genome.fa.s490.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168315.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_54, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  150814

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105--154	13	3.8	13	82	10	50	74	2	4	20	1.08
3744--3779	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
5395--7009	181	9.0	180	76	7	1194	41	7	9	41	1.66
5395--6757	542	2.5	537	79	7	1309	41	7	9	41	1.66
7247--7296	26	2.0	25	88	4	73	48	4	4	44	1.40
7369--7472	37	2.8	38	77	15	110	49	1	1	47	1.23
7402--7466	17	3.9	16	71	16	60	50	3	1	44	1.26
7355--7460	33	3.1	33	74	16	92	49	0	2	47	1.22
8215--8969	181	4.2	180	77	6	669	38	8	10	42	1.69
9624--9726	13	8.3	13	71	21	62	49	0	0	49	1.07
9615--9666	22	2.2	25	83	10	74	55	0	0	44	0.99
9615--9659	17	2.6	17	82	6	56	55	0	0	44	0.99
9660--9719	17	3.5	17	70	17	52	46	1	0	51	1.10
10519--10617	52	1.9	52	87	0	144	29	10	9	51	1.66
11469--11525	23	2.4	24	85	8	73	49	0	3	47	1.18
11491--11548	13	4.7	13	75	14	52	51	0	0	48	1.00
11485--11561	23	3.4	24	75	19	76	54	0	0	45	0.99
11485--11612	17	7.4	17	71	19	63	50	0	0	47	1.12
11569--11612	21	2.0	21	86	13	61	50	2	2	45	1.27
11503--11612	25	4.6	24	73	20	72	50	0	0	48	1.13
11995--12068	10	6.1	12	72	22	57	47	1	1	50	1.18
12031--12071	14	2.9	14	89	10	66	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12655--12706	21	2.4	23	81	12	65	46	1	0	51	1.12
13230--13265	14	2.6	14	86	0	54	52	5	0	41	1.24
14071--14842	181	4.3	180	77	4	698	41	8	8	41	1.65
15026--16106	355	3.0	354	77	8	892	41	7	9	42	1.64
14972--16123	175	6.5	179	75	7	898	41	7	9	42	1.64
15977--16276	159	1.9	159	83	6	394	41	6	8	44	1.59
16144--16656	181	2.8	179	75	12	438	38	8	10	42	1.70
16241--16656	181	2.3	182	77	6	441	38	9	10	41	1.72
16683--17323	181	3.5	179	78	5	621	37	10	9	42	1.72
18862--18893	14	2.1	16	88	11	50	53	3	0	43	1.16
19094--19155	31	2.0	31	81	12	74	33	4	3	58	1.36
19322--19366	13	3.5	13	78	3	56	44	0	2	53	1.13
19462--19491	15	1.9	16	93	6	53	53	0	3	43	1.17
20394--20418	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
20707--20745	6	6.7	6	82	5	53	48	2	2	46	1.29
20707--20746	17	2.3	17	86	4	53	50	2	2	45	1.28
21386--21457	23	3.3	23	75	20	82	56	0	5	37	1.22
21786--21829	23	1.9	23	81	9	54	45	2	2	50	1.27
21942--22003	18	3.7	18	71	18	62	45	0	4	50	1.23
22005--22044	21	1.9	21	85	10	55	42	2	5	50	1.37
22125--22195	32	2.2	32	82	9	83	49	2	2	45	1.31
22410--22444	16	2.3	15	90	5	52	42	0	8	48	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22699--22736	16	2.5	15	84	16	51	42	2	0	55	1.14
23431--23499	21	3.2	21	74	23	63	46	2	2	47	1.32
23529--23642	41	2.9	40	75	18	114	51	2	1	43	1.25
23560--23635	32	2.5	30	76	18	75	53	2	2	40	1.28
23749--23800	25	2.2	22	83	10	59	48	3	0	48	1.20
23817--23876	22	2.5	23	79	17	61	45	3	1	50	1.28
24182--24228	19	2.5	20	83	13	64	44	0	4	51	1.21
24535--24815	142	2.0	142	80	5	318	43	5	8	41	1.59
24679--26265	181	8.8	180	74	7	1004	39	7	10	42	1.68
24940--26285	540	2.5	538	81	4	1485	38	7	10	42	1.68
26176--26388	117	1.9	115	81	5	261	38	8	8	44	1.66
26291--26807	181	2.9	176	79	6	522	41	9	10	39	1.72
26672--26952	145	1.9	146	84	5	381	41	6	9	42	1.62
26991--27248	138	1.9	138	87	7	382	37	8	9	44	1.68
