genome.fa.s644.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168469.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_69, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  131203

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 329 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42234--42282	19	2.5	19	83	3	62	34	14	6	44	1.70
42380--42412	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
43019--43060	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
43070--43155	20	4.4	20	69	25	51	52	4	1	41	1.30
43350--43401	14	3.3	16	82	17	65	48	1	0	50	1.12
43350--43403	11	5.3	10	72	27	51	48	1	0	50	1.11
43528--43594	26	2.5	26	76	9	73	35	1	4	58	1.28
43529--43596	27	2.4	29	73	11	70	35	1	4	58	1.27
44354--44728	181	2.1	180	81	2	437	38	8	9	43	1.67
44750--44803	14	3.9	13	82	4	54	38	1	1	57	1.20
44747--44803	28	2.0	28	83	6	71	40	1	1	56	1.20
45049--45546	179	2.8	180	80	4	496	40	9	8	40	1.68
47242--47756	181	2.9	180	75	12	470	43	8	7	40	1.64
48352--48962	183	3.4	180	77	5	464	45	9	6	37	1.63
48955--49004	10	4.9	10	80	9	57	56	0	2	42	1.11
49127--49168	21	2.0	22	90	4	68	38	2	0	59	1.10
49132--49192	21	2.9	22	85	9	74	45	0	0	54	1.00
51040--51083	22	2.0	22	95	0	79	43	13	11	31	1.80
51457--51503	15	3.1	15	74	17	51	51	2	2	44	1.25
52225--52297	38	1.9	38	86	5	103	43	5	2	47	1.40
52469--52549	30	2.6	31	78	9	76	46	2	0	50	1.14
52558--52612	16	3.4	16	75	9	58	52	1	0	45	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52605--52645	19	2.1	20	86	13	59	53	0	0	46	1.00
52610--52645	13	2.7	13	86	4	54	52	0	0	47	1.00
53308--53337	14	2.1	14	93	0	51	50	0	3	46	1.18
53670--53717	18	2.6	19	87	9	64	52	0	0	47	1.00
53666--53726	18	3.9	17	72	19	53	52	0	0	47	1.00
53685--53721	18	2.1	18	89	0	56	54	0	0	45	1.00
53824--53986	23	7.4	23	67	21	68	48	1	3	46	1.28
54942--54981	10	3.9	11	87	12	50	52	2	0	45	1.14
54949--54991	14	3.1	14	83	10	52	55	0	0	44	0.99
54968--55000	17	1.9	17	88	11	50	60	0	0	39	0.97
56923--58151	181	7.1	179	70	14	606	41	9	8	40	1.67
57625--58123	177	2.8	178	79	6	487	42	9	7	39	1.66
58371--58429	25	2.3	26	82	11	77	54	0	3	42	1.17
58392--58461	22	3.2	21	84	9	86	51	0	2	45	1.16
58376--58467	6	15.8	6	70	20	54	50	0	3	46	1.17
58701--59929	181	6.9	178	74	8	868	40	8	9	41	1.68
58701--59911	362	3.4	351	78	7	1084	40	8	9	41	1.68
61036--61543	181	2.9	175	77	5	448	42	8	7	40	1.65
62137--62172	15	2.2	17	90	9	58	36	2	8	52	1.46
61787--62780	181	5.6	179	77	8	857	40	7	9	42	1.67
62613--62926	146	2.1	145	80	5	330	37	7	12	42	1.70
62438--63107	327	2.0	326	82	4	803	38	7	11	43	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63106--63138	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
63101--63147	19	2.7	18	80	12	62	44	4	10	40	1.59
62765--63159	181	2.2	181	80	6	460	38	7	11	42	1.69
63164--65889	181	15.1	179	73	9	1756	41	10	7	40	1.68
65501--65545	19	2.4	19	88	0	63	37	15	4	42	1.67
66628--66677	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
67068--67972	181	5.0	180	75	10	693	40	8	9	42	1.67
68273--68871	181	3.4	177	79	8	574	40	10	8	40	1.70
69029--69068	19	2.1	19	90	0	62	42	17	5	35	1.71
70465--72214	181	9.6	178	72	13	993	43	9	8	39	1.67
71219--71569	190	1.8	194	80	10	432	41	9	9	39	1.70
72390--72445	24	2.2	25	84	12	71	42	0	0	57	0.99
