genome.fa.s644.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168469.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_69, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  131203

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
638--695	29	2.0	29	83	9	75	51	0	0	48	1.00
652--695	14	3.1	14	81	12	54	45	0	0	54	0.99
665--709	23	1.9	24	81	4	56	48	4	0	46	1.22
2204--2229	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
2605--2693	6	14.3	6	70	20	51	51	1	0	47	1.08
2596--2678	29	3.0	27	78	16	91	50	1	1	46	1.16
3297--3339	15	2.8	15	86	10	52	48	0	4	46	1.22
3435--3480	12	4.2	11	78	13	51	39	0	2	58	1.10
3435--3508	15	4.8	15	71	19	55	43	0	1	55	1.08
3478--3503	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
4003--4035	17	2.0	17	88	5	50	54	0	9	36	1.32
5809--5850	21	2.0	21	81	9	50	54	0	0	45	0.99
6686--6732	17	2.8	17	84	12	62	48	0	0	51	1.00
6685--6750	26	2.4	27	75	12	73	51	0	0	48	1.00
6848--6898	20	2.5	21	72	15	54	54	0	1	43	1.11
7952--8052	35	2.8	37	78	16	106	49	0	2	46	1.23
7987--8039	9	5.7	9	75	16	54	50	0	3	45	1.19
8021--8088	27	2.5	27	78	7	75	51	1	1	45	1.19
8109--8151	21	2.0	21	82	8	52	41	0	4	53	1.21
8508--8570	17	3.9	17	73	21	55	42	3	1	52	1.27
8837--8879	20	2.0	20	86	8	59	51	2	2	44	1.27
9346--9424	36	2.2	36	82	10	92	45	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9385--9424	12	3.4	12	86	6	55	42	0	2	55	1.13
9380--9432	23	2.3	22	90	6	79	39	0	1	58	1.09
9362--9435	13	6.0	12	78	12	55	39	0	2	58	1.13
10053--10145	35	2.8	32	75	19	93	48	0	1	50	1.07
10085--10131	6	8.0	6	86	13	71	53	0	0	46	1.00
10100--10146	10	4.6	10	77	15	51	51	0	0	48	1.00
10085--10146	31	2.1	29	90	6	97	51	0	0	48	1.00
10488--10525	13	2.8	13	81	18	51	52	0	2	44	1.14
10985--11023	6	6.7	6	85	2	53	15	5	0	79	0.90
11598--11635	20	1.9	20	84	10	51	42	2	5	50	1.39
11886--11969	22	3.9	22	76	13	77	54	0	0	45	0.99
12435--12467	13	2.4	14	90	10	50	51	0	6	42	1.26
12669--12827	26	6.1	26	69	22	93	49	1	3	45	1.28
13082--13113	12	2.7	12	90	0	55	59	0	0	40	0.97
13094--13138	22	2.2	20	82	17	58	55	2	0	42	1.12
14771--14809	20	1.9	20	89	5	60	53	0	2	43	1.14
14858--14904	21	2.2	22	85	11	62	48	0	4	46	1.21
15560--15652	17	5.7	17	65	20	56	50	0	0	49	1.00
15701--15734	17	1.9	18	94	5	61	41	5	0	52	1.25
15701--15749	18	2.8	17	81	12	55	40	6	0	53	1.26
15956--15994	9	4.0	9	87	12	51	46	0	0	53	1.00
15987--16039	18	2.9	18	81	13	56	52	5	0	41	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15980--16028	18	2.6	19	81	9	57	53	4	0	42	1.20
16999--17023	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
17401--17444	16	2.8	16	80	19	56	59	0	4	36	1.18
17565--17616	26	2.0	26	84	0	68	48	1	0	50	1.12
17737--17828	47	2.0	48	80	8	109	47	3	0	48	1.17
17776--17831	21	3.0	20	71	23	50	48	1	0	50	1.11
17874--17961	12	6.9	12	69	20	54	45	1	1	52	1.15
17904--17992	39	2.4	35	85	12	108	43	1	1	53	1.15
18135--18177	22	2.0	22	81	9	52	53	9	0	37	1.33
18631--18669	21	1.9	20	89	5	60	51	5	2	41	1.38
18653--18739	35	2.6	33	82	10	99	51	2	0	45	1.13
19263--19302	21	1.9	21	85	10	55	47	0	0	52	1.00
19353--19418	33	1.9	35	87	6	100	40	1	1	56	1.18
20165--20537	180	2.1	181	79	7	400	41	8	9	40	1.69
20823--21324	181	2.8	177	78	9	527	44	9	5	40	1.60
