genome.fa.s579.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168404.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_62, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  141830

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20--470	181	2.5	179	79	7	441	41	7	8	42	1.64
124--543	177	2.3	180	79	6	451	43	8	10	38	1.68
440--633	101	1.9	101	81	2	237	43	8	9	38	1.68
640--2124	508	2.9	508	78	12	1235	39	8	10	41	1.71
1590--2375	179	4.4	179	80	5	823	41	8	9	40	1.67
1893--2883	506	2.0	507	81	4	1158	41	8	9	41	1.67
2782--3776	177	5.7	176	75	11	602	43	8	8	40	1.65
2415--3790	181	7.8	176	75	10	893	42	9	8	39	1.67
2975--3613	344	1.9	338	83	6	840	44	9	7	38	1.64
3315--3790	179	2.6	177	82	5	546	43	8	8	39	1.66
3932--4635	181	4.0	177	74	11	484	40	9	9	40	1.70
5592--6325	181	4.1	179	79	6	705	41	6	9	42	1.65
6771--8013	180	7.0	181	75	8	962	41	8	9	40	1.68
6771--7652	361	2.4	357	79	7	859	40	8	9	41	1.69
6995--8001	352	2.8	352	77	7	954	42	8	9	39	1.68
8084--8117	16	2.1	16	89	10	52	58	0	0	41	0.98
8492--8550	24	2.5	23	78	10	66	52	3	0	44	1.17
8682--9960	181	7.2	181	74	9	935	40	8	10	40	1.70
10185--10229	22	2.0	24	83	16	60	42	0	0	57	0.98
10339--10381	22	2.0	22	85	0	59	44	2	0	53	1.13
11811--11845	14	2.6	13	86	8	52	57	2	0	40	1.14
11786--11902	24	4.8	24	72	15	71	49	2	0	47	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11896--11976	12	6.6	12	69	25	53	50	0	2	46	1.14
11889--11940	28	2.0	28	88	11	83	48	0	1	50	1.12
11868--11976	32	3.5	32	71	16	86	49	0	2	47	1.15
12386--12445	27	2.4	23	70	19	57	53	0	0	46	1.00
12389--12440	27	1.9	27	88	0	77	51	0	0	48	1.00
12691--12753	18	3.3	18	77	22	67	41	0	1	57	1.08
12695--12760	18	3.5	17	75	21	53	43	0	1	54	1.09
12715--12810	18	5.1	18	73	20	56	47	0	2	50	1.12
12794--12897	28	3.8	27	68	20	65	46	0	1	50	1.18
12883--12930	21	2.2	22	85	14	64	41	0	2	56	1.11
12946--13002	26	2.2	24	84	9	69	45	0	5	49	1.24
13622--13698	25	3.3	23	72	15	68	49	0	3	46	1.20
13880--13950	20	3.5	20	75	17	58	53	2	0	43	1.15
13904--13944	17	2.4	17	87	0	55	53	2	0	43	1.13
13916--13963	11	4.1	13	72	22	52	47	0	0	52	1.00
13915--13982	17	3.9	17	81	14	77	51	0	0	48	1.00
13920--13986	35	2.0	34	85	11	93	53	0	0	46	1.00
14442--14507	14	4.5	16	69	21	54	50	0	3	46	1.16
15233--15292	14	4.4	14	74	19	56	46	3	1	48	1.28
15344--15420	25	3.1	24	76	17	77	49	0	1	49	1.09
15497--15554	28	2.0	29	83	9	75	39	1	5	53	1.33
15624--15666	11	4.0	11	82	11	54	53	2	0	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15672--15703	13	2.4	14	94	5	57	46	0	3	50	1.17
15874--15905	16	2.0	16	93	0	55	37	3	0	59	1.13
16265--16329	26	2.5	25	74	18	60	53	0	1	44	1.09
16509--16568	25	2.4	26	81	13	72	48	1	0	50	1.11
16511--16588	19	4.2	19	68	15	56	47	1	1	50	1.17
17009--17073	26	2.5	27	81	18	84	52	0	1	46	1.10
17446--17510	24	2.7	24	79	9	69	52	0	1	46	1.10
17549--17595	6	8.3	6	86	13	57	55	0	0	44	0.99
17634--17685	17	2.9	17	75	13	50	59	3	0	36	1.16
18447--18530	17	4.6	17	68	19	53	45	2	3	48	1.32
18597--18665	28	2.7	25	77	18	63	52	1	0	46	1.09
18622--18776	19	8.0	21	65	23	58	50	1	0	47	1.14
19555--19604	21	2.2	23	82	10	59	58	2	0	40	1.10
19810--19913	5	20.4	5	67	18	54	43	0	2	52	1.22
20482--20541	27	2.2	28	82	11	72	51	5	1	41	1.33
