genome.fa.s649.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168474.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_73, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  125844

Tables:   1   2   3   

This is table  3  of  3  ( 351 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74662--74705	16	2.7	17	80	19	58	56	0	4	38	1.20
74664--74743	31	2.6	31	78	13	85	55	0	2	42	1.13
74694--74743	12	4.0	12	78	17	57	56	0	0	44	0.99
74661--74743	9	9.4	9	68	21	52	55	0	2	42	1.13
74694--74751	22	3.1	19	75	20	59	53	0	0	46	1.00
74835--74914	24	3.3	23	74	8	63	51	1	2	45	1.22
75122--75152	16	1.9	16	100	0	62	29	6	6	58	1.48
75889--75914	10	2.6	10	100	0	52	61	0	0	38	0.96
76165--76224	24	2.5	24	77	20	63	48	6	0	45	1.29
76542--76579	17	2.2	17	86	9	51	47	0	2	50	1.15
76556--76608	14	4.0	13	76	11	54	45	0	1	52	1.11
76668--76714	23	2.0	25	83	8	62	44	0	2	53	1.12
76984--77029	12	3.6	13	80	19	53	41	0	0	58	0.98
77073--77105	16	2.0	17	88	5	50	36	0	0	63	0.95
77085--77149	24	2.7	24	79	9	69	50	0	1	47	1.10
77183--77230	21	2.2	22	81	3	62	50	0	2	47	1.12
77539--77593	12	4.7	12	78	14	53	47	0	3	49	1.19
77538--77597	20	3.1	19	80	15	61	46	0	3	50	1.18
78175--78258	19	4.6	18	75	21	61	46	1	1	51	1.16
78646--78694	23	2.2	22	82	10	55	34	4	6	55	1.44
78920--79000	31	2.6	31	79	13	87	49	2	0	48	1.14
78904--79057	84	1.8	83	79	9	179	50	2	0	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79746--81210	181	8.1	180	77	6	1132	40	8	9	41	1.68
79818--81210	359	3.9	361	77	6	1019	40	7	9	41	1.67
81237--81874	180	3.5	179	78	6	601	41	8	10	38	1.71
81912--82902	180	5.5	178	76	7	708	42	9	7	40	1.65
83855--84326	176	2.6	175	78	4	408	44	8	8	39	1.64
83765--84513	181	4.2	179	75	7	604	41	9	8	40	1.67
85238--85275	19	2.0	20	89	5	60	47	0	2	50	1.15
85452--85532	22	3.7	22	72	9	58	50	3	0	45	1.19
85467--85570	23	4.5	23	71	13	63	46	2	0	50	1.16
86016--86053	20	1.9	20	88	0	58	47	2	2	47	1.30
86221--86257	18	2.1	17	90	5	56	51	5	0	43	1.24
86434--86510	31	2.4	32	77	10	86	44	0	3	51	1.19
86473--86538	25	2.6	24	74	9	60	45	0	3	51	1.16
86439--86691	6	42.3	6	67	23	60	47	1	1	49	1.18
86621--86690	17	4.0	18	76	12	67	48	0	0	51	1.00
86610--86690	28	3.0	27	77	18	89	49	0	0	50	1.00
86561--86668	45	2.5	44	80	16	120	50	1	0	47	1.11
86625--86692	16	3.9	16	73	21	57	50	0	0	50	1.00
86544--86688	47	3.1	47	74	16	133	49	2	0	48	1.12
86625--86754	53	2.5	51	81	11	129	48	1	0	49	1.16
86696--86771	35	2.2	34	79	6	82	43	3	1	51	1.28
86777--86828	16	3.5	16	78	21	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86817--86870	17	3.2	16	82	10	63	51	0	0	48	1.00
86828--86932	12	9.0	12	74	14	87	48	0	0	50	1.07
87435--87494	18	3.2	20	81	15	74	53	0	0	46	1.00
88104--88131	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
88294--88334	6	6.8	6	79	20	50	48	0	0	51	1.00
88288--88334	10	4.9	10	79	5	53	48	0	0	51	1.00
88285--88331	24	2.0	24	91	8	78	46	0	0	53	1.00
88304--88354	21	2.5	21	84	9	52	49	1	0	49	1.12
89655--89683	7	4.3	7	95	4	51	58	0	0	41	0.98
