genome.fa.s97.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold97
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  856079

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  5  of  5  ( 572 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734506--734582	28	2.8	28	82	9	86	24	19	31	24	1.98
734617--734691	28	2.7	27	91	8	116	25	18	32	24	1.97
734674--734802	51	2.5	51	87	3	181	34	12	24	28	1.92
736173--736329	20	7.8	19	73	19	106	40	14	17	27	1.88
736262--736291	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82
736360--736400	21	1.9	22	90	5	66	29	12	24	34	1.91
736646--737266	206	3.0	206	87	0	911	27	26	19	26	1.99
741800--742849	28	36.2	28	79	8	509	25	17	28	28	1.97
741879--742538	86	7.5	84	76	10	437	24	18	27	29	1.98
742179--742533	64	5.9	62	77	11	285	22	19	27	30	1.98
742198--742499	124	2.4	124	84	4	369	23	19	26	30	1.98
742523--742896	27	13.5	27	85	3	442	29	13	31	24	1.94
742485--742896	55	7.4	54	82	4	446	29	14	30	25	1.95
742457--742896	82	5.3	82	84	5	483	28	15	30	25	1.96
753848--753873	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
753925--753985	19	3.5	19	66	25	62	32	18	13	36	1.89
760808--760854	23	2.0	23	100	0	94	25	12	8	53	1.67
768438--768464	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
768419--768483	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
768447--768504	19	3.0	19	92	2	98	31	15	15	37	1.89
768534--768586	20	2.7	20	100	0	106	37	11	18	32	1.87
774714--774742	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777083--777246	73	2.2	73	97	0	310	35	17	15	31	1.91
777228--777295	33	2.1	32	89	8	102	33	13	17	35	1.89
777327--777380	20	2.6	21	85	2	74	27	16	14	40	1.88
777366--777391	12	2.2	12	100	0	52	34	19	15	30	1.93
777380--777430	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
777871--777971	21	5.0	20	79	13	118	43	0	26	28	1.61
777876--777990	21	5.8	21	77	10	98	41	1	28	27	1.66
777919--778004	19	4.4	19	70	11	57	37	1	29	32	1.65
777871--777996	59	2.1	59	95	0	225	41	1	26	30	1.65
778570--778627	19	3.0	19	87	2	89	32	15	15	36	1.89
778724--778761	20	1.9	19	89	5	58	36	15	15	31	1.90
784949--784997	21	2.3	22	82	3	55	71	0	22	6	1.08
793911--793953	22	2.0	22	90	9	70	37	9	9	44	1.69
794497--794521	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
794575--794644	22	3.0	24	78	16	92	21	21	14	42	1.88
795851--795938	28	3.1	27	85	12	108	42	12	26	19	1.86
796037--796186	59	2.5	59	76	12	139	43	16	19	20	1.88
796733--796950	88	2.4	88	83	3	240	48	12	17	20	1.80
809304--809358	20	2.8	20	88	5	85	38	12	14	34	1.84
809454--809481	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
810155--810212	26	2.3	25	82	14	66	5	13	5	75	1.14
815285--815325	20	2.0	20	90	0	64	36	17	4	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815449--815503	21	2.6	21	91	0	92	34	18	16	30	1.93
815896--816018	52	2.4	52	88	2	185	20	13	23	42	1.88
815993--816160	86	1.9	87	83	5	216	25	23	22	28	1.99
816134--816208	31	2.4	31	88	0	105	18	26	29	25	1.98
816134--816221	31	2.9	30	83	5	104	18	26	28	27	1.98
816282--816356	31	2.4	31	88	0	105	22	26	25	25	2.00
816055--816605	149	3.7	148	87	1	789	23	23	23	28	1.99
816435--816520	31	2.8	31	76	0	109	18	27	26	26	1.98
816634--816742	43	2.6	43	83	4	123	43	11	26	18	1.85
816801--816917	44	2.7	42	83	5	153	48	11	21	18	1.79
816792--816939	42	3.5	43	83	3	183	45	11	22	20	1.82
816792--816949	86	1.8	86	84	0	217	46	10	22	20	1.81
816792--816973	42	4.3	41	79	8	138	44	11	21	22	1.84
816999--817100	33	3.2	33	63	20	90	36	17	23	22	1.95
816958--817105	62	2.4	62	96	0	269	33	18	22	25	1.97
817146--817224	29	2.6	31	84	11	110	35	11	27	25	1.90
822658--822724	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
823182--823207	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
823246--823321	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
823266--823339	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
823246--823339	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
823959--824005	23	2.0	23	100	0	94	51	12	4	31	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825156--825180	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
825735--825781	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
828335--828401	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
828859--828884	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
828923--828998	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
828943--829016	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
828923--829016	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
829418--829442	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
829398--829460	33	1.9	32	84	12	83	34	15	19	30	1.93
834003--834041	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
835902--835971	25	2.8	25	89	8	115	32	4	24	38	1.75
836496--836552	20	2.8	20	81	0	60	38	12	15	33	1.85
842193--842219	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
842174--842235	33	1.9	32	90	3	97	29	14	16	40	1.88
842203--842321	20	5.8	20	67	20	77	33	19	14	32	1.92
845739--846218	34	14.8	33	70	13	232	21	29	11	36	1.89
845897--845954	27	2.1	27	87	0	80	24	27	10	37	1.88
845863--845987	61	2.0	60	83	8	155	24	29	9	36	1.87
845924--846152	68	3.4	67	87	4	307	21	31	10	37	1.86
845844--846218	95	3.8	98	76	12	260	21	30	11	37	1.88
846128--846179	27	1.9	27	88	0	77	28	23	13	34	1.92
846122--846246	61	2.1	60	83	7	155	21	28	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846197--846325	27	4.8	26	83	4	168	23	32	13	30	1.93
846197--846325	53	2.4	54	90	1	206	23	32	13	30	1.93
846326--846426	32	3.2	32	83	6	125	28	36	14	19	1.92
855607--856062	167	2.8	163	84	7	574	26	12	9	51	1.70

Tables:   1   2   3   4   5

The End!