genome.fa.s468.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168293.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_52, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  159655

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 355 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
459--529	11	6.5	11	73	20	60	49	0	0	50	1.00
444--534	24	3.7	24	75	20	89	48	0	0	51	1.00
457--529	20	4.0	17	72	24	60	49	0	0	50	1.00
2524--2587	20	3.2	20	78	12	69	53	0	0	46	1.00
2523--2575	28	1.9	27	88	3	79	52	0	0	47	1.00
2517--2589	4	18.2	4	72	20	55	50	0	0	49	1.00
3973--4019	19	2.6	18	83	6	58	48	6	2	42	1.40
4286--4324	16	2.4	16	84	12	53	51	0	0	48	1.00
4555--4595	20	2.2	19	86	8	57	43	0	4	51	1.23
6599--6647	10	4.6	11	80	17	59	51	0	0	48	1.00
6599--6652	11	5.1	10	82	8	63	51	0	0	48	1.00
6599--6656	21	2.6	22	84	13	75	51	0	0	48	1.00
6727--6855	67	1.9	67	84	6	172	46	2	1	49	1.23
6762--6855	18	5.5	17	73	14	79	48	2	1	47	1.20
7261--7289	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
7752--7813	26	2.3	27	84	15	76	48	1	0	50	1.10
7911--8336	176	2.4	178	78	6	410	44	9	8	37	1.67
8424--8823	179	2.2	178	81	6	443	43	8	7	40	1.64
9085--11723	180	14.8	180	76	7	1977	41	9	8	40	1.67
11562--11828	141	1.9	142	82	5	344	43	8	8	39	1.66
11704--12764	181	6.0	179	74	10	784	41	10	8	39	1.70
12223--12541	169	1.9	168	83	6	421	41	11	6	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12997--14116	539	2.1	541	80	5	1282	41	9	8	40	1.67
12782--14105	182	7.4	180	74	8	855	42	9	8	40	1.66
14123--19685	181	31.3	181	71	11	2271	41	10	8	40	1.69
14449--15142	349	2.0	345	80	4	768	41	11	8	38	1.71
17097--19685	539	4.8	535	77	6	1918	41	9	8	40	1.68
19739--19771	18	1.9	17	88	11	50	36	6	9	48	1.60
19750--20202	175	2.5	178	80	4	477	40	9	7	41	1.68
20222--20538	158	2.0	159	83	4	399	45	9	9	35	1.70
21145--21197	18	3.0	20	74	25	64	41	13	3	41	1.62
20381--22393	181	11.2	181	77	6	1696	42	10	8	39	1.69
24867--26599	181	9.6	180	76	6	1388	41	9	9	40	1.70
24846--26599	358	4.9	357	77	7	1366	41	9	9	39	1.70
25100--51803	539	49.5	532	71	12	5408	41	9	8	40	1.69
26656--28222	180	8.7	181	76	8	1201	41	9	7	41	1.66
26679--51803	541	46.5	538	72	12	6067	41	9	8	40	1.69
28221--32062	182	21.3	180	75	7	2616	41	10	8	39	1.70
28221--46513	181	100.5	180	71	11	8043	41	9	8	40	1.69
32122--32804	356	1.9	358	80	6	812	41	8	7	41	1.65
34357--34479	64	1.9	64	85	3	167	36	9	6	47	1.63
32951--50216	361	47.7	358	72	10	9136	41	9	8	40	1.69
41833--41873	16	2.3	18	80	20	59	34	4	9	51	1.56
41841--41874	16	2.1	16	100	0	68	41	8	5	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41660--42053	195	2.0	197	81	3	456	42	10	7	39	1.69
28248--51803	539	43.6	531	71	12	6079	41	9	8	40	1.69
46771--50216	180	19.1	177	72	11	1663	40	9	8	40	1.69
48469--48501	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
48259--50216	181	10.9	180	76	7	1322	40	9	8	41	1.68
50242--51803	180	8.7	179	77	7	1211	41	9	8	40	1.67
51319--51354	18	1.9	19	88	5	56	44	8	5	41	1.58
50244--51803	361	4.3	357	76	8	1266	41	9	8	40	1.67
51805--51836	13	2.5	13	100	0	64	50	15	6	28	1.68
51832--52501	181	3.7	182	79	5	684	42	10	7	38	1.69
51405--52230	427	1.9	425	80	2	942	42	9	7	39	1.67
52607--53352	180	4.2	181	74	9	447	40	8	8	42	1.67
52693--53345	180	3.6	176	76	7	478	40	8	8	41	1.67
