genome.fa.s97.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold97
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  856079

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185811--186952	343	3.3	343	87	6	1495	24	20	29	25	1.99
187952--187990	9	4.4	9	90	3	62	0	0	17	82	0.68
187947--187996	13	3.7	14	77	17	61	0	0	16	84	0.63
187949--187995	9	5.5	8	83	16	51	0	0	14	85	0.61
187940--187995	18	3.2	17	80	14	62	0	1	12	85	0.67
200478--200549	28	2.6	28	86	0	90	26	19	31	22	1.97
200537--200706	52	3.3	50	72	16	132	31	11	27	30	1.91
200681--200762	27	3.0	28	82	10	98	26	20	29	23	1.99
203309--203376	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
203331--203355	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
203312--203374	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
203434--205660	423	5.3	423	98	0	4258	30	22	18	28	1.97
203434--205660	848	2.6	846	97	0	4258	30	22	18	28	1.97
206302--206576	55	5.0	54	85	3	352	23	19	28	28	1.98
206321--206576	110	2.3	110	91	2	415	23	19	28	27	1.98
207478--207932	155	2.9	153	83	6	549	36	18	19	26	1.94
207396--207932	155	3.5	152	79	7	546	37	17	18	26	1.93
212231--212543	134	2.3	134	80	5	321	26	16	8	48	1.74
213470--213494	10	2.5	10	100	0	50	76	0	24	0	0.80
214552--214618	33	2.0	33	85	0	89	38	10	16	34	1.83
221521--221545	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
222411--222691	140	2.0	140	99	0	553	42	10	21	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223350--223424	20	3.7	20	80	5	80	32	14	16	37	1.89
223856--223883	5	5.6	5	100	0	56	64	0	17	17	1.30
228411--228463	13	4.5	13	73	26	64	37	16	13	32	1.88
228411--228479	33	2.1	33	91	5	113	37	18	13	30	1.89
228508--228548	20	2.0	21	95	4	75	34	19	12	34	1.89
228529--228568	13	3.1	13	100	0	80	40	15	15	30	1.87
231361--231414	25	2.2	25	96	0	99	50	20	0	29	1.49
233312--233337	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
233292--233355	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
234018--234061	21	2.1	21	83	8	54	25	34	2	38	1.68
237853--237878	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
237833--237896	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
241395--241428	9	3.8	9	88	11	52	29	26	0	44	1.55
241766--241861	36	2.9	32	82	17	117	30	23	12	33	1.92
242321--242358	13	2.9	13	92	0	67	31	18	15	34	1.92
244253--244354	33	3.1	33	91	2	161	37	16	11	34	1.85
244295--244354	20	3.3	20	65	29	62	38	18	13	30	1.89
244387--244438	19	2.7	19	87	3	68	38	15	15	30	1.88
246395--246429	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
249001--249065	34	1.9	34	100	0	130	21	24	15	38	1.92
250379--250705	165	2.0	167	84	7	434	28	12	9	48	1.73
252235--252609	140	2.7	141	86	2	484	32	11	13	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258444--258468	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
258821--258871	19	2.6	19	77	20	52	74	3	13	7	1.18
261120--261369	79	3.1	77	80	7	279	34	10	25	30	1.89
264338--264519	72	2.5	72	90	7	273	37	15	20	26	1.92
264533--264704	73	2.4	69	84	7	211	34	15	23	26	1.94
265101--265130	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
265146--265200	20	2.8	19	86	8	83	25	16	14	43	1.86
265169--265232	33	1.9	33	96	0	119	31	18	10	39	1.86
265148--265233	20	4.7	20	75	21	80	29	17	12	40	1.86
267555--267733	51	3.5	50	78	3	171	28	22	12	36	1.91
267723--267788	28	2.4	27	85	10	80	24	25	19	30	1.98
267827--267899	28	2.7	26	87	8	101	20	30	21	27	1.98
274164--274426	61	4.3	59	85	6	330	26	25	19	28	1.99
274164--274426	60	4.3	60	86	4	339	26	25	19	28	1.99
