genome.fa.s235.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168060.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_31, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  845463

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
456--511	18	3.1	19	80	15	73	41	12	5	41	1.66
181--1744	359	4.3	354	75	8	862	41	8	8	41	1.67
18--1710	181	9.4	180	74	8	657	41	9	8	40	1.67
1959--2009	21	2.4	21	96	0	93	25	43	9	21	1.83
10072--10109	18	2.1	18	95	0	67	36	2	23	36	1.69
10103--10142	20	2.0	20	95	0	71	30	2	20	47	1.63
11630--14643	181	16.6	180	75	7	2190	40	10	8	40	1.70
12564--12606	19	2.3	19	100	0	86	32	9	6	51	1.61
14693--15070	176	2.1	178	80	5	424	41	12	8	37	1.73
15580--22118	181	36.5	181	75	8	4599	41	9	8	39	1.68
14671--29253	722	20.4	714	72	11	7362	41	10	8	40	1.69
18979--19011	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
20944--20983	15	2.6	16	81	18	57	35	7	5	52	1.51
15583--25514	181	55.6	176	72	11	3178	41	9	8	40	1.68
21365--22110	178	4.1	177	76	9	517	41	10	8	40	1.69
22165--26281	181	22.7	178	74	11	2440	41	10	7	40	1.68
22454--25514	902	3.4	901	76	8	2069	41	10	8	40	1.68
22116--27483	362	14.9	356	71	12	2306	41	10	8	40	1.69
25480--25550	36	2.0	36	91	0	115	46	9	9	33	1.70
25313--25721	213	1.9	215	83	5	540	43	9	7	39	1.66
25705--25749	3	15.0	3	86	9	65	64	0	0	35	0.94
25528--25878	195	1.8	192	83	6	465	42	9	7	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25771--26794	513	2.0	499	80	9	1119	40	11	7	40	1.70
26271--27483	180	6.8	179	74	10	606	40	10	8	40	1.70
26940--27452	182	2.8	181	76	6	525	39	9	8	41	1.69
27320--27605	154	1.9	155	86	2	414	39	10	7	42	1.67
27476--28490	181	5.6	181	73	12	471	39	10	7	42	1.68
27474--28322	178	4.7	176	75	9	524	40	10	7	41	1.67
27474--28494	364	2.8	359	75	12	965	39	10	7	42	1.68
28380--28664	146	1.9	147	85	4	387	35	13	12	38	1.82
29337--29981	352	1.8	352	83	4	852	43	9	8	38	1.68
29635--30763	542	2.1	540	83	2	1422	42	9	8	39	1.67
29336--30748	182	7.9	177	75	10	973	42	9	8	39	1.68
30708--30843	67	2.0	67	88	2	202	36	11	7	44	1.69
30914--31415	180	2.8	177	77	5	488	43	10	6	40	1.64
31574--31714	68	2.1	69	82	6	171	45	7	10	36	1.66
31694--35366	181	20.6	180	75	8	1475	40	9	9	40	1.70
31640--35367	361	10.4	355	74	8	2363	40	9	9	40	1.70
33447--35379	362	5.4	362	77	5	1687	40	9	8	41	1.68
34894--34943	17	2.8	19	67	14	52	40	6	10	44	1.63
33431--35379	181	10.8	180	76	6	1503	40	9	8	41	1.68
36021--36819	348	2.2	349	77	10	759	43	9	7	39	1.65
35977--36836	181	4.8	179	74	10	717	42	9	7	40	1.65
38888--39655	180	4.3	178	74	9	564	40	9	8	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39462--39501	20	1.9	21	85	10	55	35	2	2	60	1.24
39680--40452	180	4.3	177	80	6	742	42	5	9	42	1.60
48136--48224	45	2.0	45	88	0	133	22	19	33	24	1.97
50646--50690	19	2.4	19	88	0	72	24	24	22	28	1.99
53149--53206	19	3.1	19	87	0	80	18	36	15	29	1.92
56435--56484	21	2.4	21	96	0	91	62	8	22	8	1.49
58586--58615	14	2.1	14	93	0	51	6	23	13	56	1.60
78331--78362	13	2.5	13	94	0	55	25	15	43	15	1.86
78975--79060	45	1.9	45	83	4	111	24	25	26	23	2.00
100945--101056	44	2.6	44	78	1	136	26	23	23	26	2.00
116866--116932	23	2.9	23	95	0	116	29	35	16	17	1.92
118173--119042	434	2.0	434	100	0	1740	25	22	16	35	1.95
141234--141325	36	2.6	35	83	10	107	29	30	17	22	1.97
144048--144143	44	2.2	45	83	5	115	28	17	23	30	1.97
145880--146046	45	3.7	45	77	6	176	23	25	20	29	1.99
153068--153127	30	2.0	30	83	0	75	26	15	16	41	1.88
