genome.fa.s649.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168474.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_73, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  125844

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54--922	181	4.8	182	77	5	775	41	10	7	40	1.67
684--716	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
1840--1906	26	2.5	26	79	9	82	35	0	4	59	1.18
2047--2079	16	2.0	17	88	5	50	54	3	0	42	1.15
2271--2313	22	2.0	22	85	0	59	55	0	2	41	1.12
2392--2444	28	2.0	28	82	14	67	39	1	5	52	1.36
2517--2561	12	3.7	13	77	14	51	55	0	0	44	0.99
2483--2565	18	4.7	18	73	20	61	50	1	1	46	1.16
2700--2782	33	2.5	33	80	7	89	50	2	0	46	1.14
3380--3470	44	2.1	44	84	12	116	50	2	3	43	1.30
3461--3515	26	2.1	26	93	6	94	43	5	5	45	1.50
4364--4432	12	6.2	12	72	25	55	42	1	1	55	1.18
5061--5101	17	2.3	18	76	19	50	43	2	0	53	1.13
5986--6020	16	2.1	17	89	5	54	57	2	0	40	1.14
6014--6074	31	2.1	29	82	11	72	42	1	6	49	1.38
6192--6233	16	2.4	18	80	7	52	52	4	2	40	1.35
6722--6746	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
7247--7282	12	3.0	12	88	11	56	55	2	0	41	1.14
7325--7367	14	2.9	15	79	10	52	48	2	4	44	1.36
7407--7447	14	2.9	15	85	7	50	48	0	0	51	1.00
7802--7847	24	1.9	24	82	8	58	41	8	0	50	1.33
8282--8335	27	2.0	28	88	3	83	46	0	7	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8817--8868	20	2.6	19	79	11	50	51	0	0	48	1.00
9502--9532	16	1.9	16	93	0	53	51	3	3	41	1.34
9580--9646	30	2.3	30	82	10	84	50	4	0	44	1.22
9859--9924	17	4.1	17	69	18	52	45	0	1	53	1.09
9878--9955	30	2.6	30	78	15	72	46	1	1	51	1.17
9948--10380	182	2.4	179	80	6	460	40	7	10	41	1.69
11151--11193	15	3.1	15	87	12	65	48	0	0	51	1.00
11494--11533	19	2.1	19	85	0	53	45	0	0	55	0.99
11491--11531	12	3.3	12	83	6	55	43	0	0	56	0.99
11785--11823	16	2.4	16	83	16	53	53	0	0	46	1.00
12049--12090	16	2.7	16	79	17	52	52	2	0	45	1.13
12943--13940	181	5.5	180	80	4	926	39	7	10	42	1.68
14097--14432	182	1.8	182	84	2	460	40	8	10	39	1.71
14581--14613	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
14576--14622	19	2.7	18	80	12	62	44	4	10	40	1.59
14853--17322	181	13.8	181	75	6	1829	41	10	7	40	1.68
15520--15559	20	2.0	20	86	13	57	40	5	0	55	1.22
16534--16566	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
17070--17102	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
17830--17873	18	2.4	18	85	7	54	61	2	0	36	1.09
18233--18299	26	2.5	26	79	9	82	35	0	4	59	1.18
20212--20713	181	2.8	181	79	3	456	43	9	7	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21121--21145	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
21257--21288	15	2.3	15	89	10	50	50	0	0	50	1.00
21302--21342	16	2.4	18	80	8	50	46	2	0	51	1.14
21331--21364	18	1.9	18	88	5	52	47	0	0	52	1.00
21614--21651	19	2.1	18	85	14	51	39	2	5	52	1.38
21763--21831	31	2.3	31	82	10	88	50	1	2	44	1.25
21987--22026	16	2.6	15	85	14	55	47	0	0	52	1.00
22131--22160	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
22457--22507	21	2.4	22	81	15	63	45	3	1	49	1.32
22914--23595	181	3.8	181	79	7	681	40	8	10	41	1.69
22983--23595	182	3.4	181	80	7	591	40	7	10	40	1.68
23992--24045	21	2.5	22	85	14	78	44	1	0	53	1.11
24360--24433	11	7.4	9	77	17	60	45	1	2	50	1.24
24363--24415	21	2.5	21	82	11	72	45	1	1	50	1.23
