genome.fa.s646.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168471.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_70, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129858

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--891	181	4.9	180	78	6	804	42	9	7	39	1.67
51--968	362	2.5	360	80	5	957	42	10	7	40	1.67
1210--1270	20	3.0	19	77	18	61	39	1	1	57	1.18
1248--1289	17	2.4	18	80	7	52	42	2	2	52	1.27
1204--1324	30	4.1	29	72	20	92	44	2	1	51	1.24
1301--1374	20	3.8	18	76	15	60	48	0	1	50	1.09
1302--1413	24	4.6	24	71	14	70	47	0	1	50	1.11
1687--2371	181	3.8	179	83	5	794	42	7	9	41	1.64
2226--2515	141	2.0	143	83	4	363	41	8	7	42	1.63
3293--3942	354	1.8	355	81	6	807	40	7	10	41	1.67
3293--3996	176	4.0	178	76	7	644	40	7	10	41	1.68
3293--4001	353	2.0	356	80	6	787	40	7	10	41	1.68
3956--4040	43	2.0	44	83	6	111	31	9	9	49	1.67
4442--4473	14	2.1	16	88	11	50	53	0	3	43	1.16
4645--4679	17	2.1	17	94	5	63	51	0	0	48	1.00
5154--5193	16	2.5	16	88	8	55	55	2	0	42	1.13
5988--6103	17	7.4	16	66	24	54	49	1	0	48	1.17
6023--6090	14	4.6	14	70	18	50	47	1	1	50	1.19
5998--6087	28	3.2	28	77	16	89	48	1	1	48	1.15
6049--6104	28	2.0	29	82	10	71	51	3	0	44	1.18
6417--6458	18	2.3	18	84	8	50	57	4	0	38	1.20
6488--6521	18	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6895--6944	15	3.3	15	83	5	57	50	0	0	50	1.00
6887--6976	24	3.6	25	74	19	89	50	0	1	48	1.08
6911--6963	9	6.2	9	74	25	53	52	0	0	47	1.00
7332--7375	17	2.6	16	79	13	52	38	4	9	47	1.56
7810--7893	18	4.4	19	75	19	61	45	1	1	52	1.16
7826--7889	32	2.1	30	82	11	76	45	1	1	51	1.20
7867--7917	24	2.0	24	88	7	75	52	0	1	45	1.12
7920--8005	29	3.0	30	81	11	83	47	1	1	50	1.16
7810--8000	35	5.5	35	67	21	109	47	1	1	49	1.17
8594--8647	14	3.9	14	74	18	51	42	0	0	57	0.98
8596--8688	30	3.0	31	71	18	86	43	1	1	54	1.14
8632--8681	11	4.5	11	75	9	57	48	2	2	48	1.24
8812--8875	6	10.8	6	79	14	71	48	0	1	50	1.10
8812--8872	17	3.4	17	74	17	52	49	0	1	49	1.10
8809--8875	18	3.7	19	79	18	81	49	0	1	49	1.10
8781--8871	12	7.5	13	73	20	67	48	0	2	49	1.13
9504--9546	19	2.2	20	88	12	63	53	0	2	44	1.13
9583--9645	13	5.0	13	77	14	53	47	0	1	50	1.10
9569--9645	14	6.0	12	74	18	50	48	0	2	49	1.15
10199--10253	28	1.9	29	85	10	78	49	0	1	49	1.11
10210--10259	24	2.1	24	82	14	59	52	0	0	48	1.00
10472--10521	17	2.8	17	82	8	55	50	2	0	48	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10461--10517	14	3.6	15	80	15	62	49	3	0	47	1.18
10550--10621	28	2.5	28	78	13	76	44	1	1	52	1.18
11318--11364	21	2.1	22	85	14	62	55	2	2	40	1.24
11579--11654	31	2.4	34	78	8	88	48	6	1	43	1.37
11741--11783	19	2.3	18	84	11	52	55	0	0	44	0.99
11815--11855	21	2.0	21	85	9	57	58	0	0	41	0.98
12445--12478	9	3.8	9	92	0	50	50	0	0	50	1.00
13251--13316	21	3.1	20	74	10	60	43	1	3	51	1.26
14273--14660	177	2.2	179	79	3	415	42	8	8	40	1.65
15236--15273	7	5.6	7	82	17	53	55	0	0	44	0.99
15755--15803	18	2.7	19	73	23	52	40	16	6	36	1.73
15457--16030	181	3.2	175	77	9	496	38	10	9	41	1.72
15820--16285	255	1.8	255	81	2	578	39	10	9	41	1.72
18320--18366	16	2.9	15	84	9	58	48	4	0	46	1.21
18337--18380	11	3.7	11	77	16	52	45	2	0	52	1.13
