genome.fa.s579.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168404.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_62, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  141830

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70455--70518	30	2.1	30	83	11	78	48	1	0	50	1.10
71374--71645	135	2.0	135	78	4	280	38	7	9	44	1.65
72239--72269	7	4.4	7	100	0	62	41	0	0	58	0.98
72684--72741	16	3.7	16	80	15	68	53	0	3	43	1.17
72684--72741	30	1.9	31	86	10	84	53	0	3	43	1.17
73330--73363	16	2.1	16	89	10	52	52	2	5	38	1.41
74263--74312	21	2.2	23	82	10	59	40	0	2	58	1.10
74782--74846	26	2.5	26	85	7	87	50	0	3	46	1.17
74763--74851	33	2.7	34	73	18	89	49	0	2	48	1.13
75438--75484	24	2.0	22	88	8	67	51	0	0	48	1.00
75499--75548	17	2.9	18	77	14	52	36	0	4	60	1.16
75591--75632	19	2.3	18	91	4	66	45	2	0	52	1.13
75735--75768	18	1.9	18	88	5	52	61	2	5	29	1.34
76098--76238	13	10.3	13	68	22	51	48	3	1	46	1.28
76065--76125	21	3.0	21	81	13	65	47	1	0	50	1.10
76087--76139	21	2.4	22	84	12	65	50	0	1	47	1.12
76099--76238	28	4.6	29	74	16	113	49	3	1	45	1.28
76161--76241	31	2.7	29	75	19	85	48	4	0	46	1.23
76784--76868	28	3.1	29	75	8	79	47	3	2	47	1.32
77097--77158	31	2.0	31	81	12	74	33	4	3	58	1.36
77122--77179	21	2.8	20	84	7	62	44	1	0	53	1.10
77303--77403	22	4.5	22	71	10	62	45	3	1	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77369--77432	22	3.0	22	74	17	64	51	0	0	48	1.00
77468--77524	23	2.4	23	80	11	71	54	0	0	45	0.99
77467--77540	26	3.0	25	74	16	66	51	0	1	47	1.09
77467--77524	17	3.7	16	73	17	59	53	0	0	46	1.00
77489--77584	16	6.7	15	69	24	64	51	1	2	45	1.20
77468--77555	30	3.0	30	76	21	89	53	0	1	45	1.07
77772--77818	16	3.1	17	82	17	59	48	4	0	46	1.21
79411--79448	14	2.7	15	80	16	53	55	0	0	44	0.99
79495--79543	17	2.9	17	85	8	57	51	2	0	46	1.12
79553--79624	28	2.5	29	76	17	78	48	1	1	48	1.18
79570--79623	28	1.9	28	88	7	83	51	0	0	48	1.00
79664--79712	24	2.0	26	84	8	66	59	2	2	36	1.21
79689--79756	19	3.6	18	73	23	52	51	0	2	45	1.16
79693--79724	13	2.5	13	94	0	55	53	0	0	46	1.00
80029--80138	15	7.1	15	67	12	55	47	0	2	49	1.22
80207--80248	19	2.3	18	91	4	66	45	0	2	52	1.13
80205--80252	16	2.9	16	77	19	53	45	0	2	52	1.12
80376--80443	27	2.5	26	80	7	73	45	2	1	50	1.26
80492--80589	40	2.5	39	80	9	101	42	1	3	53	1.23
80492--80577	20	4.3	20	74	21	74	44	1	2	52	1.21
80643--80689	22	2.1	22	84	7	60	48	4	2	44	1.34
83261--83342	23	3.4	24	73	21	66	45	3	1	50	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83453--83514	28	2.2	29	80	13	76	50	3	0	46	1.17
83686--83720	18	1.9	18	94	0	61	54	0	0	45	0.99
83679--83753	25	2.9	25	75	18	73	54	1	0	44	1.08
83838--83873	18	1.9	19	88	5	56	55	2	2	38	1.29
84761--84847	44	2.0	43	82	10	106	39	3	5	51	1.43
84963--85017	27	2.0	27	85	0	74	50	3	0	45	1.19
84982--85030	17	2.7	18	81	15	57	48	2	2	46	1.25
85161--85202	18	2.3	18	84	12	59	47	0	0	52	1.00
85261--85329	16	4.1	16	75	10	66	46	1	0	52	1.09
85629--85677	18	2.5	20	77	19	57	40	4	0	55	1.19
86486--87156	356	1.9	355	78	7	743	38	8	9	42	1.69
86564--87530	180	5.4	179	73	10	642	39	9	10	41	1.72
87629--87694	22	2.9	22	79	16	64	42	6	0	51	1.26
87675--87740	8	8.4	8	71	20	50	45	1	0	53	1.09
87695--87756	20	3.2	20	71	11	56	45	0	0	54	0.99
