genome.fa.s479.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168304.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_53, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  157624

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1032--1139	22	4.8	22	72	17	71	47	0	0	51	1.07
1100--1145	17	2.7	18	83	10	60	45	0	0	54	0.99
1181--1219	17	2.2	19	90	9	64	51	0	2	46	1.14
1456--1488	16	2.1	15	94	5	57	36	0	6	57	1.23
1801--1840	13	3.3	12	86	10	55	42	0	7	50	1.30
1870--1936	16	4.1	17	71	19	61	47	1	0	50	1.10
1868--1958	27	3.6	26	76	16	77	48	1	1	49	1.15
1938--1980	20	2.2	20	83	8	52	51	0	2	46	1.13
1938--2056	51	2.3	51	78	8	127	50	2	0	46	1.20
2302--2379	28	3.0	27	78	17	85	44	6	0	48	1.28
2521--2552	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
2568--2608	11	3.6	11	83	3	55	53	0	0	46	1.00
2554--2608	17	3.2	17	78	14	51	50	1	0	47	1.11
3313--4332	515	2.0	517	87	1	1501	39	16	12	31	1.86
3827--12591	957	9.2	956	85	3	11300	38	17	13	31	1.87
3827--12591	480	18.3	478	85	3	11259	38	17	13	31	1.87
6505--6566	33	1.9	33	83	3	81	41	6	12	38	1.69
8426--8489	33	1.9	33	84	6	85	28	12	20	39	1.89
12599--17399	479	10.1	480	82	4	5510	38	17	13	30	1.88
12599--17957	961	5.7	957	80	6	5601	38	17	13	30	1.88
17605--18298	354	2.0	354	86	4	988	37	17	12	31	1.88
17954--18860	479	1.9	478	87	2	1320	38	17	12	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19682--20501	447	1.8	445	85	4	1150	37	16	14	31	1.89
20127--20903	401	1.9	404	88	1	1177	37	18	14	30	1.90
20503--22490	479	4.2	477	86	2	2560	37	17	13	31	1.89
25239--27152	479	4.0	479	83	3	2371	38	17	13	30	1.88
26257--28049	913	2.0	909	84	3	2325	38	17	13	30	1.88
27157--28445	480	2.7	479	83	3	1564	39	16	12	31	1.87
27157--28473	479	2.8	479	82	5	1572	39	16	12	31	1.86
29567--30556	478	2.1	477	87	3	1422	39	17	11	30	1.86
30150--30991	435	1.9	434	86	1	1193	38	18	12	30	1.87
30548--31597	482	2.2	478	90	3	1665	38	18	13	29	1.89
33044--35312	446	5.0	445	77	9	2224	37	18	13	30	1.89
34415--34453	18	2.2	18	100	0	78	41	10	12	35	1.77
35298--35376	33	2.4	33	100	0	158	34	8	13	43	1.76
37545--38456	443	2.1	446	84	3	1185	37	17	14	30	1.89
37991--44309	480	13.3	480	84	4	7684	37	16	13	31	1.88
37991--48949	943	11.4	946	77	10	8792	38	16	12	31	1.87
45020--45391	185	2.0	185	100	0	744	38	16	9	35	1.81
45860--48949	480	6.5	479	84	3	3654	39	16	11	31	1.85
49685--49715	16	1.9	16	93	0	53	58	12	0	29	1.35
55348--55395	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
72622--72700	40	2.0	40	82	0	95	34	12	11	41	1.79
75740--75781	20	2.2	19	86	4	57	19	4	0	76	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77319--77461	22	6.5	22	75	6	92	39	6	8	44	1.62
77609--77681	22	3.2	22	78	3	83	38	8	9	43	1.67
77815--78227	180	2.3	179	80	7	421	43	8	6	41	1.60
78133--78296	86	1.9	86	81	6	197	46	8	6	39	1.59
78237--81341	539	5.8	538	76	8	2292	41	8	8	41	1.65
78237--81332	181	17.3	181	75	7	2065	41	8	8	41	1.65
79058--79714	359	1.8	361	79	5	765	41	7	8	42	1.63
81521--83695	181	12.2	181	74	9	1315	41	8	8	41	1.67
81510--83586	360	5.8	356	75	9	1515	41	8	8	41	1.67
83756--84042	146	2.0	146	79	8	316	41	11	7	39	1.69
84583--85039	181	2.6	177	80	2	448	42	11	5	39	1.66
84163--85184	177	5.8	177	73	9	640	41	10	8	39	1.70
85185--85447	146	1.8	146	85	5	370	43	9	7	39	1.65