18698--18747	19	2.9	18	82	11	61	46	0	0	54	1.00
18683--18725	22	2.0	22	85	0	59	48	0	2	48	1.14
19575--19634	25	2.7	22	72	20	54	41	1	3	53	1.27
19749--19786	20	1.9	20	88	0	58	47	5	0	47	1.24
19848--19905	10	5.0	12	75	19	52	48	1	1	48	1.22
19978--20020	15	2.9	15	80	16	54	55	0	0	44	0.99
20108--20146	19	2.1	18	90	4	60	53	5	5	35	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21793--21874	21	3.9	21	86	1	119	36	9	15	37	1.81
21793--21874	42	1.9	43	92	2	139	36	9	15	37	1.81
21857--21945	11	7.1	13	68	24	66	42	7	15	33	1.76
21861--21926	12	5.1	15	68	31	62	43	6	16	33	1.73
21819--21945	25	5.4	25	88	5	137	41	7	16	33	1.77
21976--22059	43	2.0	42	81	6	98	36	11	16	34	1.86
22371--22461	43	2.1	42	84	6	121	20	13	20	45	1.85
23339--23371	6	5.5	6	89	10	50	81	0	0	18	0.68
24480--24532	22	2.4	21	84	15	63	49	1	0	49	1.12
24506--24545	19	2.0	20	90	4	64	50	0	0	50	1.00
24510--24552	19	2.3	19	84	8	52	53	0	0	46	1.00
24565--24646	36	2.3	35	79	12	87	47	1	4	46	1.31
24818--24897	33	2.4	32	78	14	83	55	0	2	42	1.13
24905--24938	16	2.0	18	88	11	54	55	5	0	38	1.24
24973--25094	14	8.8	14	67	21	53	45	3	1	50	1.28
25024--25094	19	3.5	19	69	14	52	43	2	1	52	1.24
26525--26594	25	2.7	25	82	10	70	48	2	2	45	1.32
26578--26616	20	1.9	20	89	5	60	48	2	0	48	1.15
26577--26698	49	2.5	49	75	13	126	46	4	2	45	1.37
26781--26850	21	3.5	20	72	12	54	44	0	2	52	1.15
26917--27020	25	4.3	24	72	17	72	46	1	1	50	1.23
26945--26991	17	2.8	17	90	6	69	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26908--27015	48	2.3	46	78	13	114	44	2	1	50	1.27
27106--27136	15	2.1	15	93	0	53	67	0	0	32	0.91
27118--27168	24	2.1	25	85	3	68	54	0	1	43	1.11
27420--27467	15	3.0	16	79	14	55	45	2	0	52	1.12
27842--27870	14	2.0	15	93	6	51	48	0	6	44	1.29
27992--28055	25	2.5	26	80	10	69	54	0	0	45	0.99
28537--28601	14	4.5	15	77	12	64	50	0	0	49	1.00
28542--28605	30	2.0	32	88	8	96	50	0	0	50	1.00
28547--28615	32	2.2	32	84	10	88	52	1	1	44	1.19
28661--28701	4	9.5	4	85	15	55	51	0	0	48	1.00
28652--28690	17	2.2	18	90	4	62	48	0	0	51	1.00
29217--29264	18	2.5	19	78	18	55	41	4	2	52	1.32
29255--29331	15	4.9	16	76	17	72	45	6	0	48	1.28
29590--30132	182	3.0	181	80	6	593	42	10	7	39	1.68
30659--31229	182	3.2	176	78	10	561	39	7	9	42	1.67
30653--31244	179	3.3	177	76	10	533	39	7	9	42	1.67
31463--31492	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
31676--31716	19	2.2	19	86	0	55	46	0	4	48	1.23
31811--31847	16	2.3	16	90	9	58	37	0	2	59	1.12
31809--31847	13	3.0	13	85	11	53	38	0	2	58	1.12
32112--32142	4	7.5	4	92	7	53	51	0	0	48	1.00
32661--32709	22	2.3	21	82	3	62	48	2	0	48	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32774--32816	22	2.0	22	86	9	61	39	0	6	53	1.28
32988--33045	12	4.6	12	74	19	55	53	1	1	43	1.21
32988--33044	27	2.1	27	83	6	71	52	1	1	43	1.21
33035--33305	29	8.9	31	67	22	100	46	0	1	51	1.11
33069--33121	25	2.2	25	86	10	74	43	0	0	56	0.99
33228--33306	14	5.6	14	69	20	58	46	0	0	53	1.00
33231--33302	26	2.8	25	80	15	85	47	0	0	52	1.00
33593--33641	16	2.9	16	79	11	53	53	2	0	44	1.12
36193--36237	21	2.3	19	88	7	63	48	2	0	48	1.13
37123--38050	180	5.2	177	76	8	693	41	9	9	39	1.69

Tables:   1   2   3   4