20676--20737	13	4.4	13	74	21	54	48	0	0	51	1.00
21452--21512	24	2.6	24	81	2	70	45	3	1	49	1.28
21816--21858	18	2.4	18	80	0	50	51	0	6	41	1.29
21808--21905	50	2.0	49	80	9	110	42	2	7	47	1.42
22630--22672	22	2.0	22	86	9	61	53	6	0	39	1.28
23419--23520	10	10.4	10	69	23	58	49	0	1	49	1.12
23413--23507	48	2.0	47	84	10	122	50	0	2	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23434--23523	25	3.6	25	70	21	73	50	0	2	47	1.13
23414--23545	60	2.2	61	81	12	150	46	2	1	49	1.23
23681--23738	19	3.3	17	75	17	57	34	0	6	58	1.25
24208--24264	24	2.5	23	76	21	57	50	3	0	45	1.18
24539--24583	22	2.0	22	86	0	63	44	2	4	48	1.35
24563--24596	18	1.9	18	88	5	52	44	0	2	52	1.16
24735--24787	12	4.7	12	74	25	53	56	0	0	43	0.99
24712--24779	28	2.6	26	82	17	72	52	1	0	45	1.09
24712--24787	16	4.9	16	71	24	56	53	1	0	44	1.08
25040--25148	14	7.9	14	71	15	59	46	0	1	50	1.18
25405--25482	13	5.8	13	70	16	61	51	0	3	44	1.19
25429--25482	19	2.8	20	80	11	67	51	0	1	46	1.11
26050--26083	15	2.3	15	90	10	52	44	2	0	52	1.16
26134--26178	22	2.0	21	84	16	56	53	0	0	46	1.00
26138--26184	14	3.4	14	79	8	51	57	0	0	42	0.98
26352--26405	25	2.3	23	78	9	56	55	0	1	42	1.10
26485--26544	27	2.3	24	75	11	57	51	3	1	43	1.28
26564--26619	29	1.9	29	82	7	69	48	3	0	48	1.19
26804--26877	13	5.4	13	73	15	60	45	0	2	51	1.15
26959--27009	22	2.3	21	75	15	50	47	1	3	47	1.32
27179--27208	15	2.1	15	93	6	53	46	0	3	50	1.18
27323--27380	20	2.9	21	84	5	75	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27328--27401	29	2.3	34	77	17	86	50	0	0	50	1.00
27343--27438	26	3.7	26	72	22	69	43	0	3	53	1.16
27306--27404	20	5.5	17	70	17	67	48	1	1	49	1.14
27572--27636	22	2.9	24	76	17	68	52	3	0	44	1.16
28130--28687	182	3.1	181	79	6	546	39	6	11	42	1.67
28108--28720	178	3.4	176	77	8	565	38	7	11	42	1.69
29554--29967	181	2.3	181	83	3	503	41	10	10	37	1.74
29838--30110	145	1.9	146	86	3	399	39	6	9	44	1.62
30151--30408	138	1.9	136	87	4	385	37	6	10	45	1.65
29656--30490	326	2.6	324	79	8	862	40	8	9	41	1.67
31225--31265	22	1.9	21	90	5	64	39	2	2	56	1.26
31654--31733	21	4.0	20	75	16	69	51	1	0	47	1.08
31645--31739	16	6.5	15	67	23	51	52	2	0	45	1.12
31699--31745	11	4.5	11	82	12	55	51	0	0	48	1.00
31704--31745	14	2.8	15	80	19	52	54	0	0	45	0.99
31838--32222	181	2.1	180	79	3	405	39	7	11	41	1.69
32587--32626	10	3.8	10	83	9	53	50	0	0	50	1.00
32609--32670	20	2.9	23	73	22	55	50	0	0	50	1.00
32630--32704	20	3.9	19	70	16	57	48	0	2	49	1.15
32606--32665	15	3.8	15	70	20	50	48	0	0	51	1.00
32617--32694	31	2.4	32	82	8	86	48	0	2	48	1.15
32521--32747	103	2.2	101	79	14	243	48	0	1	49	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32586--32747	21	8.1	20	67	25	78	48	0	1	49	1.13
33115--33179	17	3.8	18	72	11	57	52	0	0	47	1.00
33185--33248	20	3.3	19	76	20	60	50	6	0	43	1.27
33368--33407	17	2.4	17	83	4	55	42	2	0	55	1.13
33466--33507	18	2.3	19	80	12	52	45	2	0	52	1.13
33980--34020	18	2.3	18	88	12	59	36	0	4	58	1.20
34100--34177	35	2.3	32	91	6	120	44	7	0	47	1.31
35286--35356	32	2.2	32	82	9	83	45	1	2	50	1.25
35481--35530	23	2.1	24	82	10	59	54	0	4	42	1.19
35690--35714	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18

Tables:   1   2   3   4   5