genome.fa.s623.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168448.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_66, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135078

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
557--597	19	2.1	20	82	13	50	41	7	0	51	1.30
752--798	24	2.0	24	83	8	60	38	2	2	57	1.23
826--877	23	2.3	22	83	12	61	50	1	1	46	1.23
810--906	16	6.1	17	67	21	59	48	1	2	48	1.20
963--1027	19	3.2	20	79	12	62	60	1	1	36	1.16
981--1033	19	2.6	21	80	20	67	60	0	0	39	0.97
1089--1132	18	2.4	18	84	3	52	54	2	0	43	1.12
1111--1173	24	2.7	25	79	16	64	49	1	0	49	1.10
1149--1184	15	2.4	15	90	0	54	47	0	0	52	1.00
1149--1191	15	3.0	14	86	10	52	46	2	0	51	1.13
1466--1507	8	5.1	8	78	16	50	45	2	2	50	1.27
1458--1507	16	3.1	16	82	5	64	44	4	4	48	1.40
1696--1752	13	4.5	13	76	12	64	45	0	0	54	0.99
1655--1806	80	1.9	76	80	7	171	48	0	3	48	1.23
1673--1790	26	4.4	28	71	20	74	48	0	1	50	1.11
1703--1789	24	3.6	26	75	17	71	45	0	1	52	1.08
6581--7709	564	2.0	564	98	0	2197	40	16	11	31	1.85
8134--8177	21	2.1	21	91	0	70	56	0	0	43	0.99
8133--8177	18	2.5	18	85	7	56	55	0	0	44	0.99
9375--9413	4	9.8	4	83	10	53	51	0	0	48	1.00
9507--9535	14	2.0	15	93	6	51	27	0	3	68	1.05
9692--9745	25	2.2	25	83	12	67	53	0	1	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9712--9756	16	2.9	16	83	3	56	53	0	2	44	1.13
9781--9839	14	4.1	14	74	21	59	44	1	0	54	1.10
9843--9884	19	2.3	19	91	4	68	61	0	0	38	0.96
9895--9963	22	3.0	23	70	16	54	46	4	0	49	1.21
9926--9982	27	2.2	25	84	12	71	54	1	0	43	1.10
9995--10049	24	2.4	24	78	6	60	47	1	1	49	1.23
11134--11217	33	2.5	33	80	14	93	47	3	2	46	1.32
11244--11284	19	2.2	19	86	0	55	48	4	0	46	1.23
11481--11558	30	2.5	31	78	12	81	46	3	6	43	1.47
11747--12319	182	3.2	180	81	6	617	43	9	6	40	1.63
12868--13348	181	2.7	178	77	8	454	40	7	10	41	1.67
13659--13688	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
13871--13910	19	2.2	18	86	4	53	45	0	5	50	1.23
13984--14024	20	2.1	19	86	4	55	53	0	4	41	1.22
13985--14035	23	2.2	22	80	16	59	50	0	3	45	1.20
14068--14113	16	2.9	16	78	18	51	36	0	6	56	1.25
14338--14377	19	2.1	19	85	0	53	42	0	7	50	1.30
15081--15109	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
15098--15138	13	2.9	14	86	13	50	46	4	0	48	1.23
15816--15870	24	2.3	25	75	6	60	43	1	0	54	1.10
15991--16016	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
16021--16069	10	4.7	11	72	23	52	55	0	2	42	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16047--16105	25	2.2	28	79	14	70	54	1	3	40	1.27
16401--16475	25	2.8	25	78	11	71	46	2	2	48	1.30
17612--17759	31	4.7	31	69	19	85	44	2	0	52	1.20
17704--17771	34	1.9	36	85	11	97	44	1	1	52	1.19
17944--17974	15	2.1	15	93	0	53	58	0	0	41	0.98
17993--18025	15	2.1	16	88	5	50	45	0	0	54	0.99
18116--18165	15	3.3	15	74	23	50	44	2	0	54	1.11
18348--18416	22	3.0	23	75	16	63	49	4	1	44	1.31
19356--19438	14	5.9	13	71	15	51	49	2	3	44	1.32
19334--19413	29	2.7	29	81	12	92	52	1	2	43	1.22
19688--19721	17	1.9	18	88	5	52	50	0	2	47	1.16
19885--19919	14	2.4	14	95	4	61	45	0	0	54	0.99
20159--20190	10	3.1	11	82	17	50	46	0	0	53	1.00
20253--20308	25	2.2	25	81	9	60	39	3	3	53	1.36
