genome.fa.s335.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168160.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_40, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  315255

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 269 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153047--155157	181	11.9	179	75	7	1519	40	8	9	41	1.68
153400--153709	169	1.8	168	80	6	376	42	7	8	41	1.64
153003--159785	540	12.7	542	73	11	4048	40	8	9	41	1.67
153563--156336	181	15.2	181	71	12	1350	40	8	9	41	1.68
155202--156265	180	5.9	179	76	8	799	41	9	8	40	1.68
156790--165928	181	50.2	180	69	13	2898	40	7	9	41	1.67
159464--160104	321	2.0	322	82	4	785	40	7	9	42	1.66
159793--161003	655	1.8	655	79	6	1378	38	8	10	42	1.70
160389--165924	180	30.4	179	71	10	2647	40	8	10	41	1.68
162641--162912	140	1.9	140	80	0	310	44	8	8	38	1.65
160721--162856	541	4.0	542	79	6	1475	40	8	9	41	1.68
162862--162910	17	2.8	18	78	15	66	46	0	10	42	1.37
162861--163746	471	1.9	466	80	5	1052	39	8	11	41	1.71
163386--165928	539	4.7	532	77	7	2000	40	8	9	41	1.68
164943--164990	17	2.7	18	81	15	64	39	6	12	41	1.68
171409--171451	16	2.7	16	96	0	77	27	13	6	51	1.67
173785--180374	361	18.0	360	70	12	2892	39	8	9	41	1.69
173785--176441	181	14.8	181	76	5	2000	40	8	9	41	1.69
176530--180373	538	7.1	536	77	8	2732	39	8	10	41	1.70
176529--180373	181	21.4	179	75	8	2537	39	8	10	41	1.70
176524--180340	357	10.6	354	74	10	2202	39	8	10	41	1.70
181563--185784	181	23.4	180	73	9	2683	39	8	9	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182060--185081	360	8.4	361	73	11	1312	40	8	9	42	1.67
183106--183143	18	2.2	17	86	9	51	47	2	7	42	1.46
184185--184220	18	2.1	18	90	10	58	44	2	13	38	1.59
184023--185202	180	6.6	180	75	7	538	39	8	9	43	1.67
185626--185926	156	1.9	157	81	3	365	37	9	8	43	1.68
191102--191136	16	2.2	16	94	0	61	31	14	11	42	1.81
194407--195699	176	7.4	176	73	11	802	39	7	9	42	1.66
196786--201320	180	25.4	180	74	8	2308	39	8	9	42	1.68
196789--201368	361	12.8	361	75	7	2963	39	8	10	42	1.68
198740--199051	163	1.9	166	82	5	393	38	7	12	42	1.69
198909--201368	181	13.8	178	75	6	1641	39	8	9	42	1.67
201298--201435	67	2.1	65	87	6	197	42	7	13	36	1.72
201489--202093	182	3.4	178	79	6	488	37	8	10	44	1.69
201434--202226	360	2.2	360	78	5	780	37	8	10	43	1.70
201888--202854	509	1.9	507	80	5	1130	39	8	10	41	1.71
202397--204709	181	12.9	180	75	8	1678	40	7	10	41	1.68
203611--203644	16	2.2	15	89	5	50	20	2	0	76	0.92
204607--204822	109	2.0	109	93	0	369	41	10	9	38	1.72
205287--205341	18	3.1	18	71	15	51	43	9	9	38	1.68
205361--208023	181	14.8	180	76	7	1915	40	7	10	41	1.66
205361--208023	360	7.4	356	75	7	1651	40	7	10	41	1.66
208051--213306	179	29.2	179	73	10	3022	41	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211008--213306	180	12.8	181	76	7	1448	41	9	8	40	1.67
213305--219921	181	37.0	179	74	8	4344	40	8	9	41	1.68
214662--214696	17	2.0	18	88	5	54	42	8	8	40	1.66
213308--219921	722	9.2	712	74	9	3776	40	8	9	41	1.68
221470--221542	18	4.1	18	89	0	101	46	17	5	30	1.71
230071--231207	179	6.3	181	76	4	950	40	8	10	41	1.68
230468--231207	361	2.1	354	80	7	825	41	8	10	40	1.69
231334--231770	182	2.4	182	81	6	526	38	7	8	45	1.61
231819--232719	180	5.0	179	78	4	882	41	8	9	41	1.67
231829--232719	360	2.5	358	82	4	1013	41	7	9	41	1.67
231819--232719	181	5.0	180	79	3	884	41	8	9	41	1.67
236201--238863	181	14.9	178	73	9	878	41	8	9	41	1.67
235515--238768	535	6.1	530	74	10	2005	41	8	9	41	1.66