181808--181833	8	3.2	8	100	0	52	50	38	0	11	1.39
193683--193724	6	6.8	6	86	2	57	33	30	14	21	1.93
196807--197293	180	2.7	180	81	7	576	43	11	6	38	1.67
197465--197505	18	2.2	19	86	4	57	63	9	2	24	1.37
197301--198066	180	4.3	176	77	8	606	42	9	8	39	1.68
200051--200896	349	2.4	351	78	8	794	40	7	10	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200047--200899	180	4.8	179	74	8	690	40	7	9	42	1.67
201484--203042	181	8.7	181	78	5	1309	41	8	9	40	1.68
202709--203040	180	1.8	181	81	7	415	42	10	8	38	1.70
203199--208038	180	27.1	180	72	9	2509	38	9	9	41	1.71
203106--220178	539	31.7	539	69	13	3915	39	8	10	41	1.70
203071--205854	179	15.6	178	72	9	754	39	9	10	41	1.71
205818--205850	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
207335--207969	182	3.5	182	75	10	424	40	9	9	40	1.70
207380--207971	176	3.3	175	77	8	425	40	9	9	40	1.71
207921--208195	144	1.9	145	88	5	414	38	12	12	36	1.80
207729--208348	325	1.9	319	80	6	714	41	10	10	37	1.74
208191--209046	180	4.7	183	77	10	597	41	7	10	40	1.68
208077--220172	360	33.6	356	68	14	1587	40	8	10	41	1.69
209084--212865	181	21.3	178	71	12	1783	40	8	10	41	1.69
209657--209704	25	2.0	25	91	4	80	45	4	12	37	1.61
209084--220164	359	30.7	358	69	12	3233	40	8	10	41	1.69
210295--211001	350	2.0	350	82	6	827	39	8	11	40	1.71
212995--220178	180	39.7	180	72	10	3790	40	8	9	41	1.69
217383--220178	181	15.6	177	74	9	1149	40	8	9	41	1.68
220395--220451	27	2.1	27	90	0	87	36	8	8	45	1.66
220448--220757	165	1.9	166	82	2	392	44	10	7	38	1.65
220612--223379	180	15.5	181	73	9	1826	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222370--222402	16	2.0	17	94	5	59	42	6	3	48	1.43
222898--223868	489	2.0	490	83	3	1231	42	10	8	39	1.69
223376--224573	359	3.4	357	78	6	930	41	10	8	39	1.70
223376--224574	181	6.7	180	77	6	946	41	10	8	39	1.70
224648--224867	120	1.8	120	85	1	307	48	8	7	35	1.62
224813--227049	181	12.6	179	70	14	816	41	9	8	39	1.69
225418--225446	13	2.1	14	93	6	51	31	6	0	62	1.22
225722--227299	182	8.8	179	73	11	924	42	11	7	38	1.70
225934--227170	538	2.3	539	78	6	1222	42	11	7	38	1.69
227966--227997	16	2.0	17	88	11	50	6	15	18	59	1.57
229281--232889	180	20.2	179	73	10	2112	39	7	10	42	1.68
229281--232900	181	20.3	179	73	10	1763	39	7	10	42	1.68
229332--232890	358	10.0	357	73	9	2130	39	7	9	42	1.67
235002--237663	181	14.8	180	73	9	1412	41	9	7	40	1.67
234463--240923	540	12.1	539	74	10	2537	41	9	8	40	1.68
237852--240921	182	17.1	175	73	10	1432	41	9	8	40	1.68
238010--240590	533	4.8	529	77	10	1679	40	9	8	40	1.68
239291--239323	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
239455--239768	165	1.9	165	82	4	391	42	10	7	39	1.68
239621--240924	181	7.3	178	76	6	1112	41	9	8	39	1.69
241410--241944	177	3.0	180	76	9	527	42	6	9	41	1.65
241830--241884	20	2.8	20	73	24	55	45	5	9	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242088--243749	181	9.3	179	75	7	1184	40	8	9	41	1.69
242107--243770	360	4.6	358	76	9	1188	40	8	9	41	1.69
250715--250823	45	2.4	45	76	11	107	24	34	19	21	1.96
260933--260965	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
258789--262568	180	21.2	177	74	9	2341	41	9	8	40	1.68
258426--262568	716	5.8	704	74	10	2330	41	9	8	40	1.68
259501--261941	361	6.9	348	74	12	1153	41	9	7	41	1.68
261264--262568	181	7.3	178	76	7	1025	41	9	8	40	1.68
263052--263692	342	1.9	342	80	6	762	41	6	9	41	1.64
263639--263771	67	2.0	67	86	1	187	42	9	12	36	1.74

Tables:   1   2   3