52506--53345	357	2.3	356	79	5	838	40	7	9	41	1.68
52510--53305	181	4.4	179	74	8	629	41	7	9	41	1.67
53361--55162	181	10.0	180	77	5	1431	40	8	9	41	1.67
55316--55641	175	1.8	176	86	1	474	44	8	7	38	1.64
56604--56636	18	1.9	17	88	11	50	48	9	6	36	1.60
56488--57675	535	2.2	534	79	5	1254	40	9	8	40	1.68
56474--57675	182	6.7	177	75	8	861	40	9	8	41	1.68
58260--58624	196	1.9	196	81	10	451	37	10	6	44	1.66
60156--60745	42	14.1	41	85	5	684	43	21	12	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61178--61318	58	2.4	59	85	2	212	31	16	13	39	1.87
61651--61694	23	2.0	22	82	13	54	27	22	4	45	1.72
62503--62550	9	5.8	8	79	18	53	12	16	0	70	1.16
62503--62538	15	2.2	16	90	9	56	11	13	0	75	1.06
62930--62977	24	2.0	24	84	8	62	6	20	2	70	1.19
67274--80306	181	72.1	178	71	12	4542	40	8	9	41	1.68
68956--73915	180	27.7	174	70	15	658	39	8	9	42	1.68
72550--72587	19	2.1	19	85	5	51	42	2	0	55	1.14
73828--74754	494	1.9	489	81	6	1138	37	8	10	43	1.70
74328--75599	180	7.1	174	75	10	669	40	8	9	41	1.69
74799--75676	359	2.5	354	79	7	848	40	8	9	41	1.68
75352--75933	313	1.9	313	81	5	712	41	7	9	42	1.65
75674--81966	181	34.8	180	73	10	3562	39	8	9	41	1.69
75675--81966	717	8.7	719	74	9	3791	39	8	9	41	1.69
80399--81963	182	8.8	180	76	8	1316	39	9	9	41	1.70
80406--81963	356	4.4	352	77	9	1248	39	9	9	41	1.70
81389--81966	168	3.4	168	77	11	501	40	9	10	39	1.72
82244--82303	19	3.1	19	78	7	57	50	0	0	50	1.00
82790--82846	21	2.8	19	80	19	55	54	0	1	43	1.10
82951--82990	11	3.9	11	84	15	59	55	0	0	45	0.99
83135--83705	177	3.2	178	78	8	577	41	10	7	40	1.67
83487--83519	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84426--84513	12	6.9	12	69	20	54	45	1	1	52	1.15
84456--84544	39	2.4	35	83	12	99	43	2	1	52	1.20
84516--84560	23	1.9	24	81	4	56	48	6	0	44	1.29
84898--84956	22	2.7	20	75	17	55	49	1	1	47	1.21
85058--85121	16	3.9	15	75	18	56	64	1	1	32	1.13
85238--85271	18	1.9	18	88	5	52	41	0	2	55	1.15
85404--85529	11	9.9	13	68	22	56	45	2	1	50	1.24
85675--85710	17	2.1	18	89	5	56	41	2	0	55	1.14
85953--86020	11	6.1	11	77	19	70	54	0	1	44	1.09
85958--86040	11	7.2	13	74	18	60	51	1	1	45	1.16
86072--86104	10	3.0	11	91	8	50	33	0	3	63	1.10
86452--86501	13	3.7	13	82	10	55	52	0	2	46	1.12
86434--86501	28	2.2	33	82	12	83	51	0	4	44	1.21
86453--86508	20	2.7	21	78	15	55	51	0	1	46	1.11
86490--86535	19	2.5	18	83	13	58	52	0	0	47	1.00
86700--86768	30	2.4	28	79	13	77	52	1	2	43	1.25
86858--86898	20	2.0	22	85	9	59	41	2	2	53	1.27
87107--87156	19	2.6	19	81	12	57	50	0	2	48	1.12
87091--87178	6	14.7	6	70	21	60	51	0	1	47	1.08
87563--87645	21	4.0	20	75	9	67	51	1	0	46	1.08
87624--87661	16	2.4	17	82	13	53	52	0	0	47	1.00
88239--88319	35	2.3	38	78	20	95	53	2	0	44	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88239--88335	33	2.9	33	79	11	92	53	3	0	43	1.16
88406--88443	19	2.0	19	90	10	60	52	2	0	44	1.14
88926--88972	21	2.2	21	85	7	60	44	4	4	46	1.42
89126--89200	21	3.6	21	75	10	66	50	0	1	48	1.09
89158--89211	20	2.5	22	76	17	58	44	0	1	53	1.11
89170--89208	20	2.0	20	90	10	62	46	0	0	53	1.00
90036--90144	38	2.8	39	82	13	129	51	2	0	44	1.22
90773--90817	23	2.0	23	86	8	65	53	0	0	46	1.00
92707--92731	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
92748--92800	17	3.1	17	76	7	54	43	0	1	54	1.11

Tables:   1   2   3