236872--236907	18	1.9	19	88	5	56	41	5	8	44	1.58
236992--237941	525	1.8	527	81	4	1200	42	9	8	39	1.69
236203--238459	706	3.2	702	77	7	1688	41	8	9	41	1.66
238101--238134	17	2.1	17	88	5	52	55	0	2	41	1.15
235494--238836	358	9.4	360	73	9	1205	41	8	9	41	1.66
238915--239246	181	1.8	179	81	3	407	42	9	6	41	1.63
239776--239828	24	2.3	22	75	15	52	52	1	7	37	1.41
239664--241534	542	3.5	544	79	6	1565	42	10	7	39	1.67
239664--244010	180	24.0	180	72	9	2356	41	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239664--244003	537	8.0	537	72	11	2030	41	9	7	40	1.67
241508--241636	65	2.0	67	89	3	199	34	15	7	42	1.76
242231--242420	102	1.9	102	83	4	249	35	9	9	45	1.69
242412--242620	105	2.0	104	83	6	264	48	7	8	35	1.60
239664--246542	357	19.2	358	72	11	3291	42	9	8	40	1.67
242515--243851	536	2.5	535	80	4	1384	41	8	8	40	1.67
243996--244047	27	1.9	27	84	7	70	44	5	9	40	1.61
244164--246539	177	13.4	174	75	9	1432	42	9	8	40	1.67
246594--248000	181	7.8	180	75	6	758	41	9	8	40	1.68
246543--247986	358	4.0	357	76	6	1184	42	9	8	40	1.68
247259--247740	184	2.7	180	80	8	476	43	8	8	39	1.66
252467--252507	19	2.0	20	90	9	66	34	21	0	43	1.53
254847--255439	181	3.3	174	74	12	517	43	10	8	37	1.70
255439--255800	177	2.1	176	81	6	430	42	11	7	38	1.69
255440--255948	179	2.9	175	77	7	422	41	11	8	39	1.71
255953--259260	181	18.4	181	75	7	2271	41	9	8	40	1.68
255957--259183	902	3.6	889	78	6	2639	41	9	8	40	1.68
255987--259258	721	4.6	710	74	8	2163	41	9	8	40	1.68
259268--260931	181	9.2	180	74	9	1028	40	8	9	42	1.67
260995--264197	181	18.1	176	72	10	1509	40	7	10	41	1.69
261158--261814	354	1.9	348	81	6	801	39	7	10	42	1.69
262906--264119	537	2.3	534	78	5	1183	41	7	10	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264318--264356	20	2.1	19	85	9	53	35	5	0	58	1.20
264286--266191	181	10.6	181	77	6	1489	39	8	10	41	1.69
264286--269110	362	13.5	360	73	9	3009	39	8	10	41	1.69
266184--269110	181	16.3	182	74	8	1852	39	8	9	41	1.70
269198--269245	23	2.1	22	81	11	53	14	4	4	77	1.08
269177--269227	20	2.6	19	76	17	50	17	3	3	74	1.12
271815--272252	58	7.6	57	80	8	478	41	7	15	36	1.75
271805--272196	115	3.4	114	92	2	624	41	7	14	35	1.75
271805--272251	115	3.9	114	88	5	605	41	7	15	35	1.75
275441--275499	18	3.4	18	75	20	54	79	0	11	8	0.93
276812--276893	43	1.9	42	82	7	103	36	10	17	35	1.85
277186--277436	41	6.1	41	85	9	350	23	17	21	38	1.93
277186--277436	124	2.0	122	90	3	396	23	17	21	38	1.93
277440--277494	1	55.0	1	77	0	56	89	9	1	0	0.57
277443--277494	15	3.5	14	84	10	68	88	9	1	0	0.59
277440--277494	22	2.6	21	85	5	74	89	9	1	0	0.57
277576--277608	9	3.8	9	84	8	50	90	3	0	6	0.52
277576--277608	17	1.9	17	100	0	66	90	3	0	6	0.52
277460--277815	115	3.2	111	87	5	484	42	12	16	28	1.84
277462--277826	110	3.2	110	88	5	464	43	12	16	28	1.84
278008--278051	23	1.9	23	81	9	54	13	4	4	77	1.08
277987--278037	20	2.6	19	76	17	50	17	3	3	74	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280604--281042	58	7.6	57	81	9	441	41	8	14	34	1.76
280609--281042	116	3.8	114	85	5	534	41	8	14	35	1.77
280584--281041	174	2.6	171	84	8	559	43	8	14	34	1.75
281778--287698	181	33.0	181	75	7	3917	39	8	10	42	1.68
284445--284740	163	1.8	163	82	2	380	38	7	12	41	1.72
284447--284779	163	2.0	162	79	2	346	38	7	11	42	1.71
281904--287698	541	10.7	534	73	9	2273	39	8	10	42	1.68
284611--300144	362	42.9	362	71	11	5987	40	8	10	41	1.69
287697--288745	179	5.9	174	71	14	579	40	8	9	41	1.69
288632--288865	119	1.9	123	85	6	325	40	8	7	44	1.62

Tables:   1   2   3