20623--21324	362	2.0	355	80	7	792	43	9	6	40	1.63
21991--23675	180	9.4	180	78	6	1398	41	10	8	40	1.69
21991--23669	533	3.1	526	77	10	1485	41	10	8	40	1.69
24066--24133	24	2.8	24	82	10	77	48	0	0	51	1.00
24074--24132	21	2.9	19	80	14	64	47	0	0	52	1.00
24074--24140	24	3.2	20	75	17	57	46	1	0	52	1.09
24094--24156	24	2.5	24	82	10	65	39	1	4	53	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24742--24781	15	2.9	14	88	7	55	57	2	0	40	1.12
24720--24811	19	4.8	18	71	18	62	50	1	1	47	1.15
24776--24836	26	2.3	27	85	2	79	45	0	0	54	1.00
24808--24845	19	2.0	19	90	10	60	47	0	0	52	1.00
24659--24878	89	2.5	91	72	15	201	47	1	2	49	1.22
24943--25011	34	2.0	34	83	10	88	49	1	0	49	1.09
25434--25481	25	1.9	25	86	0	69	50	2	0	47	1.12
25899--25958	17	3.5	17	74	12	52	43	0	5	51	1.23
26055--26142	13	6.8	13	72	19	60	53	1	0	45	1.07
26067--26137	19	4.1	18	74	18	60	56	1	0	42	1.08
26038--26139	22	4.6	23	68	19	65	52	0	0	45	1.13
26084--26137	14	3.7	15	74	18	51	57	0	0	42	0.98
26269--26319	21	2.4	21	80	0	66	39	5	0	54	1.24
26436--26487	20	2.6	21	79	14	65	46	0	5	48	1.26
26458--26502	15	3.1	15	82	14	51	48	0	2	48	1.13
26588--26629	14	2.9	14	80	16	50	52	0	0	47	1.00
26589--26643	16	3.6	16	79	13	55	49	0	0	50	1.00
27164--27207	19	2.2	20	80	15	56	54	2	0	43	1.12
27517--27567	20	2.5	20	83	3	57	50	0	1	47	1.12
27579--27644	15	4.4	15	70	22	50	48	0	1	50	1.10
27615--27644	12	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
27835--27907	27	2.6	28	85	8	87	42	0	1	56	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27864--27922	27	2.2	27	81	6	66	47	3	1	47	1.29
28597--28635	19	2.0	20	85	5	53	53	0	0	46	1.00
29313--29364	19	2.8	19	75	18	56	50	1	1	46	1.23
29463--29499	17	2.3	15	86	13	56	43	2	2	51	1.30
30484--30513	15	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
30915--31032	6	19.0	6	70	19	66	48	0	1	49	1.17
30928--31006	32	2.5	31	78	12	72	48	0	1	50	1.08
30868--31021	56	2.7	57	75	17	144	46	1	2	49	1.23
31127--31169	15	2.8	16	86	6	54	44	0	0	55	0.99
31138--31206	22	3.1	22	77	8	77	47	0	0	52	1.00
31125--31186	13	4.5	13	77	16	54	48	0	0	51	1.00
31127--31204	26	2.9	27	73	17	74	47	0	0	52	1.00
31299--31347	18	2.7	17	87	12	71	53	0	0	46	1.00
31247--31417	75	2.2	79	80	11	192	48	1	2	47	1.22
31656--31689	16	2.1	16	94	0	59	47	0	0	52	1.00
31840--32176	180	1.9	180	80	2	399	41	12	5	41	1.64
32049--32339	155	1.9	156	82	5	365	39	10	6	42	1.66
32218--33195	176	5.5	178	75	9	735	42	10	7	38	1.69
32222--33116	356	2.5	356	78	5	848	43	10	7	38	1.69
33316--35435	180	11.9	180	76	7	1650	41	10	8	40	1.69
33316--35433	361	5.9	357	76	8	1636	41	10	8	40	1.69
35699--35737	19	2.1	19	85	9	53	48	2	2	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35751--35788	9	4.4	9	83	9	53	47	0	0	52	1.00
36360--36399	21	2.0	20	85	14	55	42	2	2	52	1.28
36519--36548	11	2.9	10	95	5	51	53	0	0	46	1.00
37321--39143	181	10.2	182	73	8	463	41	8	9	40	1.69
37969--39156	181	6.6	178	75	7	855	40	8	10	40	1.69
38817--39485	325	2.0	327	83	4	823	39	7	10	42	1.69
39542--39887	181	1.9	180	80	5	403	41	10	11	36	1.76
39896--42539	181	14.6	178	73	9	1471	41	9	8	40	1.67
41288--41320	18	1.9	17	88	11	50	36	9	6	48	1.60
40207--42238	180	11.4	180	73	9	667	41	9	8	40	1.67

Tables:   1   2   3