genome.fa.s335.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168160.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_40, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  315255

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
601--6774	356	17.4	353	72	10	2650	39	8	10	41	1.68
601--8999	536	15.8	535	72	10	4063	40	8	9	41	1.68
730--5915	181	29.1	174	72	10	1464	39	8	10	41	1.68
4849--4887	15	2.5	16	83	8	53	48	5	2	43	1.38
5768--6255	164	3.0	164	78	7	470	40	7	9	42	1.66
6112--6633	179	2.9	180	77	4	484	40	7	9	42	1.66
6760--8999	541	4.2	537	77	7	1874	40	7	9	42	1.65
6814--8673	722	2.6	715	79	6	1888	41	7	9	41	1.66
6807--8999	181	12.2	179	76	7	1599	41	7	9	42	1.65
8907--9096	102	1.9	101	84	5	258	36	6	7	48	1.58
9032--10052	180	5.7	181	75	9	792	39	7	9	42	1.67
8756--9285	282	1.9	282	83	3	683	37	6	9	46	1.63
9037--9679	346	1.9	345	80	5	767	39	7	10	42	1.67
10049--12316	181	12.8	178	71	12	1078	41	7	9	42	1.65
10049--12328	363	6.4	360	74	10	1607	41	7	9	42	1.65
10716--11015	162	1.9	162	81	6	376	38	7	10	44	1.65
23718--23756	18	2.2	18	86	9	53	56	2	7	33	1.41
23244--24839	181	8.9	178	72	11	712	41	9	8	40	1.68
25879--27560	181	9.3	181	74	9	1137	40	10	8	40	1.71
25879--27558	361	4.7	359	74	8	1120	40	10	8	40	1.71
27305--27857	286	1.9	285	82	5	688	37	10	8	43	1.71
27586--28067	181	2.7	178	77	10	471	38	9	8	43	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28117--28934	178	4.6	180	72	8	445	42	10	8	37	1.71
28074--34514	181	35.6	177	68	14	1211	41	10	8	39	1.70
29178--30199	522	2.0	512	79	6	1121	40	10	7	41	1.68
30118--30523	222	1.8	221	85	2	564	41	10	8	39	1.70
30343--31604	182	7.0	179	77	7	1036	41	10	8	38	1.70
30444--31619	539	2.2	540	83	3	1456	41	10	8	39	1.71
31564--31700	67	2.1	66	88	1	202	35	13	8	43	1.75
31219--32028	424	1.9	426	79	6	888	40	9	9	40	1.71
31631--34546	181	16.4	180	74	9	1658	40	10	9	39	1.71
31631--34418	536	5.2	537	75	7	1960	40	10	9	39	1.71
31643--34546	358	8.2	353	74	9	1717	40	10	9	39	1.72
34320--34356	18	2.0	19	94	5	67	32	16	8	43	1.77
34565--36135	181	8.7	182	76	5	1229	40	9	9	41	1.69
35646--35695	17	2.8	19	67	14	52	40	6	10	44	1.63
34574--36135	543	2.9	539	78	4	1545	40	9	8	41	1.69
36774--37099	173	1.9	173	83	2	431	42	9	7	39	1.67
37456--37681	124	1.8	124	82	9	291	44	7	7	40	1.61
39637--40396	180	4.2	177	73	10	489	39	8	9	42	1.68
40404--41037	181	3.5	181	89	4	901	39	7	10	42	1.68
44586--44628	17	2.5	17	100	0	86	30	11	30	27	1.92
54074--56191	180	12.0	181	74	10	1355	40	8	8	42	1.67
54852--55191	165	2.0	167	82	3	409	39	9	8	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55879--56524	333	1.9	330	79	5	721	40	7	9	42	1.65
56204--57281	182	5.9	180	77	6	955	38	7	10	43	1.67
56204--57252	362	2.9	360	78	5	992	38	7	10	43	1.68
57280--59871	181	14.4	181	75	9	1807	41	8	9	40	1.68
59653--59689	18	2.0	19	89	5	58	45	8	10	35	1.69
59843--59903	31	1.9	32	96	3	115	52	4	9	32	1.56
61719--63015	179	7.1	180	76	9	1026	40	10	8	39	1.71
61724--64021	182	12.8	178	72	13	751	40	10	8	40	1.70
62852--63134	154	1.8	154	88	3	435	40	9	7	42	1.66
62490--63522	512	2.0	510	81	3	1205	39	10	8	40	1.71
63006--64050	181	5.8	181	78	8	930	40	10	8	40	1.69
63903--64180	146	1.9	146	89	1	432	35	11	13	38	1.81
64129--66348	542	4.1	539	77	7	1405	41	9	9	39	1.69
64211--66168	903	2.2	900	87	3	2812	41	9	9	39	1.70
