genome.fa.s623.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168448.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_66, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135078

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70617--70661	23	2.0	23	82	8	56	53	2	4	40	1.33
70674--70717	22	2.0	22	86	0	61	43	2	4	50	1.35
70697--70730	18	1.9	18	88	5	52	44	0	2	52	1.16
70899--70965	19	3.6	19	78	9	66	53	1	2	41	1.25
71440--71504	14	4.7	13	75	17	51	47	3	3	46	1.33
71478--71510	15	2.1	16	88	5	50	48	6	0	45	1.27
71524--71581	23	2.4	25	83	11	77	48	3	0	48	1.18
71627--71667	21	1.9	22	85	5	57	43	0	2	53	1.13
71922--71963	20	2.1	20	86	0	57	45	2	7	45	1.44
72163--72270	44	2.4	44	78	6	119	49	0	3	46	1.26
72316--72391	40	1.9	38	86	7	107	44	3	7	43	1.51
72887--73327	181	2.4	179	82	4	489	38	9	9	42	1.70
74012--74053	21	2.0	21	86	9	59	40	2	0	57	1.12
74253--74277	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
74565--74640	16	4.8	16	70	12	50	55	5	0	39	1.23
74646--74795	18	8.1	18	65	19	58	48	2	2	46	1.30
75403--75466	24	2.7	25	73	9	71	54	0	1	43	1.09
75786--75828	22	2.0	22	85	0	59	48	6	2	41	1.43
76230--76266	7	5.1	7	93	6	65	45	0	0	54	1.00
76210--76266	22	2.5	22	77	11	53	43	0	1	54	1.10
76304--76387	42	2.0	43	82	15	104	47	1	4	46	1.31
76366--76396	15	2.0	16	93	6	55	45	3	6	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76408--76448	16	2.7	15	81	7	55	39	4	2	53	1.35
76501--76563	23	2.9	22	84	11	69	49	1	0	49	1.10
76772--76811	19	2.1	19	85	0	53	47	0	2	50	1.14
76786--76823	19	2.0	19	85	10	51	55	0	0	44	0.99
77044--77092	21	2.2	22	85	7	64	51	4	2	42	1.32
77286--77353	30	2.3	28	74	18	66	45	1	7	45	1.40
77879--77924	21	2.1	22	84	4	58	58	2	2	36	1.22
79218--79268	25	2.0	26	85	11	70	50	0	3	45	1.20
79341--79382	21	2.0	22	86	13	61	42	2	0	54	1.13
79444--79546	27	3.7	26	73	16	82	48	0	2	48	1.16
79512--79598	6	16.2	6	71	21	61	48	0	1	50	1.08
79509--79551	21	2.0	22	86	4	61	51	0	2	46	1.13
79523--79602	15	5.2	15	73	19	67	48	0	0	51	1.00
79441--79602	57	2.8	56	81	14	152	48	0	1	49	1.11
79506--79598	21	4.7	21	66	29	53	47	0	1	51	1.07
79508--79922	32	13.3	32	67	25	134	47	0	1	50	1.14
79681--79776	19	5.1	18	78	17	81	54	2	0	43	1.12
79687--79760	5	15.8	5	81	13	95	56	0	0	43	0.99
79688--79758	19	3.8	19	89	10	96	57	0	0	42	0.98
79679--79762	29	3.0	28	83	14	95	55	1	0	42	1.07
79687--79937	24	10.4	24	69	25	106	49	0	0	49	1.09
79824--79921	18	5.5	18	69	16	53	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79843--79940	26	3.9	27	76	15	86	46	0	0	53	1.00
79825--79974	53	2.9	53	73	16	127	47	0	0	51	1.10
79975--80068	28	3.3	28	72	20	95	47	1	2	48	1.20
80319--80357	21	1.9	20	84	5	51	58	2	2	35	1.25
80316--80378	20	3.1	20	75	8	56	53	1	4	39	1.31
80341--80378	20	2.0	18	90	10	58	52	0	5	42	1.24
80865--81485	181	3.4	181	83	3	522	42	9	10	38	1.72
80996--81497	181	2.8	179	85	3	636	42	8	10	37	1.70
81567--81613	13	3.8	12	80	8	58	53	0	2	44	1.12
82495--82554	22	2.6	23	70	21	54	45	6	1	46	1.39
82987--83028	12	3.6	12	87	6	59	59	0	0	40	0.97
83099--83152	24	2.2	25	78	12	60	33	3	5	57	1.40
83156--83221	14	4.8	13	73	15	62	43	1	3	51	1.26
83180--83260	10	8.1	10	70	23	55	48	2	1	48	1.23
83332--83394	21	3.1	21	80	13	62	47	0	3	49	1.17