20304--20374	23	3.3	21	80	19	85	53	0	1	45	1.09
20319--20372	12	4.8	11	81	16	58	55	0	1	42	1.10
22751--22811	16	3.6	17	71	13	54	70	0	21	8	1.13
23541--23905	125	2.9	126	81	4	416	35	9	24	29	1.87
23542--23903	63	5.8	63	77	6	351	35	9	25	29	1.87
23542--23895	188	1.9	188	84	2	478	35	9	25	30	1.87
23568--23975	188	2.2	188	80	5	432	36	9	25	28	1.88
24373--24501	22	5.9	22	82	8	129	37	9	15	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24371--24498	66	1.9	67	85	4	177	35	10	14	38	1.82
24496--24633	44	3.0	47	76	18	164	35	12	17	34	1.87
25546--25617	33	2.1	33	85	10	92	50	2	4	43	1.36
25807--25844	20	1.9	20	84	10	51	42	2	5	50	1.39
26127--26178	19	2.5	20	81	12	61	55	0	0	44	0.99
26173--26246	14	5.4	14	74	16	66	47	1	6	44	1.38
26304--26377	24	3.2	24	80	3	80	50	1	1	47	1.18
26422--26463	19	2.2	20	91	4	68	47	2	0	50	1.14
26416--26501	42	2.0	42	80	8	95	45	1	2	51	1.21
26451--26520	30	2.4	30	76	13	74	47	0	1	51	1.09
26600--26641	18	2.4	18	80	15	52	38	0	0	61	0.96
26643--26689	14	3.3	14	82	8	51	40	2	2	55	1.24
26601--26689	15	6.7	13	79	13	60	38	2	1	58	1.18
27279--27329	19	2.6	19	81	9	59	41	0	1	56	1.10
27867--27909	22	2.0	22	95	0	77	48	2	0	48	1.14
28781--28864	18	4.6	18	74	17	57	55	1	1	41	1.15
28792--28841	13	3.4	14	79	20	57	62	0	2	36	1.07
28827--28866	21	2.0	21	90	9	66	55	0	0	45	0.99
28856--28893	19	2.0	19	90	10	60	42	5	0	52	1.24
28927--28977	23	2.3	21	90	6	75	45	1	0	52	1.12
29070--29115	16	2.9	16	84	12	60	52	0	0	47	1.00
29084--29115	9	3.8	9	84	16	50	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29257--29312	14	3.8	15	77	17	55	46	0	1	51	1.11
29273--29333	18	3.1	19	76	11	61	45	0	0	54	1.00
29343--29396	26	2.1	26	82	6	65	50	1	0	48	1.11
29370--29417	16	3.1	17	82	14	59	47	0	4	47	1.21
29721--29760	10	3.9	11	87	12	50	52	2	0	45	1.14
29729--29781	13	4.4	12	81	11	56	54	0	0	45	0.99
29919--29958	20	2.0	20	85	9	55	37	10	0	52	1.35
30230--30267	20	1.9	20	84	10	51	36	0	7	55	1.29
30420--30465	20	2.3	20	85	7	58	47	0	6	45	1.28
30919--31004	44	2.0	44	84	13	115	53	5	2	38	1.38
30976--31032	16	3.6	16	72	13	55	52	8	1	36	1.43
31021--31080	30	2.0	31	83	9	79	46	3	1	48	1.28
31353--31396	22	2.0	22	86	0	61	54	2	2	40	1.25
31749--31799	18	2.8	18	71	11	50	39	3	1	54	1.30
32025--32084	2	32.0	2	74	12	56	48	1	1	48	1.21
31944--32065	44	2.7	43	75	22	117	45	2	1	50	1.24
31955--32087	15	8.7	16	65	21	63	44	2	2	51	1.26
32003--32092	11	7.2	13	70	18	59	45	1	1	52	1.15
32402--32454	17	2.9	18	86	8	63	43	0	1	54	1.11
32410--32485	38	2.0	37	82	14	93	44	0	0	55	0.99
32420--32489	28	2.5	28	79	4	79	44	0	0	55	0.99
33675--33722	21	2.2	22	85	3	71	56	2	4	37	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33914--34855	180	5.2	178	76	9	715	40	8	9	41	1.68
33853--34694	360	2.3	362	79	6	859	40	7	9	42	1.66
34857--34914	23	2.5	24	77	5	66	50	0	0	50	1.00
35289--35332	20	2.1	21	84	12	56	45	2	0	52	1.13
35441--35470	14	2.1	14	93	6	51	63	0	3	33	1.11
35509--35583	19	4.2	17	72	21	57	54	0	2	42	1.14
35859--35904	25	1.9	23	86	8	65	52	2	0	45	1.13
36725--36765	15	2.6	16	88	3	66	51	0	0	48	1.00
36936--36984	23	2.2	22	82	10	55	36	6	4	53	1.45
36982--37050	36	1.9	36	82	5	86	52	1	4	42	1.30

Tables:   1   2   3   4