66274--66306	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
64062--66378	182	12.8	178	76	6	1730	41	9	9	39	1.70
66308--66444	67	2.1	66	92	1	229	35	13	7	43	1.72
66387--69242	179	16.2	176	71	12	1221	40	10	9	39	1.72
67144--69274	181	12.0	178	76	6	1610	40	10	9	39	1.72
67212--69136	887	2.2	890	79	5	2066	40	10	9	39	1.72
67179--68948	529	3.3	522	77	8	1632	40	10	9	39	1.72
69047--69083	18	2.0	19	94	5	67	32	16	8	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67568--69239	708	2.3	705	78	7	1743	40	11	8	39	1.72
69293--70861	181	8.7	180	76	4	1228	40	9	8	41	1.69
69302--70861	545	2.9	537	78	4	1499	40	9	8	41	1.69
71454--71830	180	2.1	181	82	5	460	41	10	7	40	1.66
75109--75607	180	2.8	179	82	8	593	39	6	10	43	1.66
75450--75749	159	1.9	159	80	2	359	36	5	11	46	1.63
79123--79156	17	2.0	17	94	0	59	35	14	26	23	1.94
96505--96567	23	2.7	23	92	0	108	31	34	20	12	1.90
124442--127164	181	15.1	181	75	8	1968	41	9	8	40	1.68
125030--125083	17	3.1	18	78	10	58	38	9	7	44	1.65
124512--126971	895	2.7	888	76	9	2214	40	9	8	40	1.69
124460--127141	540	5.0	530	76	8	2090	40	9	8	40	1.68
127998--128165	79	2.1	79	94	2	293	45	22	15	17	1.85
128588--131598	541	5.6	540	78	6	2476	39	8	10	42	1.68
128579--131651	181	17.1	181	77	7	2427	39	8	10	41	1.69
131884--132260	181	2.1	181	81	4	431	39	8	9	42	1.67
132750--137544	180	26.8	179	75	7	3230	41	9	9	40	1.69
133436--133486	18	2.9	17	82	11	59	35	5	11	47	1.65
137530--137565	13	2.8	13	95	0	63	38	13	8	38	1.75
137600--137736	67	2.0	67	84	0	175	39	10	8	42	1.68
138361--141661	181	18.5	179	74	9	2094	40	8	9	41	1.67
139988--140304	161	1.9	164	81	6	385	41	8	9	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140149--141663	182	8.4	181	76	9	1170	40	8	9	41	1.67
141726--141814	6	15.7	6	74	13	64	13	5	1	79	0.96
141761--141821	8	7.5	8	74	17	54	16	1	1	80	0.88
142909--142974	5	12.4	5	80	12	53	19	1	3	75	1.01
142908--142984	6	12.7	6	75	16	54	19	2	2	75	1.04
142894--142984	17	5.5	16	71	19	62	20	3	2	73	1.08
142908--142984	23	3.2	22	72	24	66	19	2	2	75	1.04
142999--143159	57	2.7	60	86	6	220	47	7	13	32	1.70
143625--144150	59	8.9	58	86	3	640	35	13	7	43	1.72
144171--144250	5	15.6	5	71	19	58	76	2	5	16	1.07
144174--144243	36	2.0	35	86	8	97	75	2	4	17	1.08
144171--144250	11	6.7	11	73	18	54	76	2	5	16	1.07
144273--144312	20	1.9	22	90	10	66	77	2	0	20	0.88
145119--145171	19	2.5	20	82	17	63	73	7	3	15	1.20
145327--145381	6	9.3	6	76	11	60	78	1	1	18	0.94
145327--145381	17	3.1	18	77	12	60	78	1	1	18	0.94
145320--145372	26	2.0	26	82	7	63	77	1	1	18	0.96
145599--146029	41	10.2	41	82	8	445	35	22	17	24	1.96
147274--147358	16	5.4	16	70	25	56	9	18	0	71	1.12
147306--147339	17	2.1	16	89	10	52	8	14	0	76	1.01
147686--147720	11	3.3	10	88	11	52	2	11	0	85	0.69
151252--151474	61	3.7	61	86	3	326	34	12	5	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151404--151443	17	2.4	17	86	0	53	42	0	5	52	1.23
151670--151732	11	5.9	11	74	24	55	76	0	7	15	1.01
151669--151731	6	10.7	6	74	16	60	77	0	6	15	0.96
151663--151731	18	4.1	16	75	17	68	78	0	5	15	0.94
151653--151779	18	6.8	18	68	16	55	70	0	3	24	1.09
152794--152839	5	9.2	5	79	15	51	76	2	0	21	0.90
152752--152839	14	6.8	13	77	18	67	77	1	3	18	0.97
152783--152840	29	2.0	29	90	6	91	74	1	0	24	0.92
152790--152840	9	5.4	9	76	23	52	74	1	0	23	0.92
152856--152886	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3