83550--83604	21	2.8	19	77	20	60	45	1	5	47	1.36
83802--83849	15	3.3	15	77	13	55	54	0	0	45	0.99
83797--83849	26	2.1	25	86	10	72	54	0	0	45	0.99
83924--84004	6	13.5	6	69	14	51	46	0	2	50	1.14
84770--84897	12	9.4	14	67	23	69	48	0	1	50	1.10
84769--84826	17	3.5	17	75	15	59	46	0	0	53	1.00
84868--84963	31	2.9	31	75	16	79	47	3	5	43	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85111--85151	21	2.0	21	85	9	57	58	0	2	39	1.11
85167--85212	21	2.3	20	82	10	58	36	0	0	63	0.95
85164--85240	31	2.5	31	78	16	79	36	1	1	61	1.13
85428--85480	16	3.3	17	79	10	58	49	1	0	49	1.12
86364--86411	13	3.5	13	77	11	51	50	0	4	45	1.21
86594--86637	20	2.1	21	84	16	56	43	4	0	52	1.22
86648--86738	24	3.8	24	75	12	71	47	3	3	46	1.35
86877--86917	18	2.4	17	87	4	55	48	2	0	48	1.14
87177--87242	26	2.5	27	74	16	66	36	1	4	57	1.28
88563--88646	23	3.7	21	73	17	55	51	1	3	44	1.26
88927--88970	18	2.4	19	81	11	56	47	2	2	47	1.27
88965--89010	22	2.1	22	84	8	58	47	0	4	47	1.21
88969--89016	22	2.2	21	79	13	53	45	0	6	47	1.27
89608--89664	23	2.4	23	76	2	60	50	1	0	47	1.11
89617--89674	20	3.0	19	78	9	55	53	1	0	44	1.10
89814--89862	22	2.2	21	85	7	62	44	0	4	51	1.20
90793--91166	181	2.1	180	80	2	410	40	7	10	42	1.67
91866--91970	46	2.3	44	87	8	140	45	5	1	46	1.37
92793--92877	25	3.4	24	70	17	66	48	1	2	48	1.22
95536--95598	24	2.6	23	78	16	65	44	1	1	52	1.20
95664--95692	14	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
95713--95750	20	1.9	20	94	0	67	44	10	0	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95812--95869	10	5.0	12	75	19	52	48	1	1	48	1.22
95869--95910	19	2.4	17	88	8	57	47	0	4	47	1.23
95835--95915	36	2.3	37	81	12	100	48	0	3	48	1.19
96099--96144	18	2.3	20	85	10	60	32	2	2	63	1.19
96115--96170	23	2.5	22	78	15	62	37	1	1	58	1.19
96339--96381	15	2.8	16	82	7	52	46	0	0	53	1.00
96449--96515	19	3.4	19	76	17	57	41	2	4	50	1.37
97078--97311	124	1.9	121	82	6	285	52	9	12	24	1.70
97779--98024	21	11.0	22	77	11	223	37	9	17	35	1.82
97771--98024	46	5.7	46	86	4	281	38	9	16	35	1.81
100675--100740	34	1.9	34	82	11	82	45	3	4	46	1.38
100984--101029	19	2.3	19	81	7	56	54	0	2	43	1.12
101002--101035	16	2.0	16	88	11	50	55	0	0	44	0.99
101070--101191	14	8.4	14	66	19	56	45	2	0	51	1.20
102637--102675	20	1.9	20	89	5	60	48	2	0	48	1.15
102831--102880	22	2.3	23	82	6	59	38	2	8	52	1.43
102962--103036	25	2.9	26	83	11	93	40	2	1	56	1.22
102991--103065	20	3.8	20	79	8	75	44	1	0	54	1.08
102978--103052	25	3.1	24	78	16	68	41	2	0	56	1.13
103513--104065	178	3.1	179	77	8	552	39	7	10	42	1.67
104513--104553	19	2.2	19	86	0	55	46	0	4	48	1.23
104642--104681	19	2.1	19	86	9	55	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104666--104717	3	16.7	3	84	7	68	40	0	0	59	0.97
104648--104738	19	4.6	19	83	8	94	41	0	2	56	1.12
104666--104738	19	3.7	20	87	9	96	39	0	2	57	1.13
104745--104774	16	1.9	16	93	6	53	36	3	6	53	1.44
105032--105061	4	7.2	4	92	7	51	46	0	0	53	1.00
105032--105071	21	2.0	19	90	9	62	50	0	0	50	1.00
105031--105081	21	2.4	21	81	12	61	52	0	0	47	1.00
105121--105181	15	4.3	14	73	10	52	50	0	0	49	1.00
105200--105233	17	1.9	18	88	5	52	47	2	5	44	1.42
105674--105731	13	4.4	13	78	8	55	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4