87953--88944	180	5.5	177	75	8	696	41	10	8	39	1.69
87922--88948	360	2.9	360	78	7	966	41	10	8	39	1.69
87922--88930	179	5.6	176	74	11	659	41	10	8	39	1.69
88956--89527	180	3.2	177	76	9	446	40	7	8	43	1.63
89197--89810	325	1.9	325	79	8	687	42	9	7	40	1.66
90180--90224	19	2.4	19	96	0	81	31	13	13	42	1.82
90323--90543	120	1.8	120	87	5	331	34	12	8	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90426--91634	180	6.7	180	77	6	1083	40	9	7	41	1.66
90426--91634	361	3.4	350	79	7	1101	40	9	7	41	1.66
91530--91562	18	1.9	17	88	11	50	33	6	12	48	1.65
91700--91733	14	2.5	14	90	4	52	41	5	0	52	1.25
92062--92092	10	3.0	10	95	4	53	58	0	0	41	0.98
92264--92314	17	3.1	17	77	11	52	45	1	0	52	1.12
92280--92320	21	2.1	19	86	9	55	51	0	0	48	1.00
92867--92923	18	2.9	20	75	20	57	47	0	0	52	1.00
92886--92940	13	4.5	12	82	13	51	45	0	0	54	0.99
92882--92928	11	3.9	12	81	13	53	46	0	0	53	1.00
92886--92940	6	9.0	6	77	16	51	45	0	0	54	0.99
92865--92944	44	1.9	44	82	14	107	47	0	0	52	1.00
92864--92944	23	3.6	23	74	21	66	48	0	0	51	1.00
93015--93107	41	2.4	39	80	7	100	48	1	2	48	1.20
93148--93199	18	2.9	18	72	11	54	44	1	1	51	1.23
93314--93346	11	2.8	12	82	17	50	48	6	0	45	1.27
93314--93348	13	2.8	13	87	12	56	48	5	0	45	1.26
94129--94446	58	5.4	58	85	5	392	34	14	7	43	1.74
94129--94461	117	2.9	116	86	5	399	35	14	7	43	1.73
94479--94563	5	16.6	5	75	19	54	78	2	4	14	1.00
94479--94563	23	3.6	22	79	14	75	78	2	4	14	1.00
94497--94557	23	2.6	24	84	7	81	80	1	4	13	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94479--94568	6	15.0	6	72	19	64	77	2	5	14	1.04
94479--94563	30	2.9	30	81	10	86	78	2	4	14	1.00
95265--95349	6	14.2	6	70	18	52	75	1	3	20	1.02
95265--95362	22	4.6	21	77	20	80	75	1	4	19	1.02
95265--95366	17	5.9	17	69	15	66	75	0	3	19	1.02
95268--95366	5	18.6	5	75	17	60	75	1	4	19	1.01
95268--95366	11	9.3	10	69	23	60	75	1	4	19	1.01
95305--95379	36	2.1	37	85	7	100	78	0	6	14	0.94
95340--95383	14	3.1	14	83	6	54	81	0	9	9	0.87
95534--95560	14	1.9	14	100	0	54	0	0	11	88	0.50
95576--95748	42	4.1	42	84	3	215	35	22	17	23	1.95
96052--96876	178	4.6	178	74	9	587	40	7	10	42	1.67
96058--96743	359	1.9	358	78	8	750	39	7	9	43	1.66
97006--97073	26	2.7	26	75	18	65	48	0	0	51	1.00
97014--97135	58	2.1	58	79	11	135	49	0	0	49	1.12
97288--97350	25	2.4	27	86	7	85	50	0	3	46	1.17
97607--97646	21	1.9	21	90	10	64	42	2	0	55	1.13
98458--98495	14	2.7	14	80	15	51	44	0	2	52	1.14
98566--98600	18	1.9	18	94	0	61	42	2	2	51	1.31
100398--100483	24	3.7	23	77	13	72	45	5	3	45	1.44
100648--100715	22	3.2	20	79	8	73	57	1	0	41	1.08
100658--100724	25	2.6	25	79	11	66	59	1	0	38	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100681--100724	22	2.0	23	90	4	72	59	2	0	38	1.10
101107--101157	21	2.4	21	80	0	57	49	1	0	49	1.12
101588--101636	20	2.5	20	72	24	50	44	4	4	46	1.41
102024--102115	18	5.5	17	73	19	61	48	1	0	50	1.08
102062--102144	32	2.6	31	77	17	82	48	2	0	49	1.14
102210--102254	22	2.0	23	83	12	58	42	4	4	48	1.43
102739--102811	12	6.7	11	76	16	64	42	1	0	56	1.08
102820--102852	12	2.8	12	95	4	59	57	0	0	42	0.98
102823--102888	25	2.4	27	75	17	73	54	1	1	42	1.18
103198--103256	20	3.2	18	72	22	52	50	1	0	47	1.11

Tables:   1   2   3   4   5