genome.fa.s646.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168471.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_70, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129858

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71217--71252	16	2.1	17	90	10	56	38	11	5	44	1.63
71176--73825	181	14.6	182	70	12	947	41	9	8	40	1.69
71913--71943	9	3.4	9	100	0	62	70	0	0	29	0.87
71908--71952	18	2.5	17	79	10	54	64	0	0	35	0.94
71986--73825	180	10.3	180	77	7	1430	40	9	8	40	1.69
71986--74642	528	5.0	530	74	12	1464	41	9	8	40	1.68
73820--74284	181	2.6	182	81	5	521	43	8	7	40	1.64
76536--76563	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
78410--78444	16	2.2	16	90	10	54	48	2	0	48	1.16
78433--78478	22	2.1	22	84	8	58	45	2	4	47	1.34
78481--78548	26	2.7	24	75	6	64	48	0	5	45	1.26
78654--78743	11	7.9	12	66	20	52	47	2	0	50	1.13
78693--78743	15	3.2	16	77	8	59	47	0	0	52	1.00
78695--78744	23	2.2	23	82	13	59	46	0	0	54	1.00
78626--78742	47	2.6	44	77	17	123	47	1	1	49	1.21
78677--78757	22	3.0	26	73	25	71	45	1	1	51	1.16
78868--78916	19	2.5	20	80	16	57	46	0	0	53	1.00
79930--79975	22	2.0	23	87	4	67	43	0	2	54	1.12
80796--80859	26	2.4	26	77	15	69	45	1	3	50	1.27
80913--80947	15	2.3	15	90	5	52	48	0	0	51	1.00
80908--80992	12	6.5	13	68	21	61	49	1	0	49	1.08
80913--81009	16	5.9	16	71	20	58	47	2	0	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81002--81056	23	2.4	22	79	8	56	50	3	0	45	1.19
81021--81058	12	3.2	12	88	7	51	52	0	0	47	1.00
81180--81240	19	3.1	19	70	15	52	45	0	1	52	1.10
81196--81257	27	2.5	26	87	10	85	45	0	3	51	1.17
81283--81384	18	6.0	17	70	27	67	48	0	0	50	1.07
81286--81341	14	3.8	15	77	17	55	46	0	1	51	1.11
81304--81425	28	4.5	27	71	20	94	48	0	0	50	1.06
81314--81380	23	3.0	23	72	23	61	47	0	0	52	1.00
81283--81438	85	1.9	84	81	9	196	48	0	1	49	1.12
81398--81444	16	3.1	17	82	17	59	46	0	4	48	1.21
81631--81666	19	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
82678--82710	16	2.0	17	88	5	50	33	0	6	60	1.21
82809--82876	26	2.6	25	74	17	68	48	1	0	50	1.10
82833--82879	19	2.6	18	82	3	58	51	0	0	48	1.00
82857--82917	27	2.3	26	78	15	72	54	1	0	44	1.10
82882--82950	34	2.0	35	83	8	88	53	1	0	44	1.09
83178--83221	9	5.0	9	86	5	54	52	0	0	47	1.00
83411--83458	16	3.1	16	80	16	57	50	4	0	45	1.21
83420--83484	14	4.5	14	75	15	53	50	1	0	47	1.10
83502--83552	27	1.9	26	92	4	84	49	3	0	47	1.20
83642--83691	16	3.1	16	77	5	55	46	4	6	44	1.47
83661--83752	37	2.5	35	76	15	89	43	3	4	48	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83953--83998	15	3.1	15	84	6	58	56	0	0	43	0.99
83968--84037	24	3.3	21	76	17	65	48	1	1	48	1.19
84004--84059	26	2.3	25	79	17	64	46	3	1	48	1.30
84004--84060	24	2.3	23	80	16	62	45	3	1	49	1.29
84137--84183	22	2.1	22	88	7	69	40	0	0	59	0.97
84158--84208	27	1.9	26	84	4	66	35	1	1	60	1.19
84248--84331	28	2.9	30	79	16	88	48	2	1	47	1.22
84412--84476	34	1.9	35	81	12	82	43	4	3	49	1.39
84935--85343	181	2.3	177	80	3	426	39	10	7	42	1.68
86038--86490	178	2.5	178	91	3	698	40	7	10	41	1.68
86560--87599	181	5.8	180	77	7	902	42	10	7	39	1.67
86596--87597	362	2.8	362	80	6	1029	42	10	7	39	1.66
87837--87915	20	4.1	18	74	19	63	41	3	1	53	1.27
87876--87917	17	2.4	18	80	7	52	42	2	2	52	1.27
87928--87971	19	2.3	18	81	11	52	47	0	0	52	1.00