27386--27818	181	2.4	180	82	3	494	42	10	10	36	1.74
28106--28146	22	1.9	21	90	5	64	39	2	2	56	1.26
28250--28325	31	2.5	30	77	14	82	51	0	0	48	1.00
28247--28345	15	7.2	14	67	26	52	47	0	1	51	1.07
28258--28334	31	2.5	31	83	4	95	50	0	0	49	1.00
29073--29124	22	2.4	20	76	17	50	40	1	3	53	1.30
29253--29294	13	3.2	13	90	6	59	42	2	0	54	1.13
29257--29339	6	13.7	6	70	22	50	48	2	1	48	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29257--29339	19	4.5	19	72	21	70	48	2	1	48	1.22
30145--30197	14	3.9	14	74	18	58	47	1	0	50	1.12
30433--30463	13	2.5	12	94	5	53	48	3	0	48	1.17
30730--30785	29	1.9	29	82	7	69	51	1	0	46	1.11
31651--31699	19	2.8	17	79	11	55	59	0	0	40	0.98
31656--31701	19	2.4	19	85	7	58	58	0	0	41	0.98
31760--31806	22	2.3	19	82	17	58	46	0	2	51	1.13
31896--31946	26	2.0	25	85	14	68	43	1	0	54	1.11
31905--31978	30	2.4	31	81	16	84	44	2	1	51	1.24
32033--32062	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
32031--32131	24	4.0	25	70	12	82	50	1	1	45	1.24
32034--32180	12	11.4	13	68	18	60	51	3	1	43	1.26
32997--33083	32	2.9	31	74	17	85	51	2	1	44	1.21
33578--33653	17	4.5	17	70	18	52	39	1	2	56	1.21
33581--33641	24	2.6	23	75	17	61	40	1	3	54	1.27
34097--34823	181	4.1	177	75	9	597	41	7	8	42	1.63
34903--35320	177	2.3	178	81	3	473	42	7	10	39	1.68
35284--35316	18	1.9	17	88	11	50	48	9	6	36	1.60
35958--36274	159	2.0	159	82	7	394	41	6	8	42	1.62
36117--36591	181	2.6	180	80	8	477	37	9	10	43	1.70
36679--37281	181	3.3	182	79	5	623	37	10	9	41	1.73
39043--39067	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39035--39074	12	3.2	12	86	6	53	40	0	7	52	1.30
39234--39278	16	2.8	16	82	3	54	48	0	2	48	1.13
39284--39321	14	2.7	14	88	8	51	36	0	2	60	1.11
39642--39691	21	2.4	21	75	15	59	38	2	2	58	1.21
39738--39782	23	2.0	23	82	8	56	48	4	0	46	1.22
39993--40043	17	2.9	17	72	16	50	58	1	0	39	1.09
41021--41064	23	1.9	22	82	17	54	43	2	6	47	1.42
41050--41105	27	2.1	27	83	9	71	50	1	0	48	1.11
41395--41428	3	12.0	3	87	12	54	29	0	0	70	0.87
41539--41592	17	3.4	16	78	21	60	46	1	0	51	1.11
42625--43121	180	2.8	179	80	3	516	41	9	8	40	1.69
43871--43912	21	2.0	21	86	9	59	45	2	0	52	1.13
45039--45081	23	1.9	22	85	4	59	58	4	0	37	1.19
45433--45464	13	2.3	15	89	10	50	28	0	6	65	1.16
46037--46075	19	2.1	19	85	0	51	56	2	0	41	1.13
46518--46587	26	2.8	24	79	10	77	51	0	2	45	1.16
46548--46587	14	2.8	14	84	3	53	50	0	2	47	1.14
47266--47312	6	8.0	6	78	21	55	48	0	0	51	1.00
47320--48422	181	6.1	180	75	8	851	41	9	8	40	1.68
48947--48978	15	2.1	15	94	0	55	65	0	3	31	1.08
48870--49095	109	2.1	109	88	1	337	42	8	6	42	1.61
48979--50312	180	7.5	178	77	8	972	41	10	7	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50881--50942	31	2.0	31	81	12	74	43	6	0	50	1.28
51860--51938	30	2.7	28	72	21	72	53	2	1	43	1.22
52080--52124	15	3.2	14	82	17	58	51	0	2	46	1.13
52088--52118	14	2.1	15	94	5	55	51	0	0	48	1.00
52090--52138	14	3.6	14	76	17	50	55	0	0	44	0.99
52080--52144	27	2.3	29	78	21	77	50	0	3	46	1.17
52299--52332	13	2.5	13	90	4	50	47	0	2	50	1.16
54870--54934	16	4.1	16	79	16	66	52	0	3	44	1.16
54870--54934	32	2.1	31	88	8	96	52	0	3	44	1.16
55079--55154	13	6.1	13	70	14	61	44	0	2	52	1.14

Tables:   1   2   3   4