89715--89782	27	2.6	28	73	19	74	58	7	0	33	1.26
89715--89783	26	2.6	25	76	17	68	57	7	0	34	1.26
90019--90057	6	6.7	6	82	5	53	48	2	2	46	1.29
90019--90058	17	2.3	17	86	4	53	50	2	2	45	1.28
90164--90204	13	3.2	13	86	6	57	51	0	0	48	1.00
90353--90394	12	3.5	12	83	6	50	42	2	0	54	1.13
92477--92589	14	8.6	13	67	20	58	51	1	0	46	1.11
92614--92657	21	2.1	21	83	8	54	52	2	2	43	1.26
92477--92668	12	16.4	12	66	26	53	51	2	0	46	1.17
92931--92961	13	2.5	12	94	5	53	48	3	0	48	1.17
92931--93056	13	9.9	13	72	23	51	49	0	0	50	1.06
92928--92987	21	2.8	21	85	7	68	50	1	0	48	1.11
92953--93019	25	2.8	24	81	18	86	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92953--93015	27	2.3	25	84	13	72	47	0	0	52	1.00
92990--93029	18	2.3	18	86	4	64	52	0	0	47	1.00
92951--93046	25	4.0	25	78	17	80	48	0	0	51	1.00
93021--93093	15	4.8	16	72	24	61	50	1	1	46	1.18
93270--93336	17	4.0	17	74	16	59	52	0	4	43	1.21
93279--93358	32	2.5	33	78	11	87	51	0	3	45	1.19
93486--93524	16	2.5	16	87	4	53	12	2	7	76	1.09
94490--94535	21	2.1	23	84	15	62	52	2	0	45	1.13
94527--94580	17	3.2	17	79	10	58	46	0	1	51	1.11
94532--94580	16	3.1	16	80	11	57	46	0	2	51	1.12
94859--94931	35	2.1	36	87	7	105	42	1	4	52	1.29
96095--96150	7	7.3	7	77	18	58	0	21	0	78	0.75
96060--96146	32	2.6	33	83	5	104	5	21	0	72	1.05
96089--96149	16	3.8	16	78	6	70	1	21	0	77	0.86
96512--96563	24	2.2	24	82	6	61	1	19	3	75	1.06
97084--97300	108	2.0	108	89	1	328	37	17	13	31	1.89
98786--98846	30	2.1	29	81	3	68	50	1	3	44	1.28
98951--99005	25	2.2	25	81	18	71	47	1	1	49	1.23
99054--99103	15	3.1	15	83	16	57	48	2	0	50	1.12
99061--99102	19	2.4	19	85	14	56	47	2	0	50	1.14
99644--99671	11	2.5	11	100	0	56	53	0	0	46	1.00
99755--99812	24	2.3	24	82	11	64	53	1	1	43	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100213--100276	16	4.0	16	82	11	78	43	3	0	53	1.16
100213--100277	32	2.1	31	88	8	96	44	3	0	52	1.16
100765--100790	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
100926--100969	17	2.5	18	82	14	56	56	2	0	40	1.11
101041--101075	16	2.2	16	90	10	54	48	2	0	48	1.16
101066--101108	22	2.0	22	81	9	52	39	4	4	51	1.44
101112--101179	26	2.7	24	75	6	64	48	0	5	45	1.26
101412--101461	21	2.3	23	82	6	59	50	4	2	44	1.32
101549--101596	16	3.3	15	77	13	55	43	0	0	56	0.99
101570--101603	12	2.9	12	86	4	52	35	0	0	64	0.94
101929--101986	21	2.5	25	71	26	63	41	6	3	48	1.47
101934--101977	21	2.1	21	95	0	79	40	6	4	47	1.50
102084--102180	28	3.4	27	73	17	74	43	1	1	54	1.14
102075--102192	27	4.3	27	72	21	77	45	0	0	52	1.12
102355--102397	19	2.2	20	91	4	70	48	0	4	46	1.22
102439--102496	28	2.1	28	87	6	82	46	0	0	53	1.00
102646--102687	17	2.5	17	76	11	50	45	0	4	50	1.23
102881--102948	29	2.4	30	85	14	83	44	2	2	50	1.32
102884--102957	9	8.2	9	72	22	50	43	2	2	51	1.30
102889--102948	29	2.1	28	88	11	88	45	1	3	50	1.28
103384--103415	16	1.9	17	93	6	57	43	0	6	50	1.27
103441--103480	17	2.3	17	87	12	55	57	0	5	37	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104332--104396	21	3.0	22	79	6	78	47	0	1	50	1.10

Tables:   1   2   3

The End!