274437--275140	61	11.5	61	84	5	831	25	27	18	27	1.98
274216--274660	222	2.0	221	86	4	621	25	27	17	29	1.98
274164--274709	283	1.9	282	86	4	778	26	27	18	28	1.98
274445--275135	121	5.7	120	84	4	807	25	27	19	27	1.99
275221--275322	40	2.6	40	83	7	120	18	26	10	44	1.83
275155--275297	74	1.9	77	81	9	179	21	24	14	39	1.91
276829--276858	15	2.1	14	93	6	51	3	13	10	73	1.21
280944--280971	12	2.3	12	100	0	56	53	21	0	25	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287961--288011	14	3.6	14	77	15	59	35	1	0	62	1.06
290424--290486	27	2.3	27	91	0	99	28	19	25	26	1.98
303794--303858	33	2.0	33	82	11	80	32	15	20	32	1.93
305123--305175	19	2.7	21	88	8	76	41	16	15	26	1.88
312165--312198	9	3.8	9	88	0	50	29	26	0	44	1.55
313767--313835	33	2.1	33	89	5	104	39	18	11	30	1.87
313767--313821	13	4.7	13	70	25	59	36	20	12	30	1.90
313864--313936	20	3.7	19	81	7	67	39	17	13	28	1.88
319793--319828	17	2.1	17	94	0	63	41	13	11	33	1.80
319858--319896	13	3.0	13	92	0	69	30	12	15	41	1.85
320004--320053	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
321334--321360	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
321345--321400	19	2.8	20	91	2	87	30	16	16	37	1.90
321341--321401	20	3.1	19	83	6	86	32	14	16	36	1.89
321430--321492	33	1.9	32	81	12	74	34	11	17	36	1.85
323286--323342	13	4.9	13	72	27	65	29	15	15	38	1.89
323295--323383	19	4.9	19	78	18	100	30	15	16	37	1.91
323286--323361	32	2.4	32	100	0	152	28	15	15	39	1.89
323428--323458	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
323412--323478	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
325831--325886	28	2.0	28	93	3	96	42	8	10	37	1.71
328482--328510	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330772--330807	12	3.1	12	92	4	56	36	8	11	44	1.70
331006--331062	19	2.9	19	89	5	78	31	15	17	35	1.92
332976--333010	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
334468--334510	8	5.6	8	89	10	72	37	11	0	51	1.39
334462--334510	14	3.4	14	89	10	80	36	12	0	51	1.40
336516--336565	20	2.6	19	81	9	57	30	2	2	66	1.14
336527--336564	20	1.9	20	88	0	58	31	0	2	65	1.06
336584--336625	18	2.2	20	87	8	61	50	0	0	50	1.00
337030--337054	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
337603--337666	32	1.9	34	90	9	105	29	10	23	35	1.89
339225--339268	21	2.1	21	91	0	70	61	0	18	20	1.35
343894--343942	17	3.0	17	75	19	50	53	0	0	46	1.00
343890--343949	31	2.0	31	83	9	79	55	1	0	43	1.10
346374--346403	4	7.8	4	92	7	53	0	23	0	76	0.78
347239--347278	21	1.9	21	89	0	62	50	0	0	50	1.00
348562--348607	22	2.1	22	84	8	58	41	10	4	43	1.59
352687--352793	52	2.1	52	92	0	178	32	16	15	34	1.91
352820--352844	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
352910--352934	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
352888--352954	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
358033--358066	17	2.0	17	100	0	68	82	0	5	11	0.83
358073--358129	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
358185--358252	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
358206--358230	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
358187--358249	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
358292--358317	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
358272--358338	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
360680--360961	102	2.8	102	84	6	365	29	25	12	32	1.92
360680--360967	153	1.9	153	82	5	359	28	26	12	32	1.92
360681--360967	51	5.6	50	83	4	308	28	26	12	32	1.92
373542--373590	1	49.0	1	79	0	53	89	8	2	0	0.55
373542--373580	8	5.1	8	90	9	64	92	7	0	0	0.39

Tables:   1   2   3   4   5