73971--74162	97	2.0	96	89	1	294	19	19	15	45	1.85
74757--74819	21	3.0	21	71	11	58	46	3	0	50	1.17
74768--74832	31	2.1	31	82	5	78	50	4	0	44	1.22
74768--74817	17	3.1	17	80	13	61	50	2	0	48	1.12
75144--75180	11	3.2	11	92	7	56	54	0	0	45	1.00
75152--75200	15	3.2	16	72	11	50	55	0	0	44	0.99
75135--75204	30	2.4	30	80	17	85	52	0	0	47	1.00
75144--75192	23	2.1	24	85	11	66	53	0	0	46	1.00
75130--75192	12	5.9	11	77	22	55	52	0	0	47	1.00
75501--75554	22	2.5	21	79	8	63	48	0	3	48	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75681--75715	16	2.2	16	90	10	54	48	0	2	48	1.16
76441--76480	10	3.9	11	87	12	50	52	2	0	45	1.14
76448--76490	14	3.1	14	83	10	52	55	0	0	44	0.99
76467--76501	17	2.1	17	89	10	54	62	0	0	37	0.95
77856--77910	18	3.3	18	69	23	57	43	3	3	49	1.37
77853--77913	31	2.0	31	96	0	113	44	3	4	47	1.41
78366--79602	181	7.1	179	70	11	631	41	9	7	41	1.66
79871--79918	25	1.9	25	87	8	71	54	2	4	39	1.32
79886--79955	22	3.2	22	82	6	70	51	1	2	44	1.25
80353--80732	181	2.1	181	83	6	477	39	8	11	41	1.71
81636--81827	97	2.0	96	92	1	321	19	20	15	44	1.87
82424--82486	21	3.0	21	71	11	58	46	3	0	50	1.17
82435--82499	31	2.1	31	82	5	78	50	4	0	44	1.22
82435--82484	17	3.1	17	80	13	61	50	2	0	48	1.12
82811--82847	11	3.2	11	92	7	56	54	0	0	45	1.00
82819--82867	15	3.2	16	72	11	50	55	0	0	44	0.99
82802--82871	30	2.4	30	80	17	85	52	0	0	47	1.00
82811--82859	23	2.1	24	85	11	66	53	0	0	46	1.00
82797--82859	12	5.9	11	77	22	55	52	0	0	47	1.00
83032--83077	13	3.4	14	79	11	51	45	0	4	50	1.21
83347--83381	16	2.2	16	90	10	54	48	0	2	48	1.16
84108--84147	10	3.9	11	87	12	50	52	2	0	45	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84115--84157	14	3.1	14	83	10	52	55	0	0	44	0.99
86076--86680	181	3.4	178	73	10	478	40	8	8	42	1.67
87522--87568	22	2.1	22	84	0	58	51	2	2	44	1.25
87660--87714	22	2.4	24	82	11	62	49	3	1	45	1.30
88117--88569	181	2.6	169	78	12	466	40	6	10	42	1.64
88211--88765	181	3.1	178	79	8	577	39	6	10	43	1.67
87906--88569	352	1.9	353	80	2	796	40	7	10	42	1.66
88796--88828	15	2.2	15	100	0	66	45	6	0	48	1.27
89087--89118	12	2.7	12	90	0	55	59	0	0	40	0.97
90380--90420	21	1.9	22	85	5	57	53	2	0	43	1.13
90409--90461	24	2.3	23	83	9	63	47	3	1	47	1.31
90520--90545	11	2.4	11	100	0	52	57	7	0	34	1.27
90601--90642	14	2.9	14	86	10	50	50	4	2	42	1.36
90665--90744	22	3.8	21	71	19	60	47	6	2	43	1.41
90684--90754	20	3.4	20	81	13	65	49	4	4	42	1.41
91636--91717	33	2.7	32	81	11	91	48	2	0	48	1.14
91666--91731	17	4.0	16	73	22	57	51	1	0	46	1.10
91638--91755	8	14.4	8	72	15	64	51	1	0	46	1.11
91774--91845	14	5.9	13	68	23	50	38	5	0	55	1.23
91771--91844	35	2.1	35	82	9	89	37	5	0	56	1.22
92010--92052	19	2.4	17	78	17	50	48	0	0	51	1.00
92015--92058	19	2.2	20	88	4	63	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92015--92047	10	3.4	10	87	8	50	48	0	0	51	1.00
92007--92066	29	1.9	32	81	18	74	51	0	0	48	1.00
92037--92077	18	2.5	15	88	11	55	51	0	0	48	1.00
92022--92077	20	2.9	20	85	12	73	50	0	0	50	1.00
91995--92077	17	4.8	17	74	16	73	53	0	0	46	1.00
92148--92182	17	2.0	18	88	5	54	51	0	0	48	1.00
92327--92840	180	2.9	175	77	9	494	38	7	10	43	1.67
93057--93081	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
93129--93162	17	1.9	18	88	5	52	58	0	0	41	0.98
93267--93324	12	4.6	12	72	19	55	43	1	1	53	1.21

Tables:   1   2   3