87933--88033	24	4.0	24	72	15	62	45	0	2	51	1.16
88151--88212	27	2.3	26	83	8	81	50	4	0	45	1.23
88315--88355	11	3.9	11	78	12	50	41	0	0	58	0.98
88774--88817	15	2.9	15	80	9	54	52	0	4	43	1.22
88845--88936	17	5.2	17	72	23	59	44	0	0	55	0.99
89368--89937	180	3.2	179	82	5	627	39	9	10	40	1.71
89998--90068	28	2.6	27	80	10	72	43	1	2	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90300--90342	21	2.0	21	82	8	52	48	2	0	48	1.14
90629--90678	25	2.0	24	88	3	73	50	6	0	44	1.26
91589--91633	12	3.9	12	82	11	58	53	0	0	46	1.00
91604--91642	5	7.4	5	83	11	51	46	0	0	53	1.00
91592--91642	22	2.3	22	93	0	84	49	0	0	50	1.00
91591--91648	17	3.4	17	83	9	64	48	0	0	51	1.00
91830--91874	7	6.4	7	87	7	56	53	0	0	46	1.00
91796--91888	27	3.5	28	75	18	76	47	3	1	48	1.25
92538--92581	22	2.0	23	86	4	63	45	6	2	45	1.42
92575--92611	16	2.3	16	90	0	56	43	0	0	56	0.99
93024--93066	17	2.4	18	92	7	70	53	2	4	39	1.34
93028--93071	17	2.9	14	78	18	52	52	2	4	40	1.34
94143--94362	30	7.3	29	69	22	100	43	0	3	53	1.16
94169--94260	16	6.1	15	74	16	68	46	0	1	52	1.07
94210--94341	5	25.6	5	70	19	51	43	0	1	55	1.09
94183--94375	41	4.6	44	75	19	180	43	0	3	53	1.16
94196--94303	19	5.5	19	73	20	96	44	0	2	52	1.15
94153--94320	60	2.9	57	71	20	143	43	0	2	53	1.16
94153--94375	118	2.0	116	80	15	263	43	0	3	52	1.18
94185--94375	81	2.3	85	85	9	275	42	0	3	53	1.16
94295--94341	9	5.3	9	82	2	51	40	0	0	59	0.97
94400--95176	182	4.3	180	76	7	633	41	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95191--96424	181	6.9	180	77	7	1066	41	11	8	39	1.70
95191--96422	361	3.4	359	76	8	1127	41	11	8	39	1.70
96820--97307	180	2.7	180	78	1	458	40	9	7	42	1.66
97614--98010	181	2.2	181	81	5	455	42	10	7	39	1.67
97679--98318	322	2.0	328	81	5	771	44	9	6	39	1.62
98170--98624	177	2.5	178	75	8	440	45	8	7	39	1.62
98492--98770	143	1.9	145	82	2	348	41	7	8	41	1.65
98872--100746	180	10.5	181	78	7	1448	41	9	8	41	1.68
98935--100329	715	1.9	714	81	4	1641	40	9	8	41	1.68
98935--100746	533	3.4	527	75	9	1449	40	9	8	41	1.67
102535--102566	16	2.0	16	100	0	64	68	0	6	25	1.12
103005--103037	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
103991--104320	181	1.8	177	83	5	430	43	7	8	40	1.65
104768--104817	25	2.0	25	84	11	66	52	4	0	44	1.20
106175--106207	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
107886--107910	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
108045--108097	17	3.1	17	76	7	54	41	1	1	54	1.22
108040--108095	22	2.6	22	83	13	64	41	1	1	55	1.21
108171--108220	11	4.5	11	78	14	57	50	0	2	48	1.12
108704--108874	89	1.9	93	79	4	197	43	9	11	35	1.72
109067--109131	31	2.1	31	85	5	87	43	0	4	52	1.22
109085--109132	13	3.5	13	80	8	51	47	0	2	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109617--110161	279	2.0	280	90	2	873	45	10	14	29	1.79
111634--111697	24	2.7	25	84	13	75	53	0	0	46	1.00
111652--111697	22	2.0	22	87	8	65	56	0	0	43	0.99
111825--111874	10	4.9	10	80	9	57	42	2	0	56	1.11
111867--113614	181	9.6	181	75	8	1422	40	8	8	42	1.67
113070--113125	18	3.2	18	75	12	62	48	7	8	35	1.62
115136--115264	65	2.0	65	90	7	208	44	6	13	35	1.70
115342--115816	182	2.6	182	81	5	588	41	6	9	42	1.64
116076--116133	29	2.0	29	83	9	75	51	0	0	48	1.00
116090--116133	14	3.1	14	81	12	54	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4