85307--86387	180	6.0	179	76	7	937	42	10	6	39	1.66
86249--86567	161	2.0	162	82	5	387	41	10	8	38	1.71
86107--86747	342	1.9	341	80	5	756	42	10	7	39	1.68
86408--90603	181	23.8	178	71	13	1939	42	8	7	41	1.65
87051--90530	344	9.9	357	72	13	1302	41	8	7	41	1.65
88285--88317	18	1.9	17	88	11	50	39	9	3	48	1.50
90193--90495	163	1.9	164	85	2	430	42	10	7	38	1.68
90454--90754	148	2.0	147	80	7	338	45	9	6	38	1.62
90627--91051	177	2.4	177	82	6	502	45	8	7	39	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90620--91358	177	4.2	173	76	9	491	43	8	7	40	1.64
91502--91840	181	1.9	181	82	3	432	41	8	8	41	1.65
91971--92007	19	1.9	19	94	0	65	51	0	0	48	1.00
92321--92378	18	3.2	18	79	13	50	41	3	0	55	1.17
92641--92697	15	3.9	15	74	19	57	40	0	0	59	0.97
92621--92677	15	3.5	16	74	16	55	38	0	1	59	1.08
93148--93599	180	2.5	180	80	6	479	40	7	10	41	1.67
93277--93701	181	2.4	180	80	2	460	39	7	9	43	1.65
94326--94402	13	5.9	13	71	15	52	49	1	0	49	1.09
94339--94398	19	3.0	21	75	20	65	46	0	0	53	1.00
94923--94965	21	2.1	20	83	12	52	51	2	0	46	1.13
95064--95125	26	2.3	29	81	13	80	48	3	1	46	1.28
95073--95131	26	2.1	29	81	9	70	47	3	3	45	1.36
95590--95623	16	2.1	16	88	5	50	52	5	0	41	1.25
95630--95674	13	2.9	16	75	25	51	51	0	0	48	1.00
95632--95704	33	2.3	30	83	9	83	53	0	0	46	1.00
95724--95757	17	1.9	18	88	5	52	41	5	2	50	1.42
95721--95772	18	2.9	17	77	8	50	42	3	1	51	1.31
95826--95897	29	2.6	29	84	8	87	45	1	2	50	1.25
95985--96043	7	8.3	7	77	20	52	45	0	1	52	1.10
95979--96040	13	4.5	13	77	18	54	48	0	1	50	1.10
96055--96143	17	5.4	16	71	18	58	46	3	4	46	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96208--96251	18	2.3	20	77	18	58	47	2	0	50	1.13
96232--96351	29	3.7	31	66	28	72	40	2	3	54	1.30
96239--96308	29	2.4	29	81	11	74	35	2	4	57	1.33
96824--96872	13	3.2	15	80	19	57	48	0	0	51	1.00
96826--96900	32	2.3	33	86	8	102	50	0	0	49	1.00
96813--96902	34	2.8	29	72	24	74	46	1	0	52	1.07
97204--97241	12	2.8	13	78	21	51	50	0	0	50	1.00
97409--97460	18	2.9	18	77	11	63	53	1	0	44	1.11
97642--97691	13	4.3	11	85	14	57	56	0	0	44	0.99
97669--97703	18	2.0	17	88	5	52	48	0	0	51	1.00
97658--97709	13	4.4	12	79	18	56	50	0	0	50	1.00
97655--97706	17	2.9	19	78	18	58	51	0	0	48	1.00
98313--98348	10	3.6	10	88	0	54	50	0	2	47	1.15
98411--98463	22	2.3	23	84	12	74	54	0	1	43	1.11
98475--99506	181	5.8	180	76	8	813	41	9	8	40	1.67
98490--99564	362	3.0	353	75	9	964	41	9	8	40	1.67
99964--100462	180	2.8	181	78	8	457	41	8	8	41	1.67
102060--102103	14	3.1	14	81	12	54	45	0	0	54	0.99
102046--102123	29	2.7	29	80	9	79	53	1	0	44	1.08
102073--102117	23	1.9	24	86	4	65	48	2	0	48	1.13
102457--102497	14	2.8	15	82	13	50	56	4	0	39	1.21
102618--102650	12	2.8	12	86	13	50	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102639--102701	20	3.4	19	70	18	60	39	4	0	55	1.21
103607--103663	9	5.8	9	76	15	51	43	0	0	56	0.99
103615--103662	5	9.4	5	78	13	53	41	0	0	58	0.98
103609--103651	21	2.1	21	91	4	70	39	0	0	60	0.97
104211--104264	28	1.9	28	85	7	74	42	1	0	55	1.10
104208--104265	18	3.2	18	80	9	57	41	1	0	56	1.09
104507--104560	12	4.6	12	77	11	58	42	1	1	53	1.22
104492--104560	33	2.0	35	86	5	97	42	4	2	50	1.37
104507--104563	19	3.3	18	71	22	50	42	1	1	54	1.21
105015--105047	17	2.0	17	88	5	50	54	0	9	36	1.32

Tables:   1   2   3