genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold165.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1724686

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7522--8444	85	12.0	73	82	6	767	28	16	21	34	1.94
7815--8932	170	7.0	159	81	10	898	27	17	20	34	1.95
8076--8433	75	4.8	73	80	9	395	31	16	19	32	1.94
8440--8928	77	6.2	78	85	9	563	27	19	21	32	1.97
8590--8624	14	2.5	14	95	0	61	20	20	2	57	1.54
8279--8943	166	4.1	164	83	10	750	27	18	20	33	1.96
8513--8698	89	2.0	91	89	4	286	26	19	18	35	1.95
8910--8953	13	3.3	13	81	6	52	18	13	4	63	1.46
8910--8972	14	4.5	14	82	7	65	22	12	3	61	1.45
8937--8969	15	2.2	15	94	0	57	21	9	0	69	1.15
9133--9167	14	2.5	14	90	0	52	14	20	5	60	1.54
9062--9254	85	2.2	87	85	5	257	24	17	18	39	1.92
9221--9283	14	4.5	14	82	7	74	20	14	4	60	1.52
14496--14535	18	2.2	18	95	0	71	22	30	7	40	1.81
15115--15396	33	8.4	33	72	14	134	46	30	0	23	1.55
15185--15211	6	4.5	6	100	0	54	37	48	0	14	1.45
15151--15243	40	2.4	39	89	5	134	43	36	0	20	1.52
15197--15258	27	2.3	27	88	0	88	46	33	0	19	1.50
15236--15281	15	3.0	15	81	15	58	54	26	0	19	1.44
15233--15375	21	6.8	20	73	18	64	48	27	0	23	1.51
15409--15490	22	3.8	22	69	16	64	52	25	0	21	1.47
15432--15463	16	2.0	17	88	11	50	56	28	0	15	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15425--15568	14	10.7	14	65	18	56	51	29	0	18	1.51
15523--15591	23	3.1	22	85	4	86	55	24	0	20	1.44
15543--15609	21	3.1	21	80	6	73	50	28	0	20	1.48
15574--15658	33	2.6	33	90	0	134	43	30	0	25	1.55
15666--15738	22	3.3	23	72	12	64	45	26	0	28	1.54
15689--15718	14	2.1	14	93	0	51	43	33	0	23	1.54
15697--15851	7	21.7	7	70	15	86	49	29	0	21	1.50
15726--15845	35	3.4	36	76	8	104	50	29	0	20	1.48
15784--15880	29	3.3	30	77	8	94	53	26	0	19	1.45
15788--15864	21	3.7	21	78	14	88	50	27	0	22	1.49
15784--15880	7	13.4	7	74	16	65	53	26	0	19	1.45
15941--15998	14	4.1	14	80	8	64	51	29	0	18	1.47
15885--15969	33	2.5	33	81	11	93	49	30	0	20	1.49
16068--16139	15	4.9	15	71	8	58	52	27	0	19	1.46
16062--16172	15	7.6	16	69	18	55	51	27	0	21	1.48
16120--16207	14	6.3	14	71	15	65	46	28	1	23	1.60
16156--16207	21	2.5	21	90	6	79	46	28	1	23	1.63
16156--16207	7	7.4	7	73	0	50	46	28	1	23	1.63
16197--16282	22	3.9	22	83	3	93	53	24	1	20	1.53
16264--16348	33	2.6	33	92	3	136	45	28	0	25	1.54
16345--16548	7	28.4	7	66	17	62	50	25	0	23	1.52
16359--16435	22	3.5	23	75	8	79	51	24	0	23	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16482--16564	22	3.8	21	80	10	78	54	25	0	20	1.45
16540--16672	33	3.9	33	85	4	149	45	30	0	24	1.59
16573--16687	33	3.5	32	84	5	140	41	28	0	28	1.62
16741--16786	22	2.0	23	83	4	58	60	23	0	15	1.34
16739--16823	29	3.0	29	69	23	81	57	23	0	18	1.40
16783--16845	22	2.9	21	81	11	74	55	25	0	19	1.43
16827--16890	33	1.9	34	84	9	87	45	26	0	28	1.54
16855--16912	21	2.7	23	84	10	70	44	27	0	27	1.54
16868--17007	36	3.9	35	78	12	124	48	26	0	25	1.51
16903--16965	22	2.8	22	88	7	83	49	28	0	22	1.50
16879--17032	15	10.6	14	72	12	89	47	29	0	22	1.52
16925--17036	22	5.1	22	68	14	61	50	29	0	20	1.49
16984--17030	22	2.1	22	88	4	67	55	31	0	12	1.38
16879--17036	7	21.7	7	72	12	86	47	29	0	22	1.52
16927--17032	29	3.7	29	79	5	115	50	30	0	19	1.48
17025--17102	33	2.4	33	81	14	90	41	30	1	26	1.64