24363--24414	10	5.0	11	77	9	56	44	1	1	51	1.23
24463--24540	31	2.6	28	77	16	86	47	5	2	44	1.38
24666--24731	25	2.8	25	84	13	79	45	3	1	50	1.26
24695--24746	22	2.4	22	81	12	54	51	0	3	44	1.19
24953--24999	10	4.7	10	78	7	51	48	2	2	46	1.25
25066--25126	20	2.9	21	83	11	72	52	1	0	45	1.10
25078--25143	20	3.2	21	77	14	59	51	1	3	43	1.26
25442--25865	181	2.4	177	78	6	415	40	9	8	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26370--26420	17	3.2	16	78	16	61	47	0	1	50	1.12
27069--27109	17	2.3	18	76	19	50	43	2	0	53	1.13
27207--27246	19	2.0	20	86	13	57	55	0	0	45	0.99
27171--27242	21	3.3	21	73	13	65	54	1	1	43	1.17
27167--27291	45	2.7	46	77	14	114	52	4	0	43	1.26
27689--27738	18	2.8	18	82	8	59	46	0	2	52	1.12
27986--28064	41	1.9	42	87	7	117	45	2	3	48	1.34
28574--28624	20	2.4	20	78	18	50	49	0	0	50	1.00
29076--29112	15	2.4	15	90	4	56	48	5	2	43	1.40
29150--29223	29	2.6	28	79	10	78	52	1	2	43	1.23
29230--29265	12	3.0	12	88	11	56	55	2	0	41	1.14
29487--29525	10	3.7	10	83	10	51	53	0	0	46	1.00
29559--29624	30	2.2	28	80	15	78	50	3	1	45	1.26
30624--30674	20	2.5	20	75	12	52	43	1	0	54	1.11
31200--31247	17	2.7	19	76	23	52	35	0	4	60	1.16
31495--31584	9	9.6	9	71	20	51	52	3	0	44	1.17
31495--31584	33	2.9	29	75	19	83	52	3	0	44	1.17
31509--31579	30	2.4	30	81	9	92	50	4	0	45	1.21
31804--31847	19	2.3	19	84	7	54	36	0	4	59	1.18
31829--31862	17	2.0	17	88	0	50	41	0	2	55	1.15
32755--32800	23	2.0	22	83	4	56	47	0	0	52	1.00
32790--32828	20	2.0	20	85	10	53	35	0	5	58	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32923--32993	31	2.5	30	77	11	78	52	0	1	46	1.09
33036--33115	14	5.7	14	74	20	62	48	1	0	50	1.08
33037--33111	15	5.4	14	75	22	61	49	1	0	49	1.09
33227--33281	26	2.1	27	83	16	71	38	0	5	56	1.23
33401--33440	19	2.1	19	85	0	53	42	2	0	55	1.13
34077--34118	16	2.7	16	79	17	52	52	2	0	45	1.13
34667--36051	181	7.7	181	78	6	1294	40	7	10	41	1.67
35772--36346	300	1.9	300	84	1	758	42	8	11	38	1.71
36319--36351	18	1.9	17	88	11	50	42	6	12	39	1.67
36398--36441	18	2.4	19	85	7	56	40	6	6	45	1.57
36325--36508	90	2.0	90	98	0	359	39	14	8	38	1.75
36628--36669	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
36943--36992	14	3.2	16	81	18	61	46	2	0	52	1.12
37121--37187	26	2.5	26	76	9	73	35	1	4	58	1.28
37122--37189	27	2.4	29	73	11	70	35	1	4	58	1.27
37280--37332	18	3.0	18	72	13	56	50	5	1	41	1.36
38725--39161	182	2.4	181	80	6	474	44	9	6	38	1.63
39051--39358	171	1.8	171	83	7	410	42	8	7	41	1.64
39448--39516	34	2.1	33	83	2	84	42	0	4	53	1.20
39654--39678	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
39785--39823	13	2.8	14	88	11	62	48	0	0	51	1.00
40140--40177	19	2.1	18	85	14	51	39	2	5	52	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40215--40290	30	2.6	28	75	17	66	44	6	1	47	1.37
40289--40357	31	2.3	31	82	10	88	50	1	2	44	1.25
40492--40575	15	5.6	14	71	18	53	50	3	0	46	1.19
40659--40692	15	2.3	15	89	0	50	47	0	0	52	1.00
40813--40844	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
40820--40874	15	3.7	15	77	17	53	47	0	3	49	1.19
40839--40905	13	5.0	13	71	12	55	43	1	2	52	1.25
41015--41073	22	2.6	23	81	10	77	59	0	0	40	0.97
41019--41083	20	3.2	20	80	8	76	58	0	1	40	1.07
41015--41060	17	2.7	18	87	12	62	60	0	0	39	0.97

Tables:   1   2   3