0	0	35	0.93
121348--121372	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
125448--125479	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
128557--128603	20	2.3	20	82	7	60	61	2	0	36	1.08
129569--129614	17	2.6	18	86	10	60	54	6	0	39	1.26
130841--130897	6	9.2	6	78	14	62	29	0	1	68	1.00
132543--132953	155	2.7	152	80	5	396	24	13	18	44	1.85
132579--132953	154	2.4	152	79	5	374	23	13	18	44	1.86
132684--133098	155	2.7	154	77	7	342	26	13	18	41	1.87
133272--133309	18	2.1	18	90	9	60	42	0	5	52	1.24
134012--134079	31	2.2	31	82	12	79	61	2	4	30	1.30
136841--137141	154	2.0	152	88	5	455	27	12	17	41	1.86
136887--137209	153	2.1	154	81	9	372	29	13	17	39	1.88
138460--138498	2	19.5	2	89	0	60	48	2	2	46	1.29
142028--142087	19	3.5	19	74	25	78	31	11	20	36	1.88
142047--142071	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142026--142103	32	2.4	32	95	0	138	33	12	19	34	1.90
146020--146050	16	1.9	16	93	0	53	61	6	9	22	1.50
146389--146415	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
147248--147307	22	2.7	22	77	10	61	33	0	13	53	1.40
149086--149213	15	9.2	13	69	19	55	52	1	3	42	1.29
149087--149203	16	7.1	17	73	18	61	52	0	4	41	1.26
149082--149213	16	8.4	15	69	22	51	52	1	3	42	1.28
149677--149729	28	1.9	27	88	3	79	73	1	1	22	1.03
149695--149728	17	1.9	18	88	5	52	73	2	0	23	0.97
149794--149945	2	82.0	2	73	17	123	46	2	1	48	1.27
149794--149945	27	5.9	27	75	13	126	46	2	1	48	1.27
151383--151426	2	22.5	2	95	4	81	47	0	0	52	1.00
157684--157722	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
167772--167814	21	2.0	21	90	0	68	18	20	6	53	1.67
167990--168020	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
172211--172236	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
173026--173064	2	19.0	2	94	5	69	48	2	0	48	1.15
174269--174508	122	2.0	120	93	1	408	26	11	21	40	1.87
176094--176256	88	1.9	88	85	2	229	32	11	19	36	1.87
176451--176489	20	2.0	19	85	5	51	25	2	5	66	1.25
176585--176626	20	2.0	22	86	9	61	40	0	0	59	0.97
180414--180485	28	2.6	28	84	0	90	26	19	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180475--180784	104	3.0	103	69	14	263	33	11	24	30	1.91
180475--180643	52	3.3	51	77	8	146	33	13	23	29	1.92
180617--180698	27	3.0	29	82	12	109	25	20	30	23	1.99
183244--183311	19	3.9	19	78	21	94	39	14	11	33	1.83
183266--183290	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
183247--183309	32	2.0	32	100	0	126	38	15	12	33	1.86
183369--185167	423	4.3	423	98	0	3438	31	22	18	28	1.97
185993--186138	29	5.2	29	59	18	76	22	18	30	28	1.97
186079--186162	26	3.1	26	67	21	73	20	19	33	27	1.96
185811--186952	55	19.9	59	87	5	1305	24	20	29	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5