17138--17169	16	2.0	17	88	11	50	56	28	0	15	1.40
17200--17231	7	4.7	7	96	3	57	56	28	0	15	1.40
17222--17277	23	2.5	22	80	8	58	57	23	0	19	1.41
17086--17291	22	9.5	22	68	16	99	54	26	0	19	1.44
17238--17291	23	2.4	22	87	3	72	57	24	0	18	1.40
17343--17569	43	5.1	43	68	18	142	49	25	0	24	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17451--17569	14	8.3	14	68	20	59	51	27	0	21	1.48
17342--17569	21	10.2	21	65	19	61	49	26	0	24	1.50
17508--17592	22	3.8	22	75	14	77	56	23	0	20	1.42
17508--17605	22	4.5	22	71	16	69	54	24	0	21	1.45
17596--17690	33	2.9	32	78	7	102	42	25	0	32	1.55
17805--17895	33	2.7	33	85	8	114	43	26	0	29	1.55
17826--17879	18	3.2	18	68	24	53	40	29	0	29	1.57
17880--18041	14	11.6	14	69	16	88	45	30	1	22	1.63
17893--17924	15	2.2	15	94	5	57	53	25	0	21	1.46
18082--18125	21	2.2	20	87	4	61	50	29	0	20	1.49
18103--18157	15	3.7	15	75	15	51	52	23	0	23	1.47
18155--18222	22	3.1	22	78	2	66	52	23	0	23	1.47
18228--18346	35	3.9	27	74	22	69	44	30	0	25	1.54
18155--18282	43	3.0	43	81	12	138	48	28	0	22	1.51
18270--18358	22	4.0	22	70	10	56	47	29	0	23	1.52
21462--22147	125	5.5	125	88	2	923	29	22	18	29	1.97
22209--22258	21	2.4	21	79	0	64	44	20	2	34	1.63
22989--23050	31	2.1	30	87	6	90	45	8	4	41	1.55
23377--23414	18	2.2	16	90	9	58	28	0	2	68	1.03
23560--23611	18	2.9	18	72	11	52	59	9	1	28	1.40
23943--23999	27	2.1	28	86	3	80	63	3	3	29	1.28
25141--25169	14	2.1	14	100	0	58	55	13	6	24	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28999--29067	34	2.0	34	100	0	138	44	17	5	31	1.72
37525--37679	42	3.7	42	76	3	123	43	16	23	16	1.87
54022--54090	4	15.8	4	74	16	57	20	8	0	71	1.12
59624--59661	17	2.2	17	90	0	58	31	13	18	36	1.89
62604--62718	59	1.9	59	80	3	133	33	9	18	38	1.83
74181--74235	22	2.5	22	81	0	65	50	1	1	45	1.22
74211--74250	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
74239--74372	59	2.1	67	84	13	187	41	5	8	44	1.58
74253--74372	59	2.1	59	90	1	197	41	5	9	44	1.58
76493--76607	44	2.6	44	78	10	128	26	23	18	31	1.97
76493--76607	43	2.6	43	78	8	126	26	23	18	31	1.97
78019--78064	21	2.2	20	88	3	65	71	0	15	13	1.14
78577--78619	16	2.7	15	76	13	50	41	2	0	55	1.12
78593--78648	23	2.4	23	80	16	62	46	1	1	50	1.22
80320--80374	23	2.3	23	80	17	60	49	1	1	47	1.23
80329--80376	19	2.5	20	77	16	55	54	0	0	45	0.99
81707--81746	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
81749--81868	59	2.1	59	90	1	197	41	5	9	44	1.58
91343--91395	20	2.6	21	82	11	65	35	0	7	56	1.28
99752--99798	15	3.0	15	84	12	51	59	2	0	38	1.09
100645--100674	13	2.2	14	94	5	53	83	0	16	0	0.65
101054--101124	29	2.5	28	80	13	83	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101061--101139	24	3.2	24	72	18	72	49	0	0	50	1.00
102178--102372	98	2.0	98	95	0	354	36	25	10	27	1.89
105427--105462	6	6.0	6	87	12	56	0	0	13	86	0.58
105427--105462	13	3.0	12	88	11	56	0	0	13	86	0.58
105426--105462	19	2.0	18	94	5	65	0	0	13	86	0.57
110055--110141	33	2.7	33	80	8	106	40	24	3	32	1.72
112104--112138	18	1.9	18	88	0	52	40	25	0	34	1.56
114820--114880	22	2.9	20	83	9	68	70	3	4	21	1.21
125629--125672	13	3.0	14	81	18	54	63	2	0	34	1.07
125626--125672	17	3.1	16	77	17	55	63	2	0	34	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8